转录因子结合位点的计算预测方法研究进展

转录因子结合位点的计算预测是研究基因转录调控的重要环节,但现有算法的预测特异性偏低.在深入分析转录因子结合位点生物特征的基础上,对当前基于保守模体和基于比较基因组学的两类计算预测方法进行了综述,指出了方法各自的优点和不足,并探讨了可能的改进方向.     

大肠杆菌内源性转录终止子的支持向量机预测方法

内源性转录终止子的计算预测是基因转录调控研究的重要内容,但当前方法的预测特异性偏低.在深入分析大肠杆菌内源性终止子中RNA发夹结构和多聚胸腺嘧啶区域等特征信号的基础上,为内源性终止子建立了一个由5个特征变量组成的包含序列组分、局部构象和能量分布信息的特征集,并根据此特征集实现了一种基于支持向量机的内源性终止子计算预测方法.针对大肠杆菌内源性终止子数据集和编码区阴性对照集的六重交叉验证测试证实了预测方法的有效性,对已知数据的预测平均正确率达到了99.4%.在对大肠杆菌全基因组限定范围内的搜索中,该预测方法可以成功地识别出绝大多数已知内源性终止子,与其他几种常用方法相比,预测结果总数大幅度减少,预测的特异性有了明显提高.     

戊糖和己糖共发酵生产燃料乙醇条件研究

利用嗜鞣管囊酵母P-01对木糖和葡萄糖共发酵生产燃料乙醇的条件进行了试验研究,结果表明,木糖和葡萄糖混合液生产燃料乙醇的最佳条件为发酵液的pH值5.5、30℃、摇床转速120 r/min、接种量10%、发酵液初始糖浓度6%、葡萄糖与木糖之比为2、发酵周期为84h。在最佳发酵条件下,发酵醪液中的燃料乙醇浓度为2.101%,糖醇转化率为35%。     

猪口蹄疫病毒多抗原表位重组腺病毒的构建与鉴定

本研究设计构建了含有猪O型口蹄疫病毒VP1（21—60）-（141-160）-（200—213）位氨基酸的基因的重组腺病毒质粒pAd-VP,经PacI酶切后转染HEK-293A细胞,3次噬斑纯化获得了重组腺病毒rAd—VP。该重组腺病毒于HEK-293A细胞连续传代至20代效价稳定,TCID50为10^-10／mL。RT—PCR检测证明目的基因在mRNA水平上可有效表达;应用O型口蹄疫病毒标准阳性血清进行间接荧光抗体试验,在rAdVP感染的HEK-293A细胞的胞质可见清晰荧光。证明该重组腺病毒对VP1（21-60）-（141—160）-（200—213）位氨基酸的基因进行了成功的表达,从而为FMDV多抗原表位腺病毒活载体疫苗的研究奠定了基础。     

尖吻蝮蛇酸性磷脂酶A2的纯化和初步晶体学

为进一步揭示影响血小板聚集活性的结构基础,纯化了江西尖吻蝮蛇（Ａｇｋｉｓｔｒａｄｕｎ ａｃｕｔｕｓ）酸性磷脂酶Ａ２。江西省吻蝮蛇蛇毒经ＣＭ－Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ离子交换柱层析,两步ＤＥＡＥ－Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ离子交换柱层析以及Ｍｏｎｏ）ＧＦＰＬ离子交换柱层析,得到了ＳＤＳ聚丙烯酰胺凝胶电泳和等和集电泳均一的磷脂酶Ａ２（ＰＬＡ２）,其分子量为１６．５ＫＤ,等电点为４．３,经测定,该酶具有抑制ＡＤＰ诱地     

转基因植物表达HIV疫苗的研究进展

转基因植物成本低廉,表达的外源蛋白安全性高,易于大规模生产。建立HIV疫苗的植物表达系统,开辟了HIV疫苗研制的新领域。本综述了转基因植物表达HIV疫苗过程中目的基因的选择与修饰、载体的构建、受体植物的选定、目的基因的表达、优势与安全性等研究进展。     

