PhageGT：dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

【背景】随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列。通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件。【目的】在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT。【方法】使用Visual Studio 2019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序。软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算。【结果】软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列。【结论】软件PhageGT的使用比较方便、简单。软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231#.YHADb-gzZxc免费获得。     

关中平原麦玉轮作体系作物秸秆不同还田模式下土壤有机碳和无机碳库变化特征

为探究不同秸秆还田模式对土壤碳库的影响,以陕西关中平原连续11年麦玉秸秆还田定位试验为基础,选择5种还田模式,即秸秆均不还田(CK)、小麦高留茬-玉米秸秆粉碎还田(WH-MC)、小麦玉米秸秆均粉碎还田(WC-MC)、小麦高留茬-玉米秸秆不还田(WH-MN)和小麦秸秆粉碎还田-玉米秸秆不还田(WC-MN),测定不同模式土壤有机碳(SOC)、活性碳组分和无机碳(SIC)在0～40 cm土层的分布。结果表明: 与CK相比,WH-MC和WC-MC的SOC储量分别增加28.1%和22.2%,SIC储量分别增加20.4%和17.3%;与试验初始土壤碳储量相比,各还田模式SOC固持量变化为-0.84～6.55 t·hm^-2,SIC固持量为-0.26～8.61 t·hm^-2;土壤总固碳效率为7.5%,维持土壤初始碳储量水平的最小碳投入量为4.65 t·hm^-2·a^-1;与CK相比,WH-MC和WC-MC显著提升0～20 cm土层活性碳组分含量。主成分分析表明,不同还田模式下土壤碳库变化主要受秸秆投入量的影响。来源于灌溉水和植物残体的Ca²⁺、Mg²⁺与SOC矿化产生的CO₂可共沉淀形成CaCO₃,可能是本研究SIC增加的主要机制。从提高土壤碳固持角度来看,小麦高留茬-玉米秸秆粉碎还田模式为最佳还田模式。     

个体化饮食控制联合参芪降糖颗粒对妊娠期糖尿病的疗效

目的:研究个体化饮食控制联合参芪降糖颗粒对妊娠期糖尿病的疗效。方法:选择2016年1月~2018年12月我院收治的201例妊娠期糖尿病患者,将其随机分为两组。对照组采用个体化饮食控制,观察组在个体化饮食控制的基础上加用参芪降糖颗粒,每次口服1 g,每天3次。比较两组治疗前后的餐后2 h血糖、胰岛β细胞功能指数(homeostasis model assessment-β, HOMA-β)及空腹血糖的变化,妊娠不良结局和围产期并发症的发生情况。结果:治疗后,观察组的降糖有效率为95.00%,明显高于对照组(75.24%,P<0.05);两组的HOMA-β较治疗前明显升高(P<0.05),餐后2 h血糖及空腹血糖均较治疗前明显降低(P<0.05),且观察组上述指标变化优于对照组(P<0.05)。观察组的早产率为2.00%(2/100)、剖宫产率为29.00%(29/100)、晚期流率为3.00%(3/100),均明显低于对照组(P<0.05)。观察组的新生儿低血糖、胎儿窘迫、羊水过多、产褥期感染以及产后出血发生率为7.00%,明显低于对照组(21.78%,P<0.05)。结论:个体化饮食控制联合参芪降糖颗粒对妊娠期糖尿病疗效明显优于单用个体化饮食控制,其能有效改善妊娠结局,减少围产期的并发症。     

应用改进的多聚组氨酸标签T7表达载体构建肺癌cDNA文库

应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便. 为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位点的3′端引入6聚组氨酸筛选标签,经包装后挑取成功表达的单克隆构建肺癌cDNA文库. 经镍柱亲和层析后,收集文库中表达组氨酸的克隆,利用化学发光免疫试验进行筛选效果鉴定. 结果显示,改造的新型载体可成功表达组氨酸标签,以此构建的肺癌cDNA文库经筛选后,含ORF插入的克隆由筛前的6 %提高至70 %,本研究为提高cDNA文库的质量提供了一种简便可行的方法.     

