SARS-Cov及其他冠状病毒基因组比较分析

摘要：对病毒种内和种间基因组的比较分析能获得很多关于病毒起源与演化的信息。对17株SARS-CoV的种内基因组变异分析发现共有137个变异位点,估算出SARS-CoV的突变率为8.04×10-3核苷酸替换/位点/年。变异位点在基因组上的分布不均匀,变异位点最多的是基因组中编码S1蛋白的区域,而在编码依赖于RNA的RNA聚合酶区域中几乎没有变异位点。核苷酸和氨基酸替换的偏性预示变异可能不仅仅是由随机漂变产生。对冠状病毒种间基因组结构比较分析发现,SARS-CoV的基因组结构与IBV很相似;而保守基因系统发育分析表明,SARS-CoV属于冠状病毒的一个新分支,并且与血清型第二组冠状病毒进化关系较近。对其他某些分子特征的分析发现,在不同的方面SARS-CoV和不同组冠状病毒有不同的相似点。进一步对基因组非保守开放阅读框(ORF)的基序(motif)和跨膜区分析发现,各组冠状病毒基因组中位于基因S-E间的非保守ORF可能是同源的,但不是绝对必要的;而IBV和SARS-CoV的基因组中位于基因M-N间ORF可能不是同源的。综合分析SARS-CoV与3组血清型冠状病毒进化关系、宿主分布,以及SARS-CoV和IBV的s2m的进化关系,可以推测SARS-CoV有可能来自禽类。 Abstract:The genome comparison of inter-species and intra-species can give us much information about the origin and evolution of viruses.There are 137 mutation sites in the 17 genomes of SARS-CoV,and the mutation rate is about 8.04×10-3 substitution/site/year.The distribution of the segregating sites is not steady,the most variable region appears in S1 protein,and the nucleotide sequence of RNA-dependent RNA polymerase has very few mutation sites.The substitution bias of nucleotide acids and amino acids indicates the non-random drift products.The comparison of genome structures of SARS-CoV and other coronaviruses shows that SARS-CoV and IBV share the same genome structure.Phylogenetic analyses of conserved genes of coronaviruses indicate that SARS-CoV is a new branch of coronaviruses and appears more close to the group II coronaviruses.Interestingly,SARS-CoV shares some different features with different groups of coronaviruses.Additional analyses show that the first ORFs between S and E genes of some coronaviruses are transmembrane proteins and share the common motif,indicating the possible common ancestor.From the host distribution of different groups of coronaviruses and the phylogeny of s2m,we can deduce that avian is the probable natural host of SARS-CoV.     

脱落酸在植物体细胞胚胎发生中的调控作用

脱落酸是一种具有全面生理功能的植物激素,在植物体细胞胚胎发生发育过程中具有重要的作用。根据国内外最新的研究文献,从脱落酸对植物体细胞胚胎发生的影响、植物体细胞胚胎发生过程中内源脱落酸含量的变化、脱落酸对体细胞胚胎发生过程中基因表达、信号转导的调控和转基因的表达调控入手,概述了脱落酸在植物体细胞胚胎发生中的调控作用。     

x,i(xq)—x染色体长臂等臂一例

刘X,女,14岁。因生长发育迟缓就诊。患 者是第3胎足月顺产,2岁始会走路及说简单 话语,7岁上小学,二年级时因全部课程不及 格,被迫退学。患者生后即生长发育缓慢,现可 从事一般家务劳动,无月经来潮。母孕期未接 触有害物质,无流产史,家族中无类似患者     

