基于改进的Winnow算法的剪接位点识别

DNA序列功能位点的识别是目前生物信息学领域的一个研究热点,剪接位点的识别就是其中之一.为了充分利用剪接位点的特征模式,从而更好地识别剪接位点,建立了一个基于改进Winnow算法的剪接位点识别系统.与其他方法相比较,改进的Winnow算法具有更好的鲁棒性,适用于高维特征空间,能够融合多种模式信息,即使在包含很多不相关特征的情况下,也能有很好的性能.同时在训练的时候,对特征集进行了剪枝,把一些对识别几乎没有贡献的特征去除,这样做对结果的影响可以忽略,而且提高了算法的效率.通过实验验证,改进的Winnow算法可以很好地识别剪接位点,其多个性能指标达到或超过目前国际上流行的剪接位点识别软件.     

赤芍总苷对培养乳鼠心肌细胞损伤的保护作用

为了探讨赤芍总苷对心肌细胞损伤的保护作用,以异丙基肾上腺素加入培养的乳鼠心肌细胞造成缺血缺氧损伤模型,对比分析正常对照组、药物损伤组、辅酶Q10阳性对照组、以及不同剂量赤芍总苷保护组的细胞形态学、心肌酶谱等指标、结果显示：损伤组细胞搏动加速,存活率下降,GOT、LDH、CK等3种心肌酶活力均显著升高;而辅酶Q10组和赤芍总苷组上述指标都有不同程度的改善,其中高剂量赤芍总苷组的保护作用优于阳性对照组．证明赤芍总苷对异丙基肾上腺素造成的培养乳鼠心肌细胞损伤具有保护作用,并且呈现剂量依赖关系．     

转基因植物表达HIV疫苗的研究进展

转基因植物成本低廉,表达的外源蛋白安全性高,易于大规模生产。建立HIV疫苗的植物表达系统,开辟了HIV疫苗研制的新领域。本综述了转基因植物表达HIV疫苗过程中目的基因的选择与修饰、载体的构建、受体植物的选定、目的基因的表达、优势与安全性等研究进展。     

环境因素对DNA甲基化的影响

在哺乳动物中, DNA甲基化是指在DNA 甲基转移酶(DNA-methyl transferase, DNMT)的作用下, 以S-腺苷甲硫氨酸提供甲基供体, 将其甲基转移到脱氧胞嘧啶环第5位碳原子形成甲基化脱氧胞嘧啶的共价修饰。DNA甲基化改变组蛋白和DNA之间的相互作用, 使染色质构象发生改变从而影响基因的表达, 总体来说DNA甲基化水平与基因的表达呈负相关。越来越多的报道证实, 环境因素可以影响表观遗传修饰, 其并没有涉及遗传信息的改变, 所以在一定范围内可以解释表型变化。文章围绕环境因素(温度、营养供给、异常化学因子、早期环境刺激和辐射等)对DNA甲基化产生的影响进行综述, 这些影响包括亲代和子代DNA甲基化的改变及子代行为和表型变化等方面, 以期进一步阐释环境因素与基因互作的关系。     

绵羊CAST基因2型和4型转录本的克隆及特性分析

钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin, CAST)是一种内源性的需要Ca²⁺激活的钙蛋白酶抑制剂, 在肌肉组织的蛋白质降解过程中起重要的调节作用。文章利用牛^CAST基因的mRNA序列, 通过逆转录RT-PCR首次克隆获得绵羊CAST基因2型转录本和4型转录本的部分cDNA序列, 并对序列进行生物信息学分析。CAST基因2型转录本的扩增片段为4 385 bp, 完整的开放阅读框为2 361 bp, 编码786个氨基酸; CAST基因4型转录本的扩增片段为1 467 bp, 完整的开放阅读框为1 317 bp, 编码438个氨基酸。CASTⅡ型蛋白序列存在4个保守结构域, CASTⅣ型蛋白序列存在3个保守结构域; 两者的二级结构均以螺旋为主, 富含疏水区域, 其氨基酸序列存在多个磷酸化位点以及蛋白激酶C(Protein kinase C, PKC)的磷酸化位点。通过RT-PCR分析CAST基因2型转录本和4型转录本的组织表达谱, 结果表明CAST基因2型转录本在所检测的10个组织中均表达, CAST基因4型转录本仅在睾丸组织中表达。     

