白芷全基因组测序分析及BGLU基因家族分析

白芷为常用的药食同源物种,既是临床常用中药,又是香料,用途十分广泛。为获取白芷全基因组序列信息,该研究首次以杭白芷叶片DNA为材料,采用Nanopore测序技术构建杭白芷全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明：(1)原始测序数据过滤后获得662 Gb三代数据,Read N50约为32 932 bp,经过组装得到杭白芷基因组大小为5.6 Gb, Contig N50约为806 638 bp。(2)组装后的序列通过与KOG、GO、KEGG等功能数据库比对,得到了功能注释的基因占66.47%,KOG功能注释结果表明杭白芷的蛋白功能主要集中在一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制;GO功能分类表明杭白芷的基因集中在生物学过程及细胞组分;KEGG通路注释表明参与代谢途径的基因占主要地位。(3)杭白芷中鉴定到45个BGLU家族基因。该研究首次利用第三代测序技术对杭白芷全基因组进行解析,为杭白芷的系统生物学研究和BGLU在杭白芷生长发育中的后续功能研究提供了重要的理论参考。     

主动脉内球囊反搏术对行经皮冠状动脉介入术AMI合并CS患者的影响及术后院内死亡的危险因素分析

摘要 目的：分析主动脉内球囊反搏术（IABP）对行经皮冠状动脉介入术（PCI）急性心肌梗死（AMI）合并心源性休克（CS）患者的影响及术后院内死亡的危险因素。方法：选取2020年6月-2022年5月我院收治的105例AMI合并CS患者,将直接行PCI治疗患者设为对照组（n=59例）,行IABP辅助支持下PCI治疗患者设为研究组（n=46例）。比较两组术后心脏指标[左室射血分数（LVEF）、左室舒张末期内径（LVEDD）和左室收缩末期内径（LVESD）]、心肌酶谱指标[心肌肌钙蛋白T与肌钙蛋白I、肌酸激酶同工酶（CK-MB）]、术后主要心血管不良事件。根据患者出院时是否存活分为存活组（n=74）与死亡组（n=31）,比较两组临床资料,采用多因素Logistic回归模型分析患者院内死亡的危险因素。结果：术后两组LVEF较术前提高,LVEDD、LVESD降低,且研究组LVEF高于对照组,LVEDD、LVESD低于对照组（P＜0.05）。术后两组心肌酶谱指标较术前显著下降,且研究组肌钙蛋白I、肌钙蛋白T、CK-MB水平低于对照组（P＜0.05）。术后对照组发生5例再发心肌梗死、7例急性血栓形成,研究组分别为2例、3例（P＞0.05）;对照组死亡23例,研究组死亡8例,研究组死亡人数低于对照组（P＜0.05）。死亡组年龄、Killip分级≥Ⅲ级、高血脂、LVEF＜40%、TIMI血流分级≤Ⅱ级占比、白细胞计数、血肌酐水平高于存活组,收缩压、舒张压、血红蛋白、肌钙蛋白I、肌钙蛋白T、CK-MB、LVEF、IABP辅助低于存活组（P＜0.05）。多因素Logistic回归分析显示,年龄≥65岁、Killip分级≥Ⅲ级、LVEF＜40%、TIMI血流分级≤Ⅱ级为患者院内死亡的危险因素（P＜0.05）。结论：IABP辅助支持下的PCI能有效改善AMI合并CS患者心功能,年龄≥65岁、Killip分级≥Ⅲ级、LVEF＜40%、TIMI血流分级≤Ⅱ级为等为其院内死亡危险因素。     

基于全基因组数据分析香菇黑色素合成途径及相关基因

香菇菌丝转色是决定栽培香菇产量和品质的关键因素之一。弄清菌丝转色过程中黑色素合成途径和关键基因对于解析香菇菌丝转色机理具有重要意义。本研究利用一组可亲和配对的香菇原生质体单核菌株SP3、SP30全基因组数据进行同源比对,对香菇黑色素合成途径进行注释并对黑色素合成关键基因进行挖掘。结果显示,香菇基因组中缺少庚烯酮水解酶基因、小柱孢酮脱水酶基因和对羟苯丙酮酸双加氧酶基因,推测香菇菌株不存在典型的DHN-黑色素和脓黑色素合成途径,但可以合成DOPA黑色素、GHB黑色素、PAP黑色素和儿茶酚黑色素。同时进一步对香菇黑色素合成中限速酶——酪氨酸酶进行生物信息学分析,研究表明香菇菌株SP3、SP30中酪氨酸酶基因编码蛋白为稳定的亲水蛋白,含有2个与酪氨酸酶催化活性相关的铜离子结构域,不含有分泌型信号肽,不含跨膜结构域且定位在细胞质。该研究结果为香菇黑色素合成遗传基础、菌丝转色机理及影响因素研究提供了重要参考。     

