MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用———基因表达图谱分析（4）*

基因表达图谱原则上可了解整体细胞基因表达的信息,是基因组功能分析的重要研究手段。MATLAB 7.X生物信息工具箱为基因表达谱数据的分析和处理提供了一个综合环境,通过众多统计函数和绘图函数的结合使用,过滤不合格的基因数据和噪声数据,从而对基因表达数据进行聚类分析和主成分分析,绘制相关的基因表达图谱,完成基因芯片数据表达图谱的分析,分析结果可视化程度高,图表清晰、直观。本文主要以酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae为例,详细描述了利用MATLAB 7.X生物信息工具箱对其基因表达图谱进行分析的过程。     

自然保护区管理快速评价和优先性确定方法及应用

自然保护区管理有效性评价现已成为关注的焦点,它是保证自然保护区管理质量,实现保护区管理目标的有效途径,自然保护区管理快速评价和优先性确定(RAPPAM)方法是其中应用比较广泛的方法之一。本文在对RAPPAM方法的评价指标和评价特点研究的基础上,结合8个国家的应用实例,对此方法评价范围、评价目的、评价结果及对策建议进行了分析。结果表明,通过此评价方法可以：1)快速确定保护区系统面临的威胁和保护区系统的功能;2)提出和制定后续行动及建议;3)为政策制定者提供依据。因此,RAPPAM方法的认识与应用,对于了解和改善我国自然保护区的管理现状具有重要意义。     

两性霉素B治疗侵袭性肺部真菌感染的临床分析

目的 分析两性霉素B治疗ICU内侵袭性真菌感染的疗效与不良反应.方法 回顾性分析98例合并侵袭性肺部真菌感染的重症患者接受两性霉素B微泵静脉给药的临床资料.结果 两性霉素B的临床有效率77.55％,真菌清除率75.51％.不良反应包括寒战发热（9.18％）、皮疹（4.08％）、静脉炎（1.02％）、恶心呕吐（6.12％）、低钾血症（16.32％）、肝损害（1.02％）和肾损害（4.08％）.结论 国产两性霉素B对于重症患者侵袭性真菌感染疗效确定,采用持续微泵静脉给药不良反应发生率低.     

北京城区花粉致敏植物种类、分布及物候特征

为了解北京城区花粉致敏植物的种类、分布格局和物候特征,结合文献调研及专家访问,对北京5环以内的花粉致敏植物进行了调查.结果表明:1)北京城区五环内共有致敏花粉植物19科32属99种,其中北京本地种52种,占总数的52.5%,国内其他地区引进种和国外引进种各占总数的26.3%和21.2%;2)北京城区32属花粉致敏植物以北温带成分为主,占40.6%,其次是世界性分布与泛热带分布;3)公园内的花粉致敏植物种数最多,行道树种中花粉致敏植物的比例最高.北京城区各功能区中花粉强致敏草本的盖度,从大到小的顺序是城市废弃地>体育中心及机关单位>道路绿地>公园>居民区>学校>广场;4)北京城区木本花粉致敏植物的花期主要集中在3—4月,草本在7—9月.     

唐古拉山以北地区生态资产核算

生态系统核算可以为生态文明建设提供定量性的决策依据,包括生态资产核算和生态系统服务核算两个方面,生态资产指生产和提供生态系统产品和服务的生态系统。以唐古拉山以北地区(简称唐北地区)为研究对象对其生态资产进行了核算,建立生态资产实物量及变化核算表、损益表,提出了生态资产综合指数。2015年唐北地区草地生态资产面积为21800.01 km²,其中良级比重最高达68.46%,湿地生态资产面积为4763.01 km²,其中优级比例最高为59.72%,野生动植物共有138种,其中重点保护动物10种。2015年唐北地区生态资产综合指数为79.77,比2000年降低了3.60%。2000—2015年,湿地、草地生态资产分别增加了164.23、2.82 km²。2000—2015年湿地生态资产存量增加202.90 km²,其中由湿地恢复导致面积增加最大为200.50 km²,存量减少38.63 km²,其中湿地退化是导致存量减少的主要原因,面积为36.23 km^...     

