严重传染病防治基础研究

传染病是严重危害人类健康的主要疾病之一。目前,传染病在发病率和死亡率方面仍居人类疾病的首位。据世界卫生组织报道,全球平均每年有1700多万人死于各类传染病,占总死亡人数的1／3。全球每年分别死于急性呼吸道传染病、腹泻、结核、疟疾、乙型肝炎、艾滋病和麻疹等传染病的人数均达百万以上。世界卫生组织数次向全球发出警告：“我们正处在一场传染性疾病全球危机的边缘,没有哪一个国家可以逃避这场危机,也没有哪一个国家可以对此高枕无忧”。     

1966~2005年中国14个省、市C群脑膜炎球菌比较基因组学分析

脑膜炎球菌是世界范围内引起细菌性脑膜炎和败血症的主要病原体, 在中国一直以A群流行为主, 未发生过B群和C群的流行. 2003年以来, 安徽省出现多次由C群脑膜炎球菌引起的流行性脑膜炎爆发, 而且在全国其他省、市也有大量病例出现. 多位点序列分型结果表明, 序列型(sequence type, ST)4821菌株主要引起了这些爆发. 在完成我国C群脑膜炎球菌的代表株053442的全基因组序列测定工作的基础上, 我们构建了全基因组DNA微阵列, 对1966~2005年分离于中国14个省、市的81株C群脑膜炎球菌进行了比较基因组杂交分析. 结果显示: 绝大部分菌株的基因组组成相似, 部分基因有一定的缺失和变异, 而且很多缺失基因是推测的保守基因.为深入了解我国C群脑膜炎球菌的基因组组成特点, 为初步揭示其遗传背景奠定了基础.     

我国痘苗病毒疫苗株(天坛)25kb核苷酸序列及其与非疫苗株(WR)差异的比较

本文就我国痘苗病毒疫苗株(天坛株TT)基因组的Hind Ⅲ-L、J、I、N、M片段及部分K、F、A片段,共24765bp的核苷酸序列,采用Sanger的双脱氧末端链终止法进行了测定。其中L片段全长4123bp,J片段全长5010bp,I片段全长6498bp,M片段全长2221bP,N片段全长1567bp。总体上AT较为丰富(65.6％),其中A、T、C、G各占32.9％,32.7％,17.4％,17.0％。 TT诛的核苷酸序列与已发表的非疫苗株(WR株)基因组中相同区段的核苷酸序列进行了对比。结果表明,在所分析的序列中,两株病毒在核苷酸水平上有0.42％的差异;其中2/3为同-Py(T或C)或Pu(A或G)间的转换,而且位于病毒基因组中央区域的核苷酸序列的变异小于侧翼区,核苷酸的变异基本上没有造成开放读码框架(ORF)数量和编码容量的改变。     

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox．A16)病毒SHZH00—1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox．A16SHZH00—1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5’端非编码区(5’UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3’端非编码区长为83bp。Cox．A16SHZH00—1基因组的结构与Cox．A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AFl77911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97．5％,氨基酸同源性为98．8％;而与Cox．A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79．1％,氨基酸同源性为94．5％。Cox．A16SHZH00—1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80％。     

中国柯萨奇病毒A组16型部分VP1区序列测定及系统进化分析

利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox．A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox．A16的种系进化规律和分型依据。6株Cox．A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同源性均较高,相互间核苷酸同源性为94．5％～98．0％,氨基酸同源性为97．8％～100％。6株中国分离株与Cox．A16国际参考株相比,部分VP1区核苷酸同源性高于78．2％,氨基酸同源性高于为93．3％。基因系统进化分析表明,中国大陆分离的6株Cox．A16与中国台湾流行株Tainan-5079-98(AF177911),与4株日本分离株、瑞典株及美国株GA95—2095(AF081613)、PA94—5753(AF081628)的关系均较近,核苷酸同源性大于93．3％。了解我国Cox．A16流行株的遗传学背景和种系进化关系,对有效地预防和控制Cox．A16流行有重要意义。     

严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒S蛋白的鉴定与分析

利用293细胞对SARS病人样品进行病毒扩增,培养上清中病毒颗粒经过纯化后,利用蛋白质组学技术,对纯化得到的SARS冠状病毒颗粒蛋白进行初步分离与鉴定。其中质谱分析结果最终表明,分子量约150kD的蛋白质的氨基酸序列与SARS—CoV基因组所预测S蛋白质序列高度吻合,从而首次从蛋白质水平对SARS冠状病毒S蛋白的氨基酸序列进行了证实。     

严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒核蛋白的鉴定与分析

利用蛋白质组学技术,对纯化的严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒颗粒所含核蛋白进行初步分离与鉴定。质谱分析结果最终表明,SARS冠状病毒核蛋白的分子量位于47kD与52kD之间,所获得的SARS冠状病毒核蛋白的质谱分析数据覆盖了所预测病毒核蛋白氨基酸序列的87％,且符合率为100％。从而首次从蛋白质水平对SARS冠状病毒核蛋白的氨基酸序列进行了证实。     

