鸡解偶联蛋白(UCP)基因内含子的克隆与系统发生树的构建

解偶联蛋白基因是新近发现的能够增加能量的消耗,与脂肪代谢和能量调控密切相关的一组基因。本研究根据小鼠UCP2基因的剪切方式,设计4对引物成功克隆测序了鸡UCP基因的全部5个内含子,发现都是GT-AG类型的内含子,鸡UCP基因的结构和小鼠的UCP2基因结构一致。以不同物种UCP基因的cds 区域序列和内含子2、内含子3序列进行系统发生树的构建,结果表明：以UCP基因cds区域序列构建的系统发生树与物种树是一致的,UCP基因可以作为研究动物群体系统演化研究的有效基因;但以内含子2与内含子3序列构建的系统发生树的结构则完全不是这样,与物种树的差别比较大。 Abstract:The UCP genes were the newly discovered genes that can increase the energy expenditure and involve in the metabolism of fat and regulation of energy.Four pairs of primers in chicken UCP exon region were designed to amplify the introns of chicken UCP gene according to the splice ways of the mouse UCP2 gene （Accession No.AF096288）.The sequence results showed that the chicken UCP gene also had five GT-AG type introns.The molecular phylogenetic tree was constructed based on the sequence of cds,intron 2 and intron 3 region,respectively.The phylogenetic tree based on the UCP cds region was consistent with the species phylogenetic tree.This result implicated that UCP gene can be regarded as the useful gene for the study of animal phylogenesis.On the contrast,the phylogenetic tree based on the intron 2 and intron 3 region was different from the species phylogenetic tree,which showed that the evolution of intron and cds region is different.     

指间区纹在灵长类动物中的进化

各种灵长类动物的指间区纹有很大差异。树Qu到原猴是由原始多垫指间区纹变为各区发育均匀的单垫纹,新大陆猴发展出两侧发达中部退化的类型。旧大陆猴的指间区纹最发达,疣猴多为箕纹但各区不均匀,猴类为各区均匀的斗纹。类人猿的指间区纹极退化,长臂猿丧失了指间区纹。对照各种灵长动物的生活习性,发现树栖类型指间各区发育不均匀,地栖类型则均匀,使用多则指间区纹发达,反之则退化。人类因为握持工具而次生出了环指侧花纹。各种灵长动物的各区指间区纹并不同源,这暗示着它们的祖先分化得很早。     

绵羊产羔性状主效基因检测研究

以绵羊BMP15基因和BMPR-IB基因为候选基因,以湖羊、中国美利奴单胎品系、中国美利奴肉用和毛用多胎品系为研究对象,采用PCR-RFLP方法对候选基因进行单核苷酸多态性（SNP）位点检测和基因型分析,同时研究基因对绵羊产羔数的影响。对BMP15基因进行SNP检测,结果未发现多态性位点;对BMPR-IB基因进行多态性检测,结果发现了一个A746 G SNP位点。依据A746 G SNP位点进行基因型分析,结果在各品种（系）羊中发现了3种基因型,即BB、B+和++。等位基因型频率在各品种（系）间差异极显著（P<0.001）,在湖羊中以BB基因型为主,在中国美利奴单胎品系中以++基因型为主, 而在中国美利奴肉用和毛用多胎品系中以B+基因型为主。BMPR-IB A746G位点的变异明显影响绵羊的产羔数,与++基因型母羊相比, BB和B+基因型母羊产羔数明显较多。研究结果同时表明,利用BMPR-IB基因型可以很好的预测母羊的产羔数。研究获得的这些结果强烈表明BMPR-IB为影响绵羊的产羔数的主效基因,可以用于对绵羊产羔数的选择。Abstract: The current study was designed to detect SNPs within BMP15 and BMPR-IB gene and investigate the effect of the genes on sheep litter size. Four sheep lines, HU-Yang, Chinese M erino monotocous, Chinese Merino multiparous for wool production and Chinese Merino multiparous for mutton production, were used in this study. Litter sizes were recorded for each ewe in the four lines. Primers for BMP15 and BMPR-IB gene were designed from database sheep sequence and polymorphisms were detected by PCR-RFLP method. The results showed that there was no polymorphism with BMP15 gene among the four lines, and there was an A / G SNP with BMPR-IB gene at base 746 among the four lines. Three types of genotype (BB, B+ and ++), based on A / G locus, were found within each line. The frequencies of genotypes were significantly different among the lines (P<0.001), with BB genotype primarily existing in HU-Yang, ++ genotype in Chinese Merino monotocous line, and B+ genotype in Chinnese Merino multiparous lines. The A / G mutation influence significantly the sheep litter sizes, and the BB and B+ ewes had significant higher litter sizes than ++ ewes. The results of present study showed simultaneously that the genotype of BMPR-IB was a perfect predictor of the sheep litter sizes. These results intensively indicated that BMPR-IB is a major gene to affect litter size in sheep, and could be used as the molecular genetic marker to select litter size in sheep.     

组织培养创造抗白粉病小麦-簇毛麦染色体易位及分子标记辅助选择

对175株普通小麦与6D/6V代换系杂种当代幼胚培养再生植株进行谷草转氨酶同工酶分析,其中来自杂交组合遗4095×RW15（6D／6V代换系）的2个植株（编号分别为98R149和98R159）GOT—V     

用生物信息学方法处理基因芯片结果

基因芯片是一种能够同时检测大量基因在同一组织中表达情况的有力工具.利用前期工作筛选的2210个鼻咽癌差异表达基因和Biocarta信号通路资源库,构建了一个基于信号通路的基因相互作用网络.通过统计学分析,进一步筛选出一批对该基因相互作用网络具有重大影响的基因(特别是RAN、CEL、RELA).随后,采用RT-PCR方法检测候选基因在鼻咽癌活检组织中的表达,发现RAN和CEL基因在高达80%的鼻咽癌组织中高表达.进一步将网络分析结果和ArrayXPath软件分析的结果比较,共计有40%(32/80)基因结果吻合,这验证了网络分析方法的有效性和可行性.最终探索建立了新的分析基因芯片的方法.     

