不同DNA抽提方法对普通PCR和实时荧光定量PCR方法检测家蚕微孢子虫的影响

为了优选快速、 灵敏、 特异的家蚕微孢子虫Nosema bombycis分子检测方法和DNA抽提方法, 本文通过对家蚕微孢子虫TaqMan探针荧光定量PCR检测方法和SYBR Green荧光定量PCR检测方法的建立以及反应体系优化, 并与普通PCR方法进行比较; 再采用4种不同DNA抽提方法分别对PCR和实时荧光定量PCR方法检测家蚕微孢子虫悬浮液的效果评价。结果显示: 不经过DNA抽提, 直接将家蚕微孢子虫发芽液进行PCR反应的效果优于其他方法, 检测灵敏度由高到低依次为直接法、 酚/氯仿抽提法、 动物组织DNA试剂盒抽提法和植物组织DNA试剂盒抽提法; TaqMan探针法检测家蚕微孢子虫发芽液的灵敏度和SYBR Green法相近, 达到微孢子10²个/mL, 两者均优于普通PCR方法。实验表明, 直接采用发芽液结合荧光定量PCR方法检测家蚕微孢子虫最为简便、 快速、 灵敏。该研究结果将有助于提高家蚕微粒子病监控技术和检疫能力, 对家蚕微粒子病的检疫和防治具有积极意义。     

HLA分型方法进展

传统的HLA分型方法主要是血清学和细胞学方法,分型准确性较差,且不能进行亚型分析。随着PCR技术及基因芯片技术等分子生物学技术的出现、发展,HLA基因分型得到了迅速的发展,各具特点的HLA分型技术不断出现,使HLA的分型更加准确、精细、简便、实用,为临床推广应用打下了基础。     

微生物次级代谢产物生物合成基因簇的克隆与异源表达

微生物次级代谢产物结构、功能极为多样,具有抗感染、抗肿瘤、免疫调节等多种生物活性,是新药研发的重要来源.随着新一代DNA测序技术以及生物信息学工具的快速发展,微生物基因组中大量次级代谢产物的生物合成基因簇(biosynthetic gene clusters,BGCs)被发现,BGCs克隆与异源表达在研究次级代谢产物中...     

黄海中部近岸春夏季鱼卵、仔稚鱼群落结构特征

2013年4月下旬至7月上旬,采用浅水I型网垂直拖网的调查方式对黄海中部20m以浅海域(34°30'—35°30'N,119°20'—120°20'E)的鱼卵、仔稚鱼种类组成与数量分布进行了6个航次的综合调查。春夏季共采集鱼卵21种(未定种3种),共计2247粒,隶属于9科15属。仔稚鱼22种(未定种1种),共计286尾,隶属于13科17属。鱼卵优势种为日本鳀Engraulis japonicus、赤鼻棱鳀Thryssa kammalensis、江口小公鱼Stolephorus commersonnii、皮氏叫姑鱼Johnius belengerii和属Callionymus spp.。仔稚鱼优势种为大银鱼Protosalanx chinensis、白姑鱼Argyrosomus argentatus、日本鳀、赤鼻棱鳀和皮氏叫姑鱼。鱼卵丰度和分布与经度呈负相关、与SST呈正相关,但与其他环境因子如纬度、表层盐度(SSS)和水深等无显著相关性。仔稚鱼丰度和分布与上述环境因子均未表现出显著相关性。基于Bray-Curtis指数的聚类分析表明,鱼卵优势种包括集中分布于研究水域34°48'N以南海域(江口小公鱼、皮氏叫姑鱼和青鳞小沙丁Sardinella zunasi)、10m等深线以内(赤鼻棱鳀),以及北部水域(日本鳀和属)3种主要聚集类型;仔稚鱼优势种包括集中分布于34°48'N—35°12'N海域(赤鼻棱鳀和日本鳀)、连云港外海浅水区(白姑鱼、皮氏叫姑鱼和梭鱼Liza haematocheilus,以及南部水域(褐菖鲉Sebastiscus marmoratus和鲬Platycephalus indicus)3种主要聚集类型。研究结果揭示了黄海中部近岸海域鱼卵、仔稚鱼群落的时空分布格局动态,为科学认识环境变动下该海区渔业种群数量动态和资源变化提供了科学依据。     