牛精子蛋白质组学技术平台的建立及冻融前后精子差异蛋白初步分析

本研究通过探索不同的精子蛋白制备方法、水化液成分和优化2D电泳程序以建立牛精子蛋白质组学研究技术平台,同时以牛鲜冻精为实验材料通过差异凝胶电泳寻找冻融前后精子蛋白的改变。结果表明：使用改进的热TRIzol法裂解精子细胞制备蛋白,结合优化的2D电泳技术可建立稳定的牛精子蛋白质组学研究技术平台。差异凝胶电泳揭示牛精子在冻融后有质和量的改变：冻融后缺失的蛋白点有20个,表达下调的有2个,表达上调的有10个。作为一项阶段性的实验成果,本研究建立的2D平台和所发现的冻融引起的差异表达蛋白质点为揭示冷冻损伤机理和性控精液的差异蛋白质组学研究奠定了较好的基础。     

土壤渍涝下芝麻叶片中几个与抗逆能力有关的生理指标的变化（简报）

土壤渍涝条件下,芝麻抗涝品种河南1号幼苗叶片中SOD和CAT活性比不抗涝品种背芝1号高,O2－的生成速率和MDA含量明显下降,叶绿素和蛋白质含量下降也降慢,因此死株率降低,不抗涝品种则相反。     

利用错配碱基产生酶切位点快速检测禽类Mx蛋白基因单核苷酸改变

该方法针对无合适酶切位点的检测位点设计引物,应用于禽类Mx蛋白基因631位氨基酸位点的突变检测,利用错配碱基产生内切酶识别的酶切位点检测SNP,尝试一种操作简便结果可靠的检测单核苷酸多态性并能快速判定631位点氨基酸的方法.实验结果表明,利用这种方法产生的酶切位点能有效地对631位氨基酸位点进行分型,可以快速检测SNP.     

马氏珠母贝3个野生种群及种群间杂交后代遗传多样性的ISSR分析

运用ISSR分子标记技术分析了马氏珠母贝(Pinctada martensii)广西北海(BW)、广东大亚湾(DW)和海南三亚(SW)野生种群及其自繁子一代(BB1、SS1、DD1)和杂交子一代(BS1、BD1、DS1)9个群体各50个个体的遗传多样性.结果表明:3个野生群体遗传多样性分别是0.2585、0.2607和0.2571;3个自繁群体子一代遗传多样性分别是0.2504、0.2545和0.2527,3个杂交子一代遗传多样性分别是0.2747、0.2659和0.2784.种群间杂交增加了子代的遗传多样性,同时增加了杂交子一代与杂交亲本间的遗传距离,而自繁群体的遗传多样性与其来源的野生种群比较,遗传多样性降低.本文指出利用野生群体进行杂交育种应该纯化亲本才能获得杂种优势,人工育苗或选择性育种需要保持足够数量的繁殖亲本以避免遗传多样性降低.     

四川九顶山保护区周边社区经济及环境意识调查和建议

应用PRA方法对四川九顶山自然保护区周边社区5个乡镇的经济状况及居民的环境意识进行了调查,结果表明：1）居民的主要经济来源是经济林木产品和矿山务工收入,对森林资源的依赖性不强;2）当地大量的采矿业破坏了自然环境;3）在调查居民的发展愿望时,37％的人认为应大力发展种植业。由于社区经济发展不平衡,居民的发展愿望差异明显;4）各乡镇居民对保护区的认识和环境保护的看法有显著差异,经济发展地区的环境意识较强;5）保护区对居民的宣传教育偏少。保护区应加大对居民的宣教工作,积极开展社区共管;同时也应该注意到经济发展的滞后可能影响社区的环境保护工作的开展,所以在推动保护区的工作同时,实现当地经济的可持续发展。