柞蚕核型多角体病毒（AnpeNPV）三地理株的全基因组比较分析揭示其遗传多样性（英文）

【目的】柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyi nucleopolyhedroviruses, AnpeNPV）能引起柞蚕脓病大面积暴发。尽管之前已完成了两株核型多角体病毒的基因组测序,但基于比较基因组的方法调查AnpeNPV间的遗传变异研究则相对较少。【方法】为了研究AnpeNPV不同地理株系间的遗传多样性,我们测序了1株从中国河南省分离的柞蚕NPV（AnpeNPV-H）基因组,并和之前从辽宁省分离的2株柞蚕NPV(AnpeNPV-L和AnpeNPV-Z)进行了比较基因组学分析。【结果】AnpeNPV-H的全基因组大小为125 605 bp,总共预测了146个开放阅读框（ORF）,包括95个功能注释蛋白和51个假定蛋白。我们发现这3株AnpeNPV间的基因组成非常相似。在这3个AnpeNPV株系间,有6个开放阅读框存在碱基变异而导致基因的变短。并鉴定超过200个单核苷酸多态性（single nucleotide variations, SNVs）,其中85%位于蛋白编码区。同时,odv-e 56, p94-like 和 egt 3个基因的非同义突变较高,表明这3个蛋白质编码基因可能经历了正向选择或纯化选择。我们发现在这3株AnpeNPV间一些基因的氨基酸发生变异,例如编码膜蛋白的基因、抑制凋亡和蜕皮的基因及与DNA复制相关的DNA聚合酶和解旋酶等基因。最后,展示了3株AnpeNPV间遗传重组的证据。【结论】本研究揭示了AnpeNPV种内水平的变异和株系内基因组的动态结构。