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61.
利用支持向量机和马氏判别式预测人类polⅡ启动子   总被引:1,自引:0,他引:1  
林昊  杨科利 《生物信息学》2009,7(2):117-119,127
通过选取人类启动子与非启动子序列中不同的k-mer作为预测算法的基础特征,分别以三个区域(-249~-1;0~+50;-30~+30)的6-mer频数作为离散源参数构建离散增量,同时选取24个位点(-31~-21;-4-+2;+25-+29)的3-mer频数作为位置打分函数的参数,分别利用支持向量机和马氏判别式为判别函数对启动子进行预测。用10折叠交叉检验来衡量两种算法的预测能力,预测结果成功率分别达到87.0%和87.9%。对于独立检验集,敏感性分别为62.7%和76.0%,特异性分别为77.5%和66.8%。  相似文献   
62.
卢宝荣  夏辉  杨箫  金鑫  刘苹  汪魏 《生物多样性》2009,17(4):362-377
转基因作物的商品化生产和大规模环境释放, 引起了全球对生物安全问题的广泛关注和争议, 其中转基因通过花粉介导的基因漂移逃逸到非转基因作物及其野生近缘种, 进而带来不同类型的环境风险就是备受争议的生物安全问题之一。有效的生物安全评价和研究能够为转基因作物的安全持久利用保驾护航。按照风险评价的原则, 对于转基因逃逸及其潜在环境风险的评价应包括两个重要步骤: (1)检测转基因向野生近缘种(包括杂草类型)群体逃逸的频率; (2)确定逃逸后的转基因能否通过遗传渐渗在野生近缘种群体中存留和扩散。杂交-渐渗是进化生物学中非常重要的科学命题和普遍的自然现象, 杂交-渐渗的进化理论与转基因逃逸及其潜在环境风险的研究和评价有密切的关系。杂交-渐渗过程往往导致物种形成、适应性进化和自然群体的濒危与灭绝, 这是因为在杂交-渐渗过程中, 不同的机制如遗传同化作用、群体湮没效应以及群体的选择性剔除效应等都会在很大程度上影响群体的进化过程。转基因通过杂交-渐渗进入野生群体, 使这一过程更加复杂化。如果转基因能提高群体的适合度, 则更有利于其渐渗速率, 从而在群体中迅速扩散并带来一定的生态后果。杂交-渐渗的进化理论和思想将有益于指导转基因逃逸及其潜在环境风险的研究和评价。  相似文献   
63.
旗舰物种是保护生物学中一个广泛应用的概念, 用于获得公众对保护行为的支持, 在生物多样性保护领域发挥着重要作用。但目前尚未见量化分析遴选和确定旗舰物种的公开报道, 致使学术界对旗舰物种的定义和使用相对主观, 缺乏科学依据。本文对旗舰物种的定义进行了梳理, 探讨了旗舰物种的内涵, 确定了旗舰物种的属性, 制定了遴选标准和量化遴选方法, 以便读者更好地理解和运用这一概念。目前旗舰物种的定义仍然局限在其社会学属性, 作者建议今后应加强其生物生态学属性。作者认为除了公众的关注度和认可度之外, 旗舰物种还应具备以下3个生态生物学和社会文化特征: (1)物种在当地的濒危程度及生存现状; (2)物种在当地生态系统中的重要性; (3)物种在当地民众中的影响力和认可度。基于此, 本文确定了表征旗舰物种社会文化属性和生态生物学属性的8个要素, 基于层次分析法提出了一种量化的旗舰物种遴选方法。该方法综合上述8个要素进行评判和计算分值, 以塔吉克斯坦境内分布的14种大型濒危哺乳动物的生态生物学属性和社会文化影响力为基础, 描述基于层次分析法遴选塔吉克斯坦哺乳类旗舰物种的方法和过程, 最终依据每个备选物种所得分值高低排序, 得到塔吉克斯坦旗舰物种的优先备选物种。本文首次提出了一种量化遴选旗舰物种的方法, 期望今后可基于该方法开发更加合理的旗舰物种遴选模型和算法。  相似文献   
64.
目的:探讨肺叶手术中超前应用氟比洛芬酯对减轻全身麻醉苏醒期躁动发生率的影响。方法:60例肺叶切除术患者随机分为A组和B组,每组30例,两组均常规诱导全麻气管插管,术中瑞芬、丙泊酚、维库溴铵泵住维持麻醉,A组于术前给予氟比洛芬酯1 MG/KG。比较两组躁动得分、苏醒后(10 min、30 min、1 h、2 h、4 h、24 h)六个时间点疼痛评分及不良反应发生率。结果:两组出血时间、拔管时间、麻醉时间差异均无统计学意义(均P0.05);A组患者的躁动得分显著低于B组,差异有统计学意义(P0.05);两组的VAS评分差异有统计学意义(P0.05),不同时间点的VAS评分差异有统计学意义(P0.05),分组与时间之间存在交互作用(P0.05);A组患者的不良反应发生率低于B组,差异有统计学意义(P0.05)。结论:肺叶手术中超前应用氟比洛芬酯具有良好的镇痛效果,可以降低全身麻醉苏醒期躁动的发生率。  相似文献   
65.
