家蚕幼虫中肠细菌群落多样性的PCR-DGGE和16S rDNA文库序列分析

采用基于16S rDNA 的变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）和16S rDNA文库序列分析的手段,研究了重要经济昆虫家蚕Bombyx mori 2个品系——专食性品系C108和广食性品系SCN2幼虫中肠内的细菌群落多样性,同时还探讨了食料对家蚕中肠内细菌群落结构的影响。文库序列分析表明,PCR 扩增得到的16S rDNA基因代表了家蚕中肠内的41种细菌系统发育型（phylotype）,大多数属于Proteobacteria,其次是Lactobacillales。此外,还有少数属于Deinococcus-Thermus、Bacillales、Clostridiales和Actinobacteria,尚有5种系统发育型不能确定其所属类型。家蚕的这2个品系中,肠球菌属Enterococcus是其中肠细菌的优势菌群,栖热菌属Thermus是次优势菌群。优势菌肠球菌属的组成在品系和不同食料喂养条件下有着一定的变化,无桑饲料喂养条件下SCN2品系中肠内还出现了新的次优势菌葡萄球菌（Staphylococcus）。DGGE图谱显示家蚕低龄幼虫和高龄幼虫肠道细菌格局存在差异,推测可能与其发育期生理状态的差异有关。本研究结果提示家蚕肠道特殊菌群的出现可能与其特殊的食性有一定的关系,食料改变、生长受阻后肠道微生态平衡也发生变化。     

我国H3N8马流感病毒血凝素基因分子进化树的分析

根据已发表的马流感病毒血凝素基因序列,设计并合成一对特异性引物,经反转录聚合酶链反应(RTPCR)成功扩增出了我国马流感病毒青海株(AEquineQinghai194)、吉林株(AEquineJilin189)及黑龙江株(AEquineHeilongjiang189)血凝素基因,将片段分别连接到PGEMTeasy载体并转化DH5α,提取阳性菌落的质粒经EcRo1酶切和PCR鉴定其大小均为17kb左右,对其测序并构建HA基因进化树。经过比较分析,青海株与AEquineKentucky286、AEquineMiami163等关系较近,核苷酸同源率为973%～847%,而与我国马流感吉林株和黑龙江株关系较远,同源率仅为552%。经过比较,青海株与我国香港1992年马流感病毒关系密切 。     

ICR小鼠肠道中乳酸菌组成的克隆文库研究

目的对健康雄性ICR小鼠肠道内乳酸菌的组成结构进行研究。方法收集10只健康雄性ICR小鼠的新鲜粪便样品,提取粪便样品中微生物的总DNA,采用乳酸菌类群特异性引物（Lac1）和细菌通用性引物（1391r）的组合扩增16SrRNA基因并构建乳酸菌特异性克隆文库,研究小鼠肠道内各种乳酸菌的组成和比例。结果克隆文库的分析结果表明罗伊乳杆菌（Lactobacillus reuteri）和约氏乳杆菌（Lactobacillus johnsonii）为ICR小鼠肠道内的优势种,其他还包括鼠乳杆菌（Lactobacillus murinus）、阴道乳杆菌（Lactobacillus vaginalis）、肠乳杆菌（Lacto-bacillus intestinalis）等乳酸菌以及一个潜在的乳酸菌新种。结论健康ICR小鼠肠道内乳酸菌的多样性较高;L.re-uteri种可能具有较高的菌株水平多样性。     

用ERIC—PCR法研究番茄根际细菌群落结构变化

采用单一碳源回收菌群的方法和ERIC—PCR方法相结合,检测番茄(Lycopersicon escu-lentum Mill．)根际接种转基因微生物E4(Enterobacteria cloacae)后的根际微生物的群落结构和多样性的变化。结果表明：采用单一碳源回收菌群和ERIC—PCR相结合的方法,可以准确、直观和清楚地检测到E4释放到环境中后对根际微生物的群落结构和种群数量的影响。这种单一碳源培养法与ERIC—PCR相结合的方法,将有可能成为一种研究环境微生物群落结构变化的常用方法。     

