一个识别蛋白质折叠模式的SVM分类器

蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法。以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折叠模式。封闭测试准确率达99.612 2%,基于SCOP的开放测试准确率达79.632 9%。基于另一个权威测试集的开放测试折叠准确率达64.705 9%,SCOP类准确率达76.470 6%,可以有效地对蛋白质折叠模式进行预测,从而为蛋白质从头预测提供参考。     

共轭亚油酸甘油酯对大鼠血清脂肪酸组成影响的研究

目的：研究共轭亚油酸甘油酯对高脂饮食大鼠血清脂肪酸组成变化的影响;方法：60 只SD 大鼠随机分为5 组：正常对照 组、高脂对照组,共轭亚油酸甘油酯低（2 g/kg·bw）、中（4 g/kg·bw）、高（6 g/kg·bw）剂量组,除基础对照组外其余各组均喂饲高脂 饲料,建立高脂模型,以灌胃方式给予受试物,6 周后取血清测定其脂肪酸组成。采用一步法直接对血清中脂肪酸进行甲酯化,气 相色谱毛细管柱分离,氢火焰离子化检测器（FID）定性定量分析;结果：共轭亚油酸甘油酯低、中、高剂量组大鼠血清中单不饱和 脂肪酸含量为25.66%,18.74%,17.72%,与高脂对照组相比显著性下降（P<0.01）,各剂量组饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸含量分 别为48.08%,48.52%,51.15%和27.03%,29.28%,31.13%,与高脂对照组相比显著性升高（P<0.01）。几种代表性脂肪酸如各剂量 组中的油酸、亚油酸与高脂对照组相比分别增加了26.48%,41.56%,51.26% 和9.18%,8.61%,8.73%,各剂量组中棕榈酸与高脂对 照组相比降低了5.28%, 8.80%, 10.92%。结论：共轭亚油酸甘油酯能够增加大鼠血清中饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸的含量,减 少单不饱和脂肪酸含量,改变血清脂肪酸组成。     

一种应用流式细胞术快速分选活的衰老细胞的方法

衰老细胞是细胞老化研究的重要模型,目前还缺乏从混合细胞群中分选活的衰老细胞的有效方法。该研究以1.0μg/m L顺铂诱导的人鼻咽癌CNE 2细胞衰老为研究模型,根据细胞大小和自发荧光(脂褐素积累)两项物理特征,采用FACS Aria III流式细胞仪在Purity模式下设门分选活的衰老细胞(SEN)和增殖细胞(PROL),收集细胞,再分别进行回测分析和衰老相关β-半乳糖苷酶(SA-β-gal)染色验证。结果从SEN门控获得分选纯度为74.7%的活的衰老细胞,分选出的细胞可重新贴壁;其中,72.1%的细胞呈SA-β-gal染色阳性,与PROL门控分选获得的细胞(8.01%)相比较有显著差异(P0.01)。该研究提供了一种基于流式细胞仪快速分选活的衰老细胞的方法。     

桂北丰水梨园土壤养分与叶片营养的相关性分析

选取桂北地区有生理异常现象发生的丰水梨园,以成年结果树为研究对象,通过检测年生长周期内梨树叶片矿质营养元素、土壤养分的含量,分析不同时期梨树叶片营养元素和土壤养分含量及其动态变化规律,探讨年生长季内叶片营养与土壤养分之间的相关关系。结果表明:(1)在生长季节内,丰水梨叶片中N、P、K含量丰富;营养元素含量随时间的变化幅度均为P最大,N、K较小,但均未达到显著水平(P>0.05)。(2)梨园土壤中有机质、水解性N含量丰富,有效P、速效K含量普遍偏高;年生长周期内土壤速效N、P、K含量随时间的推移变化较大,均达显著水平(P<0.05),而有机质含量则相对稳定。(3)梨树叶片N含量与土壤有机质、水解性N、有效P、速效K含量呈显著正相关关系(P<0.05);叶片P和K含量与土壤水解性N含量分别呈显著负相关和正相关关系(P<0.05),而与土壤有机质、有效P、速效K相关关系不明显。     