高脂血症兔球结膜微循环的改变

本实验用胆固醇粉喂家兔,造成实验性高脂血症,活体观察球结膜微循环的形态、流态及血管周围状态等１５项指标,并用球结膜微循环综合定量评价方法计算了综合积分值。处死后取球结膜进行组织学检查。结果表明：高脂血症家兔球结膜微循环有明显改变,主要为微血管形态异常、血流减慢、红细胞聚集、白微栓、静脉壁上有白色斑块等改变。球结膜微循环综合积分值明显增加,高于实验前。球结膜组织学检查发现上皮层下有泡沫细胞、血管壁增厚、有空泡、静脉内有血栓。虹膜睫状体内除有多数泡沫细胞外,还有胆固醇的菱形结晶。上述改变表明,高脂血症兔球结膜微循环有明显改变。血液有高凝、高聚倾向。黑茶中的茶色素有抗凝、抑制血小板聚集、促进纤溶等作用,口服黑茶可改善高脂血症兔球结膜微循环障碍。     

谷子ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析

生长素应答因子(ARF,auxin response factors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为Si ARFs。利用生物信息学对谷子Si ARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,Si ARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。Si ARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3 DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。     

单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏、激活细胞模型建立

【目的】建立单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)潜伏感染人神经母细胞瘤细胞株SH-SY5Y及激活的细胞模型。【方法】分别加入20,40,60,80,100,120,140μmol/L的阿昔洛韦(ACV),观察对SH-SY5Y细胞生物性状的影响;在ACV存在的情况下,分别将含有0.1、1、10、100MOI的病毒液接种SH-SY5Y细胞,运用相差显微镜观察病毒对细胞的影响,确定潜伏的建立;分别用41℃、42℃、43℃、44℃、45℃加热0.5h、1.0h、1.5h、2.0h、2.5h,观察加热时间及温度诱导HSV-2在SH-SY5Y细胞中激发的最适条件;加入25、50、75、100、125μmol/L福斯高林(Forskolin)诱导病毒在细胞中激活,探讨诱导的最佳浓度;对HSV-2在SH-SY5Y细胞中的潜伏及激发进行验证并测序;运用相差显微镜观察病毒激活后细胞形态的变化。【结果】60μmol/LACV的存在最适合HSV-2在SH-SY5Y细胞中建立潜伏状态;1-10MOI的感染量均能取得较好的病毒潜伏及激发效果;通过观察,病毒在SH-SY5Y细胞中最长可潜伏14d;43℃,1.5h及75μmol/LForskolin均为诱导病毒潜伏激发的最佳条件;相差显微镜观察病毒激发后细胞病变,从24h到72h,细胞变性、坏死的程度、数量随感染时间延长而增加;HSV-2LAT、gG基因PCR扩增及电泳结果,证实病毒在细胞中的潜伏及激活。【结论】初步在人神经母细胞瘤细胞株SH-SY5Y上建立了HSV-2潜伏感染及激活的细胞模型,为下一步研究HSV-2的潜伏与激发机理,了解HSV-2的致病机制打下基础。     

登革病毒NS3全基因的扩增与克隆

登革热(DF)、登革出血热及登革休克综合征(DHF/DSS)是由登革病毒所致的两种不同临床类型的急性传染病,广泛流行于全球热带及亚热带地区.DHF/DSS以高热、出血、休克、高病死率为主要特征,近年来其发病率有迅速增加的趋势,已成为严重影响人类健康的公共卫生问题.     

腹泻患儿粪便A群轮状病毒抗原检测的结果分析

目的：了解本地区腹泻婴幼儿的A群轮状病毒感染情况及其流行特点。方法：采用胶体金法对我院2009年10月-2010年9月2104例有腹泻和肠炎特征的婴幼儿粪便进行A群轮状病毒抗原检测。结果：在2104例受检者中,A群轮状病毒感染的总阳性率是24．71％,其中男性感染率24．17％,女性为25．40％。不同年龄组间以1—2岁婴幼儿感染率最高,为32．13％,0-1岁为20．72％,2-5岁为12．03％。感染的季节特征是秋末冬初季（10—12月）阳性率最高,为42．82％,春末夏初季（4．6月）最低,为8．81％。结论：由A群轮状病毒感染引发的急性腹泻主要发生在1-2岁的婴幼儿,各个季节均有发生,以秋末冬初季为高发。