胜利油藏不同时间细菌群落结构的比较

利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和构建16S rRNA基因克隆文库2种方法,对孤岛油田两口井(注水井G和采油井L)在相距9个月的2个时间点(A和B)所采集样品的细菌群落结构进行了比较。DGGE图谱聚类分析表明注水井在2个时间点的微生物群落结构相似性为48.1%,而采油井的相似性只有28.7%。16S rRNA基因克隆文库结果表明,A时间点样品G中的优势菌群为Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria,还有Deferribacteres、Firmicutes、Bacteroidetes等;而样品L中,Gammaproteobacteria中的Moraxellaceae含量达到97%。B时间点G中除了优势菌Betaproteobacteria之外,Deferribacteres的数量显著增加,成为优势菌;而L在B时间点优势菌除Gammaproteobacteria外,还有Betaproteobacteria和Firmicutes。采油井中的微生物群落结构随时间发生了显著改变,而注水井变化不显著。这一结果部分揭示了微生物采油过程中地层微生物群落的变化规律,有助于进一步阐明微生物驱油的机理。     

重度肥胖症患者膳食干预前后肠道内硫酸盐还原菌的定量检测

目的检测重度肥胖症患者膳食干预过程中,肠道内硫酸盐还原菌（SRB）的数量变化,为进一步研究SRB与肥胖的关系提供参考。方法以SRB基因组中的重要功能基因一腺苷酰硫酸（APS）还原酶基因作为指示基因,通过实时定量PCR的方法检测了12名重度肥胖症患者在进行膳食干预过程中随着体重的降低,肠道内SRB的数量变化,同时以16SrRNA基因对肠道内总菌进行定量来计算SRB占总菌的相对比例。结果膳食干预过程中,随着患者体重的显著降低,其肠道内SRB占总菌的比例也显著下降。在维持期,患者体重仍和干预前有显著差异,但较干预期有所回升;其体内SRB含量也显著低于干预前,但相比干预期,有所上升。结论研究结果提示肠道菌群中SRB细菌与肥胖的发展有密切关系,为后续研究SRB细菌的功能和作用机理奠定了基础。     

大港孔店油田水驱油藏微生物群落的分子分析

通过多聚酶链式反应温度梯度凝胶电泳（PCRTGGE）和构建16S rRNA基因克隆文库两种方法对比研究了大港油田孔二北断块注水井和采油井的微生物群落结构。16S rDNA V3区PCR扩增产物的TGGE图谱分析表明,这两个油井的微生物群落结构差异很大。注水井样品的TGGE图谱中有6条主要条带,而采油井样品中只有一个条带占绝对优势。同时,建立了两个样品的16S rRNA基因克隆文库,从中分别挑选了108和50个克隆进行限制性酶切片段长度多样性分析（ARDRA）。注水井样品有33个操作分类单元（OUT）,其中6个OUT是优势类型;而采油井样品只有8个OUT,有1个OUT在文库中占绝对优势。克隆文库和TGGE的研究结果一致,均表明注水井样品的微生物多样性比采油井丰富很多。每个OUT的代表克隆序列分析结果表明,注水井样品中的细菌主要属于α、β、γ变形菌纲和放线菌纲,尤其是红细菌亚纲（47%）。采油井样品的细菌主要属于α、β、γ变形菌纲,尤其是假单胞菌属（62%）。油藏微生物多样性的分子分析可为开展微生物采油技术研究奠定基础。     

马传染性贫血弱毒疫苗株核衣壳蛋白基因的表达与鉴定

从感染驴白细胞的马传染性贫血弱毒疫苗株前病毒DNA中克隆了编码核衣壳蛋白 (pll)的基因 ,在大肠杆菌中得到了表达 ,而表达的蛋白是一种可溶性的融合蛋白 ,其氨基端带有 6个组氨酸的标签 ,因此可以用固定化金属离子亲和层析法在非变性条件下进行纯化。经间接ELISA和免疫印迹试验检测 ,这种表达的融合蛋白可与马传贫阳性血清样品发生反应 ,而与健康马血清无任何反应 ,显示其具有良好的抗原性和特异性 ,可用于马传贫弱毒疫苗株在体内外复制及在接种马体内免疫应答的研究。     

ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构

目的了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC—PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态),其他各DNA样品的ERIC-PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85％～100％;佳斯及川川(大熊猫)2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93％和87％,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71％。结论大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC—PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。     

植病生防菌成团泛菌电击转化条件的研究*

研究了植病生防菌成团泛菌（Ｐａｎｔｏｅａ ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）的电击转化条件。结果表明受体菌固体培养、生长到对数早期时的细胞转化效果最好;质粒ＤＮＡ分子量增加１０培,转化效率降低１００倍;质粒ＤＮＡ浓度在０．０１－１μｇ／μＬ范围内其变化与转化频率呈正比,与转化效率成反比;从成团泛菌中提纯的质粒ＤＮＡ比从大肠杆菌中提纯的相同质粒ＤＮＡ转化成团泛菌的效率高出３０倍;最佳电击条件为场强１５ｋＶ／ｃ