我国沿海闭合突海链藻的形态学研究

闭合突是一类特殊的突起, 仅报道于少数海链藻种类, 其形态学特征和排列方式是重要的分类学依据。我国关于闭合突海链藻的报道较少。研究利用扫描电镜(SEM)技术, 对采自我国沿海海域的自然水样, 以及分离获得的单克隆培养藻株进行了形态学观察, 针对其中的海链藻属Thalassiosira Cleve种类开展了形态分类学的专题研究。报道了5个具有闭合突的海链藻种类, 分别是西达礁海链藻T. cedarkeyensis Prasad、偏心海链藻T. eccentrica (Ehrenberg) Cleve、伦德海链藻T. lundiana Fryxell、细孔海链藻T. punctigera (Castracane) Hasle和管状海链藻T. tubifera Fryxell, 其中有3个为我国新记录种类: 西达礁海链藻、细孔海链藻和管状海链藻。对每个种类的形态学特征和生境进行了描述, 提供了扫描电镜照片, 对相似种类的形态学特征进行了比较研究, 分析了突起特征的变化类型及其分类学价值。       

高通量流式荧光微球悬液芯片检测乙肝病毒基因分型

目的:建立HBV基因分型高通量液相芯片检测技术,并探讨其应用价值.方法:对GenBank中收录的明确分型的HBV基因序列进行分析,选择preS2-S区设计引物和A、B、C和D型特异性探针.与荧光编码微球偶联的特异型探针与一条引物生物素标记的PCR产物直接杂交反应,然后结合亲和素标记的藻红蛋白,用流式检测仪(Bio-Plex 200)检测荧光信号.检测182份阳性乙肝患者血清DNA,其中35份样品检测结果与测序法比较.用B、C型质粒DNA倍比稀释及混合样品检测灵敏度来评估该方法.结果:建立了HBV基因分型的快速高通量液相芯片检测方法.182份患者血清检测结果为:B型占24.2％ (44/182),C型占71.4％(130/182),D型为6.6 ％(12/182),BC混合型4.4％(8/182).其中35份样本与测序法比较,除3份混合型测序法未检出外,其它32例结果均相同本方法的灵敏度检测下线为1×103 copies/mL.结论:应用悬液芯片技术进行乙肝病毒的基因分型分析,具有较好的特异性和较高的灵敏度,并有简便、灵活和高通量等优势.该检测系统不仅在科研中有广泛的前景,也有望成为临床推广的多重分子诊断和基因分型的新方法.     

科尔沁沙地植被恢复演替进程中群落土壤种子库研究

研究了科尔沁沙地植被恢复演替进程中各群落土壤种子库种类组成、密度以及物种多样性等特征。主要结论是:①科尔沁沙地植被退化后的恢复演替是一种次生的中途恢复演替。演替各阶段土壤种子库密度为流动沙丘<半流动沙丘<固定沙丘,从流动到半流动沙丘阶段,土壤种子库密度平均增加了709%;从半流动到固定沙丘阶段,土壤种子库密度平均增加了393%。从流动到半流动沙丘阶段是土壤种子库密度的快速增长期。②植被恢复演替过程中,土壤种子库组成均以1年生草本植物为主(优势度为60.40%~91.83%),到演替中后期阶段,多年生草本植物的种类有所增加,但其所占比例仍很小。③演替各阶段群落种子库物种多样性指数分别为0.6616、0.7736、0.7281、1.0939、1.0648和0.9682,可见种子库物种多样性最高的群落并非是演替历史最大的群落。④恢复演替系列各阶段土壤种子库间的相似性系数都较大,在0.368~1.000范围之内,任一群落总是与其下一阶段最邻近的群落具有最高的相似性系数。     

基于CNN与LSTM模型的蛋白质二级结构预测

蛋白质结构的预测在理解蛋白质结构组成和蛋白质的生物学功能有重要意义,而蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的重要环节。当PSSM位置特异性进化矩阵被广泛应用于将蛋白质初级结构序列编码作为输入样本后,每个残基可以被表示成二维空间的数据平面,由此文中尝试利用卷积神经网络对其进行训练。文中还设计了另一种卷积神经网络,利用长短记忆网络感知了CNN最后卷积特征面的横向特征和纵向特征后连同卷积神经网络的全连接共同完成分类,最后用ensemble方法对两类卷积神经网络模型进行了整合,最终ensemble方法中包含两类卷积神经网络的六个模型,在CB513蛋白质数据集测得的Q3结果为77.2。     

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群变化

目的观察链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群结构和丰度的变化。方法雄性SD大鼠25只,随机分为对照组(C)10只、模型组(M)15只。模型组腹腔注射3%的STZ,剂量30 mg/(kg·bw),连续5 d。成模后每月测量体重、血糖等指标。模型成立4周和12周时,分别在同一时间取各组大鼠的新鲜直肠粪便。在Illumina高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S r DNA-V3区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析。结果模型组和对照组获得的优化序列数差异无显著性(P0.05)。模型组动物肠道菌群的相对丰度指数(Chao1)、多样性指数Shannon与对照组比较降低(P0.05),Simpson指数与对照组比较升高(P0.05)。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、TM7、放线菌门(Actinobacter)相对丰度降低(P0.05)。在属水平,造模4周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度降低(P0.05);拟杆菌属(Bacteroides)相对丰度升高(P0.05)。造模12周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度升高(P0.05);双歧杆菌属(Bifidobacterium)相对丰度降低(P0.05)。结论 STZ诱导的SD大鼠糖尿病动物肠道菌群的丰度和多样性降低,为糖尿病与肠道菌群关系研究提供参考。     

