黄瓜绿斑驳花叶病毒辽宁分离物全基因组序列测定

以感病组织总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增并测定黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)辽宁分离物(CGMMV-LN)的基因组全序列。CGMMV-LN基因组全长6 422 nt,5'非编码区(noncoding region,NCR)和3'NCR分别为59 nt和175 nt。CGMMV-LN编码的4个蛋白依次是186 kD和129kD的复制酶,29 kD的移动蛋白和17.4 kD的外壳蛋白。CGMMV-LN与其他4个CGMMV分离物基因组核苷酸序列同源性为97.6%～99.3%,与同属其他3种病毒基因组核苷酸序列同源性仅为61.7%～62.8%。基于186kD复制酶和外壳蛋白氨基酸序列的同源树显示:侵染葫芦科作物的烟草花叶病毒属病毒可分为2个亚组,亚组I包括所有CGMMV分离物,亚组II包括Kyuri绿斑驳花叶病毒(Kyuri green mottle mosaic virus,KGMMV)、黄瓜果实斑驳花叶病毒(Cucumber fruit mottle mosaic virus,CFMMV)和小西葫芦绿斑驳花叶病毒(Zucchini ...     

双色荧光多重PCR技术及在禽流感病毒检测中的应用

为快速检测7种亚型禽流感病毒,对引物进行双色荧光标记,建立双色荧光多重PCR(DFM-PCR)方法,通过运用DFM-PCR可一次检测出7种禽流感病毒亚型。此方法为应用于病毒或病原等一些要求快速、高通量的检测领域打下基础,而且为禽流感病毒检测以及其他种类病毒等病原检测提供了一种新型方法。     

2010年—2011年山东近海石莼属绿潮藻的种类鉴定

山东近海近年来连续遭遇绿潮危害,绿潮种类组成是否发生变化?尚未有研究加以解决。2010年—2011年,对山东近海海域漂浮藻进行了调查和取样,选取采集的29株漂浮石莼属样品和2株固着石莼属样品,进行了形态学观察,并对其核糖体ITS、叶绿体rbcL基因和5S rDNA间隔序列进行了分子系统发育分析。结果表明,山东近海石莼属绿潮由浒苔U.prolifera、孔石莼U.pertusa和扁浒苔U.compressa共同构成,浒苔是优势绿潮藻种群,其次为孔石莼,扁浒苔发生很少。     

商业化种植的六种基因改良玉米品系的鉴定检测方法

以PCR方法鉴定检测六种商业化种植的基因改良玉米 (geneticallymodifiedmaize,简称GM 玉米 )。针对Mon810 (Monsanto公司 )、Bt11(Novartis公司 )、Event176 (Novartis公司 )、CBH 35 1(AgrEvo公司 )、T14/T2 5Liberty (AgrEvo公司 )及GA2 1(Monsanto公司 )GM 玉米转入的外源基因质粒图谱 ,设计具有品系特异性的引物进行PCR检测 ,建立了GM 玉米品系鉴定检测的方法。     

建立基于TaqMan探针的李坏死环斑病毒实时荧光RT-PCR检测方法

李坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus, PNRSV)是世界部分范围内分布的有害生物, 亦是我国重点关注的检疫对象。根据PNRSV各株系衣壳蛋白基因的保守序列, 设计特异性引物和TaqMan荧光探针, 进行了探针、引物和Mg2+浓度等反应体系和条件的优化实验, 确定最佳的引物浓度为400 nmol/L、探针浓度为333 nmol/L、Mg2+离子浓度为5 mmol/L和dNTPs浓度为0.43 mmol/L时, 其灵敏度达23个拷贝数。利用建立的实时荧光RT-PCR检测方法对PNRSV樱桃分离物进行了成功检测。这个方法具有灵敏、准确、简便、快速的特点, 适合于李坏死环斑病毒的检测和鉴定。     

实时荧光PCR技术对小麦矮腥黑穗病菌的检测

通过对小麦矮腥黑穗病菌(TCK)及其近似种小麦网腥黑穗病菌(TCT)和小麦光腥黑穗病菌(TFL)的rDNA序列ETS区间测序比较分析,找出了TCK相对于TCT和TFL的特异性序列,并根据TCK的特异性序列设计了实时荧光PCR探针,利用实时荧光PCR技术成功实现了对TCK的检测。     

苦楝丛枝植原体质粒的测定与分子特征

摘要: 【目的】测定苦楝丛枝植原体(CWB 植原体)质粒并分析其分子特征。【方法】扩增苦楝丛枝植原体质粒片段并进行系统进化分析,预测质粒编码蛋白的跨膜区、亚细胞定位;以质粒pCWBFq repA为模板制备探针,利用Southern blot 方法检测苦楝丛枝植原体及其他几种植原体的质粒。【结果】测定了苦楝丛枝植原体福清株系的一个质粒pCWBFq,该质粒全长4446 bp,A + T含量为73.5%,编码6个蛋白,其中pCWBFq P2-P5 五个编码蛋白分别含有3、2、1 和2个跨膜区,其信号肽(Singnal Peptide,SP)信号值分别为0.989、0.505、0.918和0.914。氨基酸序列相似性比较表明: pCWBFq RepA 蛋白与其他植原体质粒RepA 的同源性在9.6%－85.6%之间,而pCWBFq SSB 蛋白与其他植原体质粒SSB 的同源性在74.0%－89.4%之间。用pCWBFq repA 探针检测到苦楝丛枝植原体中质粒的存在,同时也能够检测到16SrI组的泡桐丛枝植原体(PaWBNy),海南长春花绿变植原体(PeVHn),苦楝丛枝植原体福州株系(CWBFz)和桑树萎缩植原体濮阳株系(MDPy)中的质粒,但16SrV 组的枣疯植原体北京株系(JWBBj)、樱桃致死黄化西昌株系(CLYXc)和重阳 木丛枝南昌株系(BiWBNc) 中未能检测到任何杂交信号。【结论】苦楝丛枝植原体质粒pCWBFq编码的6个蛋白中,除与质粒复制有关的RepA和SSB外,另外4个均为含有疏水结构的分泌蛋白或膜蛋白。植原体质粒的同源基因间存在程度不同的变异,其中repA 基因在所有植原体质粒上均存在,但变异性相对较大,而ssb基因仅存在于16SrI 组植原体质粒中,且变异相对较小。16SrI 组的CWBFq、PaWBNy、PeVHn、CWBFz和MDPy 中均存在数量和大小不同的质粒,而16SrV 组的JWBBj、CLYXc和BiWBNc 中或含有的质粒因与pCWBFq repA 探针的同源性较低而不能被检测到。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒辽宁分离物外壳蛋白基因与3′非编码区的序列分析

黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)为烟草花叶病毒属(Tobamovirus)成员,Tobamovirus属病毒基因组至少编码4个蛋白,靠近5′端的126kDa和183kDa两个蛋白与病毒的复制有关,其中183kDa是由126kDa蛋白终止子超读产生的;另外两个蛋白分别为约30kDa的移动