肽段的理论串联质谱图预测方法研究进展

基于串联质谱技术的蛋白质组学已经成为生命科学领域的重要工具,其中肽段的理论串联质谱图(通常也被称为二级谱图)预测问题在近年来广受关注.大量高质量质谱数据的积累和计算技术的发展为此问题的解决提供了有效途径.肽段的理论二级谱图预测的方法可以分为两大类,一类是基于物理模型的方法,即基于移动质子模型的方法,例如MassAnalyzer、MS-Simulator;另一类是基于机器学习的方法,包括集成学习相关算法和基于神经网络的方法,例如PeptideART、MS2PIP、MS2PBPI和p Deep等.本文对这两大类方法进行了整理和综述,并简要指出了目前理论谱图预测方法存在的一些不足,展望了未来的发展方向.     

利用限制性内切酶诱导整合（REMI）获得稻瘟病菌突变体

限制性内切酶诱导整合（ＲｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎＥｎｚｙｍｅ－ｍｅｄｉａｔｅｄＩｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ,简称ＲＥＭＩ,下同）已被成功用于创造随机插入突变和提高转化频率。用限制酶消化的线状质粒ｐＣＳＮ４３或ｐＢＦ１０１,并加一定量的同种限制酶,转化稻瘟病菌（Ｍ．ｇｒｉｓｅａ）的原生质体后,得到约４５０个转化子。对一些表型进行测试后,获得两个分生孢子形态突变体。与野生型相比较,突变体的分生孢子细而且长,呈棒形。ＲＥＭＩ非常有用,因其能提高转化频率,较容易地获得期望数目的转化子;限制性内切酶可随机切割寄主染色体,便于插入线状质粒,导致基因突变。可根据异常表型判定基因的功能,根据插入质粒克隆该基因。     

如何看家谱图?

答家谱图是研究人类遗传学的重要方法。在家谱图中,通常用□代表男,○代表女。各种附加的情况(如有病)可以通过涂黑影等来表示,也可以在旁边用数字、血型记号等标出。     

26个金苦荞品系品质性状与农艺性状的遗传变异分析

金苦荞是近些年创制的苦荞与金荞麦种间杂交形成的双二倍体杂种半多年生新荞麦种类(Fagopyrum tatari-cymosum),为了探讨该荞麦种类的农艺性状和品质性状的遗传规律,以26个高产金苦荞品系为材料,对其品质性状和农艺性状进行了遗传变异研究、相关性分析和聚类分析。结果表明：(1)金苦荞品质性状的变异系数大小表现为醇溶蛋白含量>谷蛋白含量>黄酮含量>总蛋白含量>球蛋白含量>清蛋白含量>淀粉含量。(2)金苦荞农艺性状的变异系数大小表现为主茎分枝数>基部20 cm内节数>主茎粗>籽粒面积>千粒重>主茎节数>株高>籽粒长宽比>籽粒宽>籽粒长>果壳率>籽粒周长>籽粒直径。(3)相关性分析中,黄酮含量与清蛋白含量呈显著正相关;醇溶蛋白含量与主茎节数、基部20 cm内节数、主茎粗呈显著或极显著正相关,与千粒重、籽粒面积、周长、宽、直径呈显著或极显著负相关;淀粉含量与籽粒面积、长、直径呈显著正关系。(4)聚类分析将26个金苦荞品系分为了3个类群,其中类群I属于高淀粉、矮秆、多分枝、低果...     

染色体工程法聚合小麦优质麦谷蛋白亚基研究

采用小偃6号ID单体材料作为受体,中优6号、安农91168和皖38为5 10亚基的供体进行杂交,F1代田间苗期取根尖进行细胞学检测,孕穗期镜检花粉母细胞选择单体植株,并对其套袋自交。F2代籽粒在室内进行SDS-PAGE电泳筛选14 15和5 10亚基聚合且纯合籽粒,将5 10优质亚基转入当地主要优质源之一的小偃6号,同时将其聚合效率与正常二体杂交F2籽粒分离结果相比较。分析认为单体材料在亚基聚合中,其亚基分离完全符合一对基因的独立遗传,具有较高的选育效率。     