小熊猫精原干细胞的分选与培养

野生动物的保护手段主要包括就地保护、易地保护与离体保护。精原干细胞（SSCs）是雄性动物维持生殖能力的根本,既能通过自我更新产生新细胞,也能通过分化产生精子,在小熊猫（Ailurus fulgens）离体保护方面具有广阔的应用前景。动物睾丸中精原干细胞数量极少,分离纯化与体外培养对于其研究和应用至关重要。本研究选择整合素α6（ITGA6）蛋白作为精原干细胞分子标记,采用免疫磁珠分选（MACS）技术富集了3月龄小熊猫睾丸中的ITGA6阳性细胞。流式细胞术检测发现分选后ITGA6阳性细胞纯度可达74.27% ± 8.73%,显著高于分选前（32.60% ± 3.06%）。将分选后的细胞接种到层粘连蛋白包被的细胞培养板中,用含胶质细胞源性神经营养因子（GDNF）、表皮细胞生长因子（EGF）与成纤维细胞生长因子（bFGF）的培养基进行体外培养。培养10 d后,在显微镜下可观察到典型的精原干细胞集落,结合逆转录PCR（RT-PCR）和细胞免疫荧光染色发现这些细胞集落特异性表达精原干细胞分子标记蛋白ITGA6、早幼粒细胞白血病锌指蛋白（PLZF）和胸腺细胞分化抗原1（THY1）,同时也表达生殖细胞标记蛋白VASA和DAZL。本研究结果证实,ITGA6可作为小熊猫精原干细胞的分子标记用于细胞分选富集,同时初步建立的培养体系也为小熊猫精子发生机制与应用研究提供材料。     

黄芪甲苷对神经毒素损伤PC12细胞的保护作用及分子模拟研究

该文研究了黄芪甲苷(Astragaloside A, AS-IV)对神经毒素6-羟多巴胺(6-hydroxydopamine, 6-OHDA)损伤PC12细胞的保护作用,并通过分子模拟探究其机制。使用6-OHDA建立PC12细胞损伤模型,通过检测细胞增殖率,培养基上清中乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase, LDH)的释放量,细胞凋亡,细胞内超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)、总谷胱甘肽(glutathione, GSH)的活性,总抗氧化能力(total antioxidant capacity, T-AOC),细胞中核转录因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2, Nrf2)蛋白的表达情况,评估AS-IV对PC12细胞的保护作用及机制。将化合物对接至Nrf2的负性调节蛋白Kelch样ECH相关蛋白1(Kelch-like ECH-associated protein-1,Keap1)上,并建立“化合物-靶点”复合物的分子动力学模拟体系,进一步研究其相互作用模式。结果显...     

利用糖蜜发酵生产生物降解塑料PHB的研究

由Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓｌａｔｕｓ经单菌落分离,从中筛选到一株高效利用糖蜜产聚羟基丁酸（ＰＨＢ）的优良菌株１０１８。在６Ｌ台式发酵罐（Ｎ.Ｂ.Ｓ）中,进行了该菌利用甜菜糖蜜和甘蔗糖蜜积累ＰＨＢ的分批补料培养的研究。结果表明,培养５４ｈ左右发酵液中细胞干重达７０～８５ｇ／Ｌ,ＰＨＢ含量占细胞干重的６０％～７０％,生产强度１．０ｇＰＨＢ／Ｌ／ｈ以上;发酵液经非有机溶剂提取制得ＰＨＢ产品,纯度９５％,提取收率８０％以上。     

超干红花种子抗老化作用及其机理

红花种子含水量（ＭＣ）降至５％以下,能显著提高抗老化劣变能力;在同等老化条件下,对照种子（ＭＣ＝９．０１％）活力已大幅度下降,而超干种子的活力保持不变,超干处理对红花种子脱氢酶,过氧化氢酶（ＣＡＴ）及超氧物歧化酶（ＳＯＤ）活性均无明显影响。经同等老化处理后,超干种子脱氢酶活性明显高于对照种子。在同等老化条件下,当对照种子ＣＡＴ和ＳＯＤ活性明显下降时,超干种子仍保持较高活性。红花种子在超干老化处理后     

常见仿造琥珀材料

<正>《让子弹飞》中周润发饰演的黄四郎有一句经典台词：“赝品是个好东西”,琥珀因为其高贵的外表和稀少的特性,在古代仅供皇室和达官贵族佩戴装饰,即使在今天,天然琥珀依然价格不菲。作为一种拥有巨大利益的商品,它的仿造品也是花样繁多、层出不穷。下面我们就介绍几种常见的天然琥珀仿造材料及其特性。     

琥珀药效的现代解释

<正>在中国,琥珀以药材的身份存在了上千年。李时珍的《本草纲目》中将琥珀评价为上品,记载其药效为：“安五脏,定魂魄,杀精魅邪鬼,消瘀血,通五淋;壮心,明目磨翳,止心痛癫邪,疗蛊毒,破结瘕,治产后血枕痛（大明）。”宋高祖在位时,曾将进献的琥珀枕打碎给将士们当作金疮药使用。直到今天,很多中药铺依然保存有琥珀粉,并用其治疗受惊、出血等症状。