建立人α突触核蛋白A30P突变的帕金森病大鼠模型

目的建立人α-突触核蛋白(α-synuclein,α-SYN)A30P突变型转基因大鼠的帕金森病(Parkinson’s disease,PD)模型。方法利用慢病毒系统构建过表达野生型α-SYN载体pLKO-CMV-α-SYN-WT-P2A-GFP及α-SYN A30P突变载体pLKO-CMV-α-SYN-A30P-P2A-GFP,分别转染293FT细胞,瞬时转染24 h后WB检测α-SYN的表达水平。之后经慢病毒包装、浓缩,利用立体定位技术分别对大鼠中脑黑质致密部注射病毒稀释液,过表达α-SYN野生型和A30P突变型的慢病毒颗粒。免疫荧光染色检测α-SYN和酪氨酸羟化酶(tyrosine hydroxylase, TH)的分布情况,并观察中脑黑质致密部多巴胺能神经元数量的变化。Rotating rod实验评价注射A30P慢病毒大鼠的行为改变情况。结果野生型和突变型A30P的基因表达载体在293FT细胞内能够高表达α-SYN蛋白。TH免疫荧光结果显示:与病毒稀释液组相比,过表达α-SYN野生型和A30P突变型大鼠均能导致中脑黑质致密部多巴胺能神经元数量的减少,而α-SYN A30P慢病毒注射组的中脑黑质神经元缺失的更多,具有显著性差异。对A30P转基因大鼠脑部神经元缺失部位进行免疫荧光发现,该区域TH染色几乎呈阴性,α-SYN蛋白出现大量聚集,该结果表明脑部神经元的消失同时伴随着α-SYN蛋白的聚集及TH表达的剧烈减少,进一步揭示过表达α-SYN A30P可以导致多巴胺能神经元数量的减少和退化。此外,rotating rod实验结果显示过表达α-SYN A30P大鼠表现出明显的进行性运动能力障碍。结论通过慢病毒系统建立了人α-SYN A30P突变型转基因大鼠的PD模型,为PD发病机制的研究及药物开发奠定基础。     

3M~(TM) Petrifilm~(TM)快速菌落总数测试片法与食品中菌落总数检测国标方法(GB 4789.2-2010)的比较

目的比较3M~(TM) Petrifilm~(TM)快速菌落总数测试片(RAC)法与食品中菌落总数检测国标方法(GB 4789.2-2010)检测熟肉样品、人工污染熟肉样品中的菌落总数结果的一致性。方法分别用两种方法对129份熟肉样品和166份人工污染熟肉样品进行菌落总数项目检测,并对3M~(TM) Petrifilm~(TM)快速菌落测试片法与国标方法的实验结果进行配对资料t检验、线性回归分析以及对数值差值绝对值(|dlog|)汇总分析。结果第一部分:两种方法检测熟肉样品、人工污染熟肉样品的菌落总数检测结果t=1.5704、P=0.1188,差异无统计学意义;相关系数R2值分别为0.897、0.964;|dlog|≤0.500所占百分比分别为97.7%、100.0%。第二部分:两种方法检测295份样品,t=1.1336,P=0.2586;相关系数R2=0.992;|dlog|≤0.500的结果百分率为99.0%。结论在检测熟肉样品、人工污染熟肉样品时,3M~(TM) Petrifilm~(TM)快速菌落总数测试片法与国标方法检测结果的一致性较好。     

乙型肝炎流行病学数学模型

本文根据乙型肝炎的自然传播过程,建立由偏微分方程表达的数学模型．模型中所有参数都由实际资料估计所得,而且考虑了乙型肝炎感染与转归随年龄变化的特点．免疫接种前、后模型模拟的结果与实际观察值相符,这说明模型能够反映乙型肝炎在人群中的传播过程．     

长白山阔叶红松林和杨桦次生林土壤有机碳氮的协同积累特征

次生演替是森林土壤有机碳、氮库变化的重要驱动因素.本研究以长白山原始阔叶红松林和杨桦次生林为例,通过成对样地途径,研究了森林土壤有机碳、氮的数量分布及其协同积累特征,探讨了次生演替导致的温带森林土壤碳库和碳汇效应变化及其碳氮耦合机制.结果表明: 杨桦次生林比原始阔叶红松林在土壤表层和亚表层(0～20 cm)积累了更多的有机碳和氮,其土壤C/N值也显著低于阔叶红松林;相对于阔叶红松林,杨桦次生林土壤(0～20 cm)有机碳储量平均增加了14.7 t·hm^-2,相当于29.4 g·m^-2·a^-1的土壤碳汇增益.土壤有机碳和全氮在不同林型的不同土层中均表现为极显著正相关,二者具有明显的协同积累特征.与阔叶红松林生态系统相比,相对富氮的杨桦次生林生态系统的上部土层中氮对有机碳的决定系数明显高于阔叶红松林,说明杨桦次生林土壤有机碳的积累在更大程度上依赖含氮有机质积累.在有机质最丰富的表层(0～10 cm),两种林型间轻组有机碳、氮储量无显著差异,但杨桦次生林重组有机碳、氮的含量、储量及分配比例均显著高于阔叶红松林,其中,重组有机碳储量平均增加了8.5 t·hm^-2,表明次生演替过程中土壤有机碳、氮库的增加主要在于矿物质结合态稳定性土壤有机碳、氮库的增容.凋落物分解和稳定性土壤有机质形成中的碳氮耦合机制是次生演替过程中土壤有机碳、氮库变化的重要驱动机制.