西藏羊八井废弃地热热井的细菌多样性

【目的】旨在研究羊八井热田两废弃地热热井沉积物及热水中的细菌多样性。【方法】采用非培养分子分析技术分别构建了热井A沉积物A样、水样A以及热井B沉积物B样总DNA的16S rRNA基因文库,并对每个文库中随机挑选的克隆子进行扩增rDNA限制性酶切片段分析（amplified ribosomal DNA restriction analysis, ARDRA）,分别选取文库中不同分类单元的阳性克隆子进行测序,将所得到的数据与国际基因数据库GenBank 的序列进行相似性比较并构建系统发育树。【结果】热井A和热井B的细菌类群大多为典型的栖热细菌,均以变形菌（Proteobacteria）为优势类群（在热井A沉积物A中为41.08% 、在水样A中为38.00%,以及在热井B的沉积物B中为42.57%,下同）,以恐球菌－栖热菌（Deinococcus-Thermus）为亚优势类群（10.71%、20.00%、21.30%）;此外两热井沉积物中均发现热泉中比较少见的且为亚优势类群的酸杆菌（Acidobacteria）(在热井A沉积物A中为16.07%、在热井B的沉积物B中为19.15%),热井A沉积物中第三个亚优势类群为壁厚菌门(Firmicutes)的真杆菌（Eubacterium sp.）（14.28%）;水样A中则没有检测到酸杆菌,而以产水菌门（Aquificae）的产氢杆菌属（Hydrogenobacter）为另一亚优势类群(16.00%)。此外两热井中均检测到绿弯菌（Chloroflexi）、蓝藻（Cyanobacteria）以及噬纤维菌-屈挠杆菌-拟杆菌群 (Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides,CFB group)等类群的细菌。【结论】通过与文献比较分析,发现羊八井热田中细菌类群大多为典型的栖热细菌,如恐球菌－栖热菌、产水菌、绿弯菌、蓝藻以及candidate division OP类群的微生物等;但是尚有一些不常见的细菌类群如弧菌（Vibrio sp.）、Bacteriovorax sp.、未培养的酸杆菌和Holophaga（uncultured Holophaga/Acidobacterium）和未确定的疣微菌（Unidentified Verrucomicrobium）等,羊八井热田地热的开发变迁和地下冷热水交融可能与细菌类群的复杂性有关。     

巨细胞病毒单克隆抗体的建立和应用

应用人巨细胞病毒(CMV)AD169株免疫BALB/C小鼠,取脾细胞与SP 2/0小鼠骨髓瘤细胞融合,得到4株(12H、3H、47C和6H)能分泌单克隆抗体(McAb)的杂交瘤细胞。其中47C株McAb(滴度≥512 000)经辣根过氧化物酶标记,能与细胞培养中的AD169株和Davis株CMV发生特异性核内染色反应。14份出现CMV典型病变的临床阳性标本中,12份呈明显的阳性反应,另2份为弱阳性反应,而对正常细胞及感染其它病毒的细胞均无染色反应,说明该McAb具有较好的特异性。用于鉴定分离的毒株,一天内可出结果,比中和试验快速、简便。     

小陇山国家级自然保护区华山松种群更新动态分析

以种群生命表及生存分析理论为基础,将林木依胸径大小分级,以林木径级结构代替年龄结构,采用分段匀滑技术编制小陇山国家级自然保护区华山松种群静态生命表,对其种群年龄结构、死亡率曲线、损失度曲线、存活曲线、生存函数曲线及其幼苗的更新动态、死亡率和原因进行分析。结果表明:该种群属于增长型,表现出前期增长,中期稳定,后期衰退的特点;该种群的整个生命过程,显示了三次死亡高峰,其中幼苗死亡率较高,以后的死亡率低而平缓,符合种群的自然动态规律,也指出"天保工程"实施的意义和效果;该研究指示了华山松的动态以及种群的变化趋势,对保护区已经实施的生态监测和森林保护有着十分重要的意义。     

拟南芥MnSOD的原核表达、纯化及抗体制备

PCR扩增拟南芥MnSOD cDNA的保守区段,构建pET-SOD重组质粒,转化大肠杆菌JM109(DE3),IPTG诱导融合蛋白高效表达;经检测表达产物占菌体总蛋白的69％,且以不溶的包涵体形式存在;表达产物变性后经Ni—NTA Superflow亲和柱分离纯化,得到相对分子质量约为29000的PAGE纯蛋白。融合蛋白经还原复性处理后,比活达到200U／mg;免疫家兔制备MnSOD融合蛋白抗体,抗体效价为1：10000。以上结果为进一步大规模制备MnSOD及其功能研究奠定基础。     

施氏鲟仔鱼发育及异速生长模型

施氏鲟仔鱼的生长发育可分为两个时期:卵黄囊期(或称为自由胚期),即从刚出膜(0日龄,10.17±0.63 mm)到初次开口(9日龄,18.93±0.74 mm);晚期,从开口摄食至器官发育基本完全(38日龄,41.89±5.09 mm).卵黄囊期仔鱼的感觉、摄食、呼吸、游泳等器官快速分化;晚期仔鱼各骨板分化并发育,在形态上逐渐完成向成鱼的转变.对施氏鲟仔鱼异速生长进行的研究表明,仔鱼许多关键器官均存在异速生长现象,如眼径、口宽、尾鳍长、胸鳍长分别在2日龄、8～9日龄、10日龄、11日龄出现生长拐点,拐点之前器官快速生长,拐点之后生长速度减慢甚至近似等速生长.施氏鲟仔鱼各器官呈现出协调和快速发育的特征,随着重要的感觉、摄食、呼吸、游泳等器官的发育和完善,仔鱼快速地具备了躲避敌害和摄食的能力,其生存能力大大提高.