建立基于RNA免疫共沉淀技术的鼠疫耶尔森菌Hfq蛋白相关sRNA的体内验证方法

目的：建立RNA免疫共沉淀方法,为鼠疫耶尔森菌Hfq蛋白相关非编码小RNA（sRNA）提供体内验证方法。方法：首先在RNA结合蛋白Hfq下游加入Flag标签,用Flag标签抗体进行免疫共沉淀,获得蛋白-RNA复合物,然后从沉淀的蛋白-RNA复合物中分离得到纯化的RNA;通过Western印迹检测各步骤Hfq蛋白的表达,再利用Northern印迹检测目的sRNA--RyhB1和RyhB2。结果：构建了带有Flag标签的RNA结合蛋白Hfq的载体,此载体转导入hfq缺失株后与鼠疫菌野生株的生长曲线无明显差异;通过RNA-蛋白免疫共沉淀技术鉴定出已知与鼠疫菌Hfq蛋白结合的2个sRNA--RyhB1和RyhB2。结论：建立了利用RNA-蛋白免疫共沉淀鉴定与鼠疫菌Hfq蛋白结合的sRNA的技术,为细菌sRNA的验证、功能研究和体内蛋白质与RNA相互作用研究提供了有利工具。     

鼠疫菌H-NS蛋白的表达与纯化及其DNA结合活性

摘要：【目的】利用大肠杆菌BL21λDE3的表达系统,表达出有活性的鼠疫耶尔森氏菌（以下简称鼠疫菌）调控子蛋白H-NS,为进一步研究H-NS的转录调控奠定基础。【方法】 PCR扩增鼠疫菌201株hns基因的编码区,将其直接克隆入pET28a质粒中,再将pET28a-hns重组质粒转入大肠杆菌BL21λDE3菌株中,所得菌株经IPTG诱导后能表达出鼠疫菌His-H-NS蛋白;通过体外的凝胶迁移实验（EMSA）和DNaseⅠ足迹实验对His-H-NS蛋白与DNA的结合活性进行分析。【结果】成功表达出有活性的鼠疫菌His-H-NS蛋白,该蛋白对鼠疫菌pH6抗原基因（psaA、psaE）及rovA基因均有结合活性。【结论】鼠疫菌His-H-NS具有DNA结合活性,说明H-NS能调控鼠疫菌基因的转录。     

单核苷酸突变基因型PCR - SSP快速检测方法的建立

目的:探讨多样本、多基因的单核苷酸突变基因分型操作的PCR - SSP的最优参数,建立最佳反应体系.方法:优化PCR - SSP反应中扩增体系参数,选取优化后的参数做为反应体系;在反应体系已优化的条件下,分别优化解链温度、循环参数.结果:优化后Mg2+、dNTPs、Taq酶、序列特异性引物、内对照引物、DNA模板在20μL反应体系中的终浓度分别为:3.75 μmol/L、0.5m mol/L、2.5U、0.5μmol/L、0.2μmol/L、0.15μg;采用改良的TouchDown做为循环参数,其中DNA变性时间至15min,增加5个起始循环.结论:成功建立了PCR - SSP反应的快速操作体系,扩增条带清晰,普通、琼脂糖凝胶电泳即可检测单核苷酸突变基因型.优化后的体系适合对人、小鼠等各类型DNA样本进行快速多基因单核苷酸多态性分型.     

鼠疫菌重要调控子蛋白的表达纯化及DNA结合活性分析

目的:利用大肠杆菌BL21(λDE3)的表达系统,表达7个有活性的、与鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)传播及致病密切相关的调控子蛋白,并对这些蛋白与DNA的结合活性进行分析,为构建鼠疫菌毒力基因转录调控网络建立分子生化实验平台。方法:通过分子克隆技术构建鼠疫菌调控子蛋白的表达菌株,所得菌株经IPTG诱导后能分别表达鼠疫菌CRP、Fur、PhoP、OxyR、OmpR、RcsB和RovA带His标签的融合蛋白;对这些蛋白与DNA的结合基序进行生物信息学预测;通过体外凝胶迁移实验验证上述蛋白与靶DNA的结合活性。结果:表达了7种有活性的鼠疫菌调控子蛋白,这些蛋白与靶基因启动子区具有体外结合活性。结论:表达的7种调控子蛋白在鼠疫菌的传播致病中有重要作用,这些调控子蛋白与DNA体外结合实验平台的建立,是构建鼠疫菌毒力基因转录调控网络的基础。     

大鼠肝细胞核纯化、染色质分部及染色质非组蛋白双向凝胶电泳分析

本文使用改良的超离心法制备了大鼠肝细胞核,通过相差显微镜、电镜、转录活力及三种酶活力的测定,证实了所得细胞核较纯,其产率约为5％。使用羟基磷灰石(HAP)柱层析对染色质分部,并测定了各分部的紫外光谱。同时测定了核、染色质、染色质疏松结合非组蛋白(UP)、去up—染色质(UC)和HAP柱各分部的化学组成。对up和酚抽提法制得染色质紧密结合非组蛋白(NP)分别进行了双向凝胶电泳图谱分析。     

