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大肠杆菌启动子特征参数的统计分析 总被引:1,自引:0,他引:1
首先统计了683条大肠杆菌sigrna70启动子序列的每个位点单碱基频率,并计算了每个位点单碱基体现保守性的M1(1)值和相应涨落限,从而获得多个大于涨落限的保守位点。其次,对大肠杆菌的转录起始位点到翻译起始位点的距离进行了统计,发现这个距离的范围是0-1000bp。大肠杆菌启动子还分布于一些特定的基因间和编码区,分别是的DIV基因间,55%的TAN基因间和6%的编码区。这些启动子的特征是启动子辨识的重要参数。 相似文献
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目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法。方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测。结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明5种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%。结论:与已有的三种预测转录因子结合位点的软件进行比较,PWMSA算法明显优于其他三种算法,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别提高了0.25和0.22。 相似文献
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嗜热蛋白在高温下能保持稳定性和活性,是研究蛋白质热稳定性的理想模型,开发一个蛋白质热稳定性识别的方法将对蛋白质工程和蛋白质的设计很有帮助。目前的研究中,氨基酸的组成及其物化性质一直被认为和蛋白质的热稳定性相关。本研究筛选出可靠的数据集,包括915个嗜热蛋白和793个非嗜热蛋白。利用蛋白质氨基酸的物化性质和氨基酸的组成表征嗜热蛋白,将二肽氨基酸组成整合到9组氨基酸物化性质中使蛋白序列公式化。支持向量机5折叠交叉验证表明:当gap=0时,290个特征产生的精度最高,为92.74%。因此说明对于分析蛋白质的热稳定性,所建立的预测模型将是一个很有效的工具。 相似文献