蛋白质泛素化修饰的生物信息学研究进展

泛素-蛋白酶体系统(Ubiquitin-proteasome system, UPS)介导了真核生物80%~85%的蛋白质降解, 该蛋白质降解途径具有依赖ATP、高效、高度选择性的特点。除参与蛋白质降解之外, 泛素化修饰还可以直接影响蛋白质的活性和定位。由于泛素化修饰底物蛋白在细胞中的广泛存在, 泛素化修饰可以调控包括细胞周期、细胞凋亡、转录调控、DNA损伤修复以及免疫应答等在内的多种细胞活动。近年来, 泛素-蛋白酶体系统相关的蛋白质组学数据不断产出, 有效地管理、组织并合理分析这些数据显得尤为必要。文章综述了当前世界范围内针对蛋白质泛素化修饰展开的生物信息学研究, 总结了前人的工作结果, 包括UPS相关蛋白质数据的收录、泛素化修饰网络的构建和分析、泛素化修饰位点的预测及泛素化修饰motif的研究等方面内容, 并对该领域未来的发展方向进行了讨论。     

盐分和水分胁迫对菊芋幼苗离子吸收及叶片酶活性的影响

采用砂培试验,用不同浓度的NaCl和等渗PEG6000(聚乙二醇6000,渗透势约为-0．44MPa)处理生长20d的菊芋幼苗,3d后分别测定其根、茎、叶中的Na^ 、K^ 、Cl^-含量以及叶片SOD、POD活性。结果表明,在NaCl和PEG胁迫下,根、茎、叶的Na^ 、Cl^-含量不断升高,而K^ 含量保持稳定。其中,茎中Na^ 含量高于根和叶。NaCl胁迫下,根、茎、叶的SX、Na值随胁迫强度的增加而递增,茎中SK、Na值小于根和叶。随着NaCl胁迫强度的增加,菊芋幼苗叶片的SOD和POD活性先上升后下降;PEG处理下,SOD活性分别高于对照和等渗NaCl处理31．1％和27．1％;而POD活性却分别低于对照和等渗NaCl处理26．0％和36．1％。     

蛇床子素粉剂对玉米象成虫的杀虫活性及酶活性的影响

研究1.0%蛇床子素(osthole)粉剂对玉米象Sitophilus zeamais Motschusky成虫的杀虫活性及其对玉米象成虫羧酸酯酶、乙酰胆碱酯酶、谷胱甘肽S-转移酶及蛋白质活性的影响。结果表明,1.0%蛇床子素粉剂对玉米象成虫有很好的杀虫活性,处理玉米象成虫3d后,0.8mg/kg以上剂量的蛇床子素粉剂对玉米象成虫的校正死亡率达100%;用0.19mg/kg蛇床子素粉剂处理玉米象成虫2d后,试虫体内乙酰胆碱酯酶、羧酸酯酶和蛋白质活性均表现出受抑制,而谷胱甘肽S-转移酶活性随处理时间的延长整体趋势表现出被诱导。     

信号转导网络的生物信息学分析

研究信号转导是了解生命活动过程的重要途径。随着实验方法的改进和实验数据的积累,很多信号转导通路的作用机制已经被揭示,对于已有信号转导数据的分析和利用已成为热点问题。本文综述了最近几年生物信息学在信号转导网络分析方面取得的最新进展,简要介绍了信号转导的特点和作用机制,并对网上相关的数据库资源进行总结,给出了信号转导网络的结构分析方法,包括网络的拓扑属性分析、结构模块搜索及信号通路的自动生成,重点对信号转导网络的建模和仿真方法进行了讨论,分析了该领域的研究现状及可能的发展方向。总体而言,对于信号转导网络的研究已经从小规模的实验研究向大规模的网络分析方向发展,对于网络的动态模拟更加接近真实系统。随着对信号转导的研究更加广泛和深入,对于信号转导网络的生物信息学分析将具有广阔的发展和应用前景。     

白蚁的生态防治方法与技术

国内预防建筑物白蚁害多采用剧毒化学药剂 ,对生态环境造成了不可低估的污染 ,为少用或不用剧毒化学药剂预防建筑物白蚁害 ,国内外许多学者都在研究和探讨生态屏障防白蚁害的课题。作者从 1 966～ 2 0 0 0年断断续续地做了这方面的研究试验 ,并取得较满意的结果。     

