基于第三代纳米孔测序技术的东方蜜蜂微孢子虫全长转录组构建及注释

【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr, Swiss-Prot, KOG, eggNOG, Pfam, GO和KEGG数据库,获得相应注释信息。分别利用蛋白结构域分析方法CPC, CNCI, CPAT和Pfam对长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)进行预测,获得高可信度lncRNA。利用CPM(counts per million)法计算每一条全长转录本的表达量。【结果】利用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫转录组测序共测得6 988 795条raw reads,经质控获得6 953 469条clean reads,其中包含5 143 999条全长转录本。共鉴定到10 243条非冗余全长转录本,N50和平均读长分别为1 042 bp和89...     

意大利蜜蜂工蜂中肠的环状RNA及其调控网络分析

【目的】环状RNA(circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在分析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠circRNA的数量、种类、结构特征和作用,并通过构建和分析circRNA的调控网络探索circRNA的调控功能。【方法】在实验室条件下人工饲养意大利蜜蜂工蜂,利用circRNA-seq技术对意大利蜜蜂7和10日龄成年工蜂中肠样品进行深度测序。利用find_circ软件从质控后的数据中预测circRNA。通过BLAST比对GO和KEGG数据库,对circRNA的来源基因进行功能和代谢通路注释。利用TargetFinder软件预测circRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA,通过Cytoscape v.3.2.1软件对circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA调控网络进行构建及可视化。通过设计背靠背引物和线性扩增引物RT-PCR对预测出的circRNA进行验证。【结果】意大利蜜蜂工蜂中肠样品的测序平均得到136 463 071条clean reads,去除rRNA后各样品的anchor reads均在136 779 122条及以上。共预测出10 833个circRNA,长度主要介于15~1 000 nt;上述circRNA的类型丰富,其中已注释的外显子circRNA数量最多,分布在西方蜜蜂1号染色体的circRNA数量最多,其次为8号染色体。CircRNA的来源基因可注释到包括结合、细胞进程和细胞在内的45个GO条目,以及包括内吞作用、内质网蛋白加工及核糖体在内的121条KEGG代谢通路,表明circRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠的生长、发育、新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程中发挥重要作用。进一步构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA调控网络,分析结果显示部分circRNA可能作为竞争性内源RNA吸附结合microRNA,从而调控基因的表达水平。最后,对随机选择的3个circRNA的RT-PCR结果验证了其真实存在。【结论】本研究对意大利蜜蜂工蜂中肠中的circRNA进行预测、分析及鉴定。研究结果提供了中肠circRNA的数量、种类、结构特征、作用和调控网络的信息,揭示了circRNA可能通过作用于来源基因和作为竞争性内源RNA在意大利蜜蜂工蜂中肠的生长发育和免疫防御中发挥作用,为深入研究circRNA在意大利蜜蜂中肠发育及胁迫响应过程中的功能奠定了基础。     

抗原修复的常用技术及评价

抗原修复的常用技术及评价熊正文综述１史景泉２王泊云３审校１解放军第２５１医院病理科,张家口０７５０００２第三军医大学病理学教研室,重庆６３００３８３第四军医大学病理学教研室,西安７１００３２）免疫组织化学（Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）又...     

莫西沙星治疗78 例伤寒的临床疗效观察

目的:探讨莫西沙星在伤寒治疗中的临床意义。方法:将我院2008年6月至2010年6月期间78例确诊的伤寒患者随机分为治疗组(39例)和对照组(39例),治疗组给予莫西沙星,对照组给予盐酸左氧氟沙星,均静脉滴注,每日1次,体温正常后7 d停药。结果:治疗组痊愈率94.8%,总有效率100%;对照组痊愈率92.3%,总有效率100%,两组痊愈率差异无统计学意义(P<0.05);治疗组开始退热和体温降至正常的时间均较对照组缩短,差异有显著意义(P<0.05)。治疗组不良反应发生率明显低于对照组(P<0.05)。结论:莫西沙星在伤寒治疗中具有疗效确切、无复发、副作用少等特点,在治疗非耐药和耐药伤寒中有重要作用,有较好的临床应用前景。     

影响免疫组织化学敏感性反应的因素分析及对策

免疫组织化学技术是用已知标记的特异性抗体或抗原对组织内相应抗原或抗体进行定性、定位或定量检测,经组织化学反应,使标记于特异性抗体的酶、金属及荧光素等呈现出某种颜色,并借助于光镜,荧光镜及电镜等观察其颜色变化,从而了解抗原抗体结合部位和量的一门新兴检测...     

