应用基于粒子群优化的支持向量机算法识别真核生物基因的RNA聚合酶II启动子序列

启动子是调节基因表达的重要元件,对其的研究对于阐明基因转录调控机制具有重要意义。作者依据RNA聚合酶Ⅱ启动子序列特性选取高效的特征提取方法,构建了基于粒子群优化的支持向量机(particle swarm optimization-support vector machine,PSO-SVM)新方法,用以识别真核生物基因RNA聚合酶Ⅱ启动子。结合5-折交叉检验方法,得到启动子-外显子、启动子-内含子和启动子-基因间序列的分类准确率分别为97.1%、96.7%和98.8%,其马修斯相关系数分别为0.962、0.934和0.976。结果说明,对比其它启动子识别方法,PSO-SVM方法更能有效地识别真核生物基因启动子。     

透骨川椒汤在妇科慢性盆腔炎治疗中的临床疗效观察

目的:探讨透骨川椒汤在妇科炎症治疗中的应用价值.方法:收集妇科慢性盆腔炎病例508例,分为治疗组和时照组各254例,两组除相同的基础治疗外,治疗组加用透骨川椒汤治疗,并对比两组疗效.结果:治疗组治愈率为50.4%,明显高于对照组的28.3%(P＜0.05).治疗组与对照组的治疗无效率比较无显著性差异(P＞0.05).结论:透骨川椒汤在治疗妇科慢性盆腔炎效果可靠,有着较好的应用前景.     

miR-139555及其靶基因PtNBC在三疣梭子蟹适应盐度胁迫中的表达调控

为研究miR-139555及其潜在靶基因PtNBC(碳酸氢钠协同转运基因)在三疣梭子蟹(Portunus tritu-berculatus)适应盐度胁迫中的表达调控分析,利用RACE技术克隆了PtNBC基因,该基因全长5308 bp,开放阅读框(ORF)3570 bp,共编码1189个氨基酸.利用RT-PCR技术分析m...     

羊水栓塞9 例临床分析

羊水栓塞是指分娩过程中,羊水物质进入母体血循环引起肺栓塞,休克,DIC等一系列严重症状综合征。是比较少见的,严重威胁母婴安全的产科并发症[1,2]。也是孕产妇死亡的重要原因之一,死亡率在70-80%。1临床资料我们自1983年至2003年治疗羊水栓塞9例,现报告如下。表19例患者的临床资料病例123456789日期83.290.1092.195.999.1102.502.1003.803.9年龄223134433526304132孕周133940274140384111分娩方式钳刮术产钳剖宫产中引晚期引产剖宫产剖宫产剖宫产钳刮术发病时间术中四产程术中四产程临产前术中术中术中术中发病症状++++++++++++++++++++++…     

辣椒OSCA基因家族的全基因组鉴定及不同胁迫条件下表达分析

钙通透性阳离子通道蛋白(OSCA)在渗透胁迫感应中发挥重要的作用.本研究利用辣椒(Capsicum an-nuum L.)全基因组信息,鉴定出14个OSCA基因(CaOSCA),染色体定位及同源性分析表明,它们分别位于1、2、4、6、7、8、9、12号染色体上,亚细胞定位预测表明其编码产物均位于质膜上.系统进化树分析这...     

shRNA随机文库结合TK自杀基因筛选靶向HIV-1LTR相关宿主因子

构建shRNA随机文库与HIV-1 LTR启动胸苷激酶基因(TK基因)稳定表达的稳定细胞系HEK293/TK,将两者结合起来,筛选靶向HIV-1 LTR相关宿主因子.方法:通过化学合成含有19个随机脱氧核苷酸的发夹结构,将其退火补平后与合成的接头Linker连接进行PCR反应,将PCR产物酶切后置于慢病毒载体pLenti-U6启动子下游由此构建shRNA随机文库;利用重叠PCR将HIV-1 LTR片段和TK基因连接起来,连接产物经酶切后与pcDNA3.1载体连接;将连接正确的质粒转染HEK293细胞同时用G418加压筛选获得稳定细胞系HEK293/TK;将所获得的文库质粒包装成慢病毒后侵染所构建的HEK293/TK细胞系,通过加入药物GCV进行加压筛选获得存活细胞.结果:成功筛选到加药后存活下来的细胞,抽提细胞基因组,采用巢式PCR扩增目的干扰序列并用Western blot对干扰序列进行验证,鉴定获得一个克隆所表达的shRNA能对TK基因的表达起到抑制作用,通过测序分析获得其干扰序列,该序列很有可能针对HIV-1 LTR某宿主相关因子.结论:成功构建了一种筛选HIV-1 LTR相关宿主因子的方法,筛选所得序列可以定位到具体相关宿主因子,为靶向筛选抗HIV-1药物提供了重要手段.     

