肠道噬菌体组生物信息学分析方法的研究进展

噬菌体是感染细菌的病毒,广泛存在于各类环境中。由于传统实验研究的局限性及噬菌体基因的特异性,导致对肠道噬菌体的研究很少。随着宏基因组测序技术的发展和各种生物信息分析软件的开发,可以通过噬菌体组学,加深对肠道噬菌体的认识。噬菌体组分析流程主要包括原始数据质量控制和预处理,病毒基因组序列的拼接组装,类病毒颗粒的筛选和系统分类注释以及进化分析和预测相应宿主细菌。本文对噬菌体组分析流程和其中所需要的常用生物信息分析工具和数据库进行详细的介绍,可以为肠道噬菌体研究以及相关的研究人员提供参考。     

大熊猫的麻醉试验

对野生动物进行活体研究时的定位捕捉方法,从十九世纪五十年代至今,国外已有一些动物学工作者作了许多工作。他们应用神经——肌肉阻滞剂等多种药物对各种动物;大至野象、犀牛、河马,小至鸟类、两栖类、爬行类和鱼类等进行了试验研究。哈桑(A.M.Harnloorn)1976年写的《动物的化学捕捉》一书中对此作了比较     

Rhaphidopteris一新种及其分类位置的探讨

河南义马中侏罗世义马组所产Ｒｈａｐｈｉｄｏｐｔｅｒｉｓｃｏｒｎｕｔａｓｐ．ｎｏｖ．以其叶下部规则地两歧分叉一次，两个分枝歧轴式多次分枝成三次羽状，脉间具树脂体、气孔器主要分布于下表皮等特征区别于该属的其它已知种。文中对Ｒｈａｐｈｉｄｏｐｔｅｒｉｓ属的含义作了详细讨论，并对某些种的归属提出修改意见。Ｒｈａｐｈｉｄｏｐｔｅｒｉｓ属历来被归于种子蕨纲，但某些种具有多次两歧分叉的叶形和叶片含有溶生树脂体等性状似乎更接近银杏目。接照本文所厘订的含义。     

秦岭森林鼠类对华山松种子捕食及其扩散的影响

森林鼠类的种子贮藏行为对植物的扩散和自然更新有着非常重要的影响。通过塑料片标记法,2008和2009年的9月—11月分别在秦岭南坡的佛坪国家级自然保护区内调查了森林鼠类对华山松(Pinus armandii)种子的捕食和扩散,结果显示:森林鼠类对华山松种子有着非常大的捕食压力。在2008年,几乎所有的种子(96.4%)在第3天后就被全部取食,而在2009年,也有将近一半的种子(49.6%)在第3天后被取食。但与此同时,鼠类对华山松种子的扩散也起着非常重要的作用。尤其在2009年,第3天时鼠类最高分散贮藏了17.75%的种子,而且直到第19天后仍然有12.25%被贮藏的种子存活下来。华山松种子在两个年份间的扩散历程有很大差异。在2008年,几乎所有的种子都被鼠类取食,贮藏量非常小;而在2009年,种子被贮藏的比例显著的增加。这个结果可能与种子大小年现象有着十分紧密的联系。2008年是华山松种子的小年,产量非常低。鼠类为了满足其日常的能量需求,只能大量的取食有限的种子,而减少其贮藏量。而2009年是华山松种子的大年,产量非常高。鼠类在满足其日常能量需求的同时,还有大量剩余的种子供其贮藏。     

青藏高原早熟甘蓝型春油菜遗传资源研究

利用SSR和SRAP 2种分子标记研究了69份试验材料的遗传差异及其亲缘关系.29对SSR标记共扩增出118条多态性带,多态性位点占总扩增位点的97.5%,27对SRAP引物扩增出123条多态性带,多态性比率为70.3%.两种标记聚类结果表明.在相似系数0.566处所有材料可以分为A、B 2个大类群;B类在相似系数0.620处又可分为7个亚类,10个天然双低早熟甘蓝型品系、2个甘蓝型亲本和4个新型品系聚在第1亚类中,其余的51个新型甘蓝型油菜品系分别聚在其他6个亚类中.对55份新型品系进行遗传成分分析,结果表明,每个品系都合有4种带型,各品系所舍不同带所占比率不同.对各品系中含有白菜型亲本带所占比率分别与其对应的两亲本之间的遗传距离进行相关分析,结果表明新型甘蓝型油菜品系中白菜型亲本带所占比率与白菜型素本间的遗传距离为负相关(-0.52),且达到极显著水平;与甘蓝型亲本间的遗传距离为正相关(0.31),且达到显著水平.对试验材料之间的遗传距离及其来源进行分析(除与2个白菜型亲本间),遗传距离排名前20位的都来自新型品系之间或天然品系与新型之间,最大为0.544.     

