高通量测序在可变剪接中的研究进展

在真核生物基因表达的过程中, mRNA的可变剪接(alternative splicing, AS)导致同一基因蛋白质亚型多样性的产生,同时也增加了基因表达调控的多样性。高达95%的人类基因可以通过AS来产生具有不同功能的蛋白质。除此之外,约15%的人类遗传疾病和癌症与AS相关。作为一种精密的基因表达调控方式, AS协助完成重要的生物过程,如细胞发育和分化等。近年来,高通量测序的发展推动了AS在分析组织特异性基因表达领域的研究。然而,两者的有机结合应用仍然具有挑战性。该文总结了高通量测序在AS研究中的应用,进一步分析了其中存在的问题,并提出了解决方法,为推动该领域的发展提供了新的策略与思路。     

幽门螺杆菌热休克蛋白A基因的克隆、表达及免疫原性研究

幽门螺杆菌的感染可诱发人体产生胃炎和消化性溃疡,其组成成分热休克蛋白Ａ（ＨｓｐＡ）可刺激机体产生保护性的免疫反应。用ＰＣＲ方法从幽门螺杆菌的染色体ＤＮＡ上扩增出ＨｓｐＡ基因片段,将其插入原核表达载体ｐＥＴ２２ｂ（＋）中,并在ＢＬ２１（ＤＥ３）大肠杆菌表达。经测序ＨｓｐＡ基因片段有３５４ｂｐ组成,可编码１１８个氨基酸残基的多肽。ＳＤＳＰＡＧＥ和免疫印迹分析检测发现,ＨｓｐＡ基因表达的蛋白质分子量约为１５ｋＤ,并证实该重组蛋白质可以被幽门螺杆菌感染阳性患者的血清所识别,同时将其免疫小鼠可刺激机体产生抗该重组蛋白质的抗体。ＨｓｐＡ有可能作为一种有效的蛋白质疫苗用于幽门螺杆菌感染的预防和治疗。     

人重组GDNF及其生物活性研究

从人胎脑组织中提取总ＲＮＡ,以ＲＴ－ＰＣＲ方法获取编码胶质细胞源神经营养因子（ＧＤＮＦ）成熟蛋白的ｃＤＮＡ。将人ＧＤＮＦｃＤＮＡ插入含Ｔ７启动子的质粒ｐＥＴ－２８ａ（＋）,构建表达质粒ｐＥＴ－ＧＤＮＦ,转化大场杆菌获得表达菌株ＢＬＧＤＮＦ,经诱导表达的ＧＤＮＦ形成包含体。凝胶自动扫描分析表明,表达量约占菌体总蛋白的３０％以上。用纯化的ＧＤＮＦ蛋白免疫新西兰兔制备了ＧＤＮＦ抗血清。纯化和复性的ＧＤＮ     

利用Excel的VBA语言自动分析大量共聚焦线扫描图像数据的方法

目的：Microsoft Excel的内置控制语言是VBA(visual basic for application)。它可以极大地增强Excel的数据处理能力。本文通过一个简单的例子说明如何利用VBA自动分析大量共聚焦线扫描图像数据并图示分析结果。方法与结果：文中首先描述了取自共聚焦线扫描图像的实验数据的结构及处理要求。然后具体说明宏程序(用VBA编写)的录制、修改和使用的详细方法。宏程序代码很接近自然语言,较好理解,而且在大多数情况下可通过“录制宏”功能自动生成,把编程的工作减至最少。结论：与手工使用Excel一步步进行数据处理相比,使用Excel中的VBA处理数据可少花时间、少犯错误、减少大量单调重复的劳动．．这些可极大地提高数据处理效率,使研究者可把更多的时间用于数据处理方案的设计和完善上。特别在处理量大而复杂的实验数据时更需要如此。这样,数据中蕴含的有用信息才能更好地被有效而准确地提取出来并加以显示。     

