昆虫线性单链DNA病毒表达策略研究进展

昆虫线性单链DNA (linear single-stranded DNA, linear-ssDNA)病毒感染的昆虫种类很广泛。它们主要归属于细小病毒科(Parvoviridae)的浓核病毒亚科(Densovirinae)和二分DNA病毒科(Bidnaviridae)。近年来,随着宏基因组学方法的发展,越来越多的昆虫linear-ssDNA病毒被发现,其基因组转录模式也逐渐被解析。昆虫linear-ssDNA病毒的基因组具有双义和单义两种类型,因此,该文将阐述双义和单义两种类型基因组的表达策略特征。总结来讲,其主要是通过未剪接(unsplicing)、选择性剪接(alternative splicing)、选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation)等转录方式产生多种转录本,采用选择性起始(alternative initiation)、漏扫描(leaky scanning)或移框(frameshifing)等方式表达蛋白质。现综述昆虫linearssDNA病毒的表达模式类型和研究进展,为研究其他的linear-ssDNA病毒的表达策略提供理论参考。     

三峡库区消落带立柳(Salix matsudana)生长及营养元素分配特征

立柳因良好的耐淹性常被用于三峡库区消落带的植被重建。为探讨立柳如何通过营养元素的积累和分配来适应库区消落带冬季水淹,于2015年5月对三峡库区消落带植被修复示范基地内3个采样带(175 m,170 m和165 m)中立柳的生长状况以及叶、枝条和根的营养元素含量特征进行分析。结果表明:(1)经过3个水淹周期后,随着水淹强度的增加,立柳的株高、基径和冠幅均受到一定的抑制;但与种植初期相比,3个采样带中立柳的株高、基径和冠幅均显著增加,且生长状态良好。(2)立柳各器官中营养元素含量均处于正常水平,但水淹抑制了根中N、P的积累,促进了Fe和Mn的积累;水淹显著降低了海拔165 m处立柳叶和枝条中Ca含量、枝条和根中Cu和Zn的含量。(3)水淹胁迫导致N、P、K、Mg元素更多地在叶中积累,而Cu和Zn在枝条中大量积累,这有利于退水后植株的光合合成以及恢复生长;Fe、Mn元素在根中大量积累,其对根系正常生理可能造成的干扰值得进一步关注。研究表明,在不同的水淹胁迫梯度下,立柳可针对性地调整其营养元素积累和分配方式,保持植株正常的生长状态,对维护三峡库区消落带生态系统的正常结构和功能具有重要作用。但在库区消落带植被恢复和重建工作中,需加强170 m以下海拔区域立柳生长的监测和研究。     

外源有机酸对镉胁迫下秋华柳镉积累特征的影响

为探究外源有机酸在加强秋华柳(Salix variegata Franch.)镉积累效率中的应用潜力,采用营养液培养方法,研究了5种100μmol/L外源有机酸(草酸、柠檬酸、酒石酸、苹果酸和琥珀酸)对50μmol/L Cd胁迫下秋华柳生长适应性及Cd积累特征的影响,并通过化学平衡程序VISUAL MINTEQ v3.0计算溶液中不同化学形态Cd(游离态和螯合态Cd)的含量。结果表明:柠檬酸、酒石酸、苹果酸和琥珀酸的添加有效缓解了Cd对秋华柳的毒害,明显促进了秋华柳的生长。除草酸处理组外,其余4个有机酸处理组培养液中游离Cd~(2+)含量均得到较大提升,显著促进了秋华柳对Cd的吸收。柠檬酸、酒石酸、琥珀酸和苹果酸的添加显著提高了秋华柳植株的Cd积累量,分别是未加入有机酸Cd处理组的210%、190%、190%和178%。外源有机酸的施加提高了介质中游离Cd~(2+)的含量,并通过与重金属的络合等作用提升了植株对Cd的吸收和积累能力。但不同有机酸对秋华柳Cd积累特征的影响差异明显,柠檬酸加入后通过提高秋华柳根生物量和根中Cd含量,显著增加了根系Cd积累量;酒石酸、苹果酸和琥珀酸的应用则明显提高了秋华柳地上部分Cd积累量。因此,外源酒石酸、琥珀酸和苹果酸的应用可提高秋华柳地上部分的Cd积累效率,更有利于对Cd污染土壤的修复。     

IGFBP3基因多态性与秦川牛部分屠宰性状的相关性 Polymorphisms of Insulin-like Growth Factor Binding Protein 3 Gene and Its Associations with Several Carcass Traits in Qinchuan Cattle