透射电子显微镜(TEM)技术在大孢子化石超微结构研究中的应用

透射电子显微镜(TEM)具有优异的纳米尺度显微成像性能,因此被广泛应用于材料科学、物理学和生物学等学科的超微结构研究领域。文中根据应用TEM技术研究大孢子化石壁超微结构的实践体会,系统归纳和总结了大孢子化石TEM样品制备的前处理过程,主要步骤包括:材料选取、梯度脱水、包埋剂配比、梯度渗透、包埋、聚合、超薄切片和染色。运用上述TEM实验技术,文中以云南省曲靖市沾益区龙华山剖面中泥盆统吉维特阶上双河组分散拟网龙华山大孢(Longhuashanispora reticuloides Lu and Ouyang, 1978)的壁层超微结构为研究案例,揭示了这类孢子壁主要由三层薄壁组成,包括内部基底层、中部疏松层和外部致密层,其射线唇基底层下部具有近平行排列的多细纹带结构。此类大孢子的多细纹带结构与从加拿大新不伦瑞克省下泥盆统埃姆斯阶Campbellton组同孢植物化石Leclercqia complexa Banks et al., 1972中发现的原位小孢子射线唇基底层下部的多细纹带结构特征非常相似。此外,两者都具有相似的完全弓形脊和远极表面刺瘤状二型纹饰。因此综合外壁超微结构和纹饰形态特征...     

马尾松毛虫的光周期反应

马尾松毛虫Dendrolimus punctatus Walker和油松毛虫 Dendrolimus tabulaeformisTsai et Liu都属于长日照型昆虫。它们的光周期反应却存在着明显的差开。马尾松毛虫初龄幼虫对光照时数虽然敏感,可是只有在整个幼虫期都处在短光照周期条件下才能维持幼虫的滞育。 而且, 幼虫的滞育强度明显较弱,解除滞育所要求的条件也不如油松毛虫严格。在较高温度条件下,幼虫的滞育更不稳定,一般仅表现为生长的短暂停滞和幼虫历期的相对延长。温度和光周期还可影响到幼虫的存活和性比。马尾松毛虫幼虫呈典型的浅滞育现象。正是由于这一特性,在环境条件的影响下,长江沿岸省份不同年份马尾松毛虫二、三代分化的比例才有较大的波动,这直接关系着当地的种群动态,也是当年当地高虫口区二代虫能否成灾的关键。     

ESYT-2 在致密核心囊泡分泌中起到的作用

目的:研究秀丽隐杆线虫(简称线虫)中一种扩展的Synaptotagmin同源物ESYT-2在致密核心囊泡分泌过程中起到的作用。方法:以线虫为研究对象,运用线虫腔胞吸收ANF-GFP的基本原理来确定ESYT-2与分泌相关,之后又进一步使用全内反射荧光显微镜技术(TIRFM)来研究ESYT-2对致密核心囊泡的具体调控。结果:①ESYT-2功能缺失影响线虫神经细胞致密核心囊泡分泌。②ESYT-2影响致密核心囊泡分泌的栓系过程。结论:ESYT-2调控了致密核心囊泡的分泌过程。     

不同基肥对退化坡地及牧草产量和质量的影响

探讨了不同基肥组合处理对退化坡地的改造利用和对牧草生产的影响．在相同的肥水管理条件下,以“鸡粪＋牛粪＋石灰”的基肥组合（Ａ）处理退化坡地土壤,可使皇草、杂交狼尾草、矮象草和墨西哥玉米的年产量比“猪粪＋牛粪＋石灰”的组合（Ｂ）处理分别高出９．７％、１２．８％、４３．０％和９．９％,前者（Ａ）生产出的牧草的粗蛋白含量略高于后者（Ｂ）,粗纤维含量略低于后者,而粗灰分含量显著高于后者．     

核周型抗中性粒细胞胞浆抗体在狼疮性肾炎中的临床意义

目的:探讨核周型抗中性粒细胞胞浆抗体( P-ANCA)在狼疮性肾炎(LN)中的临床意义.方法:应用酶联免疫吸附分析( ELISA)的方法,检测92例LN患者血清中的P-ANCA及其他自身抗体的水平,并进一步分析P-ANCA与LN的临床表现以及辅助检查结果之间的关系.结果:P-ANCA在LN中的阳性率是21.8 ％(20/92),P-ANCA阳性组LN患者合并颧部红斑、皮肤血管炎、贫血以及补体C3偏低的频率均显著高于P-ANCA阴性组LN患者(P＜0.05).结论:P-ANCA在LN中的阳性率为21.8％,且P-ANCA与SLE特定的临床表现相关,提示P-ANCA可能参与了LN的发病过程.