利用一种新的网上工具Scansite进行蛋白质磷酸化预测

Scansite分析软件是近两年建立的一种新的利用因特网,基于蛋白质分子中较短的模序进行蛋白质磷酸化和蛋白质蛋白质相互作用预测的工具。这里综述了Scansite的使用方法、功能介绍及与其他磷酸化分析软件的比较,并展望了Scansite在进行磷酸化预测中面临的问题和应用前景。     

二甲酸钾对白羽肉鸡生长性能和肠道菌群结构的影响

为评估二甲酸钾对畜禽肠道菌群的影响及其作为一种抗饲料添加剂的应用潜力,采用3日龄健康白羽肉鸡作为饲喂对象,在基础饲粮基础上添加质量浓度为0.1%、0.3%、0.5%、0.7%的二甲酸钾和含量为50 mg/mL的金霉素分别进行比较饲喂管理。记录28 d试验周期内白羽肉鸡的料重比变化,采集28 d时白羽肉鸡盲肠肠道内溶物,利用第三代测序技术对肠道菌群进行16S rDNA全长序列高通量测序。结果显示,饲喂0.3%的二甲酸钾能够显著降低料重比,对白羽肉鸡的生长性能具有明显的促进作用。饲喂0.3%的二甲酸钾对白羽肉鸡的肠道菌群结构造成了一定的影响,有效地提高了肠道菌群的物种多样性。优势菌群中,饲喂0.3%二甲酸钾与空白组相比,在门水平上,拟杆菌门相对丰度显著上升,厚壁菌门、变形菌门和Epsilonbacteraeota的相对丰度下降,产生了更有利于生长发育的微生物群落。同时,在属水平上,拟杆菌属相对丰度显著上升, Barnesiella和螺杆菌属的相对丰度下降,改善了肠道中微生物菌群的微生态健康。研究结果丰富了二甲酸钾和金霉素对白羽肉鸡生长性能和肠道菌群影响的认识,也为更全面了解二甲酸钾应用于替代抗生素对畜禽的影响提供了有价值的微生物学信息。     

2016-2018年医院血培养病原菌的分布及耐药性分析

目的:分析2016-2018年医院血培养病原菌的分布及其耐药性。方法:对2016年1月至2018年12月遵义医科大学附属医院各科室送检的血标本进行培养、鉴定和药敏试验,并对主要病原菌的分布和药敏结果进行统计分析。结果:2016-2018年分别分离出病原菌1459、1647、1711株,其中革兰氏阴性杆菌分别为占57.78%、55.43%、54.24%,革兰氏阳性球菌分别占37.97%、39.34%、43.25%,真菌分别占4.25%、5.22%、2.51%。2016-2018年,大肠埃希菌对头孢呋辛、头孢曲松的耐药率逐年降低,对厄他培南耐药率呈明显的升高趋势;肺炎克雷伯菌对头孢呋辛、头孢曲松、头孢吡肟的耐药率逐年降低,对头孢哌酮/舒巴坦、氨苄西林/舒巴坦耐药率上升;凝固酶阴性葡萄球菌对左氧氟沙星、苯唑西林、庆大霉素的耐药率明显降低,对环丙沙星、克林霉素的耐药率有明显的上升趋势;金黄色葡萄球菌对环丙沙星、克林霉素的耐药率明显升高,对左氧氟沙星的耐药率明显降低,对呋喃妥因、万古霉素、利奈唑胺、替加环素均不耐药;白色假丝酵母菌、热带假丝酵母菌对两性霉素B均不耐药,白色假丝酵母菌对氟康唑、伏立康唑不耐药,热带假丝酵母菌对氟康唑、伊曲康唑均高度耐药。结论:造成血流感染(BSI)的主要病原菌为革兰氏阴性杆菌,病原菌对常用的抗菌药物都有不同程度的耐药,临床应合理使用抗菌药物,以降低耐药性,并加强医院感染控制措施减少耐药菌的传播。     

