肠杆菌4.5SRNA基因单链构象多态性的比较研究

本文对大肠杆菌(Escherichia coli)不同菌株和肠杆菌科(Enterobacteriaceae)不同属其他三种菌株,即普通变形菌(Proteus vulgaris)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)和产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes),分别进行4.5S RNA基因聚合酶链式反应(PCR),然后对扩增产物作依赖于序列的单链构象多态性(SSCP)分析.实验结果表明,上述细菌4.5S RNA基因的大小和正链构象均无可觉察的差异,仅产气肠杆菌的负链构象有明显不同.由此可见4.5S RNA基因在进化上相当保守,产气肠杆菌4.5S RNA基因的序列虽有改变,仍能维持其有义链的基本构象.     

五龄恩茅松毛虫幼虫的肠道好氧细菌多样性分析

采用16s rDNA通用引物进行PCR扩增,16s rDNA扩增片段经寡位点酶组合(HaeⅢ+HindⅢ)和多位点酶组合(HinfⅠ+TaqⅠ)酶切后得到ARDRA指纹图谱,ARDRA指纹图谱通过MVSP软件进行聚类分析(UPGMA),并对5大类群的代表菌株进行测序,研究了5龄思茅松毛虫Dendrolimu kikuchii Matsumura肠道细菌的多样性。结果表明:寡位点酶组合(HaeⅢ+HindⅢ)或多位点酶组合(HinfⅠ+TaqⅠ)酶切得到的ARDRA指纹图谱不能反映5龄思茅松毛虫肠道细菌的多样性,两组酶切结果组合后可以充分反映5龄思茅松毛虫肠道细菌的多样性。通过测序可知,5龄思茅松毛虫的肠道内主要定植产酸克雷伯氏杆菌(Klebsiella oxytoca)、雷金斯堡约克氏菌(Yokenella regensburgei)、克雷伯氏杆菌(Klebsiella peneumoniae)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis),多样性丰富,它们形成的肠道微生物生态系统可以抵制外来菌对恩茅松毛虫的侵害,维持恩茅松毛虫的健康。     

基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法

多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的, 其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题, 很多RNA 二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA 二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息, 通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明: 此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比, 敏感度接近最优, 而特异性达到最优。     

从噬菌体抗体库中淘选血纤维蛋白特异的单链抗体

为构建小鼠噬菌体抗体库 ,以获得对人血纤维蛋白特异的抗体 ,由小鼠脾脏提取 m RNA,经反转录 PCR扩增出抗体重链、轻链可变区基因片段 ,将二者和一段编码十五肽 (Gly4 Ser) 3的 DNA接头借助重组 PCR组装成为单链抗体 (single- chain antibody,Sc Ab)基因 .将单链抗体基因插入噬菌体展示载体 p CANTAB- 5E,通过电击法转化大肠杆菌 TG1细胞 ,用辅助噬菌体 M1 3K0 7超感染 ,构建了库容量在 1 0 8以上的噬菌体单链抗体库 .利用亲和选择方法 (淘选 ) ,从噬菌体抗体库中选得血纤维蛋白特异的单链抗体 .模拟抗体成熟过程 ,用 DNA改组 (DNA shuffling)技术使抗体基因重新组合 ,构建新的改组抗体库 ,并从中选择到提高了亲和力的噬菌体单链抗体 .抗体基因在大肠杆菌中表达 ,表达蛋白经 Sephadex G- 75柱层析分离 ,得到初步纯化的单链抗体蛋白 .     

大肠杆菌工程菌ptsG基因敲除及其缺陷株混合糖同型乙醇发酵

为实现可同时利用木糖和葡萄糖进行生产发酵,以产乙醇的大肠杆菌工程菌SZ470为出发菌株(△pflB,△frdABCD,△ackA,△ldhA),采用同源重组技术,敲除葡萄糖转运基因ptsG,以构建不受葡萄糖抑制效应影响的菌株SZ470P.SZ470P在5％混合糖(2.5％木糖和2.5％葡萄糖)培养基中能同时利用葡萄糖和木糖进行发酵,葡萄糖消耗量是13 g/L,为对照菌株SZ470的一半;木糖消耗量是20 g/L,是SZ470的3.8倍;乙醇的最高产量为15.01 g/L,转化率为89.13％,比SZ470提高了14.32％.结果表明,工程菌SZ470P可同时利用葡萄糖和木糖发酵生产高产量的乙醇.     

基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构

RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列(ClustalW比对和结构比对)测试此方法, 侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息, 并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分, 通过逐步迭代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明, 此方法能正确预测伪结, 其平均敏感性和特异性优于参考算法, 并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响, 发现权重因子比值在l1: l2=5:1时, 预测性能达到最优。     

水蛭素在噬菌体表面的展示

水蛭素是凝血酶强有力的天然抑制剂。通过改造噬菌质粒并构建水蛭素表达载体pCANTAB 5G8Hir,使水蛭素基因通过接头与噬菌体M13的gp3(197～406)基因片段融合。表达产物在gp8信号肽的引导下到达大肠杆菌周质,在辅助噬菌体M13KO7的帮助下组装到丝状噬菌体外壳上。展示在噬菌体表面的水蛭素仍然具有与凝血酶结合并抑制酶活性的作用,说明展示的水蛭素保持了正确的空间构象和生物学活性。水蛭素在噬菌体表面的功成展示为进一步开展其实验定向进化以及结构与功能关系的研究打下基础。     

聚-ε-赖氨酸高产菌株的筛选及其发酵工艺的初步研究

利用亚甲基蓝平板初筛、摇瓶复筛,从土壤中筛选了一株聚-ε-赖氨酸（ε-PL）高产菌株,ε-PL摇瓶产量大于2g/L,经初步鉴定该菌株为白色链霉菌（Streptomyces albulus）。对该菌株发酵生产ε-PL的培养基成分进行初步研究表明：葡萄糖是最好的碳源,酵母粉和硫酸铵是最佳的复合氮源,在优化培养基下,ε-PL摇瓶产量达到3.9 g/L。     

球孢白僵菌全细胞催化苯甲酸合成对羟基苯甲酸

[目的]为实现对羟基苯甲酸的生物合成.[方法]通过形态学和分子学鉴定得到一株球孢白僵菌B2660,利用B2660对苯甲酸进行全细胞催化,经高效液相色谱(HPLC)和GC-MS检测确定产物为对羟基苯甲酸,并通过正交试验对全细胞催化条件进行了优化.[结果]未优化前,球孢白僵菌B2660在48 h合成对羟基苯甲酸0.434g...