水稻条纹病毒中国分离物和日本分离物RNA2节段序列比较

测定了来源于我国水稻条纹叶枯病常年流行区的云南楚雄(CX)及病害暴发区的江苏洪泽(HZ)的水稻条纹病毒(RSV)2个分离物RNA2全长序列,其长度分别为3506bp和3514bp。与已报道的日本T和O分离物RNA2序列进行比较的结果表明,这4个分离物可分为两组,其中,HZ、T和O分离物为一组,组内分离物之间,RNA2的毒义链(vRNA2)及RNA2的毒义互补链(vcRNA2)上的ORF的核苷酸一致性分别为97．2％～98．0％和96．8％～97．1％,5′端和3′端非编码区的序列则完全一致。但：HZ分离物与T分离物的亲缘关系更为密切,其基因间隔区(IR)与T和O分离物的等长。另一组为我国CX分离物,组与组之间,vRNA2及vcRNA2上的ORF的核苷酸一致性分别为95．0％～95．7％和93．9％～94．4％。CX分离物的IR与HZ分离物相比缺失了一段8nt的片段。5′端非编码区的序列完全一致,但3′末端非编码区有一个碱基的差异。这些结果表明,RSV在自然界的分子变异与其地理分布具有密切的关系。此外,非编码区序列的高度保守性暗示着它们在病毒基因转录和复制的调控方面具有重要的功能。本文还讨论了RSV的分子流行病学。     

不同DGGE谱带信息提取方法对分析结果的影响

自1993年Muyzer,et al.[1]将变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)引入到微生物生态学研究以来,DGGE已被广泛应用于各种生态系统(如淡水、海洋、土壤、动物消化道等)的微生物群落结构分析[2—6]。但对于DGGE凝胶的分析至今仍没有统一的方法,     

瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组差异分析

从蛋白质水平探讨瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组差异表达,为完善石磺科贝类从海洋到陆地进化的研究以及解释两种石磺不同的环境适应性提供蛋白质依据。应用Label-free非标定量蛋白质组学技术,结合软件Sequest HT和Proteome Discoverer (Thermo),对瘤背石磺和里氏拟石磺的背部皮肤进行蛋白质组搜库鉴定及定量分析,其中瘤背石磺中鉴定到1 491个蛋白质,里氏拟石磺中鉴定到1 030个蛋白质;用Pfind软件对表达图谱进行同源序列的鉴定及定量分析,检测到928个同源蛋白表达量有差异,瘤背石磺较里氏拟石磺上调表达406个(p0.05, FC1.5),下调表达339个(p0.05, FC0.5)。适应水下生活的里氏拟石磺背部皮肤角质化程度较低,差异同源蛋白序列分析显示与角质形成、细胞凋亡相关蛋白在里氏拟石磺背部皮肤中高表达,与皮肤保湿性能相关的神经酰胺类物质在瘤背石磺中高表达;KEGG分析显示,嘌呤代谢通路中存在的差异蛋白最多,共73个,其中瘤背石磺较里氏拟石磺上调表达22个,下调表达21个。蛋白组差异分析显示关键酶尿素酶在陆栖性较强的瘤背石磺中高表达,与前人所做动物从水生到陆生进化过程中尿素酶基因完全丢失的研究结论有所出入,属于特殊物种。里氏拟石磺的皮肤辅助呼吸能力和血窦数目均高于瘤背石磺,且背部皮肤中肌纤维更加粗壮,此生理现象在蛋白质组上的表现为两种石磺能量代谢及氧离子运输相关蛋白的差别较大;瘤背石磺背部皮肤中对环境污染反应灵敏的谷胱甘肽S转移酶和谷胱甘肽过氧化物酶的表达量高于里氏拟石磺,推测其与瘤背石磺较强的皮肤免疫能力和环境适应性相关。蛋白表达谱中928个差异表达同源序列为两种石磺表现差异和环境适应的分子机制研究提供了有意义的蛋白质组的基础数据。     