银环蛇咬伤中毒的抢救和护理体会

目的总结银环蛇咬伤中毒的抢救和护理措施。方法对21例银环蛇咬伤患者进行彻底的伤口清创处理,及时有效使用抗银环蛇毒血清,保持呼吸道通畅,危重型患者建立人工气道,呼吸机辅助呼吸。结果 21例患者中,治愈20例,1例院前抢救无效死亡。结论正确及时有效的救治和精心的护理是银环蛇咬伤中毒抢救成功的关键。     

浙江莫干山鸟类区系初步研究

１９８５－１９９３年在浙江莫干山进行鸟类调查，共得鸟类１０９种，隶属１４目３２科，７４种鸟类为该区首次记录。留鸟５９（５４．１３％），夏候鸟１８种（１６．５１％），冬候鸟２５种（２２．９４％），旅鸟７种（６．４２％）。其中森林灌丛鸟类７４种（６７．８９％），平原田野鸟类２０种（１８．３５％），沼泽水域鸟类１５种（１３．７６％）。从地理型分析，东洋界鸟类５９种（５４．１３％），古北界鸟类４５种（４１     

硬膜外复合全麻对老年高血压患者腹部手术后并发症的影响

目的：探讨硬膜外复合全麻对老年高血压患者腹部手术后并发生的影响。方法：收集2013 年6 月-2015 年6 月在两家医院 接受腹部手术的老年高血压患者100 例,根据麻醉方法不同分为研究组和对照组。研究组患者给予硬膜外复合麻醉,对照组给予 全凭静脉麻醉。观察并比较两组患者的麻醉时间、药物用量以及术后并发症的发生率。结果：两组麻醉时间比较,差异无统计学意 义（P>0.05）;研究组麻醉药物用量低于对照组,差异具有统计学意义（P<0.05）;两组患者手术时间比较,差异无统计学意义（P>0. 05）;研究组患者术后苏醒时间、拔管时间以及住院时间均短于对照组,差异具有统计学意义（P<0.05）;研究组术后并发症的发生 率低于对照组,差异具有统计学意义（P<0.05）。结论：硬膜外复合全麻用于老年高血压患者腹部手术能够减少麻醉药物用量,降低 术后并发症的发生率,安全性较高。     

毛竹基因组大小和序列构成的比较分析

毛竹(P. pubescens)是世界重要的竹类植物之一, 是中国分布范围最广、种植面积最大(占全国竹林总面积的2/3以上)、经济价值最高的竹种. 毛竹属于禾本科, 为四倍体(4x = 48), 是该科中特殊的草本植物. 禾本科中多个基因组已被或正在被测序, 但竹类植物基因组研究还未见报 道. 本研究以被测序的玉米(B73)和水稻(日本晴) 基因组作为内参, 利用流式细胞仪(FCM)获得大小约为2034 Mb毛竹基因组, 其与玉米基因组大小相仿, 远大于水稻基因组. 为了明确毛竹基因组是否与玉米基因组一样由大量重复序列组成, 进行了毛竹基因组随机测序, 获得近1000条基因组调查序列(GSS). 序列分析表明, 毛竹基因组的重复序列组成比例23.3%, 明显低于玉米(65.7%); 其重复序列主要由Ty1/Copia和Gypsy/DIRS1 2类LTR逆转座子(14.7%)构成, DNA转座子和其他重复序列比例均较低. 但由于测序数量等原因,该结果还有待今后更大规模的基因组测序分析. 本研究对毛竹和其他竹种的基因组学研究提供了一些有价值的基础数据, 同时该研究是第一次对竹类植物基因组的序列构成进行了初步描述.     

DSA图像中运动伪影的消除方法

由于病人存在着各种运动(如呼吸、肌肉运动、心脏运动、设备噪声),在成像过程中常会造成图像上出现伪影,干扰医生的正常诊断,为消除这种伪影,本文提出一种基于图像配准思想的全自动消除伪影的方法,该方法能够自动消除DSA图像中的大部分运动伪影,使DSA图像得到较好的增强,并为后面的血管分割和三维重建提供便利,是一种快速有效的方法。     

植物microRNAs在植物发育和非生物胁迫响应中的作用

microRNAs(miRNAs)是一类内源的长度约为22个核苷酸的非编码小分子RNA,其通过对靶基因mRNA进行切割或翻译抑制调节mRNA的表达,在植物中起到重要的作用.主要介绍了植物miRNAs的特征、合成和作用机制,综述了miRNAs在植物生长发育和非生物胁迫响应中的作用.