高抗体水平种鸡NDV的分离鉴定和分子特性

从抗体水平较高、产蛋下降的种鸡群分离到一株新城疫病毒(Newcastle Disease virus,NDV)SGM01,经动物回归可产生NDV典型病变,其MDT、ICPI和IVPI等分别为50．5h、1．76和2．41,表明为强毒。对其F和HN基因进行克隆测序,F基因氨基酸多肽裂解位点的基序为~(111)GRRQKRF~(117),与强毒基序一致。基因分型表明SGMO1属Ⅶ型。氨基酸同源比较显示:SGM01与LaSota、SQZ04等基因Ⅱ型的同源性为:87．7%～88．3%;(?) Taiwan95、Yunnan03等基因Ⅶ型的同源性为:95．7%～98．2%;与F_(48)E_9等基因Ⅸ型的同源率为:90．8%～91．7%。HN基因与F基因不同,具有明显的时空性。SGM01、Taiwan95、SQZ04等新近分离毒氨基酸高度同源,同源性为:95．3%～97．2%,显著高于与LaSota(经典弱毒疫苗株)和F_(48)E_9(经典强毒株)的同源性87．4%～89．0%。     

中华按蚊CPF家族表皮蛋白基因的全基因组鉴定及其特征分析

【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis基因组上的CPF家族表皮蛋白基因,分析其基因结构和特征,推测其可能的生物学功能;同时比较研究代表性蚊种的CPF家族基因,提供CPF家族基因的信息框架。【方法】基于中华按蚊An.sinensis、冈比亚按蚊An.gambiae、微小按蚊An.minimus、埃及伊蚊Aedes aegypti、致倦库蚊Culex quinquefasciatus和黑腹果蝇Drosophila melanogaster全基因组序列,以冈比亚按蚊CPF家族基因序列为询问序列,采用BLASTP,TBLASTN和HMM方法鉴定这些物种的CPF家族基因;利用生物信息学方法预测中华按蚊CPF家族基因的结构、剪切模式、信号肽、跨膜区、结构域和3D结构等;采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建这些物种的系统发生关系,推断CPF家族基因的起源和进化。【结果】中华按蚊、冈比亚按蚊、微小按蚊、埃及伊蚊、致倦库蚊和黑腹果蝇全基因组共有4,4,4,3,3和3个CPF家族基因。中华按蚊的CPF基因被分别命名为As CPF1,As CPF2,As CPF3和As CPF4,这些As CPF基因的全长c DNA序列分别为736,2 021,531和1 001 bp,分别编码219,345,148和185个氨基酸。As CPF1,As CPF2和As CPF3仅含有一个内含子,但As CPF4含有3个内含子,所有内含子均为0位内含子。As CPF1,As CPF2,As CPF3和As CPF4分别有3,2,1和2个不同的选择性剪切子。As CPF3的表达量最高,其次是As CPF4,As CPF2和As CPF1。推测的As CPF1,As CPF2,As CPF3和As CPF4的理论分子量分别为22.86,36.47,15.08和18.66 k D,等电点分别为9.08,8.97,9.44和9.16。As CPF家族蛋白含有保守的44个氨基酸基序和C-末端基序;As CPF1,As CPF3和As CPF4具有信号肽,为分泌型蛋白,而As CPF2缺乏信号肽,为非分泌蛋白。二级结构分析显示,4个As CPF均具有α-螺旋,无规卷曲和延伸链,只有As CPF4有一段跨膜片段,位于第5-27位氨基酸。系统发育分析显示,CPF3基因可能是最早分化出来的CPF家族基因,CPF1和CPF2基因可能是同一祖先基因经过一个基因重复事件分化形成的,CPF4基因很可能是按蚊所特有的,是最晚分化出来的CPF基因。以冈比亚按蚊为对照,替换率分析显示,中华按蚊CPF表皮蛋白的Ka/Ks值均小于1,表现出纯化选择。【结论】对中华按蚊CPF家族基因在全基因组上的鉴定和特征分析,及对代表性蚊虫CPF家族基因的比较分析,揭示了蚊虫CPF家族基因的多样性、结构和氨基酸特征以及起源和进化,这为该家族基因的进一步研究和利用提供了信息基础。     

氟的环境地球化学行为及其对生态环境的影响

近几十年来,氟的区域性环境地球化学异常和人为环境污染所导致的植物和人体氟暴露现象引起了广泛关注,世界各国学者对不同环境介质中氟的地球化学行为进行了较为深入的研究,但仍然存在诸多争议和不确定性.本文回顾了近些年来有关氟在大气、水、土壤中的来源、数量、存在形态、迁移转化和控制因素等方面的研究成果,以及氟的地球化学行为与植物和人体氟暴露的关联性,并提出了未来有关氟的环境地球化学行为研究应优先考虑的几个方向.     