发酵乳中动物双歧杆菌乳亚种分离及鉴定

采用改良MRS培养基从蒙牛冠益乳酸奶中选择性分离得到2种乳酸菌, 表型特征检测初步确定目标菌株BB-12, 该菌株符合双歧杆菌属特征描述。通过Biolog微生物自动鉴定系统鉴定、16S rDNA序列分析、atpD基因序列分析, 多相鉴定表明: 菌株BB-12为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp. lactis)。系统发育学分析表明: atpD基因序列比16S rDNA序列在动物双歧杆菌亚种水平鉴定上有更好的分辨率。     

鸡PPARs基因组织表达特性的研究

以8周龄Arber Acres(AA)肉鸡为研究材料,采用RT-PCR和Northern blot方法对鸡PPAR基因组织表达特点进行了研究。RT-PCR半定量检测显示,在检测的10种组织中除胸部肌肉组织外,PPAR-α基因在其他9种组织中都表达,其中较高表达于脑、肺脏、肾脏、心脏和小肠,中等程度表达于胃、肝脏和脂肪,较低表达于脾脏。PPAR-γ基因除了在肝脏和肌肉中没有检测到外,在其他8种组织都有表达,其中高表达于脂肪,其次是脑和肾脏,低量表达于脾脏、心脏、肺脏、胃和小肠。Northern blot检测显示,PPAR-α基因在心脏、肝脏、肾脏和胃这4种组织表达,其中在肝脏杂交信号最强;PPAR-γ基因只在脂肪和肾脏表达,其中在脂肪组织有强的杂交信号。以上结果表明,鸡PPARS基因的组织表达特点同啮齿动物和人基本一致,但也有其自身的特殊性,即PPAR-α基因不在肌肉组织中表达,PPAR-γ基因在肾脏中有高表达。PPAR基因与鸡的多种组织的生长和发育有关。     

鸡miR-19a、miR-19b通过靶向抑制LIN9促进前脂肪细胞增殖

miR-17-92基因簇编码包括miR-19a、miR-19b在内的至少6个miRNA,在鸡细胞的增殖、分化、凋亡及发育等多种生物学过程中发挥重要作用,但其作用机制尚不清楚。生物信息学分析显示,细胞周期调控子LIN9是 miR-17-92 基因簇成员miR-19a和miR-19b的潜在靶点。为验证这一预测,构建含野生型LIN9 3′-UTR荧光素酶报告基因载体（psi-CHECK2-LIN9-3′-UTR-WT）及突变型报告基因载体（psi-CHECK2-LIN9-3′-UTR-MUT）,开展靶标LIN9的鉴定。复合转染结合报告基因酶活性测定结果表明,过表达miR-19a和miR-19b能显著抑制含野生型LIN9 3′-UTR的报告基因表达,而过表达miR-19a和miR-19b抑制剂显著提高野生型LIN9 3′-UTR报告基因的表达。实时定量PCR（RT-qPCR）证明,miR-19a和miR-19b 抑制剂对内源性LIN9 mRNA的表达没有影响,提示miR-19a和miR-19b可能不是通过降解mRNA调控LIN9表达。转染结合CCK-8细胞增殖分析显示,在鸡前脂肪细胞过表达LIN9 明显抑制细胞增殖。与此相一致的是,细胞增殖标志分子CyclinD1、c-Myc、PCNA、Ki67 的mRNA表达量明显降低。本研究证实,LIN9是miR-17-92 基因簇成员miR-19a和miR-19b的靶标,同时证实,LIN9抑制鸡前脂肪细胞的增殖。是否miR-17-92基因簇编码的其它mi-RNA成员也以LIN9为靶标尚不得而知,我室正在研究中。     

利用鸡F2资源群体构建1号染色体遗传连锁图谱

在鸡1号染色体上选取23个微卫星标记,利用东北农业大学鸡F2资源群体构建了遗传连锁图谱。选用369只F2个体用于基因型测定。结果表明23个微卫星位点除MCW0058为低度多态,其他位点均为中高度多态。构建的连锁图谱覆盖1号染色体全长,总共637.9 cM。MCW0115和ROS0025标记顺序与EL图谱不同,但与WAU图谱一致。其他标记顺序与3大参考家系标记顺序一致,图谱总长和标记间距离大于3大参考家系。此连锁图谱的构建为数量性状位点（QTL）定位奠定了良好的基础。     

选择性多聚腺苷酸化的生物学效应及其调控机制研究进展

真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(alternative cleavage and polyadenylation, APA)是指具有多个PAS的基因,在其mRNA3'端成熟过程中,由于选择不同的PAS,导致产生出多个3'UTR长度和序列组成不同的转录异构体。3'UTR长度和序列的不同会影响mRNA的稳定性、翻译效率、运输和细胞定位等,因此APA是真核生物的一个重要转录后调控方式。近年来,对大量动物、植物及酵母的基因组测序分析发现,APA在真核生物广泛存在,针对APA的生物学效应和调控机制开展了一系列研究。目前已鉴定出许多APA调控的顺式调控元件和反式作用因子。本文重点介绍了APA生物学效应和调控机制的最新研究进展,并探讨了未来APA调控的研究方向。