以IGFBP3基因作为秦川牛（Bos taurus）部分屠宰指标的侯选基因,在对60头秦川牛的IGFBP3基因进行PCR-RFLP和序列分析的基础上,对秦川牛群体中IGFBP3基因座等位基因和基因型频率的分布及其与秦川牛部分屠宰性状的关系进行了分析。结果发现,在秦川牛群体中,651 bp的PCR 产物经过限制性内切酶HaeIII消化后,表现出3种基因型,其中等位基因A、B及3种基因型AA、AB、BB的频率分别为0.84、0.16和070、0.28、0.02。经序列分析发现,第299位的C→A颠换（GGCC变成了GGAC）导致了1个HaeIII限制性酶切位点的丢失而产生了该基因座多态性。在所研究的群体中,该多态基因座处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞005）。对13头24月龄秦川牛进行屠宰分析,发现不同基因型对秦川牛部分屠宰指标有一定影响,AA、AB及BB型个体的屠宰率、净肉率及西冷、牛柳、眼肉和嫩肩肉的产率逐渐降低,但差异不显著（P＞0.05）;AA型个体的眼肌面积大于BB型个体（P＜0.05）,AB型和BB型个体胴体脂肪含量高于AA型个体（P＜0.01）。 Abstract:DNA samples from 60 Qinchuan cattle (Bos taurus) were analyzed with PCR-RFLPs and sequencing for insulin-like growth factor binding protein 3 (IGFBP3) gene.Fragments of 651 bp were amplified with two primers and the products of PCR were digested with restriction endonuclease HaeIII.The produced fragments showed three genotypes,namely AA,AB and BB after electrophoresis.Frequencies of the genotype AA,AB,BB and allele A,B were 0.7,0.28,0.02,and 0.84,0.16,respectively.Sequence analysis showed that a transversion of C→A at 299 nt resulted in loss of the cleaved site of restriction endonuclease HaeIII and produced this polymorphism.This polymorphic locus of IGFBP3 gene was at Hardy-Weinberg equilibrium (P＞0.05).The genotypes of AA,AB,BB slightly affected several slaughter and carcass traits of Qinchuan cattle.Dressing percentage,net meat percentage,striplion percentage,tenderloin percentage,ribeye percentage and tender shoulder percentage were decreased with the genotypes of AA,AB and BB in Qinchuan cattle,but it was not significant (P＞0.05).Average ribeye area in individuals of AA genotype was significantly higher than that in individuals of BB genotype (P＜0.05),and beef fat content in individuals of genotype AB and BB was significantly higher than that in individuals of AA genotype (P＜0.01).     

柴达木黄牛Y-SNPs遗传多样性、群体遗传结构及父系起源

为从分子水平上探究柴达木黄牛的父系遗传多样性、群体遗传结构及起源,本研究利用PCR产物直接测序和生物信息学方法对62头柴达木黄牛公牛2个Y染色体标记(即UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测分析,结果表明:柴达木黄牛在2个Y染色体标记上均具有多态性,其中UTY-19标记检测到1个CA核苷酸颠换,而ZFY-10标记未发现SNP位点,但发现存在1个GT核苷酸插入/缺失。依据2个标记核苷酸变异确定单倍型组,结果显示柴达木黄牛包含Y1和Y2两种普通牛单倍型组,所占频率分别为0.21和0.79,提示该品种有2个普通牛父系起源。单倍型多样度为0.336 9±0.060 5,提示柴达木黄牛具有较低的父系遗传多样性。     

典型喀斯特石漠化生态系统土壤有机碳时空分布格局及其与环境的相关性

选取中国西南3个典型喀斯特石漠化生态系统(贵州毕节鸭池高原山地石漠化区、贵阳红枫湖高原盆地石漠化区和关岭花江高原峡谷石漠化区)为研究区,广泛建立野外样地,开展石漠化生态系统土壤有机碳分布及其与石漠化等级、地形地貌、植被、土壤性质等环境因子的相关性研究。结果表明:1)喀斯特石漠化生态系统土壤有机碳含量较低,毕节鸭池、贵阳红枫湖和关岭花江3个石漠化生态系统平均值分别为23.42、25.78、26.03 g/kg,且3个不同地貌类型石漠化土壤有机碳含量无明显差异。2)土地覆被变化明显影响了土壤有机碳含量,原生森林土壤有机碳平均含量31.32 g/kg,是所有类型中最高的。随着土地覆被由原生森林至石旮旯地退化不断增加的过程,土壤有机碳含量显示先降低后增加的变化趋势。3)土壤有机碳与土壤特性有明显的相关性,与土壤总氮、水解氮、速效钾、总孔隙度、自然含水量、毛管持水量、田间持水量和上层渗透性存在极显著地正相关,与总磷、下层渗透性存在显著地正相关,与容重存在极显著地负相关。4)植物多样性的丰富度指数(R)和多样性指数(H)与土壤有机碳含量有明显的相关性,达到了极显著的水平。5)不同石漠化等级土壤有机碳含量有显著差异,随着石漠化干扰程度的递增,土壤有机碳含量显示了先减小后增加的趋势。研究结果对中国西南喀斯特森林生态保护、石漠化生态系统恢复重建以及应对全球气候变化碳循环的减源增汇具有重要的理论意义和实践指导价值。     

