基于机器学习的蛋白质编码区识别

针对DNA序列编码区的识别问题,本研究提出一个特征向量和逻辑回归的组合模型。首先对DNA序列进行数值处理转化为特征向量,并结合k字符相对频率技术提取特征向量的元素特征,之后利用二分类逻辑回归算法,对编码区和非编码区进行准确区分。选取了HMR195和BG570两个基准数据集进行五折交叉验证,结果表明,平均AUC(Area Under Curve)值分别为0.981 3和0.987 4,明显优于传统的贝叶斯判别法和VOSSDFT等方法。此外,本文提出的特征向量的维度很低,提高了运算效率。因此,本文组合模型能够较为高效准确地识别蛋白质编码区。     

东北红豆杉细胞两液相培养中紫杉醇释放行为研究

在东北红豆杉细胞悬浮培养中,分别研究了稀土化合物(硫酸铈铵)、有机溶剂(油酸和邻苯二甲酸二丁脂)和稀土化合物与有机溶剂的协同作用对紫杉醇释放的影响。在此基础上深入研究了在东北红豆杉细胞两液相培养中,紫杉醇释放率随不同的有机溶剂(烷烃、有机酸、醇和脂)、有机溶剂的体积分数、有机溶剂的加入时间和有机溶剂相毒性的变化规律。结果表明分别加入稀土化合物和有机溶剂都明显促进紫杉醇的释放,特别是有机溶剂更显著促进紫杉醇的释放。但在东北红豆杉细胞两液相培养中,稀土化合物加入不能进一步促进紫杉醇的释放。因此两液相培养中有机溶剂本身就是很好的产物释放剂。紫杉醇的释放率由对照组的40%提高到75%以上。     

青藏高原灌丛土壤碳氮含量及其相关功能基因分布特征

在微生物的代谢活动下,土壤中有机态碳氮化合物矿化分解释放矿质养分和二氧化碳,深刻影响着自然生态系统土壤碳、氮等元素的循环转化、土壤的养分供应和有机质的更新,并对地上植被的演替和分布有极为重要的意义。青藏高原灌丛面积分布广泛,地形和气候条件复杂,但目前对灌丛分布地区土壤碳氮含量、矿化作用强度及其影响因素等的认识较少。研究结合土壤理化分析和高通量定量PCR(quantitative microbial element cycling, QMEC)技术研究了青藏高原喜马拉雅山-冈底斯山地区不同类型灌丛土壤碳氮含量、碳氮矿化速率和相关功能基因的分布特征及其与植被、气候和土壤因子间的耦联关系。结果表明,不同类型灌丛土壤的有机碳、全氮含量、CO₂释放速率、净氮矿化速率、碳氮矿化基因的丰度有显著差异。其中,位于青藏高原东南部的雪层杜鹃和香柏灌丛分布区土壤有机碳和全氮含量、CO₂释放速率、净氮矿化速率显著高于位于中西部的变色锦鸡儿、金露梅和砂生槐灌丛地区,并与年平均降雨量显著正相关。然而,碳、氮矿化基因丰度分布趋势与之相反,在雪层杜鹃和香柏灌丛分布区丰度显著...     

民勤绿洲荒漠过渡带人工梭梭种群年龄结构及动态

基于野外样地调查数据,通过分析静态生命表、存活曲线、动态指数等参数,结合时间序列模型,研究了人工梭梭种群年龄结构动态,旨在预测人工梭梭种群演替趋势,为退化人工梭梭种群恢复与重建提供理论依据。结果表明：(1)民勤绿洲荒漠过渡带人工梭梭种群的年龄结构近似于“金字塔”型,幼龄林个体占总物种数的90.1%;(2)人工梭梭种群存活曲线趋近于Deevey-Ⅱ型,为稳定型种群。不同区域人工梭梭种群的第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ龄级个体死亡率和消失率最高;(3)动态量化结果显示人工梭梭种群总体均表现为增长型,对外界干扰敏感性较强;(4)时间序列预测分析表明,在未来2、4个龄级时间后,种群Ⅱ、Ⅳ龄级个体数量大幅度增加,人工梭梭种群发展趋势较好。民勤绿洲荒漠过渡带人工梭梭种群为稳定增长型种群,种群具有一定的自然更新能力。针对该种群幼龄个体死亡率较高的问题,未来建议加强对第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ龄级幼株的精准抚育管理,通过人为辅助措施提高幼苗的保存率,促进人工梭梭林的可持续发展。     

链间二硫键增强抗前胃泌素释放肽单链抗体稳定性

前胃泌素释放肽(pro-gastrin-releasing peptide, ProGRP)是小细胞肺癌的特异性标志物,¹³¹I标记的抗ProGRP单克隆抗体对小细胞肺癌具有明显的抑制作用。抗ProGRP单链抗体的制备具有重要的应用前景。本研究以抗ProGRP单克隆细胞株E-B₅ cDNA为模板,扩增获得VH和VL序列,并对其进行序列比对和同源建模,分析引入链间二硫键的突变位点。通过基因合成获得单链抗体Scfv_ProGRP和单链二硫键稳定抗体Sdsfv_ProGRP基因,并将其分别构建在质粒pET-28a,获得重组表达质粒pET28a-His-Scfv_ProGRP和pET28a-His-Sdsfv_ProGRP。重组表达质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),诱导表达出的ScFv_ProGRP和SdsFv_ProGRP以包涵体的形式存在。包涵体经变复性后进行纯化,获得ScFv_ProGRP和SdsFv     