急性脑梗死患者血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1与神经功能损伤程度、脑梗死面积和预后的关系研究

摘要 目的：探讨急性脑梗死（ACI）患者血清陷窝蛋白1（Cav-1）、视锥蛋白样蛋白1（VILIP-1）、泛素羧基末端水解酶1（UCH-L1）与神经功能损伤程度、脑梗死面积和预后的关系。方法：选择2021年6月至2022年6月徐州医科大学附属医院收治的ACI患者120例为ACI组,另选择同期在本院进行健康检查的健康对象76例为对照组;根据美国国立卫生研究院发布的卒中量表（NIHSS）评分将ACI患者神经功能损伤程度分为轻度组、中度组和重度组,根据脑梗死面积分为大面积梗死组、中面积梗死组、小面积梗死组,根据改良Rankin量表（mRS）评分分为预后良好组和预后不良组,比较对照组与ACI组以及ACI各亚组间血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1水平;分析血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1水平与梗死面积、NIHSS评分、mRS评分的相关性,采用受试者工作特征（ROC）曲线分析血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1预测ACI神经功能损伤程度、脑梗死面积和预后的价值。结果：血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1水平对照组低于ACI组（P＜0.05）;轻度组低于中度组,中度组低于重度组（P＜0.05）;小面积梗死组低于中面积梗死组,中面积梗死组低于大面积梗死组（P＜0.05）;预后良好组低于预后不良组（P＜0.05）。ACI患者血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1与NIHSS评分、梗死面积及mRS评分呈正相关（P＜0.05）。血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1联合预测ACI神经损伤程度、脑梗死面积、预后的曲线下面积（AUC）分别为0.927、0.907、0.953,均大于单指标检测。结论：ACI患者血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1水平异常升高,且升高程度与患者神经功能损伤程度、脑梗死面积及预后有关,早期联合检测血清Cav-1、VILIP-1、UCH-L1水平有助于ACI病情及预后评估。     

科尔沁沙地不同水盐处理对豆田土壤真菌群落结构和功能的影响

为揭示北方沙区典型盐碱地不同灌溉量对油莎豆(Cyperus esculentus)农田土壤真菌群落组成结构和功能群特征的影响。以吉林省松原市前郭尔罗斯灌区油莎豆农田为研究对象,开展水、盐双因素(水处理：50%、70%、100%标准灌溉定额;盐处理：非盐渍土、弱盐渍土、中盐渍土)随机区组野外控制实验,比较分析不同水盐处理下油莎豆土壤真菌群落特征。(1)油莎豆农田土壤样品共获得2354个真菌OTU,隶属于13门43纲114目224科434属,其中,子囊菌门(Ascomycota)((67.83±6.33)%)、被孢霉门(Mortierellomycota)((16.96±6.02)%)和担子菌门(Basidiomycota)((11.31±1.82)%)占绝对优势。随灌溉量增加,优势属由被孢霉属(Mortierella)变为镰孢菌属(Fusarium)和毛壳菌属(Chaetomium)。不同水盐处理下真菌多样性无显著差异(P>0.05)。(2)真菌功能群以腐生营养型为主,病理营养型次之,共生营养型占比最低。随灌溉量增加,腐生和共生营养型真菌均先减少后增加,病理营养型真菌先增加后减少;...     