嗜冷菌和耐热菌对奶粉品质的影响

嗜冷菌和耐热菌是奶粉加工过程中最主要的微生物污染菌群。嗜冷菌在原料乳低温储藏过程中大量繁殖,其生长过程中伴随着脂肪酶和蛋白酶的产生,不仅对原料乳和乳制品的风味品质有很大影响,也是导致原料乳和乳产品发生酸包、乳清分离等腐败变质的重要原因。在奶粉生产过程中,耐热菌不仅能在奶粉中长期存活,而且也能够产生大量的蛋白酶、脂肪酶等各种酶类,可显著降低奶粉的感官品质与营养价值。本文重点介绍奶粉加工过程中嗜冷菌和耐热菌的多样性、对奶粉品质的影响机制、及其检测方法和控制措施。     

益生芽胞杆菌肠道微生态学研究进展

芽胞杆菌作为微生态制剂的一种重要来源细菌,在维护人和动物肠道健康、促进微生态平衡方面起着重要的作用。但是对于益生芽胞杆菌的作用机制却知之甚少。近年来,人们对芽胞杆菌在肠道微生物调控方面做了大量的基础研究,随着芽胞杆菌肠道分子微生态学研究的不断深入,人们发现芽胞杆菌的芽孢能够在体内迅速萌发增殖,从而起到免疫促进、改善肠道菌群以及相关的代谢酶活性等生理作用。本文从芽胞杆菌在胃肠道中的分布与定植、芽胞杆菌在胃肠道中的增殖以及芽胞杆菌与肠道菌群之间的关系等三个方面综述了益生芽胞杆菌对肠道微生态的调控作用的最新研究进展,为指导芽胞杆菌作为微生态制剂机制研究和应用提供一定的理论参考。     

补骨脂素对中波紫外线导致人皮肤HaCaT细胞光老化的保护作用

目的:研究补骨脂素对中波紫外线(UVB)导致人皮肤HaCaT细胞光老化的保护作用及其作用机制。方法:选择不同浓度的补骨脂素,MTT法筛选药物的浓度;使用中波紫外线(UVB)照射永生化的HaCaT细胞建立UVB光老化模型;使用三种不同浓度的补骨脂素处理光老化模型,MTT法检测细胞的增殖及氧化试剂盒检测细胞中氧化酶的活性。RT-PCR及Western Blot分别检测JNK和白介素-8(IL-8)mRNA及蛋白表达量。结果:与空白组相比,10~(-7)mol/L、10~(-6)mol/L、10~(-5)mol/L补骨脂素组对HaCaT具有无明显的增殖作用(P0.05);与模型组相比,10~(-7)mol/L、10~(-6)mol/L、10~(-5)mol/L补骨脂素组对HaCaT具有无明显的增殖作用(P0.05),但是10~(-7)mol/L、10~(-6)mol/L、10~(-5)mol/L补骨脂素组SOD、GSH、CAT活性升高(P0.01),细胞JNK、IL-8 mRNA表达量均降低(P0.01),细胞JNK、IL-8蛋白表达量均降低(P0.05或P0.01)。结论:补骨脂素能够显著的保护HaCaT细胞的光老化,其机制可能与增强抗氧化酶活性,及抑制JNK信号通路,减少炎症因子的分泌有关。     

一种新的稀释方法与传统稀释方法的比较

我们建立一种新的连续稀释方法,使用注射器装入金属小棒于磁力搅拌器上连续稀释,标本定量接种,对使用比浊法测定的已知菌浓度的金葡菌、大肠杆菌和绿脓杆菌进行平板活菌计数法,结果与传统的吸管或移液器稀释方法相比后两种方法重复性好,结果准确,无显著差异,但新的稀释方法操作更简便,并经初步烧伤创面定量分析试验证实,效果稳定,值得推广使用。