新一代测序技术的研究进展

大规模DNA测序技术是揭秘人类和其它生物遗传密码的重要技术,在分子生物学和基础医学领域有广泛应用。第二代测序技术的出现使DNA测序的通量大幅提高,测序的成本大幅下降,原来只有在大型测序中心才能完成的测序任务现在已经可以在更多的实验室展开。但是,早期的第二代测序技术仍然存在诸如文库构建过程复杂、测序成本依然较高等缺点。为了克服上述缺点,近三年发展了几种新的第二代和第三代测序技术,这些技术不仅继承了早期第二代测序技术通量高的优点,而且在文库构建等方面取得了重要突破,进一步简化了测序操作,降低了测序成本,缩短了测序时间。本文就几种最新的大规模测序技术的原理、特点与发展趋势进行简要介绍。     

MYS2多态位点在中国26个人群中分布的研究

对中国26个人群中Y染色体小卫星分位点MYS2的分布进行了研究,结果显示：MYS2*4是常见的等位基因类型,MYS2*3在中国不同人群中分布差异很大（0-32.4％）;并对该位点在不同人群中分布的频率进行了AMOVA分析,结果为：不分组、南方人群和北方人群的遗传学差异分别为7.76％、8.11％和1.42％。南北方人群间、东北和西北人群间的差异分别为4.34％和1.57％。结论：MYS2是研究中国人群遗传结构有价值的多态位点,中国不同人群之间存在一定的遗传学差异,中国南方人群间的遗传学差异较大,再次证实了中国人群的南北差异。     

微核形成与细胞周期关系的初步研究Ⅰ.人体全血辐射处理后不同放置和培养时间对微核率的影响

本报告应用γ-射线诱发微核、放射性自显影等技术分析细胞周期,研究淋巴细胞微核形成与细胞周期间的定量关系。主要结果如下:(1)经400rad照射的静脉血,在室温下放置1.5小时,或在37℃下放置5小时,此时淋巴细胞属G_0期。和照射前相比,两组微核率均显著增加(P<0.01)。(2)照射静脉血经pHA刺激培养23—24小时收获细胞,此时转化淋巴细胞应属G_1期,分别计数转化和未转化(G_0期)淋巴细胞微核,与照射前未培养淋巴细胞相比有显著增加(P<0.01)。(3)400rad照射静脉血培养72小时后,淋巴细胞微核较培养前增加14.5倍。根据放射性自显影等细胞周期分析结果表明,微核在细胞周期各阶段均可形成。     

SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测

通过对有关SARS—Cov文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗,对SARS—CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测。比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVE—CoV和ORF FINDER4种较好的方法来预测基因,然后运用AT—Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性。共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignaIP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性。根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类。同时对结果进行了讨论。     

缺血/再灌注时豚鼠左心室流出道自律组织电活动的改变及药物干预效应

目的：研究缺血/再灌注（I/R）时豚鼠离体左心室流出道自律组织电活动的改变及其药物干预效应。方法：采用标准玻璃微电极细胞内电位记录技术,记录豚鼠离体左心室流出道标本的自发慢反应电位,观测模拟I/R时该电位的改变,以及临床上常用的抗心律失常药物灌流标本时对I/R电生理效应的干预作用。观测指标：4相自动除极速度（VDD）、自发放电频率（RPF）、最大舒张电位（MDP）、0相最大除极速度（V_max）、动作电位幅度（APA）、复极50%和90%时间（APD₅₀和APD₉₀）。结果：①与对照组相比,I 10 min组VDD和RPF明显减慢（P<0.05）,V_max加快（P<0.01）,APA增大（P<0.01）。与I 10 min组和对照组相比,R 2 min组VDD和RPF明显加快（P<0.01）,且在R至5 min过程中可出现明显节律不齐,MDP绝对值明显增大（P<0.05）,V_max与对照组相比明显加快（P<0.05）,APA与I 10 min组相比明显下降（P<0.05）,但仍显著高于对照组（P<0.05）,APD₅₀和APD₉₀显著缩短（P<0.01）。R 15 min组自发慢反应电位各项指标逐渐恢复至对照组水平。②与I 10min/R 2 min组相比,1 μmol/L利多卡因、10 μmol/L普罗帕酮、1 μmol/L胺碘酮、1 μmol/L维拉帕米、50 μmol/L腺苷和10 μmol/L硝普钠均可明显改善R过程中VDD和RPF的改变以及由此引起的节律不齐。结论：I/R可触发左心室流出道自律组织电活动异常,这种效应在应用不同的抗心律失常药物灌流时可显著恢复。     