从大容量噬菌体抗体库中筛选抗Acr蛋白人源单链抗体

目的:从天然的大容量噬菌体抗体库中筛选特异的抗结核分枝杆菌晶体蛋白( alpha-crystallin Acr)的人源抗体.方法:以结核分枝杆菌Acr蛋白包被免疫管,通过对噬菌体抗体库进行4轮“吸附-洗脱-扩增”的过程从大容量抗体库中筛选特异性抗结核分枝杆菌Acr蛋白的抗体,并对可变区序列进行了测序分析.将特异性的噬菌体抗体感染HB2151菌,经IPTG诱导表达,制备了抗结核分枝杆菌Acr蛋白的可溶性单链抗体;对其序列和抗原结合活性进行分析鉴定.结果:经过4轮筛选,获得了43个与结核分枝杆菌Acr蛋白结合的阳性克隆,其中29个特异结合的克隆;测序分析有26不同的可变区片段;通过可溶性单链抗体(scFv)表达筛选到14株特异性结合Acr蛋白的可溶性单链抗体克隆;经过基因测序,分析了可变区基因的亚群.成功制备了可溶性单链抗体.Westren blotting分析证实筛选的人源单链抗体能与天然蛋白结合.结论:利用单链大容量抗体库获得抗结核分枝杆菌Acr蛋白的噬菌体抗体并且成功制备抗结核分枝杆菌Acr天然蛋白的可溶性单链抗体,为今后的研究和应用奠定基础.     

中西医结合治疗复发性口腔溃疡临床研究

目的:观察中西医结合治疗复发性口腔溃疡的疗效。方法:将80例患者随机分为治疗组(40例)和对照组(40例),对照组给予0.5%洗必泰含漱剂漱口,外敷复方冰硼散口腔溃疡膜,维生素C片,复合维生素B片口服,重型患者应用强的松,2周为1个疗程,治疗组在上述治疗基础加用自拟的中药消溃汤治疗。结果:治疗组总有效92.5%,对照组总有效72.5%,两组临床治疗有效率比较的差异有统计学意义,治疗组明显优于对照组,两组均未见局部及全身的不良反应。结论:中西医结合治疗复发性口腔溃疡,采取对因和对症治疗相结合,疗效确切,可显著提高疗效,无明显不良反应,使用方便,安全性强,值得临床推广使用。     

拉萨河谷上段江孜沙棘Hippophea gyantsensis(Rousi) Lian种群的海拔梯度性变异

江孜沙棘[Hippophea gyantsensis(Rousi)Lian]是青藏高原特有的一种广生态幅的小乔木,在拉萨河谷地区的海拔3500~4200m范围内均有分布。前人工作多集中在江孜沙棘果实的开发利用方面,对其基础生态学研究较少。本研究旨在探讨江孜沙棘沿海拔梯度的群落组成和表型变异的规律。为此,在拉萨河谷上段沿海拔梯度由东向西设置了4个样带:3850m、3950m、4050m和4200m,每个样带设置2至3个10m×10m的样方进行研究。首先,详细记录了每个样方内林下维管植物的物种组成、样方内的沙棘盖度、海拔、样方与河岸的实际距离,并用DCA[detrended correspondence analysis(去势对应分析)]排序方法对群落及其组成物种进行排序分析。随机抽取了每个样方内的20个江孜沙棘植株个体,测定其胸径、基径、株高和叶片长度,用回归分析法分析这些变量和海拔之间的关系。研究结果表明,江孜沙棘在拉萨河谷内的主要生境分为4种类型,即:河边砾石滩地、河阶草滩、河边草甸和河边林缘,样方排序结果主要受海拔的影响;同时,江孜沙棘植株的基径、胸径和高度都随着海拔的升高而显著减小,而叶片长度与海拔之间无显著相关。本文研究结果表明,对江孜沙棘而言,海拔所代表的综合环境因子对其分布和表型有显著的影响,而局部光照可能也是影响其表型特征的重要生态因子。     

马铃薯干物质分配与器官建成的动态模拟研究

根据多年不同保护地栽培田间试验的结果,利用Origin软件结合马铃薯生长发育的基本特点,提出了以发育生理日为驱动变量的光合产物在不同器官间分布的数值模型,方法简便,机理明确,模拟精度高.研究还给出了不同发育时期马铃薯不同器官的干物率变化模型,并依此推导出器官的鲜重模型,进行了马铃薯块茎产量的模拟,结果表明模拟值与实测值具有良好的一致性。