3个油茶品种幼苗对干旱胁迫的生理响应

在温室内模拟不同干旱胁迫,通过盆栽试验研究了3个油茶品种‘长林4号’(C4)、‘长林23号’(C23)和‘长林53号’(C53)2年生幼苗主要生理指标的变化,并利用相关分析、主成分分析和隶属函数法对各油茶品种抗旱性进行综合评价。结果表明:(1)随着干旱程度加重和胁迫时间延长,油茶叶片相对电导率和硫代巴比妥酸反应物(TBARS)含量均有不同程度上升。(2)超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化物酶(POD)活性均呈现先上升后下降趋势,且在干旱15d时,抗氧化酶活性达到最大。(3)叶绿素含量、净光合速率(Pn)、气孔导数(Gs)和蒸腾速率(Tr)随着胁迫程度加重和胁迫时间延长均有不同程度下降。(4)抗旱性综合评价表明,供试的3个油茶品种抗旱能力依次为C53>C4>C23。     

中国的寒武—奥陶系界线及其附近的化石带

前言中国寒武—奥陶系界线的研究早在20年代就引起已故孙云铸教授(1923)的注意,他把华北地区的寒武—奥陶系界线放在冶里组的底界,认为与欧洲特马豆克统的底界相当。但是详细的界线研究工作是五十年代才开始的,其中卢衍豪等(1955)、穆恩之等(1959)和卢衍豪、林焕令(1980)在浙江西部(图1,1);周志毅、张进林(1978)和周志毅等(1983)在河北     

腺病毒介导的nm23-H1对人结直肠癌裸鼠移植作用的实验研究

目的 探讨Ad-GFP-nm23-Hl对人高转移结直肠癌移植瘤的抑制作用,为临床肿瘤基因治疗提供一定的理论依据.方法 将15只人结直肠癌移植瘤裸鼠随机分为高剂量组(1010 PFU/ml Ad-GFP-nm23-Hl)、低剂量组(109 PFU/ml Ad-GFP-nm23-Hl)、阴性对照组(PBS).均采用瘤体注射给药,连续给药4 d,每2 d测一次肿瘤体积.观察10 d后取瘤块称重和组织病理学检查.结果 Ad-GFP-nm23-Hl高剂量组移植瘤体积较其他各组明显缩小(P<0.05),瘤体积抑制率和瘤重抑制率分别为76%和66%. 结论 Ad-GFP-nm23-Hl对人高转移结直肠癌移植瘤有抑制作用,并存在剂量依赖性.     

胰蛋白酶镜像酶LysargiNase的开发及其在蛋白质组学研究中的应用

蛋白质组学是系统鉴定、定量蛋白质及其翻译后修饰形式,并研究这些蛋白质生物学功能的学科。目前,基于质谱的鸟枪法蛋白质组学技术是蛋白质组学研究的主要手段之一,其技术流程是先将蛋白质组样品经位点特异性蛋白酶消化形成肽组,再进行高效液相色谱分离和质谱检测。而位点特异性蛋白酶对蛋白质样品的消化是质谱检测的前提和基础。随着蛋白质组学研究的深入,多种位点特异性蛋白酶被先后开发利用;而切割发生在相应氨基酸的N端,与传统的C端蛋白酶互为镜像的蛋白酶的鉴定、开发、特性研究和广泛使用更是为蛋白质组学研究提供了新的工具。文中对最近发现的胰蛋白酶的镜像酶——赖氨酸精氨酸N端蛋白酶(LysargiNase)的特点及其应用进行综述,为国内外学者更加广泛的使用创造条件。