基于PacBio Iso-Seq红棕象甲全长转录组测序分析

[目的]建立红棕象甲Rhynchophorus ferrugineus全长转录组数据库,深入挖掘红棕象甲基因数据信息.[方法]采用高通量测序平台,利用二代测序(Illumina RNA-seq)校正三代测序(PacBio Iso-Seq)的方法对红棕象甲进行全长转录组测序,并对转录组数据进行生物信息学分析.[结果]红棕象甲全长转录组平均长度为2 302 bp,N90长度为1321 bp,N50长度为2 785 bp;经CD-Hit程序去冗余,获得转录本63 801条,主要长度范围为0.5-6 k.基因功能注释表明,在NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO、NT和Pfam数据库中,分别有50 280、40 109、47 197、33 511、27 707、27 253和27 707条转录本被注释;其中,12 508条转录本均在7个数据库中有注释,54 999条转录本至少在一个数据库有注释.此外,经鉴定或预测,获得2 184个可变剪接(AS)、66 230个SSR、2 084个转录因子(TFs)和9 618条长链非编码RNA(LncRNA).CDS长度的主要分布范围为0-2 500 nt.[结论]本研究获得了红棕象甲全长转录组数据库,为红棕象甲后续分子生物学基础研究奠定基础.     

循环DNA和HBV—DNA载量与原发性肝癌的相关性探讨

目的：探讨血浆DNA和HBV—DNA载量在病毒性肝炎肝硬化后原发性肝癌（PHC）的诊断价值。方法：用RT—PCR方法随访检测HBsAg阳性且经彩色B超诊断为肝硬化的患者,每6个月检测一次患者的血液循环DNA和HBV-DNA载量,直到经临床症状、彩色B超、CT诊断为原发性肝癌为止。结果：在PHC中,循环DNA61．3±31．9ng／ml,健康对照组20．3±9．9ng／ml,两组差异显著（P〈0．01）;而HBV—DNA载量,在PHC确诊时多数处于较低水平,78％≤105copies／ml,与PHC确诊前有明显差异（P〈0．01）。PHC未发生淋巴结转移者循环DNA51．2±17．9ng／ml,淋巴结转移者循环DNA73．9±23．7ng／ml,两者存在差异（P〈0．05）;而HBV-DNA载量有无淋巴结转移无明显差异。结论：联合检测血液循环DNA和HBV—DNA载量对PHC的预测、预后价值明显,且方法简单,易于开展。     

氮素形态及配比对毛竹和青冈实生苗生长特性的影响

为探明毛竹及青冈对铵态氮和硝态氮的偏好吸收特征,通过对毛竹及青冈实生苗的水培试验,设置5种铵硝比(100∶0、75∶25、50∶50、25∶75、0∶100)的营养液处理,测定上述两种植物的叶片SPAD值、根系发育参数、根系中硝酸还原酶活性(NRA)。毛竹实生苗在铵硝比75∶25处理下,其SPAD值、根长、根表面积、NRA显著高于其他处理(P0.05)。青冈实生苗在铵硝比25∶75处理下,其根长、根表面积显著高于其他处理(P 0.05); SPAD值在铵硝比0∶100处理下显著高于其他处理(P0.01)。青冈根系中NRA随营养液中硝态氮浓度增加呈线型上升趋势,但毛竹苗培养过程中则无此相关关系。综上,不同氮素形态及配比处理下,毛竹苗在铵态氮为主要氮源时生长优势更明显,青冈苗则对硝态氮同化利用能力更强。     

肠道淋巴组织与共生细菌对肠道环境稳态的共同维持

肠道环境的稳态不仅是正常消化功能的基础,还是抵御病原体入侵的重要防线。定居于肠道内的细菌与肠道免疫系统间存在着广泛的相互影响和相互补充,在维持稳态过程中发挥协同作用。本综述结合国内外相关研究进展,简要阐述肠道正常菌群对肠道淋巴组织发育的影响和对局部乃至全身免疫反应的调节机制,进而说明菌群如何与机体共同维持肠道稳态。 更多还原     

HSV-1感染对人星形胶质瘤细胞增殖、凋亡和细胞周期的影响

目的:研究单纯疱疹病毒1型(Herpes simplexvires,HSV-1)感染对人星形胶质瘤细胞U251增殖、凋亡和细胞周期的影响.方法:以感染复数(MOI)为5的HSV-1感染体外培养的U251细胞,在感染后24 h、48 h、72 h和96 h用倒置显微镜观察U251细胞的形态改变:用MTT法、流式细胞术观察HSV-1感染对U251细胞增殖、凋亡和细胞周期的影响.结果:①U251细胞在感染24h后开始出现细胞融合,48 h后开始出现典型的细胞病变效应(Cytopathic effect,CPE),72h后超过80%的细胞出现CPE,.96h后细胞大部分死亡.②MTT法显示HSV-1感染U251细胞24 h、48 h、72 h及96 h的U251细胞OD值均低于对照组(P<0.05).③HSV-1感染U251细胞12h后凋亡率与对照组无显著差异(P0.05),感染24h和36h后凋亡率比相应对照组有显著差别(p<0.05).④HSV感染12h、24h和36h后均可引起U251细胞S期细胞增多和G0/G1期细胞减少,24 h后G2/M期细胞比例开始增加.结论:HSV.1能感染体外培养的U251细胞,抑制其增殖,促进其凋亡并影响其细胞周期.     

