基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因

基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要．基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因．预测出了51个新的冠心病致病基因,分析发现大部分基因参与了冠心病的致病过程．为疾病基因的挖掘提出一个新的思路,从而有助于复杂疾病致病机理的研究．     

致心律失常性右心室心肌病致病蛋白的挖掘

目的:鉴定疾病蛋白对深入理解致心律失常性右心室心肌病(ARVC)致病机制至关重要。可以采用计算生物学的方法,在ARVC疾病相关网络中挖掘新的潜在的致病蛋白。方法:本文整合HPRD和BioGRID的蛋白质互作数据,获得了较为全面且真实可靠的蛋白质互作数据;通过结合文本挖掘和统计学检验筛选出ARVC种子蛋白,应用最近邻居扩增的方法,构建ARVC蛋白质互作网络(PPIN),并采用PRINCESS法则对网络中每对互作蛋白加权;最后,基于ARVC关联得分策略对网络中的每个蛋白质打分并排秩。结果:分析发现排秩前50的候选蛋白大都与ARVC关系密切,如PRKCA,CDH1,SMAD4,SMAD2,CDH5,CTNNA1,DSC1等在调节心肌收缩、细胞程序性死亡、心脏的发育过程及维持桥粒的完整性方面起重要作用。结论:我们提出的方法为鉴定与ARVC致病机制相关的新致病蛋白提供了有效的途径。     

EF4影响线粒体氧化磷酸化并调控膀胱癌细胞增殖及迁移

延伸因子4 (EF4)是一种非传统的线粒体延伸因子,参与调控线粒体蛋白质合成过程.在本研究中,我们进一步探索了其在膀胱癌中的作用机制.通过检测EF4在膀胱癌及邻近正常组织中的表达,发现EF4在膀胱癌患者肿瘤组织中异常升高,并在T分期较高的肿瘤中高表达.随后,通过在HTB-9和T-24膀胱癌细胞中敲低EF4的表达,进一步...     

整合冠心病风险SNPs功能及分子网络特征筛选疾病易感基因

目的:冠心病(Coronary Heart Disease,CHD)是一种由多因素(遗传因素、环境因素以及它们之间的相互作用)引起的复杂疾病。本文从遗传因素和分子互作模式识别新的冠心病易感基因。方法:结合冠心病群体遗传SNPs数据和PPI数据,通过群体遗传数据的风险评估、功能SNPs的判定和PPI网络基因的分类,以功能SNPs属性、网络拓扑属性和基因功能属性为特征,利用两步分类的方法筛选新的冠心病易感基因。结果:获得了69个新的冠心病易感基因,其中43个被文献证实与冠心病的发生发展密切相关,且识别的新的易感基因注释的KEGG通路中有很多是已知的易感基因所没有注释到的,如MAPK signaling pathway,Calcium signaling pathway,Focal adhesion和Chemokine signaling pathway等,其中Chemokine signaling pathway被证实是CHD发展的关键通路。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与冠心病相关的新的易感基因,可为冠心病的预防、诊断和治疗提供新的研究方向。     

巢湖春夏季节浮游植物的动态变化

2009年3月至8月,利用原位围隔实验和野外调查,研究了巢湖春夏季节浮游植物的动态变化.结果显示:围隔中浮游植物密度和生物量的变动范围分别是(2.95～102.43)×10⁵ cells·L^-1和0.0-7.39 mg·L^-1,优势种类为鱼腥藻属(Anabaena)、梅尼小环藻(Cyclotella meneghiniana)和圆筒锥囊藻(Dinobryon cylindricum),其最大生物量分别为0.82 mg·L^-1、0.66mg·L^-1和2.98 mg·L^-1,均出现在3月或4月.在巢湖湖水中,春季(3～5月)浮游植物平均生物量为5.43mg·L^-1,其中绿藻占47.59%、硅藻占40.81%、蓝藻占10.18%,优势种类为盘星藻属(Pediastrum)和梅尼小环藻;而夏季(6～7月)浮游植物平均生物量为7.89mg·L^-1,其中蓝藻占58.7%、绿藻占2.77%、硅藻占11.4%,优势种类为微囊藻属(Microcystis).磷和枝角类滤食对巢湖春夏季节浮游植物的生物量和群落结构有重要影响.     

