三角帆蚌GPX基因cDNA全序列的克隆及其编码蛋白的结构分析

根据本实验室构建的三角帆蚌cDNA文库中已标注的EST序列, 利用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase, GPX)基因cDNA全序列。序列分析表明, 该基因cDNA序列全长1286 bp, 包括5′端非翻译区(Untranslated Region) 39 bp、3′端非翻译区659 bp和开放阅读框(Open reading frame, ORF)588bp, 共编码195个氨基酸, 分子量约为22.2 kDa, 理论等电点为8.44, 属于含硒类GPX。该氨基酸序列具有GPX所有亚型中均高度保守的3个环状结构, 对酶的三级结构起稳定作用。在线分析结果表明: GPX的氨基酸序列不存在明显的疏水区, 也不存在信号肽序列。氨基酸相似性对比结果显示, 三角帆蚌GPX氨基酸序列与脊椎动物GPX-2及GPX-1的序列相似度较高, 为73.1%-80.8%, 与其他型GPX相似度较小, 相似度低于60%。构建的系统进化树显示三角帆蚌GPX与其他几种鱼类GPX聚为一类, 与其他已发表的几种软体动物GPX相距较远, 推测本实验克隆的三角帆蚌GPX基因和已发表的软体动物不属于同一种GPX类型。     

我国五大淡水湖三角帆蚌群体mtDNA CO Ⅰ基因片段变异分析

三角帆蚌（Hyriopsiscumingii）,隶属于瓣鳃纲（Lamelli—brachia）,真瓣鳃目（Eulamellibranchia）,蚌科（Uionidae）,帆蚌属（Hyriopsis）。三角帆蚌是中国特有的优质淡水育珠母蚌。随着珍珠养殖产业的发展,生产中三角帆蚌种质退化严重,筛选或培育出品质优良的三角帆蚌是当前亟需解决的关键问题之一。我国五大湖鄱阳湖、洞庭湖、太湖、巢湖和洪泽湖是三角帆蚌的主要分布区域,对五大淡水湖三角帆蚌群体遗传多样性、群体间遗传变异及亲缘关系的研究将对三角帆蚌种质资源保护和良种选育产生重要的意义。     

三角帆蚌SOX2基因的分子鉴定及表达分析

SOX基因家族是一系列在性别分化、胚胎发育、细胞多功能性的维持等方面具有重要作用的转录因子,在高等脊椎动物中研究比较深入,但在淡水珍珠蚌中却很少见。本研究利用RACE法克隆获得了三角帆蚌SOX2基因的序列,其cDNA全长为1 840 bp,开放阅读框为672 bp,编码氨基酸223个。该基因具有SOX基因家族典型的HMG-box蛋白结构域,与其他物种对比发现,保守性极高。实时荧光定量PCR组织表达结果显示,在斧足中表达量最高,在肝脏中最低,同时发现雌雄性腺之间存在极显著性差异,雌性性腺表达量明显高于雄性性腺;性腺在早期胚胎中表达量明显高于其他时期,推测SOX2基因参与了三角帆蚌的性别分化和胚胎发育过程。     

三角帆蚌碳酸酐酶Ⅳ基因的克隆及表达分析

三角帆蚌碳酸酐酶Ⅳ(carbonic anhydraseⅣ, HcCA4)基因属于α-CA家族,这是一类含Zn2+的金属酶。α-CA家族加速了CO2和HCO3-之间的相互转化,并对软体动物碳酸钙(CaCO3)的形成、酸碱平衡、钙化和生物矿化起重要作用。本研究通过RACE的方法得到了HcCA4的全长cDNA,共3 043 bp,其中3'与5'端的UTR分别为137 bp、2 021 bp和885 bp的ORF (Open reading frame)区,共编码294个氨基酸,分子量为34.086 kD。对HcCA4的氨基酸序列进行同源性分析之后,发现一个完整的α-CA Superfamily结构域,证明HcCA4属于α-CA家族的基因。qRT-PCR结果表明:CA4基因在前端缘膜、中央膜、后端缘膜、斧足、肝、鳃、性腺和肾脏都有表达,在外套膜的前缘膜和中央膜,鳃中具有高表达。鳃是三角帆蚌呼吸器官,推测CA4参与呼吸作用;外套膜是三角帆蚌分泌矿化物质的关键组织,推测HcCA4参与珍珠层形成。     