祁连山青海云杉叶内生真菌的分离与鉴定

植物内生真菌对植物的生长发育及抗逆性具有重要作用。青海云杉（Picea crassifolia）是中国特有植物,也是祁连山的主要建群树种,而对其叶内生真菌的研究较少。本研究采用组织分离培养法,对青海云杉叶内生真菌进行分离培养,描述菌落形态特征,并结合rDNA ITS序列分析的方法,对分离的真菌进行鉴定。结果表明,从青海云杉叶分离获得32株真菌,隶属于1门4纲6目11科12属12种,均属于子囊菌门（Ascomycota）。其中,卡氏圆酵母（Torula camporesii）菌株数量最多,占分离菌株总数的18.75%,其次是澳大利亚小光壳（Leptosphaerulina australis）,占15.63%。有14株菌是植物病原菌,其中有2株均为青海云杉枝枯病的病原菌——云杉壳囊孢（Cytospora piceae）。揭示了青海云杉可培养叶内生真菌的种类组成,获得了具有潜在研究价值的菌种资源,其研究结果是祁连山青海云杉相关研究的重要补充,为进一步研究青海云杉内生真菌潜在的生态与应用价值提供一定的理论依据。     

扎龙湿地藻类优势种生态位及其种间联结性动态分析

为了解扎龙湿地藻类群落结构的季节特征和演替规律,对扎龙湿地藻类群落进行了分析,主要涉及藻类优势度、生态位、MFG功能群划分、生态位重叠值及联结系数分析。结果表明：(1)在检出的8门311种藻类中,夏季种类丰富度最高,全年优势种为狭形纤维藻和啮蚀隐藻。(2)优势种种类和密度季节性差异较大,春季以金藻-绿藻种类为主,夏季以绿藻-隐藻种类为主,秋季以隐藻-绿藻种类为主。(3)生态位宽度值与MFG功能群划分结合分析表明,优势种可分为3个大类别,不同种类对资源利用情况的差异较大,各季节广生态位种能较好的反映扎龙湿地水体环境的季节变化趋势。(4)生态位重叠值在不同季节上有较大差异,O_ik>0.6的占比分别为42.86%(春)、28.57%(夏)和25.00%(秋),表明春季优势种种间资源的竞争最为突出,种间竞争强于夏、秋两季。(5)种间联结性检验结果显示,扎龙湿地藻类优势种间总体联结上呈正关联关系,但是种间联结较为松散,种与种之间相对独立。研究表明,扎龙湿地藻类群落结构生态位测度均存在明显的季节波动,较好反映出水环境季节变化特征,可用来指示湿地水体环境的变化。     

天山高寒草原土壤团聚体结构与养分含量对模拟氮磷沉降的响应

为更好地理解高寒草原土壤团聚体结构及其养分含量对氮(N)、磷(P)沉降增加的响应,于2018年开始依托全球营养网络(Nutrient Network)在巴音布鲁克草原生态系统研究站开展模拟氮磷沉降的短期(<5年)氮磷添加控制实验,设置对照(CK)、N添加、P添加、NP交互添加4个处理。N、P添加量均为10 g m^-2 a^-1。于2021年8月采集植物与土壤样品,采用湿筛法分析土壤水稳定性团聚体组成,测定全土和各粒级团聚体有机碳(SOC)、总氮(TN)、总磷(TP)、速效氮(AN)和速效磷(AP)含量。研究结果表明：(1)巴音布鲁克高寒草原各粒级土壤团聚体比例从低到高依次为：0.053—0.25 mm、<0.053 mm、0.25—2 mm、和>2 mm,以>2 mm团聚体占主导,其比例在45.48%—71.81%之间。(2)N添加显著降低了0—10 cm土壤层>2 mm团聚体比例和团聚体稳定性,而P添加则显著降低了10—20 cm土壤层>2 mm团聚体比例和团聚体稳定性。(3)0—10 cm土壤层各粒级团聚...     

2011-2020年长江口大型底栖动物群落结构变化趋势

对2011—2020年夏季长江口48个站位的大型底栖动物定量监测数据进行统计分析,研究长江口海域底栖生物群落时空结构演变特征。结果表明,近10年长江口海域共鉴定大型底栖动物284种,其中多毛类128种,占总种数的45.1%,甲壳类64种占22.2%,软体动物56种占19.7%,棘皮动物16种占5.6%,其他类合计20种。平均生物密度为(79.5±45.9)个/m²(年份变幅14.7—195个/m²)。平均生物量为(5.20±3.25)g/m²(年份变幅1.01—10.11g/m²),多毛类、软体动物、甲壳类是生物密度和生物量组成的主要类群。十年期间种类数、生物密度和生物量均呈现明显上升趋势,口外区贡献最突出。四个监测区域(南支、北支、杭州湾、口外)的优势种差异大。丝异须虫Heteromastus filiformis在各年份的优势种中出现的频度显著最大。总体来看,长江口监测区域大型底栖动物群落自然演变趋势向好。三项多样性指数统计结果表明,口外区大型底栖动物种类组成多样性水平显著高于口内三个区。生物群...     

五个猕猴桃种的皮孔、气孔器和叶片下表皮微观特征

为了探讨不同种类猕猴桃皮孔、气孔器和叶片下表皮特征的差异及其分类学意义,该文利用光学显微镜观察五个猕猴桃种共计9份样品材料的一年生枝条韧皮部上皮孔的形态,结果发现供试猕猴桃皮孔呈长椭圆形或长梭形,不同种皮孔的长×宽、皮孔密度、皮孔面积和皮孔面积的百分比值存在差异但与种类划分无明显规律,皮孔的宽可明显区分所选4个中华猕猴...