一株产絮凝剂芽孢杆菌的分离及成份分析

从超高压灭菌的哈密瓜汁中筛选出一株具有高絮凝活性的芽孢杆菌。经形态及生理生化指标测试,初步确定该菌株为Bacillussp.B53。对此菌产生的絮凝活性成分纯化后经高效液相色谱、薄层层析分析表明该絮凝活性物质是聚γ谷氨酸,产量达到12.48g/L,该物质仅由谷氨酸组成,在212nm处有最大吸收峰,电泳结果表明Bacillussp.B53所产聚γ谷氨酸是分子量集中在440～669kD之间的多分子量聚集体,该絮凝剂有效地絮凝各种无机和有机的介质,高岭土和Ca(OH)2效果明显。     

不同程度老年骨质疏松患者血清BALP、OPG/PYR比值变化及其与骨密度、骨折发生的相关性分析

摘要 目的：分析不同程度老年骨质疏松患者血清骨特异性碱性磷酸酶(BALP)、骨保护素(OPG)/吡啶啉(PYR)比值变化及其与骨密度、骨折发生的相关性。方法：选择我院自2020年11月至2023年7月接诊的70例老年骨质疏松患者作为观察组,其中轻-中度骨质疏松44例、重度骨质疏松26例;另选70例老年非骨质疏松者作为对照组。检测所有受试者血清BALP、OPG/PYR比值、腰椎、股骨颈和髋部的骨密度(BMD),分析BALP、OPG/PYR比值与不同骨骼部位BMD的关系,使用受试者工作特征(ROC)曲线分析BALP、OPG/PYR比值对老年骨质疏松骨折的预测效能。结果：观察组血清BALP水平高于对照组,OPG/PYR比值小于对照组（P＜0.05）;重度骨质疏松组血清BALP水平高于轻-中度骨质疏松组,OPG/PYR比值小于轻-中度骨质疏松组（P＜0.05）;观察组腰椎、股骨颈及髋部的BMD均小于对照组（P＜0.05）;经Pearson相关性分析,腰椎、股骨颈及髋部的BMD与血清BALP水平呈负相关（P＜0.05）,与OPG/PYR比值呈正相关（P＜0.05）;经ROC曲线分析,血清BALP联合OPG/PYR比值预测老年骨质疏松骨折的AUC为0.890。结论：老年骨质疏松患者血清BALP水平升高、OPG/PYR比值减小,与病情严重程度及骨密度有关,联合预测骨折的效能较好,值得进一步研究应用。     

元素分析法分类大豆根瘤菌

用自动元素分析仪,测定细胞成分N、C含量,以N/C比值,将大豆根瘤菌分为三个不同的类群。笫一群为快生型大豆根瘤菌,N含量为2.74—4.33%,C含量为50.82—52.73%,N/C比值<10;第二群为慢生型大豆根瘤菌,N含量为5.52—9.00%,C含量为45.14—50.32%,N/C比值为11.43—20.94;第三群为超慢生型大豆根瘤菌,N含量为10.45—11.53%,C含量为42.56—45.31%,N/C比值为24.16—25.44。分析结果表明,本技术为大豆根瘤菌的分类,提供了可靠的数据     

美洲斑潜蝇SS PCR检测技术研究

【背景】美洲斑潜蝇是一种严重威胁瓜果蔬菜、烟草、棉花等经济作物和花卉生产的入侵性害虫。由于潜叶蝇类害虫体型较小、生活方式隐蔽、形态相似,本文针对其难以快速准确地进行形态鉴别的问题,以美洲斑潜蝇为研究对象,以菜田常见的4种潜叶蝇类害虫为参照,采用种特异性PCR方法（species specific PCR, SS PCR）,研究其快速分子检测鉴定技术。【方法】调用GenBank中一段936 bp的美洲斑潜蝇线粒体DNA（mtDNA）细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因（CO[KG-*2]Ⅰ）的序列（GenBank登录号为EU219613）,并根据此基因片段的碱基序列设计引物1对,其扩增片段大小为294 bp。【结果】种特异性检验结果显示,该引物只对美洲斑潜蝇的CO[KG-*2]Ⅰ基因具有扩增能力,对其他种类如南美斑潜蝇、三叶斑潜蝇、葱斑潜蝇、豌豆潜叶蝇等没有扩增能力。该引物不仅对成虫具有良好的扩增效果,对蛹、幼虫以及单粒卵也具有同样的扩增效果,其最低检出阈值为1/3840头成虫。【结论与意义】SS PCR技术体系可用于美洲斑潜蝇的鉴定识别与检测监测,对阻止其进一步扩散蔓延具有重要意义。