目的:探讨X 连锁凋亡抑制蛋白(XIAP)和survivin 在原发性肝细胞癌中的表达及两者的相关性。方法:选取本院收治的60 例原发性肝细胞癌患者,应用免疫组织化学染色的方法对肝癌组织及癌旁组织中的XIAP及survivin 的表达进行检测。结果:经 比较,肝癌组织中XAIP 及survivin 的阳性率均显著高于癌旁组织,差异有统计学意义。XIAP 和survivin 的表达强度与肿瘤的大 小无关,但随肿瘤的分化程度的降低而升高,且不同分化程度之间差异有统计学意义;XIAP 和survivin 存在正相关关系。结论: XIAP与Survivin 在肿瘤组织中的高表达在促进肿瘤发生、增殖、转移以及耐药,并且能够降低肿瘤的分化程度,增加肝癌的恶性 程度。此外,两者可能存在协同作用,但两者的相关性及作用机制仍需进一步探讨。  相似文献   
66.
三种增温情景对入侵植物空心莲子草形态可塑性的影响   总被引:1,自引:0,他引:1  
虽然国内外已对克隆植物的表型可塑性开展了大量研究,但是气候变暖对克隆植物,尤其是入侵性克隆植物形态可塑性的影响及其可能的生态学意义研究仍然有限。通过设置白天增温、夜间增温和全天增温3种方式,通过切断或不切断匍匐茎处理,探讨入侵植物空心莲子草(Alternanthera philoxeroides)形态特征对不同气候变暖情景的响应。研究发现:夜间增温2℃条件下,切断匍匐茎连接显著降低空心莲子草匍匐茎总长度和平均分株长度;白天增温和全天增温2℃对匍匐茎切断和连接组的空心莲子草的匍匐茎总长和平均分株长影响不显著;3种增温方式对空心莲子草的分蘖数均无显著影响。这些结果表明:空心莲子草对增温具有较高的耐受性,并对不同增温方式采取不同的响应策略;夜间增温可能通过光合补偿效应增加其匍匐茎的长度和平均分株长从而促进其水平方向的扩展以占据更加有利的生境,增强其入侵能力;白天和全天增温对整个克隆片段匍匐茎形态几乎无影响。  相似文献   
67.
农药是特殊商品,在农业生产中贡献率超过30%以上,现代农业的生产模式从过去的追求高产量提升到高产优质、营养安全;因此,农药的科学管理显得尤为重要。本文从陕南略阳农药市场十多年的经营情况对比入手进行调研,弄清了农药流通领域存在的问题,提出了解决的途径和对策,旨在规范经营、服务三农,提高农产品质量安全水平。  相似文献   
68.
激活淋巴细胞cDNA单链库的构建   总被引:1,自引:0,他引:1  
介绍一种激活淋巴细胞cDNA单链库构建方法,此库具有良好的模板活性. 用PCR法从此库中克隆了多种中国人源性的细胞因子.  相似文献   
69.
胚抢救技术在核果类果树育种上的应用   总被引:9,自引:0,他引:9  
胚抢救技术在核果类果树早熟品种育种及获得远缘杂种、阻止胚早期退化、提高早熟品种种子萌发率和缩短育种周期等方面具有重要作用。对胚抢救技术及其在核果类果树育种上的应用、注意问题进行了综述。  相似文献   
70.
昆虫病原线虫共生菌的分类   总被引:2,自引:1,他引:2  
昆虫病原线虫共生菌是存在于昆虫病原线虫肠道内的一类细菌 ,属肠杆菌科 (Enterobacteriaceae) ,兼性厌氧 ,包括致病杆菌属 (Xenorhabdus) [1] 和光杆状菌属 (Photorhabdus) [2 ] ,它们分别与斯氏线虫属 (Stein ernema)和异小杆线虫属 (Heterorhabditis)的线虫共生[3] 。在自然界 ,共生菌存在于 3龄侵染期线虫的肠道中[4 ] ,不能从土壤中分离获得 ,是昆虫病原线虫的主要致病因子。昆虫病原线虫共生菌直到 2 0世纪 5 0年代末期才被发现 ,其分类地位也经常发生变动 ,鉴定工作尽管几十年来陆陆续续时有报道 ,但并不十分深入和系统。近年来 ,…  相似文献   
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