应用系统发育树分析DDBJ基因库中HBV基因序列的基因型

为了充分利用核酸库中的HBV序列信息,探讨DDBJ核酸库中HBV基因序列的基因分型,采用Clustal X（1.8）软件比较HBV基因序列前S区序列差异并产生系统发育树。通过对下载的1471条HBV基因序列进行系统分析。获得了228条前S/S区完整的HBV基因序列,其中有66条序列的基因型已被各种方法所证实。利用软件分析绘制了基于228条HBV前S区基因序列的系统发育树。66条已知基因型HBV基因序列在系统发育树上的分型与其原有基因型完全吻合。在228条HBV基因序列中,有207条序列分别属于A、B、C、D、E、F和G等7个基因型,但另外21条序列不能归属于上述7个基因型的任何一种,而且它们又分为彼此相互独立存在的两群,暂分别称之为未分型I和未分型Ⅱ,经比较未分型I、Ⅱ和其他7个基因型前S区核苷酸序列,发现未分型I、Ⅱ和D型前S区都有33个核苷酸缺失,但三者基因缺失片段的位置和形式各不相同,但其它六型前S区无大片段基因缺失。结果说明采用基于前S区的系统发育树基因分型分析方法正确可靠,除了现已证实的7个基因型外,尚可能存在另外两个新的HBV基因型。     

基于rV270抗原的鼠疫多孔微球疫苗的制备及其免疫保护作用评价

目的：评价生物可降解高分子材料多孔微球作为鼠疫亚单位疫苗佐剂的可行性。方法：制备可生物降解的高分子材料多孔微球,将rV270抗原蛋白吸附到多孔微球中制备微球疫苗,肌肉注射免疫BALB/c小鼠,初次免疫后21d加强免疫1次,于初次免疫后第10周用600LD50鼠疫耶尔森氏菌攻毒,攻毒后观察14d。结果：攻毒后,微球疫苗免疫的小鼠全部存活,且健康状况良好,对照组小鼠几乎全部死亡。结论：生物可降解多孔微球可作为免疫佐剂用于鼠疫亚单位疫苗研制。     

茂兰退化喀斯特森林植被自然恢复中生态系统碳吸存特征

为了了解退化喀斯特森林自然恢复中生态系统碳吸存趋势, 采用空间代替时间的方法, 研究了茂兰退化喀斯特森林自然恢复中生态系统碳吸存特征。结果表明: 总体上植被生物量随恢复进程递增, 其中乔木层与其变化一致, 草本层、灌木层则相反; 喀斯特植被的地上与地下生物量之比较低, 尤其灌木层的地上与地下生物量之比最低; 加权平均含碳率随恢复进展递增; 随恢复进程, 植被乔木层碳密度递增, 草本层、灌木层碳密度递减; 总体上生态系统及其植被、土壤的碳密度由恢复早期(草本阶段、草灌阶段)经中期(灌木阶段、灌乔阶段)至后期(乔木阶段、顶极阶段)呈增加趋势, 而凋落物的相反。在贵州茂兰国家级自然保护区喀斯特森林的恢复进程中, 植被对生态系统碳库的影响最大, 尤其是木本植被, 而土壤的影响较小, 因此, 加强植被恢复对喀斯特地区生态系统碳汇具有极重要的意义。     

叶面喷施硝酸盐对丁香叶片气孔动态、光合作用的影响

以哈尔滨市绿化植物紫丁香（Syringa oblata Lindl.）为研究对象,借助便携式光合测定系统和电子显微镜,研究了叶面喷施硝酸盐（50 mmol·L^-1 NaNO₃溶液）对叶片气孔动态（气孔分布、气孔开度）和光合生理过程（光合—呼吸的光诱导、光化学效率、叶绿素含量以及细胞间隙二氧化碳浓度、气孔导度）的影响。结果表明：叶片上、下表皮均有气孔、腺毛分布,喷施处理第5 d时,叶片的气孔开度和导度、光合速率、叶绿素含量等未受到显著影响,但14 d时,气孔关闭、导度下降,光合—呼吸的光诱导过程受到显著影响。     

一对紫绀型先天性心脏病患儿肠道菌群动态变化及阴沟肠杆菌耐药性研究

[目的]观察一对紫绀型先天性心脏病双胞胎新生儿在接受手术及抗生素治疗前后的肠道菌群的动态变化,探究患儿肠道内阴沟肠杆菌在治疗期间耐药性如何发生改变。[方法]通过采集患儿在不同治疗阶段的粪便样本,进行培养组学和16S rRNA基因测序分析。同时,从双胞胎哥哥不同治疗阶段的粪便样本中分离得到10株阴沟肠杆菌进行体外药敏试验。[结果]培养组学结果显示使用抗生素导致术前粪便样本丰富度降低,仅可分离获得肠球菌属、不动杆菌属和肠杆菌属;长期医院环境暴露后,能分离出多种条件致病菌属,包括肠杆菌属、克雷伯菌属、不动杆菌属和假单胞菌属;母乳喂养4个月后,粪便菌群丰富度增加、构成发生改变,可分离获得乳杆菌属和双歧杆菌属等有益细菌。16S rRNA基因测序结果显示,在多种因素影响下不同治疗时间点α多样性指数和相对丰度最高的菌属不同。细菌耐药实验结果显示,治疗期间阴沟肠杆菌对哌拉西林逐渐产生耐药性。[结论]接受抗生素治疗、院内环境暴露和母乳喂养共同影响患儿治疗和康复期间的肠道菌群组成;在不同治疗阶段仅使用一种抗生素,也会导致阴沟肠杆菌对不同药物的耐药性发生改变。