香蕉果胶裂解酶基因的克隆

根据已经报告的香蕉果胶裂解酶基因序列,设计了特异引物,通过RT-PCR获得果胶裂解酶的cDNA,并克隆测序,与已报告的序列进行了比较,二者核苷酸序列的同源性达99.24%;推测的氨基酸序列也具有很高的同源性,达97.7%.通过RT-PCR的方法对香蕉不同组织和不同成熟度果实的果胶裂解酶基因的表达进行了研究.结果表明该基因只在果实中表达,具有组织特异性,而且只在果实的特定发育阶段表达.     

针毛收获蚁社群密度与分布及社群各品级在自然穴巢中的季节迁移行为

针毛收获蚁Messoraciculatus(F .Smith)是我国北方特别是西北荒漠草原的优势种蚂蚁 ,亦是重要的种子收获性蚁类 ,收获、贮藏和取食 1 0余种荒漠植物种子。本文以沙坡头自然保护区红卫固定沙丘地段为样地 ,对该蚁的社群密度与分布及社群各品级在自然穴巢中的季节迁移行为作了研究。最近邻体法测定表明 ,社群在新生生境中起初随机定居 ,随社群密度的不断定居 ,空间分布型逐渐向均匀六边形过渡 ;社群密度为成熟社群 34 .98巢 hm2 ,发展中社群 2 6 .99巢 hm2 ,新建社群 4 4.98巢 hm2 ,种群密度 2 .6 8工蚁 m2 。社群结构的季节动态总蚁量和幼蚁为双峰型 ,蚁后和雄蚁为单峰型。室内人工蚁巢饲养表明 ,社群结构约 1月后趋于稳定 ,蚁量 5 0～ 70头 ,单蚁后以 4个品级混合越冬。自然社群的挖掘表明 ,各品级在蚁巢中的季节迁移行为明显呈现上迁、前层持续活动、下迁和深层越冬四期。此外 ,讨论了该蚁对荒漠草原环境的适应性。     

山黧豆毒素的薄层分离

通过对山黧豆中常见的20几种游离氨基酸薄层层析发现,其毒素ODAP的Rf值与好几种相关氨基酸的接近,而用阳离子交换柱对氨基酸抽提样进行简单的分离纯化,第一个洗脱出来的即为ODAP,这样在排除其它氨基酸干扰的情况下再进行ODAP的薄层分析将得到准确的结果。     

香草醛对杉木幼苗生长的影响

为了解杉木连栽土壤中有毒化感物质对杉木幼苗毒害作用 ,采用水培杉木幼苗方法 ,通过投加不同浓度香草醛 ,发现 1mg·kg- 1 香草醛显著抑制杉木种子胚根的伸长 (P<0 .0 5) ,只为对照的 70 % ;香草醛浓度达 1 0mg·kg- 1 时 ,叶绿素总量明显下降到对照的80 % ;超过 2 0mg·kg- 1 对杉木幼苗地径与高度生长产生明显抑制作用 ;50mg·kg- 1 以上将明显影响地上部分枝叶的正常生长发育 ,及至植株冠层的生长 ;超过 1 0 0mg·kg- 1 ,整个植株的生长受到显著抑制 .香草醛是连栽土壤中毒性较大的一种有毒化感物质 ,是杉木存活率低的重要原因之一 .     

嗜热拟青霉固体发酵产木聚糖酶条件的优化*

从土壤中筛选出一株高产木聚糖酶的嗜热真菌J18,经鉴定为一种新的拟青霉,暂定为嗜热拟青霉。该菌能够利用几种天然纤维质材料固体发酵产木聚糖酶,小麦秸杆为最佳碳源。单因素优化试验表明：小麦秸杆粒度为0．3mm-0．45mm,初始水分含量83％,初始pH7．0,温度为50℃为最佳产酶条件。在优化后的条件下,培养8d产木聚糖酶的水平高达18,580U／g干基碳源。因此,嗜热拟青霉固体发酵产木聚糖酶将具有很大的工业化应用前景。