中华草龟荧光假单胞菌的分子鉴定及分析

从患病草龟病灶分离到几株优势菌,对该菌进行革兰氏染色、镜检,在普通肉汤培养基上进行观察。对分离菌株进行生化鉴定及16S rRNA基因序列的克隆、测定,并对其DNA进行测序,在NCBI上进行比对,构建系统进化树,对该菌的基因序列进行分析比对,基于形态学、生理学、生物化学和基因序列分析,将这些菌株鉴定为荧光假单胞菌。药敏实验结果表明该菌对复方新诺明、氧氟沙星、恩诺沙星、诺氟沙星高度敏感,对卡那霉素、四环素、庆大霉素、新霉素、氟苯尼考、氯霉素中度敏感,对头孢噻吩、甲氧苄啶有耐药性。     

淮河水系日本沼虾群体遗传结构和系统演化的线粒体COI序列分析

测定了淮河水系17个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体共248个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列,获得623 bp核苷酸片段,包括48个变异位点,定义了31个单倍型,共享单倍型有12个,整体单倍型多样性和平均核苷酸多样性均处于中间水平。AMOVA分析表明,17个群体间的遗传分化系数Fst=0.041 3(P0.05),群体间遗传分化较小。Kimura 2-paramter遗传距离在五河与焦岗湖、花家湖及瓦埠湖群体间最大,为0.014,在高邮和邵伯湖群体之间最小,为0.003。MP系统树与单倍型进化网络关系图具有较高的一致性,31个单倍型被分为3个进化枝,其中一个进化枝主要以下游群体为主,另外2个进化枝主要以中游群体为主。群体中性检验、错配分析表明,淮河日本沼虾近期曾经历过种群扩张。     

斑腿蝗科11种蝗虫RAPD带型的变异

采用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术研究了斑腿蝗科 8属 11种蝗虫RAPD带型的变异。在 2 3个随机引物中有 8个引物能扩增出清晰而稳定的RAPD带 ,扩增总带数为 148条。带型显示 :科内属间及属内种间多态性普遍存在。利用Nei&Li相似系数和UPGMA聚类法 ,构建斑腿蝗科不同属种的分子系统树。聚类结果显示 :属内的种各自先聚为一类 ,而 8个属间的系统树分为两大分支 ,这两个分支与这些属种的形态特征尤其是翅发达与否完全一致。第一分支的 2个属 (云秃蝗属和小蹦蝗属 )均为前翅退化型 ,第二分支的 6个属 (星翅蝗属、长夹蝗属、素木蝗属、胸斑蝗属、外斑腿蝗属、斜翅蝗属 )都是前翅发达型。     

洪泽湖河蚬繁殖高峰期的生物学研究

为了探究洪泽湖河蚬繁殖高峰期的生物学特性,本研究于2016年5月至10月河蚬繁殖季节,在洪泽湖设定8个采样点,每半个月采集河蚬(Corbicula fluminea)样品一次,用组织切片分析成年河蚬的性腺发育、生殖周期、肥满度和胚胎发育状况。研究显示,繁殖高峰期时洪泽湖河蚬的性腺发育过程分为3个时期:成熟期、排放期和恢复期;5月初到10月15日左右是河蚬的生殖期,其中6月中旬和10月都会有一次大量产卵的情况,这2个时间段为河蚬的生殖高峰期;河蚬的肥满度随着水温的上升而呈现递增的趋势,洪泽湖河蚬的性成熟最宜温度为16.0℃～16.5℃。本研究为洪泽湖河蚬的人工繁殖提供实验基础数据。     

背角无齿蚌基因组(GT)n微卫星DNA特征

利用磁珠富集法筛选背角无齿蚌(Anodonta woodiana)的微卫星分子标记,采用Sau3A1酶对完整DNA进行酶切,以生物素标记的(GT)15寡核苷酸探针从酶切片段中筛选微卫星序列.洗脱的杂交片段克隆到PGEM-T载体上构建富集微卫星基因组文库后,通过菌液PCR筛选检测出阳性克隆进行测序.结果表明:在筛选的18...     

淡水育珠蚌外套膜提取总RNA的改良方法

通过对Trizol法加以改进,提取淡水珍珠蚌外套膜组织中的总RNA。经预处理后,在异丙醇沉淀RNA时加入高浓度的盐溶液,用75%的酒精2次洗涤RNA。用紫外分光光度法和1%琼脂糖凝胶电泳鉴定所提取的RNA。结果表明,改良法获得的总RNA完整、纯度高,改良Trizol法是一种从淡水育珠蚌外套膜组织中提取总RNA的高效、便捷、可靠的方法。