不同荷花品种出泥部分与根状茎生长性状和部分生理指标的比较及相关性分析

在盆栽条件下,对不同荷花(Nelumbo nucifera Gaertn.)品种〔藕莲品种'大紫红'('Dazihong')、花莲品种'中国红·上海'('Zhongguohongshanghai')和花藕兼用莲品种'逸仙莲'('Yixianlian')〕出泥部分(叶和花)和泥下部分(根状茎)的生长性状和部分生理指标进行了比较研究,并对3个荷花品种出泥部分与根状茎间的生长性状和部分生理指标进行了相关性分析.结果表明:'大紫红'在整个生长发育期不开花;'中国红·上海'开花时间相对较早(6月上旬),花重瓣且色泽鲜艳;'逸仙莲'开花时间相对较晚(7月上中旬),花单瓣呈白色.3个荷花品种中,'大紫红'立叶数最少,立叶面积最大,根状茎膨大明显,根状茎中可溶性糖和可溶性蛋白质含量最高;'中国红·上海'立叶数最多,立叶中叶绿素含量最高,根状茎节间长度最长,但根状茎膨大不明显;'逸仙莲'立叶数居中,叶柄最长,根状茎膨大明显,根状茎中可溶性蛋白质、可溶性糖、淀粉和维生素C含量介于其他2个荷花品种之间.相关性分析结果表明:荷花立叶面积与根状茎节间长度呈显著负相关,而与根状茎中可溶性糖、可溶性蛋白质及维生素C含量呈极显著或显著正相关;叶柄长度与根状茎直径和根状茎节间质量呈显著正相关;立叶中叶绿素含量与根状茎节间长度和根状茎中淀粉含量呈显著正相关,而与根状茎中可溶性糖含量呈显著负相关.研究结果显示:根据供试3个荷花品种的立叶面积、叶柄长度、立叶中叶绿素含量可间接判断根状茎的生长发育及营养品质状况,并可进一步应用于快速选育花藕兼用莲品种.     

H3N2亚型人流行性感冒病毒HA1的蛋白序列同源性比较、变异规律及结构与功能的分析

应用生物信息学数据库和工具,结合自身的实验结果,对现有的H3N2亚型人流行性感冒(流感)病毒全球分离株的HA1氨基酸序列和蛋白分子结构进行了分析研究.初步的进化分析结果表明,历史上的分离株大致分为以年代划分为特征的两大谱系,即1968～1984/1985年的谱系,时间跨度为18年;1984/1985～1997/2000年的谱系,时间跨度为13～17年.它们分别起源于两类毒株,并在各自的谱系内发展演化,基本上不存在大规模相互交叉渗透的现象.在1984/1985年,两大谱系发生交替转换和过渡,说明流感病毒的起源、发展和演化是有一定规律性的,这可能对流感的监测预报有一定的指导意义.绝大多数毒株的二硫键组成位点和糖基化位点是极其保守的.受体结合位点(RBS)的一部分构成成份保守;其他构成成份发生变异甚至高变,并与某些抗原决定簇位点重合,可能参与了抗原抗体相互作用.5个抗原决定簇位点的变异各有其特点.A和B位点的变异表现最活跃,抗原性最强,但B位点稍弱于A位点.C和D位点的抗原性一般,且D位点的变异性低于C位点.E位点抗原性一般.在各位置的变异中,大多常是相同相近性质或相同种类的氨基酸相互替换.HA1蛋白全序列的熵(entropy)峰值作图的分析表明,HA1蛋白上121～126位等区域或位点可能独立,或参与构成了某些已知或未知的抗原决定簇位点.这很可能是新发现的或未被鉴定的抗原决定簇位点或其组成.     

红色毛癣菌的生物学特性研究

目的 观察红色毛癣菌在不同温度、不同培养基上的生长和产孢情况,并对其进行分子生物学鉴定.方法 ①大培养:采用沙堡葡萄糖琼脂(SDA)和马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)平皿,27℃、35℃黑暗培养,测量菌落直径,绘成生长曲线.②小培养(钢圈法):采用SDA、PDA、溴甲酚紫乳固体葡萄糖琼脂(BCP-MSG)、乳蜜琼脂(M)和复合维生素B(VitB)培养基,27℃、30℃黑暗培养,观察镜下菌丝生长、孢子产生情况.③进行rDNA 18S和ITS序列测定.结果 在SDA,PDA上,27℃条件下菌落生长速度较35℃快;在5种培养基上,SDA、PDA产孢较快较多,复合维生素B培养基产孢较慢,但产生大分生孢子较多.30℃产孢更丰富.对部分菌株rDNA ITS、18S PCR扩增产物纯化后直接测序,结果在GenBank中比对、分析,相似度为98%～100%,均鉴定为红色毛癣菌.结论 SDA、PDA均为鉴定和分离红色毛癣菌的合适培养基.5种培养基均可用来刺激红色毛癣菌产孢,其中SDA、PDA产孢较早、较丰富.红色毛癣菌rDNA 18S和ITS序列测定是一种快速准确的红色毛癣菌分子生物学鉴定方法.