粪便DNA突变检测在快速筛选大肠癌中的应用

大肠癌是发病率和死亡率都很高的常见疾病, 对高危人群进行大规模的普查筛选, 可以降低大肠癌的发生率和死亡率。粪便DNA突变检测是新近发展的可用作大肠癌普查的技术, 与常规结肠镜检测和大便隐血实验相比, 具有特异性高、灵敏度高和易于被患者接受等优点。文章阐述了粪便DNA突变检测的相关基因、肿瘤特异性DNA提取方法和检测方法等, 并对其在快速筛选大肠癌中的应用进行了展望。大肠癌是发病率和死亡率都很高的常见疾病, 对高危人群进行大规模的普查筛选, 可以降低大肠癌的发生率和死亡率。粪便DNA突变检测是新近发展的可用作大肠癌普查的技术, 与常规结肠镜检测和大便隐血实验相比, 具有特异性高、灵敏度高和易于被患者接受等优点。文章阐述了粪便DNA突变检测的相关基因、肿瘤特异性DNA提取方法和检测方法等, 并对其在快速筛选大肠癌中的应用进行了展望。     

近50年陕西凤县林麝分布区的变迁

于2005年夏季和2006年春季,采用问卷调查结合野外实地验证,对陕西风县林麝(Moschus berezovskii)的现时及历史分布进行了分析,并将所得分布信息叠加至数字化地图,绘制成林麝近50年的分布区变迁图.结果表明:历史上,凤县是秦巴山区林麝的主要分布区之一,从20世纪80年代初开始,该县林麝数量大幅下降,至今分布区已严重萎缩并破碎化,总分布面积减少至50年前的1/3;目前林麝分布区主要在相对偏远、人为干扰较少的乡与乡的交界和县的边缘地区,分布区被人类聚居地及主要公路所隔离.造成这种现状的主要原因是过度捕杀、森林减少及道路建设.     

不同银杏内酯对黑曲霉线粒体结构及功能的影响

真菌感染作为威胁人类健康的传染性疾病之一,是普遍的全球性问题。本研究通过在黑曲霉的孢子悬浮液中添加不同浓度的银杏内酯,收集黑曲霉菌丝体,评估黑曲霉线粒体的结构和功能,考察不同银杏内酯B和C对黑曲霉的抗真菌效果。透射电子显微镜扫描发现经银杏内酯B处理后的黑曲霉线粒体表现出明显的空泡化,基质结构被破坏;线粒体三羧酸循环中关键酶琥珀酸脱氢酶和苹果酸脱氢酶活性下降,线粒体膜电位降低,丙二醛和活性氧水平显著升高。研究结果初步揭示了银杏内酯以剂量依赖的方式损坏线粒体膜的完整性,破坏线粒体结构,进一步损害线粒体功能;银杏内酯B的抗黑曲霉效果要显著高于银杏内酯C。     

5种外源物质对干旱胁迫下笔筒树幼苗生长的缓解效应北大核心CSCD

为探究外源物质对干旱胁迫下笔筒树生长的缓解效应和生理机制,对实验室培养的笔筒树幼苗进行了自然干旱胁迫,期间分别叶面喷施1.0 mmol/L水杨酸(SA)、150μmol/L褪黑素(MT)、100 mg/L多效唑(PP_(333))、2.5 mmol/L氯化钙(CaCl_(2))以及0.3 mg/L的2,4-表油菜素内酯(EBR)溶液,测定各处理幼苗的生长和光合作用、抗氧化酶、渗透调解物质等相关生理指标。结果表明:(1)与正常生长对照(CK)相比,干旱胁迫(DCK)显著抑制笔筒树幼苗地上部分的生长,但能够显著促进地下部分的生长;干旱胁迫显著抑制笔筒树叶片抗氧化酶活性,加剧对细胞膜的损害,进而引起幼苗叶片相对电导率和丙二醛含量显著上升,显著增加渗透调节物质的积累;干旱胁迫也使叶片叶绿素含量显著降低,不能正常进行光合作用,其净光合速率、气孔导度和蒸腾速率都显著降低。(2)与DCK处理相比,叶面喷施外源物质可以显著提高笔筒树幼苗叶片抗氧化酶活性,有效清除细胞内过多的活性氧,显著降低相对电导率和丙二醛含量,使细胞膜系统代谢正常,减轻干旱胁迫对笔筒树幼苗造成的伤害,并提高净光合速率、气孔导度、蒸腾速率和叶绿素含量,有效减轻干旱胁迫对光合作用的抑制。(3)隶属函数法综合评价表明,适宜浓度的水杨酸(SA)和褪黑素(MT)处理对笔筒树幼苗干旱胁迫的缓解效应最好。