MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用———基因表达图谱分析（4）*

基因表达图谱原则上可了解整体细胞基因表达的信息,是基因组功能分析的重要研究手段。MATLAB 7.X生物信息工具箱为基因表达谱数据的分析和处理提供了一个综合环境,通过众多统计函数和绘图函数的结合使用,过滤不合格的基因数据和噪声数据,从而对基因表达数据进行聚类分析和主成分分析,绘制相关的基因表达图谱,完成基因芯片数据表达图谱的分析,分析结果可视化程度高,图表清晰、直观。本文主要以酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae为例,详细描述了利用MATLAB 7.X生物信息工具箱对其基因表达图谱进行分析的过程。     

MATLAB 7.X 生物信息工具箱的应用-- 专用分析工具（ 六）*

序列分析可以获取蕴藏在简单序列中的生物信息,是生物信息分析的基础。通过生物大分子序列差异分析构建的系统树则可为我们提供可视化的物种间的进化关系。MATLAB7.X生物信息工具箱包含了几个图形用户界面设计的专用分析工具,这些专用分析工具交互性好,易于使用。借助于这些分析工具,用户不仅可以对基因序列进行分析查看并能进行相对应的氨基酸序列分析,还可以方便快捷地构建系统发育树。即使用户不会编程也可以进行序列分析和系统发育分析的研究,大大地提高了分析的效率。本文详细介绍了序列分析工具Seqtool和系统发育分析工具Phytreetool在序列分析及系统发育树构建方面的应用,所有操作方便快捷,分析结果可视化程度高。     

大鼠淋巴细胞培养上清液总IgG 含量ELISA 检测方法的建立

目的:建立一种定量测定大鼠淋巴细胞培养上清液中总IgG(免疫球蛋白G)含量的双抗体夹心ELISA(酶联免疫吸附试验)检测方法。方法:用方阵实验确定包被抗体、检测抗体的最佳工作浓度;绘制标准曲线,确定线性范围;评价标准曲线的可重复性、精密度和可应用性。结果:包被抗体和检测抗体的最佳效价分别为2μg/ml和1:4000稀释;检测的线性范围为0.25-16ng/ml。经方法学评价,可重复性和精密度较高,应用性较强。结论:该方法灵敏度高,重复性好,可作为科研过程中检测大鼠淋巴细胞培养上清液总IgG含量的一种精确、方便、可靠的方法。     

脂肪酶产生菌的筛选及鉴定研究

为寻找合适的产脂肪酶野生菌,以期能高效的催化合成生物柴油。通过添加橄榄油作为惟一碳源进行富集培养,然后以透明圈平板筛选法从油污土壤样品中成功地筛选到了一株酶活力值为10.12U/ml产脂肪酶菌株。通过对该菌株表型、生理生化特征分析及16S rRNA部分序列的系统进化发育分析鉴定该菌为芽胞杆菌属,定名为BacilluspumilusB2。     

发酵黄芪的乳酸茵的驯化及其与黄芪相互作用研究

目的驯化能发酵黄芪的优良乳酸菌并研究其与黄芪的相互作用,为开发新型饲料添加剂做准备。方法选取能厌氧发酵黄芪药液的优良乳酸菌,通过在添加黄芪药液的发酵培养基中反复传代对其进行驯化,并用蒽酮-硫酸法测定发酵前后粗多糖的含量,用比浊法测定菌体浓度,并用单因素法研究了最佳黄芪添加量和最佳接种量,初步研究驯化菌株与黄芪药液的相互作用。结果经过6次传代驯化后,驯化菌株发酵黄芪药液后可使其粗多糖得率提高111．9％,而黄芪药液能促进驯化菌株的增殖,可使菌体浓度提高251％。结论驯化菌株与黄芪药液发生了良性的相互作用,有可能开发出新型饲料添加剂。     

发酵黄芪的乳酸菌的驯化及其与黄芪相互作用研究

目的驯化能发酵黄芪的优良乳酸菌并研究其与黄芪的相互作用,为开发新型饲料添加剂做准备。方法选取能厌氧发酵黄芪药液的优良乳酸菌,通过在添加黄芪药液的发酵培养基中反复传代对其进行驯化,并用蒽酮-硫酸法测定发酵前后粗多糖的含量,用比浊法测定菌体浓度,并用单因素法研究了最佳黄芪添加量和最佳接种量,初步研究驯化菌株与黄芪药液的相互作用。结果经过6次传代驯化后,驯化菌株发酵黄芪药液后可使其粗多糖得率提高111．9％,而黄芪药液能促进驯化菌株的增殖,可使菌体浓度提高251％。结论驯化菌株与黄芪药液发生了良性的相互作用,有可能开发出新型饲料添加剂。     

两种PCR方法对检测A组轮状病毒膜芯片杂交结果的影响

A组轮状病毒(rotavirus,RV)是导致拿世界婴幼儿腹泻的最主要病原,危害巨大。拟用RT-巢式PCR技术对A组RV的保守序列进行高度扩增,通过固本室内制的膜芯片杂交,实现对该病毒的检测。分别采用对称PCR和不对称PCR扩增,均可得到扩增的目的片段．对称式扩增产物杂交结果不理想。而不对称式扩增得到了大量待检单链产物,同膜芯片杂交获得了理想的杂交结果。显著地提高了对A组RV杂交检测的灵敏度。表明不对称式PCR扩增是一种制备用于芯片杂交大量单链产物的理想方法,尤其是针对富含AT的核酸检测区域。     

蚊子对疟原虫的免疫机制

在防治疟疾感染的研究中,蚊子对疟原虫免疫机制的研究成为目前的研究热点。蚊子对疟原虫的免疫主要包括：血细胞介导的体液和细胞反应,丝氨酸蛋白酶介导的免疫防御反应,前酚氧化酶级联反应介导的黑化包被和蚊子体内免疫基因的活化。尤其是近来在蚊子体内免疫基因研究方面所取得的突破性进展,为人类控制疟疾及最终消灭疟疾提供了非常有价值的资料。     

青海油菜蜂花粉黄酮类化合物含量的研究

采用正交试验设计,研究了青海油菜蜂花粉中黄酮类化合物的最佳提取条件,分别采用HPLC法和比色法测定了黄酮类化合物的含量。最佳提取条件是选用95％的乙醇作为溶剂,以10倍总量的乙醇用量,水浴热回流提取。以槲皮素、山奈酚、异鼠李素为对照品,采用HPLC法,测定出黄酮类化合物平均含量为3．194％;以芦丁为对照物,采用比色法,测定出总黄酮平均含量为3．70％。     

鹅卵清蛋白基因5'端调控区的克隆和序列分析

通过PCR技术从产蛋鹅输卵管基因组中扩增出1．2kb的鹅清蛋白基因5’端调控区,将其亚克隆入phD18-T载体的多克隆位点(标记为pOV),经酶切和测序鉴定：扩增产物只有3个碱基发生了突变,其TATA框、组织特异性因子和卵清蛋白上游启动子均未发生变异,表明鹅清蛋白基因5’端调控区可作为启动外源基因表达的调控序列。为构建其启动外源基因的质粒表达载体奠定了研究基础。