动物内源性多肽CGA-N46对念珠菌细胞增殖的影响

CGA-N46是人嗜铬粒蛋白N端具有抗真菌活性的多肽片段。采用MTT法检测CGA-N46对克柔念珠菌生长的抑制作用,以β-1,3-葡聚糖酶活性检测克柔念珠菌细胞壁的完整性,采用PI检测克柔念珠菌细胞膜通透性,用罗丹明123检测线粒体膜电位。试验结果证实,0.5 mg/mL的CGA-N46能够明显抑制克柔念珠菌的细胞增殖能力;对其细胞壁的完整性及细胞膜的通透性没有影响;CGA-N46能明显降低线粒体膜电位。推测CGA-N46可能通过影响线粒体膜电位来抑制克柔念珠菌的生长。     

采用两种突变方法对甘蓝黑腐病菌XC1348基因的功能解析

为研究甘蓝黑腐病菌Xcc8004基因组中一个功能未知的假定蛋白XC₁348的基因功能,本研究用自杀质粒pK18mob和pK18mobSacB分别通过同源单交换和同源双交换构建XC₁348的非极性整合突变体1348nk和有标记的缺失突变体DM1348Gm,并对两种突变体的表型进行检测,结果显示该基因突变后不影响细菌的胞外多糖（EPS）产量、胞外酶活性以及细菌游动性。有趣的是该基因的两种突变体的致病力存在较大差异,原因可能是Xcc经两种方法定点突变后分别具有的不同基因组结构而影响到某些基因的表达所致。通过研究初步了解了XC₁348基因的功能并为今后改进定点突变方法提供现实依据。     

苹果炭疽菌的分子鉴定与检测

测定苹果炭疽菌rDNA全序列,比对苹果炭疽菌和其它炭疽菌ITS序列以及构建系统关系树,发现苹果炭疽菌与胶孢炭疽菌的ITS序列相似性高达99．8％,并与胶孢炭疽菌聚在一起,可以明确苹果炭疽菌应属于胶孢炭疽菌。进一步的序列比对发现,苹果炭疽菌的18S rDNA3’端比其它胶孢炭疽菌多出一段379bp的序列,根据这一特有片段设计引物CgF1与通用引物ITS4配对,结果仅能从苹果炭疽菌中扩增出1232bp的特异性条带。用苹果炭疽菌接种离体苹果,以接种发病的病组织总DNA为模板,利用引物CgF1／ITS4进行PCR扩增,同样可以扩增出1232bp的特异性条带,而健康苹果组织DNA中未能扩增出任何条带,表明该方法可用于苹果炭疽菌的鉴定和快速检测。     

三峡库区消落带池杉-土壤碳氮磷生态化学计量特征

为探究三峡库区消落带消落期池杉(Taxodium ascendens Brongn., 1833)及其实生土壤C、N、P生态化学计量特征,于2018年7月对忠县消落带植被修复示范基地3个水淹处理(DS、MS、SS)池杉幼林不同组分(枝条、叶片、根系和土壤)的C、N、P三种元素含量及其化学计量比进行测定分析。结果表明:(1)随着水淹时间和强度的增加,池杉株高、冠幅、基径和胸径均受到一定的抑制,但总体生长良好,与其稳定的化学计量比关系紧密。(2)不同水淹处理组的池杉枝条、叶片中C、N、P含量及其比值分别均无显著性差异(P>0.05)。同一水淹处理组的N、P含量表现为叶片>根系>枝条>土壤;除枝条P含量外,其他器官组分C、N、P含量均显著高于土壤组分(P<0.05)。(3)池杉各器官N/P比值均远低于临界比率(<14),表明池杉的生长可能受N元素限制较为严重。(4)池杉与实生土壤的C、N、P元素内稳性整体表现为P>C>N,比值内稳性表现为C/N>N/P>C/P,地上部分(枝条、叶片)C、N、P元素及其比值的稳定性较地下部分(根系)强...