毛乌素沙地降水格局变化对油蒿木质部解剖特征的影响

探究不同降水处理对荒漠植物木质部解剖特征的影响,可以为理解未来降水格局变化下荒漠植物适应性和预测荒漠植被演替趋势提供理论依据。以毛乌素油蒿灌丛植被为对象,通过野外人工控制降水的方法,模拟半干旱气候区降水格局变化趋势,设置3个降水量梯度（减水30%、自然降水、增水30%）以及2个降水间隔梯度（降水间隔5d、降水间隔15d）开展双因素完全随机试验,监测油蒿木质部各个解剖特征参数对不同降水处理的响应。结果表明：（1）随着降水量减少,油蒿的导管数量显著增多,导管密度、导管壁厚度显著增大（P<0.05）。降水间隔时间延长将显著增加油蒿的导管数量、导管密度和平均导管直径（P<0.05）。降水量与降水间隔期对油蒿木质部解剖学特征影响的交互效应不显著。（2）降水量减少和降水间隔时间延长弱化了油蒿潜在最大导水率对导管直径的响应敏感度。（3）在降水量减少和延长降水间隔时间的背景下,油蒿可以通过调整木质部导管参数兼顾水分运输的安全与效率。本研究表明,通过改变木质部解剖学特征参数来适应降水格局改变是油蒿的重要耐旱策略,未来气候变化的大背景下,荒漠植物的水力特征变化需要综合考量降水量和降水间隔的双重影响。     

生信分析筛选心衰氧化应激相关关键基因并预测候选药物

为探究氧化应激相关基因在心力衰竭发生发展中的作用,并发现核心基因进行靶基因药物预测。从GEO数据库下载GSE120895基因表达图谱,通过GEO2R筛选差异表达基因,将差异表达基因与GeneCard数据库中筛选的氧化应激相关基因取交集,得到心力衰竭氧化应激相关差异表达基因,利用R软件对差异表达基因进行GO及KEGG分析,利用Cytoscape进行PPI网络的模块以及关键基因的筛选。之后在GSE17800基因表达图谱中验证关键基因的表达,并针对关键基因进行相互作用药物预测。差异表达基因与氧化应激相关基因取交集后,共筛选出52个上调的氧化应激相关差异表达基因,在此基础上,筛选出ACTB,STAT3,FN1,EDN1,CAT共5个关键基因,在GSE17800基因表达图谱中验证后,针对4个关键基因预测了19个靶基因潜在药物。总之,本研究通过生物信息学方法鉴定关键基因,并预测潜在治疗药物,从而为了解心力衰竭的分子机制及其诊治方法提供新的见解。     

通识教育选修课“微生物与生活”课程教学改革实践

本文介绍了湖北工业大学生物工程系2014-2019年间在全校本科生中开设通识教育选修课\"微生物与生活\"的教学探索。通过教学方法、情感培养及结课评价等改革实践,采用模块教学,将课堂教学与社会实践相结合以激发学生对微生物知识学习的兴趣,促进学生对微生物学知识的理解。课程打破常规的考试评价机制,采用结课报告与课堂学生现场汇报的评价方式,强化对学生自身的锻炼,提高学生学习的积极性与主动性。5年的教学实践表明,这种改革创新对学生综合素质的提升起到了重要作用,以学生感兴趣的知识为切入点,使学生主动参与,更好、更深入地了解微生物与生活的密切联系,体会在实践中获得知识的成就感,并激发部分学生对科学研究的兴趣,培养学生热爱科学研究的情感。本文将理论教学、学生汇报与生产实践相结合,改变学生对传统课堂教学评价模式的认知,通过启发、引导等形式实现理论与实践环节的有机融合,获得了良好的教学效果。     

蔗糖磷酸合酶功能、结构与催化机制的研究进展

蔗糖是自然界中广泛存在的一种天然产物.在植物等生命体中,蔗糖磷酸合酶(Sucrose phosphate synthase,SPS)是蔗糖合成的限速酶.SPS催化合成蔗糖-6-磷酸;蔗糖磷酸酶(Sucrose Phosphatase,SPP)进一步把蔗糖-6-磷酸上的磷酸根水解下来而形成蔗糖.近几十年来关于SPS的研究...     

cDNA末端快速扩增试剂盒研发进展

DNA扩增的方法有许多种,其中cDNA末端快速扩增（rapid amplification of cDNA ends,RACE）因其操作简单、成功率相对较高、重复性好,被广泛应用于真核生物基因全长的克隆与分析。本文比较了市售的RACE试剂盒所采用的模板制备策略及改进的扩增方法。