过氧化氢预处理对褐煤物化性质及生物产气的影响

【目的】研究过氧化氢预处理对褐煤物化性质及生物产气的影响。【方法】以胜利5号褐煤为研究对象,利用正交试验对过氧化氢预处理褐煤条件进行优化,在最优条件下处理褐煤得到处理后的残煤和处理液,通过X射线衍射分析(X-ray diffraction, XRD)、扫描电镜分析(scanning electron microscopy, SEM)、比表面积分析及孔隙分析(brunauer-emmett-teller, BET)、气相色谱-质谱分析(GC-MS)、高效液相色谱分析(HPLC)等方法对原煤、残煤和处理液的物化性质进行比较分析。【结果】经过氧化氢预处理,褐煤的最优条件为过氧化氢浓度5.0%、预处理时间20 d、液固比30:1,处理液中总有机碳含量为105 mg/L。在最优条件下,过氧化氢处理后残煤表面裂痕、凹陷增多,表面结构变得松散;煤的芳香面网间距增加,芳环结构更加疏松,晶核结构变小;孔隙度和比表面积均增大。处理后残煤中的固定碳、C元素和镜质组的相对含量降低,而灰分、挥发分、O和H元素及惰质组含量增加,残煤中O=C-O、C=C、C=O官能团含量增加,而N-H、C-H官能团含量则减少。生物产气结果表明反应液和残煤产气量均低于原煤,分别减少了39.13%和94.46%。过氧化氢预处理主要作用于煤中镜质组,使其有机碳溶解,煤中大分子结构的官能团发生变化,改变煤的芳环结构,在氧化作用下煤结构中的小分子溶解进入处理液。处理液中有机物以短链脂肪酸为主。经生物产气后,反应液中小分子酸以及有机物种类减少,被微生物利用产气。而各产气试验组中优势菌门及优势菌属的菌群丰度呈现出显著差异,古菌中原煤产气组盐杆菌门(Halobacteriota)为优势菌门,甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)为优势菌属;反应液产气组热变形菌(Thermoprotei)为优势菌门,深古菌属(Bathyarchaeia)为优势菌属;细菌中原煤产气组放线菌门(Actinomycetota)为优势菌门,Gaiellales为优势菌属;反应液产气试验组假单胞菌门(Pseudomonadota)为优势菌门,代尔夫特菌属(Delftia)为优势菌属。【结论】煤溶解有机碳可以被微生物利用产气,但是煤中有机组分的过氧化脱除导致生物产气量减少。     

肾透明细胞癌患者铁死亡相关基因的预后作用

探讨铁死亡相关基因在肾透明细胞癌患者中的表达及其预后价值。通过TCGA数据库下载KIRC的相关测序数据与检索到的铁死亡相关基因取交集,进行铁死亡相关基因的差异分析。之后利用单变量和多变量Cox回归分析,筛选具有预后价值的基因,构建预测患者生存情况的风险评分模型,并对模型进行验证。对高低风险组进行GO与KEGG通路富集,探讨风险差异的可能原因;通过ssGSEA分析,评估高低风险组间的免疫浸润情况。在KIRC患者的肿瘤组织和正常组织中,共得到21个差异的铁死亡相关基因;通过单因素Cox回归分析,获得 28 个与KIRC预后相关的基因;之后进行Lasso回归与多因素Cox回归分析,结果显示有10个基因被纳入模型,计算公式为:风险值(Risk score)=(0.024 5)×ALOX5表达值+(0.126 0)×CBS表达值+(0.199 5)×CD44表达值+(0.218 3)×CHAC1表达值+(-0.295 9)×HMGCR表达值+(0.036 7)×MT1G表达值+(0.061 4)×SLC7A11表达值+(-0.080 7)×FDFT1表达值+(0.160 3)×PEBP1表达值+(-0.220 5)×GOT1表达值。生存状态图表明,高风险组死亡病例数多于低风险组;ROC曲线表明风险评分模型具备一定预测能力;K-M生存分析显示,高风险组总体生存率低于低风险组(P=5.73×10^-13)。GO与KEGG富集分析提示,高低风险组间免疫情况及IL-17信号通路存在显著差异;进一步的ssGSEA富集显示,高低风险组间大部分免疫细胞的评分存在显著差异。基于铁死亡相关基因的预后风险评分模型可用于KIRC的预后预测,针对铁死亡相关基因设计靶点可能是治疗KIRC的一种新选择。     