草晰属两种蜥蜴卵和幼体特征的比较研究

比较研究了南草蜥实验条件下的卵及幼体特征。南草蜥产卵雌体的体长、最大窝卵数、平均卵重小于北草蜥,相对放重与北草蜥相似。两种蜥蜴均通过增加卵长径和卵短径来增加卵重,但卵处形明显不同,南草蜥的卵孵化过程中均吸水增重。相同孵化温度（２６℃）条件下,南草蜥的孵化期明显比北草蜥长。南草蜥幼体的体重、体长、头长和头宽的实测值小于北草蜥,尾长实测值与是蜥显著差异。南草晰幼体的体重、头长和头宽的矫正平均值小于北草     

岩溶区不同土地利用方式下土壤CO2排放模拟研究

土地利用变化作为全球气候变化研究的重要内容之一,对土壤CO₂的排放具有重要影响。岩溶区石漠化治理过程中植被恢复伴随着土地利用方式的转变,其对土壤CO₂排放的影响有待进一步研究。基于控制性实验,以土壤、岩溶含水介质初始条件相同,仅土地利用方式不同的贵州普定沙湾模拟试验场为研究对象,通过1年的土壤CO₂浓度和通量数据,研究岩溶区不同土地利用方式下土壤CO₂的排放规律及其影响因素。结果表明：(1)土壤CO₂的浓度和通量具有明显的季节变化规律,不同季节下的土壤CO₂通量呈现昼夜变化规律,温度和降雨影响着土壤CO₂的排放,前者可促进排放量,后者可抑制排放量,且不同土地利用方式受影响的程度不同;(2)耕作活动也会影响土壤CO₂的排放,耕作使得土壤变得松散,加上岩溶区下伏基岩的溶蚀作用,增加了土壤CO₂向含水层的扩散,导致春季耕地表现为负通量;(3)不同土地利用方式下土壤CO₂的年排...     

蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展

蛋白质相互作用是生命活动中一种极其重要的生物分子关系, 对此领域的研究不仅具有理论意义, 还具有较强的应用价值. 近年来, 随着研究的深入, 各种蛋白质相互作用的生物医学文献激增, 挖掘其中的蛋白质相互作用关系成为人们面临的一大挑战. 当前, 已提出了多种文本挖掘方法, 对分散于生物医学文献中的蛋白质相互作用信息进行结构化或半结构化处理. 对这些工作进行分析, 总结出基于生物文本挖掘蛋白质相互作用信息的一般流程, 从蛋白质命名实体的识别、蛋白质相互作用关系的提取和蛋白质相互作用注释信息的提取3个子任务进行阐述, 同时介绍了生物文本挖掘领域的评测会议和一些挖掘蛋白质相互作用相关信息的工具. 最后, 对该领域存在的一些重要问题进行分析, 并预测了未来可能的发展方向, 以期对该领域相关研究提供一定的参考.     

中小尺度生态用地规划方法

生态用地指以发挥自然生态功能为主,具有重要生态系统服务功能或生态环境脆弱、生态敏感性较高的土地。它是土地利用与生态建设的直接联系,关系区域生态系统的稳定性和安全性。生态用地的研究有利于建立合理的土地利用系统,完善区域生态安全格局,促进经济社会发展与生态环境相协调。在不同尺度下,生态用地的内涵、性质、主导功能以及规划方法都有所不同,结合我国土地利用规划及城市规划的层次划分,选取市域和中心城区为研究范围,其中市域为中尺度代表范围,中心城区为小尺度代表范围,分别分析了两种尺度下生态用地的内涵及区别,提出了相应的规划方法及侧重点。定量规划方面,中心城区生态用地主要结合国家相关法规、规定、政策等确定;而市域生态用地采取借鉴法、土地利用结构数量优化方法以及情景分析三种方法综合确定。空间规划方面,城区生态用地采取分类规划方法,分别对点线面三类生态用地进行提取,主要步骤为辨识重要生态源,构建面状生态用地;结合水体和交通缓冲区,构建线状生态用地;提取关键节点,构建点状生态用地;生态用地分类。市域生态用地则采取综合规划方法,主要步骤为提取特殊生态用地、基于生态用地结构功能和生态敏感性等的生态建设重要性评价、生态用地空间提取及分类。