基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法

转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容,但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上,提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法,通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描,来预测转录起始位点的位置。首先根据窗口序列的交迭组分特征和启动子其它特征分别建立二次判别分类器,用其计算对应位置的似然得分,再利用转录起始位点与翻译起始位点的间隔经验分布信息对似然得分进行修正,最后依照似然得分的分布情况由阈值定位算法确定预测位置。对大肠杆菌真实序列数据的测试结果表明,该定位算法可实现对真实转录起始位点位置的有效预测,与已有算法相比,当敏感性指标同为0.85左右时,特异性指标可从0.20提高至0.65,从而使得定位准确率提高了约20个百分点。     

秋、冬季北部湾浮游介形类群落多元分析

根据对北部湾生态环境综合调查所采集的浮游动物样品,对北部湾秋、冬季浮游介形类组成及群落结构进行了多元分析.结果表明,测区内浮游介形类种类为11种,分属于低盐暖水类群、广温广盐类群和高温高盐类群3个生态类群;海区内的平均丰度较低,其中针刺真浮萤数量最多,为海区的绝对优势种,左右着整个北部湾浮游介形类的数量.聚类分析和MDS分析表明,北部湾浮游介形类为一个结构相对稳定的群落,秋、冬季可看成是一个群落的2个亚群;对各聚类组的丰度与水温、盐度相关分析表明,水温、盐度对浮游介形类群落结构变化所产生的作用较小,但存在一定的规律性;在冬季,底层温盐对群落Ⅱ产生显著影响.     

血脂异常遗传性疾病的研究现状

血脂异常(Dyslipidemia)是指血浆中胆固醇和(或)甘油三酯水平升高, 可导致严重的心血管疾病, 常以冠心病和脑中风为首发表现, 该类疾病严重危害着人们的健康。一些血脂异常疾病具有遗传性, 主要包括孟德尔遗传和多基因遗传。传统检测血脂异常相关基因的方法主要有DNA测序和连锁分析, 适合于孟德尔遗传性血脂异常疾病。最近几年兴起的新一代测序技术(Next-generation sequencing)不仅适用于孟德尔遗传性血脂异常疾病的研究, 同样适用于复杂性血脂异常疾病。2006年至今, 运用全基因组关联分析(Genome wide association study, GWAS)筛出许多与血脂异常疾病相关的基因, 这些基因和早期孟德尔遗传家系确定的基因多数相同。GWAS频谱分析发现, 复杂性疾病相关的基因变异频率存在差异, 并且几乎所有筛查出的与血脂异常疾病相关的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs)变异均位于非编码区, 使得人们逐渐对非编码区基因变异展开了研究。血脂异常致病基因的发现和基因变异致病机制的阐明, 为血脂异常疾病提供新的治疗靶点, 并为新一代药物筛选提供新思路。文章对血脂异常遗传性疾病的研究现状进行了综述。     

玉米花粉体外萌发方法改进及其对花粉介导转基因的作用

超声波处理花粉介导植物基因转化方法由山西省农业科学院生物技术研究中心发明, 已被国家知识产权局授予发明专利(专利号ZL 99121152.9)。在该专利的基础上, 针对玉米(Zea mays)花粉取样、保存和处理条件等因素对其体外萌发的影响进行深入研究, 提出了改进玉米花粉体外萌发实验的方法。研究结果表明, 在不同时期对开花的玉米进行花粉培养时所需蔗糖溶液的浓度不同; 确定了玉米花粉的保存时间、条件及其对超声波处理后花粉萌发率的影响, 以提高该转化方法中花粉的活力, 并进一步验证了该转基因方法的可靠性; 讨论了玉米花粉体外萌发的操作技巧和各因子的参数, 对提高花粉介导植物基因转化效率有一定的参考价值。     

唾液富组氨酸蛋白

唾液富组氨酸蛋白（histidine-rich protein, HRPs）是由人类和高等灵长动物的腮腺、下颌下腺、舌下腺分泌到唾液中的碱性小分子多肽,分子量为4 kD左右,其氨基酸序列富含组氨酸,分子表面带有正电荷和稳定的α螺旋结构．唾液富组氨酸蛋白具有广谱抗菌性,对革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌及真菌都有杀伤作用,其抗菌机制是作用线粒体呼吸通路,诱发ATP的释放．此外,唾液富组氨酸蛋白具有促进伤口愈合的能力,其作用机制与细胞内信号调节激酶1/2通路相关．同时,它也具有金属离子结合能力、机体免疫调节能力,其作用机制与分子表面本身结构特点和阻滞下游信号通路相关．唾液富组氨酸蛋白是一种天然的功能性蛋白质,有望应用在相关疾病的治疗上,本文对唾液富组氨酸蛋白的结构特点、功能机制、应用前景作一简要论述,为后续功能蛋白质的研发和应用奠定了理论基础．     

