基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统

随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。     

树木非结构性碳水化合物含量多时空尺度变化特征及其影响因素研究进展

非结构性碳水化合物(NSC)是树木生长和代谢的重要物质,对树木适应环境变化等具有重要作用。从时间尺度来看,受树木自身生长和碳储存策略影响,其NSC含量在年际尺度上变化不大。各个气候区树木NSC含量主控因素不同,其在季节尺度上差异明显。从空间尺度来看,在全球或大陆尺度上,受水热梯度影响,树木NSC含量随纬度降低总体下降,但变化不显著。而在地区尺度上,因水热梯度减小,采样频率低,树木NSC含量随纬度降低呈相反趋势。受树种特性及区域微生境影响,树木NSC含量随海拔升高的变化更加复杂。树木NSC含量在不同时空尺度的波动受多个生物和非生物因素影响。光合产物合成、呼吸作用消耗以及生长之间的权衡,决定了树木NSC含量的变化动态。不同研究方法各异,使得树木NSC含量在多时空尺度结论存在很大的不确定性。未来需要统一样品采集与分析标准,提高研究结果的可比性,并从整株入手,对不同树种及各个龄级的树木NSC含量在多时空尺度上进行测定,探讨NSC储存、转化与分配在树木生长和存活过程中的重要作用及其意义。     

危害落叶松的两种线小卷蛾生物学特性研究

<正> 落叶松线小卷蛾Zeiraphera laricianaKawabe、松线小卷蛾Zeiraphera grisecana(Hubner)均属鳞翅目卷蛾科小卷蛾亚科(Ole-threutinae)。在河北省塞罕坝林区落叶松人工林中周期性为害成灾。1988～1990年对其生物学特性进行了研究,结果如下。     

甲壳动物的生殖量与环境关系：Ⅱ.桡足类

本文是《甲壳动物的生殖量与环境关系》系列论文的第二篇,专述桡足类。它和枝角类一样,是一类小型低等甲壳动物,也是浮游生物群落的一个重要组成部分。种类多、数量大、分布广是它的生态特点。由于生活习性不     

蝮蛇抗栓酶治疗庆大霉素中毒

应用蝮蛇抗栓酶治疗庆大霉素中毒6例,其中1例由于合并严重神经症状及应用蝮蛇抗栓酶时间延长,需8个月治愈,余5例因应用蝮蛇抗栓酶及时,两周即治愈.总之,应用蝮蛇抗栓酶治疗6例庆大霉素中毒患者均获得理想效果。     

以青砖茶为原料的果茶饮料制备

以青砖茶、新鲜苹果汁、西瓜汁和菠萝汁为主要原料进行果茶饮料的研制,采用单因素试验及正交分析试验对果茶饮料的配方进行工艺优化,以感官评价和吸光值为评定指标,确定果茶饮料的最佳配方。结果表明,体积比分别为8∶2的茶汤与苹果汁的混合汁、5∶5的茶汤与西瓜汁的混合汁和3∶7的茶汤与菠萝汁的混合汁混匀调配出的茶饮料的口感最佳,色泽清透,且香气较佳。本研究为黑茶果茶饮料的研 制提供了理论依据。     

水生生态系统食物网复杂性与多样性的关系

探索食物网的复杂结构是生态学的中心问题之一。基于构建的黄河口海草床食物网并耦合实际食物网的数据集,整理了包含河口、湖泊、海洋和河流四种水生生态系统类型的48个实际食物网案例。以食物网的节点数反映食物网多样性,物种之间的营养链接数、链接密度和连通度来表示食物网的复杂性,采用营养缩尺模型描述水生生态系统食物网的复杂性特征与节点数的普适性规律。结果表明：所涉及的48个水生生态系统食物网的多样性和复杂性跨度较大,其中,节点数的分布范围为4-124,链接数为3-1830,链接密度为0.75-15.71,连通度为0.06-0.25。不同类型水生生态系统间的连通度存在显著性差异（P=0.01）,节点数、链接数、链接密度不存在显著性差异。各类型生态系统的食物网链接数、链接密度均随节点数的增加而增加（R²=0.92,P<0.001和R²=0.82,P<0.001）。湖泊生态系统的连通度随节点数的变化不明显,围绕在0.20附近;而其他3种类型生态系统的食物网连通度随节点数的增加而降低（R²=0.06-0.41,P<0.001）。对全球尺度的水生食物网多样性和复杂性的定量化研究对于提升对食物网的复杂结构的科学认识,从系统尺度探究多样性和复杂性的关系提供数据支撑。     

F10蛋白及mRNA在部分正常组织及癌组织中的表达

目的:了解F10基因在部分正常组织及肿瘤组织中的表达情况。方法:利用原位杂交和免疫组化方法对F10在部分正常组织和肿瘤组织中的mRNA和蛋白表达情况进行分析。结果:F10基因不仅在腺癌组织中表达呈阳性,在鳞癌组织中表现出较腺癌更强的强阳性,并且在正常组织中也有一定的表达。结论:F10是一个在多种组织普遍表达的细胞内蛋白,其功能可能与物质转运相关。     

高浓度藏红花溶液导致大鼠肝损伤中caspase-3、bcl-2、NF-kB表达及意义

目的：通过研究高浓度藏红花溶液引起肝损伤大鼠肝功能、肝组织病理及肝组织中半胱氨酸蛋白酶-3（caspase-3）,bcl-2,NF-kB表达,探讨半胱氨酸蛋白酶-3（caspase-3）,bcl-2,NF-kB在高浓度藏红花溶液导致的肝损伤中的作用及机制。方法：清洁级雄性大鼠45只,随机分为3组,每组15只,分别标记为A组（藏红花组）;B组（酒精组,阳性对照）;C组（生理盐水组,阴性对照）。分别给予藏红花高浓度水煎浓缩溶液、60%酒精、生理盐水灌胃共6周。第6周末,心腔取血测定ALT、AST。肝组织HE染色,免疫组化方法检测细胞凋亡相关蛋白Caspase-3及调控基因Bcl-2、NF-kB的表达。结果：藏红花组大鼠肝功能ALT、AST升高,肝组织正常结构消失,肝细胞肿胀坏死,部分碎裂,凋亡蛋白caspase-3,bcl-2,NF-kB表达增加（69.6%±16.7%vs 5.3%±1.6%;55.4%±14.5%vs4.5%±2.8%;44.1%±12.6%vs2.5%±1.9%;P〈0.05）。结论：高浓度藏红花溶液可以引起大鼠肝损伤,肝组织caspase-3,bcl-2,NF-kB表达增加,细胞凋亡机制参与了藏红花肝损伤过程。