家蚕幼虫5龄期中肠蛋白质组学

利用双向电泳技术对家蚕幼虫5龄期第2天、第5天和第7天的中肠蛋白质进行分离, 并利用ImageMaster 2D Platinum对所分离得到的蛋白图谱进行比较, 并对一些蛋白质斑点进行了质谱鉴定。研究发现, 家蚕中肠蛋白质具有区别于家蚕其他组织的明显特征: 蛋白质大多分布在PI值4-8、分子量20~70 kD的区域, 且分布不均匀, 主要集中在酸性一侧, 这一特点在家蚕5龄期第7天的图谱尤为明显。5龄期家蚕第2天的蛋白质斑点数目为869个, 而到第5天增加到966个, 新增蛋白数目97个, 进一步观察发现增加的蛋白主要分布在PI值6-9, 分子量20~40 kD区间; 随着进入幼虫成熟期, 蛋白质斑点数目明显减少, 第7天斑点数仅为420个, 比第5天减少了56.5%。这些结果说明家蚕中肠组织蛋白质组成在5龄早、中、晚期经历了较大变化, 暗示这可能与中肠的功能相适应。从MALDI-TOF-MS鉴定的斑点发现了构成家蚕中肠组织的一些新的部分结构蛋白和一些可能与消化、吸收相关的蛋白, 还发现一些能够抵御外界微生物入侵的相关蛋白。这些结果为进一步认识家蚕中肠提供了重要的理论基础。     

动物极帽生物分析法在细胞分化分子调控研究中的应用

动物极帽是两栖类囊胚期预定外胚层的部分,可以在不同条件下诱导分化为中胚层和内胚层的组织或器官。动物极帽生物分析法（animal cap bioassay）在研究两栖类动物胚胎干细胞分化的分子机制中发挥了重要的作用。该文综述了近5年内动物极帽分析法在研究中胚层、血管和神经细胞分化分子调控中的应用。     

大孔树脂分离纯化有柄石韦总黄酮的工艺优化

以总黄酮解吸率和滤液中总黄酮含量为指标,通过正交实验设计优选大孔树脂分离纯化有柄石韦总黄酮的最佳工艺。结果表明,D-101型大孔树脂分离纯化总黄酮的优选工艺条件为：上样液质量浓度0.5 mg·mL^-1,pH为6,洗脱剂乙醇浓度为50%,洗脱速率2 mL·min^-1。该优化方法稳定可行,结果可靠,提取的滤液中总黄酮含量达76.40%。     

HIV-1蛋白酶的表达、纯化及其抑制剂体外筛选方法的建立

从HIV-1IIIB病毒RNA经RT-PCR得到HIV-1蛋白酶编码序列,克隆到pet28a质粒中构建HIV-1蛋白酶表达载体。阳性克隆转染E.coliBL21DE3,经IPTG诱导,蛋白酶以包涵体的形式表达,表达量占菌体总蛋白量的40%。包涵体经TritonX-100洗涤后溶解于8M尿素,溶解后的蛋白溶液经sephacyls-200H.R分子筛柱纯化后纯度达到90%以上,收集蛋白酶峰稀释复性并通过超滤进行浓缩。经检测,纯化的蛋白酶具有较高的活性。用荧光标记的蛋白酶底物检测不同浓度indinavir对蛋白酶活性的影响,表明该方法可以用于蛋白酶抑制剂的筛选。     

Notch通路与基质金属蛋白酶在软骨肉瘤中的表达及意义

目的 研究软骨肉瘤组织中Notch通路、p38丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)及基质金属蛋白酶(MMPs)的表达情况,探讨它们在软骨肉瘤间质浸润中的作用机制.方法 收集正常软骨组织标本10例、内生性软骨瘤标本23例和软骨肉瘤标本32例,分别用免疫组化、Western blot和real-time PCR检测Notch1、Jagged1、MMP-1、MMP-13、p38 MAPK及p-p38 MAPK的表达情况.结果 与正常软骨组织相比,Notch1、Jagged1、MMP-1、MMP-13及p-p38 MAPK在内生性软骨瘤表达部分升高,在软骨肉瘤表达均明显增加(P＜0.01).p38 MAPK在正常软骨组织、内生性软骨瘤及软骨肉瘤组织中表达无明显差异(P＞0.05).结论 Notch通路和p38 MAPK通过调节基质金属蛋白酶在软骨肉瘤中的表达,来增加软骨肉瘤的浸润转移能力.