基于CNN与LSTM模型的蛋白质二级结构预测

蛋白质结构的预测在理解蛋白质结构组成和蛋白质的生物学功能有重要意义,而蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的重要环节。当PSSM位置特异性进化矩阵被广泛应用于将蛋白质初级结构序列编码作为输入样本后,每个残基可以被表示成二维空间的数据平面,由此文中尝试利用卷积神经网络对其进行训练。文中还设计了另一种卷积神经网络,利用长短记忆网络感知了CNN最后卷积特征面的横向特征和纵向特征后连同卷积神经网络的全连接共同完成分类,最后用ensemble方法对两类卷积神经网络模型进行了整合,最终ensemble方法中包含两类卷积神经网络的六个模型,在CB513蛋白质数据集测得的Q3结果为77.2。     

乙型肝炎流行病学数学模型

本文根据乙型肝炎的自然传播过程,建立由偏微分方程表达的数学模型．模型中所有参数都由实际资料估计所得,而且考虑了乙型肝炎感染与转归随年龄变化的特点．免疫接种前、后模型模拟的结果与实际观察值相符,这说明模型能够反映乙型肝炎在人群中的传播过程．     

长白山阔叶红松林和杨桦次生林土壤有机碳氮的协同积累特征

次生演替是森林土壤有机碳、氮库变化的重要驱动因素.本研究以长白山原始阔叶红松林和杨桦次生林为例,通过成对样地途径,研究了森林土壤有机碳、氮的数量分布及其协同积累特征,探讨了次生演替导致的温带森林土壤碳库和碳汇效应变化及其碳氮耦合机制.结果表明: 杨桦次生林比原始阔叶红松林在土壤表层和亚表层(0～20 cm)积累了更多的有机碳和氮,其土壤C/N值也显著低于阔叶红松林;相对于阔叶红松林,杨桦次生林土壤(0～20 cm)有机碳储量平均增加了14.7 t·hm^-2,相当于29.4 g·m^-2·a^-1的土壤碳汇增益.土壤有机碳和全氮在不同林型的不同土层中均表现为极显著正相关,二者具有明显的协同积累特征.与阔叶红松林生态系统相比,相对富氮的杨桦次生林生态系统的上部土层中氮对有机碳的决定系数明显高于阔叶红松林,说明杨桦次生林土壤有机碳的积累在更大程度上依赖含氮有机质积累.在有机质最丰富的表层(0～10 cm),两种林型间轻组有机碳、氮储量无显著差异,但杨桦次生林重组有机碳、氮的含量、储量及分配比例均显著高于阔叶红松林,其中,重组有机碳储量平均增加了8.5 t·hm^-2,表明次生演替过程中土壤有机碳、氮库的增加主要在于矿物质结合态稳定性土壤有机碳、氮库的增容.凋落物分解和稳定性土壤有机质形成中的碳氮耦合机制是次生演替过程中土壤有机碳、氮库变化的重要驱动机制.     

桃仁蜂的生活习性及防治

桃仁蜂(Eurytomus sp.)是广肩小蜂科的蛀果害虫。产卵于幼果胚珠(桃仁)内,幼虫终生于桃仁内蛀食,以致桃果成为灰黑色的僵果而脱落,也有少数被害果干缩后仍着生枝上,直至来年桃树开花结果后仍不落地,而常被误认为褐腐病果。统被称为“僵桃”。但两种不同的僵果不难识别。由于桃褐腐病引起的僵桃,果肉常较肥厚,果实干缩后果肉皱缩,僵果表面显著凹凸不平,而桃仁蜂为害所造成的僵果(图1),果瘦少肉,果面无显著凹凸不平观象。 据目前了解,桃仁蜂只为害桃果。特别是零星散生的桃株,尤其是毛桃受害较重。桃仁蜂在山西省不少地区都有发生为害。     

三阴型乳腺癌的化学治疗和靶向治疗进展

三阴型乳腺癌(Triple negative Breast cancer,TNBC)占乳腺癌总数的15%,是一种免疫组织化学亚型。通常发生于青年女性,有很高的复发率,内脏和中枢神经系统转移早,病程短、死亡率高。对大多数TNBC患者,常规化疗是主要的治疗方式。20%患者有很好的化疗敏感性,对化疗耐药的TNBC患者靶向治疗为当前研究的热点,寻找乳腺癌新的治疗靶点,提出TNBC新的治疗策略,有望去改善TNBC患者的预后。     

三七自毒与化感作用初步研究

采用生物测定方法,对三七的自毒与化感作用进行初步研究。结果表明:(1)三七种子萌发过程中的自毒作用随其播种密度不同而有一定差异,但无明显规律性。三七种子萌发过程中的分泌物对油菜生长具有化感作用,主要表现为对油菜种子发芽率、发芽指数及苗高的抑制效应;(2)三七水浸液对不同受体植物的化感作用不尽相同,对小麦主要表现为对苗鲜重、苗干重、根鲜重、苗高及须根数有不同程度的促进或抑制作用;对油菜则表现为对其种子发芽率具有抑制作用,而对苗鲜重、苗干重、根鲜重、最长根长具有促进作用;(3)三七存在明显的化感自毒作用,其自毒物质可能为影响其连作的一个重要因素。     

超微铁皮石斛对脾虚便秘小鼠肠道微生物及酶活的影响

目的探讨超微铁皮石斛对脾虚便秘小鼠肠道微生物及酶活性的影响。方法采用灌胃番泻叶水煎液7 d后控制饮食,饥饱失常8 d,进行小鼠脾虚便秘造模。设模型组、正常组和治疗组,模型组和正常组灌胃无菌水,治疗组分别灌胃给药铁皮石斛传统汤剂、超微全量汤剂、超微50%量汤剂和超微25%量汤剂,共7 d,然后采集肠道内容物分析肠道菌群及酶活。结果模型组五类可培养微生物（细菌总数、大肠埃希菌、乳酸菌、双歧杆菌和真菌）数量与正常组比较差异均有统计学意义（P〈0.01）;铁皮石斛传统汤剂组大肠埃希菌数,铁皮石斛超微50%量汤剂组细菌总数、大肠埃希菌和真菌数,超微25%量汤剂组细菌总数和大肠埃希菌数均达到正常组水平（P〉0.05）;铁皮石斛超微全量汤剂组和超微50%量汤剂组对纤维素酶的影响作用相当,均达到正常组水平（P〉0.05）,铁皮石斛三种不同剂量的超微汤剂对木聚糖酶活性的影响作用相当（P〉0.05）,铁皮石斛超微全量汤剂组淀粉酶活性与正常组相当（P〉0.05）。结论铁皮石斛传统汤剂、超微全量汤剂和超微50%量汤剂对脾虚便秘均有很好的疗效,能够调控肠道微生态平衡及肠道酶活性。     

小白菜BcUBCE2基因的克隆及表达分析

采用cDNA-AFLP和RACE技术从小白菜中克隆得到泛素结合酶E2基因(ubiquitin conjugating enzyme E2),命名为BcUBCE2。序列分析表明,BcUBCE2基因cDNA全长830bp,包含1个456bp的开放阅读框,编码152个氨基酸。结构分析发现,该序列包含一个泛素结合酶E2活性位点和一个高度保守的半胱氨酸。进化分析显示,小白菜BcUBCE2蛋白同拟南芥E2蛋白的亲缘关系最近。qRT-PCR分析表明,BcUBCE2基因在小白菜根、茎、叶中均有表达,铜处理10d时BcUBCE2基因的表达量最高。研究认为,BcUBCE2基因可能在铜胁迫响应中发挥重要作用。