EPOCH-L方案治疗复发难治性T细胞淋巴瘤的临床研究

目的:探讨EPOCH-L方案治疗复发难治性T细胞淋巴瘤的疗效及安全性。方法:回顾性分析解放军某医院2012年1月至2017年1月收治的12例复发难治性T细胞淋巴瘤患者的临床资料,均采用EPOCH-L方案化疗(依托泊苷50 mg/m2第1～4天、吡柔比星10 mg/m2第1～4天、长春地辛1 mg/d第1～4天、环磷酰胺750 mg/m2第5天、泼尼龙60 mg/m2第1～5天、培门冬酶2500 iu/m2第6天)3～6个周期,并随机选取同期进行异基因造血干细胞移植治疗的12例复发难治性T细胞淋巴瘤患者为对照组,比较两组的临床疗效及不良反应的发生情况。结果:随访至2018年1月,EPOCH-L方案组患者取得完全缓解4例(33.3%),部分缓解4例(33.3%),总有效率为66.7%,中位生存期为23.7(7～65)个月,随访期间总生存率为25%;对照组患者中位生存期为9.2(3～60)个月,无病生存率为41.7%,总体生存时间分布差异无统计学意义(P=0.683)。实验组没有患者死于化疗合并症(0.0%),对照组4例死于移植合并症(33.3%),差异有统计学意义(P=0.028)。结论:EPOCH-L方案治疗复发难治性T细胞淋巴瘤的临床效果与异基因造血干细胞移植治疗相当,且安全性较高。     

基于表达及网络拓扑结构挖掘动脉粥样硬化风险疾病基因

基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法,利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因,为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角．经过差异表达分析,支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选,可以鉴别出可信度水平较高的风险疾病基因,对于研究动脉粥样硬化疾病基因在网络中的拓扑性质,建立基因与疾病发生发展过程的联系,提供了新的思路．得到了巨噬细胞样本中59个风险疾病基因,泡沫细胞中61个风险疾病基因．这些风险基因与已知疾病基因共享大部分动脉粥样硬化病变相关生物学过程及信号通路．并应用到对其他复杂疾病致病机理的研究中．     

NADPH氧化酶抑制剂apocynin对力竭运动大鼠运动性蛋白尿的影响

目的：研究NADPH氧化酶抑制剂apocynin对力竭运动大鼠运动性蛋白尿产生的影响及其机制。方法：32只SD雄性大鼠随机分为安静对照组（C组）、对照+药物组（CA组）、力竭运动组（E组）、力竭运动+药物组（EA组）。药物注射按10 mg/kg体重,每天一次,连续3 d,并在末次药物注射1 h后进行一次性跑台力竭运动。测定运动后尿UP、血液BUN水平、肾脏ROS浓度、NOS活性、NOS与3-NT蛋白含量。结果：结果显示,E组UP、肾脏ROS、iNOS含量及活性、3-NT明显升高,而EA组的这些指标与C组相比无显著性差异。结论：力竭运动可明显增加肾组织NADPH氧化酶活性,从而产生大量的ROS,后者可迅速地与由肾脏iNOS催化生成的NO反应,产生过量的ONOO^-,诱发运动性蛋白尿的生成。     

基于云计算的农作物种质资源数据挖掘平台研究

针对作物种质数据量大、多维带来的挖掘效率偏低的问题,通过探讨云计算技术及其解决方案,提出了一种基于Hadoop的农作物种质资源数据挖掘平台,详述了平台的各功能模块并给出了具体的开发方案。通过改进经典的Apriori算法并在平台上对其进行效率测试,验证了平台的有效性、可行性。     

氧化硅包裹的磁性纳米粒子纯化质粒DNA

质粒的分离纯化在分子生物学实际工作中占有重要地位.本文采用氧化硅包裹的磁性纳米粒子,平均粒径为20 nm左右,在外加磁场的作用下,从细胞粗提掖中快速分离质粒DNA.用这种方法成功地从大肠杆菌DH5α浓缩和纯化得到了pUC19质粒,该质粒具有生物活性,可直接用于限制性酶切和细胞转化等分子生物学下游操作.