山豆根叶片光合特性对光强和干旱的响应

山豆根(Euchresta japonica)为我国II级重点保护野生植物。该研究通过设置不同遮阴网的层数和采用不同浓度的聚乙二醇溶液浇灌,探讨了山豆根光合特性对光强和干旱的响应。结果表明, 山豆根叶片的饱和光强为683.06~907.07mmol/(m²·s); 单层遮阴处理叶片的最大电子传递速率和最大净光合速率整体高于双层遮阴处理,其中单层遮阴且未进行干旱处理的叶片最大电子传递速率和最大净光合速率最高,分别为55.36和6.73mmol/(m²·s);相同遮阴条件下,叶片的最大净光合速率及其对应的饱和光强均随干旱程度增加整体呈下降趋势;单层遮阴条件下的蒸腾速率和水分利用效率均整体高于双层遮阴条件下的。不同处理下叶片光系统II的实际光化学效率、光化学猝灭系数以及非光化学猝灭系数等整体上均无显著差异(P>0.05)。山豆根属半阳生植物,其叶片利用弱光能力较强,植株具有较强的耐干旱能力。因此,建议在开展野外回归、迁地保护、人工栽培等工作时,进行适当遮阴处理并保持充足的土壤含水量。     

准分子激光眼科治疗机中激光器控制实现

准分子激光眼科治疗机可以用来进行近视、远视、散光等屈光不正的矫正手术。其中激光器的控制为手术提供能量稳定的激光脉冲,是对手术安全性、可靠性的重要保证。本文简述了一准分子激光眼科治疗机的整体组成部分,并详细描述了激光器的控制部分:计算机与激光器的通信控制、激光发射停止控制、充换气流程控制。目前,这种准分子激光治疗机已经应用于临床,并取得了良好的效果。     

人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列分析

本文以人腺病毒B亚种31条基因组序列及D亚种39条基因组序列为研究材料,利用ImperfectMicrosatelliteExtractor和DNAMAN软件对这些基因组序列中简单重复序列(SSR)的分布情况进行了系统性分析和比较。分析结果显示:人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列的平均相对密度是十分接近的,但在不同类型SSR中分布情况又有所不同。D亚种中二型SSR明显高于B亚种,在两亚种一型SSR中(A)n、(T)n都是比较多的,而在两亚种二型SSR中的(CG/GC)n表现出了较高的偏好性。在同亚种多序列比对分析中,D亚种表现出了更高的稳定性。B、D亚种中SSR的这种特异性分布可能与它们的进化机制和致病性有关。     

自然保护区生态资源评价方法

自然保护区的一个重要目的,就是要尽可能多地保存自然物种,以便从中得到人类所急需的种质和基因。也就是说,它应当成为培育和创造更理想物种的储备库。该目的已在“绿色革命”的结果中,以及我国成功培育的杂交水稻的事例中得到部分实现,并且显示出巨大的实际价值。70年代以来,自然物种消失的速率越来越快,引起世界范围的关切与忧虑。特别是一些有远见的生态学家,逐渐不满足于只是对自然环境的消极保护,进而把自己的研究重点转向更积     

水稻与拟南芥跨膜蛋白14家族的分子进化特征与功能分析

脂类既是植物生命活动重要的能量来源,也是细胞膜系统不可或缺的结构成分,在植物生长发育和逆境反应等生命活动过程中都起到至关重要的作用。随着脂类代谢研究的不断深入,植物脂类合成通路已渐渐明晰,其中连通不同细胞器间脂类合成中间物质运送的膜蛋白也正被不断发现,但对质体脂类转运蛋白还鲜有报道。跨膜蛋白14家族(Transmembrane 14 family, Tmemb14 family)是一个新发现的跨膜蛋白家族,目前只有拟南芥FAX1 (Fatty Acid Export 1)和斑马鱼TMEM14已被克隆鉴定,该家族其他成员的生物学功能还未见报道。AtFAX1参与植物质体长链脂肪酸的跨膜外运,其功能丧失显著降低植物生物量并影响花粉发育和育性。本研究通过生物信息手段对拟南芥和水稻中的跨膜蛋白14家族成员的进化关系、蛋白理化性质、结构域功能和编码基因的表达模式进行了分析,揭示了Tmemb14家族成员在单、双子叶植物进化中的功能分化,为进一步研究跨膜蛋白14家族成员的生理功能提供了理论依据。     

也谈动植物分野时间

《化石》1986年第四期载孙关龙《动植物分野始何时》一文,读后颇受启迪。特别是作者从古生物学和分子生物学两个方面论证了动植物的分野时间应始于10亿多年前。现就我圍前寒武纪后生动物化石新资料补