基于红外相机监测数据分析安徽麝活动节律

安徽麝(Moschus anhuiensis)是我国特有种,被列为国家一级重点保护野生动物,狭窄地分布于安徽、河南及湖北三省交接的大别山区域。为明确安徽麝的活动节律及其与其他动物的相互关系,2021年1月至12月,在湖北大别山国家级自然保护区罗田县区域内布设43台红外相机,对安徽麝及其同域物种进行研究。根据红外相机拍摄的时间,统计安徽麝及其他物种的活动规律,并进行节律重叠分析。结果表明：(1)监测的43台红外相机,共10 142个工作日,拍摄野生动物照片1 042张,其中10台红外相机拍摄到安徽麝,共有效监测到安徽麝40次。安徽麝的相对多度(IRA)为3.84;(2)安徽麝主要分布于保护区的核心区范围,落叶阔叶林是安徽麝优先选择的生境(χ² = 98.99,df = 2,P < 0.001);日活动高峰为9:00 ~ 11:00时和21:00 ~ 23:00时,4月和12月是安徽麝的年活动高峰期,6至10月安徽麝的活动强度很低;昼夜节律分析发现,安徽麝具有较强的夜行性活动能力(INRA = 0.64);(3)安徽麝的活动节律与保护区内同属鲸偶蹄目的小麂(Muntiacus reevesi)及野猪(Sus scrofa)均存在显著差异,具有一定特异性。     

肠道淋巴组织与共生细菌对肠道环境稳态的共同维持

肠道环境的稳态不仅是正常消化功能的基础,还是抵御病原体入侵的重要防线。定居于肠道内的细菌与肠道免疫系统间存在着广泛的相互影响和相互补充,在维持稳态过程中发挥协同作用。本综述结合国内外相关研究进展,简要阐述肠道正常菌群对肠道淋巴组织发育的影响和对局部乃至全身免疫反应的调节机制,进而说明菌群如何与机体共同维持肠道稳态。 更多还原     

HIV-1蛋白酶的表达、纯化及其抑制剂体外筛选方法的建立

从HIV-1IIIB病毒RNA经RT-PCR得到HIV-1蛋白酶编码序列,克隆到pet28a质粒中构建HIV-1蛋白酶表达载体。阳性克隆转染E.coliBL21DE3,经IPTG诱导,蛋白酶以包涵体的形式表达,表达量占菌体总蛋白量的40%。包涵体经TritonX-100洗涤后溶解于8M尿素,溶解后的蛋白溶液经sephacyls-200H.R分子筛柱纯化后纯度达到90%以上,收集蛋白酶峰稀释复性并通过超滤进行浓缩。经检测,纯化的蛋白酶具有较高的活性。用荧光标记的蛋白酶底物检测不同浓度indinavir对蛋白酶活性的影响,表明该方法可以用于蛋白酶抑制剂的筛选。     

OX-LDL与单核巨噬细胞相互作用促进动脉粥样硬化形成

目的单核-巨噬细胞在动脉粥样硬化（AS）发病过程中的作用日益受到关注,但泡沫化过程中细胞内脂质变化情况的研究报道尚不多见。方法一次性密度梯度超速离心分离LDL制成ox-LDL,动态观察小鼠巨噬细胞内脂质成分和细胞形态的变化。结果纯化的LDL纯度可达92.39%。细胞形态学观察细胞内红色脂质颗粒增多,电镜显示细胞核周围包含染色质,胞浆稀少含有大量的核糖体,线粒体丰富。随浓度的增加LDL组及OX-LDL组细胞内TC、FC、CE均明显增加。结论 OX-LDL同单核巨噬细胞相互作用可使动脉壁局部形成AS病变的特征病理性细胞。OX-LDL较LDL更易使单核巨噬细胞形成泡沫细胞。高浓度的OX-LDL可以导致细胞膜结构的损伤。