纳米银的抗菌特性及对多重耐药菌株的抗菌作用

【目的】利用革兰氏阴性细菌、革兰氏阳性细菌和真菌的模式菌株分析纳米银的抗菌特性,并评价纳米银对多重耐药菌株的抗菌作用。【方法】利用生物法合成的纳米银,以微量肉汤法测定3种标准菌株的最小抑菌浓度(MIC)和最小杀菌浓度(MBC),并计算MBC/MIC比值。用系列浓度的纳米银处理3株标准菌株后经平板计数法绘制时间-杀菌曲线。采用菌落平板计数法测定了纳米银对3种标准菌株的"抗生素后效应"(post-antibiotic effect,PAE),最后在生物安全II级实验室测定纳米银对临床分离的多重耐药菌株的抗菌作用。【结果】用生物法合成了粒径5–30 nm的纳米银,zeta电位为–19.5 m V。该纳米银制剂对3种标准菌株的时间-杀菌曲线均表现为时间依赖型抗菌作用。纳米银对大肠杆菌和白色念珠菌"抗生素后效应"随着浓度增加而增加,对金黄色葡萄球菌无明显"抗生素后效应"。纳米银对3种标准菌株的MIC值和MBC值均在1.00–4.00μg/m L之间;对3株人源性多重耐药菌MIC值在6.00–26.00μg/m L之间,MBC值在1.00–32.00μg/m L之间;对14株动物源性多重耐药菌MIC值在4.00–10.00μg/m L之间,MBC值在8.00–16.00μg/m L之间。纳米银对所有测试菌株的MBC/MIC值均小于2。【结论】纳米银是一种时间依赖型的抗菌剂,有不同程度的"抗生素后效应",对人源和动物源性多重耐药菌有杀菌作用。     

低浓度哇巴因对负鼠肾小管上皮细胞增殖的影响

目的:用低血清培养液来模拟肾脏供血不足的营养不良状态,研究低浓度哇巴因对低血清培养下OK细胞(负鼠肾小管上皮细胞)增殖的影响。方法:用低浓度哇巴因(1-30n M)处理0.2%血清培养下OK细胞,MTT实验和Brdu掺入法检测哇巴因对OK细胞增殖的影响;Western blot检测Akt和ERK1/2的磷酸化水平;用LY294002和PD98059分别抑制PI3K/Akt和ERK1/2蛋白激酶活性,观察抑制PI3K/Akt和ERK1/2对哇巴因促进OK细胞增殖的影响。结果:低浓度哇巴因(1-30n M)促进OK细胞的增值,上调OK细胞中Akt和ERK1/2磷酸化水平。用LY294002和PD98059特异抑制Akt和ERK1/2的活化能够抑制哇巴因的促增殖作用。结论:低浓度哇巴因(1-10n M)能够促进OK细胞的增值,PI3K/Akt和ERK1/2信号通路参与哇巴因对OK细胞促增殖作用的调节。     

抗增殖蛋白与氧化应激北大核心CSCD

抗增殖蛋白为一种高度保守、分布广泛、功能多样的蛋白,由核基因编码,定位于线粒体内膜、细胞核、细胞膜和基质中,由于其参与多种生物学进程,已引起广泛关注。由于其在线粒体上的特殊定位、结构和功能,使其近年在与氧化应激功能相关的研究中开始逐渐成为新的热点。针对抗增殖蛋白与线粒体的研究,系统阐述其在氧化应激及相关疾病和老龄化过程中的重要作用,并对其应用前景作以展望。     

义齿粘附剂在口腔修复中的应用

随着全球人口老龄化趋势的不断加剧,老年人群口腔疾病的发病率也随之上升。以我国为例,每年因牙列缺损或牙列缺失而接受治疗的患者数量不断增加。无论何种修复体,义齿的固位和稳定一直是口腔医生和患者评价修复体成功与否的最直观的标准。如何提高义齿的固位和稳定是口腔专业工作者长期关注并研究的主题。义齿的固位与稳定可以通过多种方式进行强化。义齿粘附剂(DA)是用来辅助粘膜支持式义齿(包括全口义齿)固位的方法之一。本文通过阐述义齿粘附剂提高义齿固位与稳定的机理,探讨不同类型的义齿粘附剂对口腔环境的影响,对义齿粘附剂在口腔修复学科应用的现状及发展作一综述,以利于DA的使用与推广。     

人参皂甙Rd预处理可减轻谷氨酸所致的PC12细胞损伤

目的:研究人参皂甙Rd(Ginsenoside Rd)预处理对谷氨酸所致PC12细胞损伤的影响。方法:将体外培养的PC12细胞分为3组,分别为对照组(Control)、谷氨酸损伤组(Glu)和人参皂甙Rd预处理组(Rd)。Control组细胞正常培养;Glu组细胞暴露于含10mM谷氨酸的DMEM培养基中损伤24 h;Rd组细胞经50μM的人参皂甙Rd预处理30 min后,在谷氨酸浓度为10 mM的DMEM培养基中损伤24 h。采用MTT检测细胞活力和乳酸脱氢酶(LDH)检测试剂盒检测LDH释放量;流式细胞仪检测胞内活性氧(ROS)水平;Western blot检测还原型谷胱甘肽蛋白(GSH)表达;专用试剂盒检测细胞内过氧化氢酶(CAT)和超氧化物歧化酶(SOD)含量,相差显微镜观测细胞形态。结果:50μM的人参皂甙Rd预处理30 min,可明显提高谷氨酸诱导的PC12细胞的活力,降低其LDH释放量、胞内ROS含量,并提高胞内GSH蛋白表达,增加CAT、SOD含量并改善细胞形态。结论:人参皂甙Rd预处理可减轻谷氨酸引起的PC12细胞损伤。