核心蛋白聚糖对慢性哮喘小鼠气道和肺血管胶原沉积的影响

目的:研究核心蛋白聚糖(decorin)对哮喘小鼠气道及肺血管胶原沉积的影响.方法:30只雌性昆明系小鼠随机分为对照组、慢性哮喘组及decorin干预组,每组10只.慢性哮喘组和decorin干预组小鼠第0、7、14d腹腔注射卵蛋白(OVA)致敏;第22d始雾化吸入2.5％OVA溶液激发哮喘,每次30min,每周3次,连续8周;decorin干预组小鼠每次OVA激发前2h腹腔注射decorin(0.25mg·kg-1)干预;对照组全部以生理盐水代替.末次激发24h后处死小鼠.酶联免疫吸附测定(ELISA)法测定小鼠血清和肺泡灌洗液(BALF)中转化生长因子-β1 (TGF-β1)水平;苏木精-伊红(HE)染色及Masson三色染色观察肺组织切片病理改变及胶原沉积;图像分析软件测定气道血管胶原沉积.结果:慢性哮喘组血清及BALF中TGF-β1水平显著高于对照组(P均＜0.01),而decorin 干预组较慢性哮喘组明显降低(P均＜0.01);慢性哮喘组气道壁胶原沉积厚度及肺血管壁胶原沉积厚度显著高于对照组(P均＜0.01),而decorin干预组上述改变较慢性哮喘组明显减轻(P均＜0.01).结论:Decorin干预可减轻哮喘小鼠气道及肺血管胶原沉积.     

鸡γ干扰素的可溶性表达及纯化产物的抗病毒活性

【目的】克隆鸡γ-干扰素（chIFN-γ）基因,大肠杆菌表达及产物纯化与活性检测。【方法】通过RT-PCR方法用ConA刺激的20日龄SPF鸡的脾脏淋巴细胞中扩增出chIFN-γ成熟蛋白基因cDNA,克隆至原核表达载体pET-32a (+),构建重组表达质粒pET-32a (+)-chIFN-γ,在大肠杆菌BL21（DE3）中经IPTG诱导表达,利用镍柱亲和层析法纯化可溶性蛋白,并进行SDS-PAGE、Western blot鉴定。利用MDCK-VSV系统测定抗病毒活性。【结果】克隆得到456 bp 的chIFN-γ成熟蛋白编码基因,大肠杆菌中成功表达chIFN-γ蛋白,分子量约为31.0 kDa,能与抗His的单克隆抗体和兔源多抗血清发生特异性反应。表达蛋白一部分形成包涵体,另一部分以可溶形式存在,可溶性蛋白经镍柱在天然条件下的纯化得率为3.0 mg/mL。生物学活性试验表明,1:32 稀释纯化的重组chIFN-γ （rchIFN-γ）孵育MDCK细胞后能抵抗100TCID50的VSV攻击。【结论】通过镍柱天然纯化获得的rchIFN-γ具有较好的抗病毒活性,为研制新型抗病毒干扰素制剂奠定基础。     

串联表达PRRSV M与GP5蛋白重组腺病毒的构建及其免疫特性研究

利用PCR扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒的M基因,按正确的读码框与GP5基因串联,成功构建穿梭载体pShuttle-CMV-M-GP5,经PCR、测序鉴定正确。PmeⅠ线性化后在BJ5183大肠杆菌内与腺病毒骨架载体pAdEasy-1同源重组,产生重组腺病毒DNA。重组腺病毒DNA经PacⅠ线性化后用脂质体转染HEK-293A细胞,在细胞内包装成完整的腺病毒,通过IFA可以检测到M与GP5串联的重组腺病毒构建成功,可以正确地表达目的蛋白。将构建好的重组腺病毒免疫小鼠,结果表明可以诱导产生较强的体液免疫应答(ELISA抗体和中和抗体)和细胞免疫应答(淋巴细胞增殖和CTL反应)。证明该重组腺病毒具有较好的免疫原性,为下一步猪体免疫试验奠定了基础。     

活细胞内亚细胞结构蛋白质组学研究新技术——几种邻近标记策略的应用及比较

真核细胞内多种无膜及有膜细胞器为各种生物学过程的发生提供场所.被膜细胞器通过它们之间的膜接触位点所进行的信息交流和物质交换是维持生命活动所必需的.绘制活细胞中细胞器或膜接触位点等处的蛋白质组图谱,将有助于解析这些部位的生物学功能及作用机制,并为研究细胞器相互作用提供基础.但由于无膜细胞器或膜接触位点很难分离纯化,传统的生化方法难以系统解析其中的蛋白质组.最近报道的几种基于酶类的蛋白质邻近标记技术,则为系统分析上述空间受限的蛋白质组这一难题提供了有效的解决方案.通过将能催化产生活性自由基(最常见的是生物素及其衍生物的自由基)的酶连接到目标蛋白上,可对其邻近的蛋白质组进行共价标记,从而使后者的分离和鉴定成为可能,并可以运用于活细胞中的动态标记.我们在此综述了几种最新的邻近标记策略的原理及应用,并对它们的优势与局限性进行了比较,以期为细胞器互作的蛋白质组学研究提供参考.