MethyScan：一种甲基化特异性PCR引物设计及评估工具

DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板各自特异性结合和扩增,实现基因甲基化状态的区分,是切实可行、简单便捷的临床诊断实验技术.但是,不同于常规PCR,MSP主要存在如何强化引物-甲基化/非甲基化模板特异性结合、降低引物序列Tm值差异、去除假阳性扩增及提高敏感性等四大难点.尽管大多数MSP引物设计软件对上述难题都提出了各自解决办法,但在引物设计影响因素考虑、设计与评估并行处理及特异性扩增预测等方面仍然存在较大缺陷.为此,本研究通过对MethPrimer、MSPPrimer、MethBlast、BiSearch等现有MSP引物设计软件原理的深入探究,以及对Bowtie、SAMtools和BEDTools等工具的有效综合整合,基于图形库Matplotlib和第三方Python功能库BioPython与Primer3-py实现了具有系列优点的甲基化特异性PCR引物设计与评估可视化工具MethyScan.它具有引物设计、基因组索引、引物评估等三大完整功能模块,不仅可快速进行MSP引物设计,实现巢式(Nested)引物适配,还可基于4种基因组碱基转换模板分析引物结合信息,图形化展示非特异性扩增与目的片段差异,从而综合评估引物特异性-非特异性扩增.同时,对食管癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中6个潜在生物标志物TFPI-2、NDRG4、CDKN2A、CD44、CASP8和SDHD的甲基化引物设计对比结果表明,MethyScan不仅可获得更多CpG位点的检测引物,而且所获得MSP引物位置与其他软件结果相同或相近,且引物间Tm值差值更小.总之,作为首个图形化展示特异性-非特异性扩增差异MSP引物设计工具,MethyScan可有效提高甲基化引物设计准确性,为临床DNA甲基化检测项目开展、检测试验实施及诊断试剂盒研发提供有力支撑.MethyScan工具下载地址:https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/MethyScan.     

23XZ4J型高性能金属输入窗X线影象增强管试制成功

23XZ4J型影象增强管是上海医疗器械九厂和中国科学院电子学研究所共同承担的国家“七五”重点科技攻关目标之一。目的在于通过消化吸收,对引进的9英寸X线影象增强管的结构、工艺进行重大改进,从而进一步提高产品性能。最近,该产品在上海医药管理局主持下通过鉴定。 23XZ4J型影家增强管系采用国际上先进技术,用金属输入窗代替玻璃输入窗,减少了输入窗对X线的吸收、散射,采用原引进线所没有的新型阴极衬底处理工艺,减少     

MiR-31促进人牙髓间充质干细胞增殖和迁移

牙髓炎和根尖周炎是口腔科目前较为常见的2种疾病，现有的治疗方案主要包括根管治疗和牙髓血运重建，能有效控制住炎症进而保存患牙，然而同时也会导致牙髓组织的永久失活，发生结构故障和继发感染。近年来，结合干细胞和生物材料等的组织工程技术使牙髓再生的研究逐渐进入人们的视野，其中从恒牙或乳牙中分离的牙髓间充质干细胞(dental pulp stem cells, DPSCs),因其多向分化和高增殖等特性已成为牙本质或者髓样组织再生的重要的干细胞来源。但是由于干细胞不能高效募集到损伤区域，影响受损区的活细胞数量和存活时间，显著降低了其应用疗效，因此，需要提高牙髓干细胞的迁移和增殖能力，本研究旨在探讨微核糖核酸31(microRNA-31, miR-31)能否有效提高DPSCs的增殖迁移能力。通过组织块酶消化法从牙髓组织中成功分离培养了DPSCs,比较了分别取自健康牙与炎症牙的牙髓组织和DPSCs中miR-31水平的差异，利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测的结果显示，与健康牙比较，炎症牙来源的牙髓组织和DPSCs中miR-31表达水平明显降低(P<0.05)。干扰和过表达DPSCs...     

鸽肝线粒体DNA 的研究

线粒体DNA(mtDNA）是研究环状DNA 复制、转录及其调控的一个较好模型，而且 mtDNA存在一些有别于细胞核DNA的特性。 此外mtDNA与核DNA还表现协作效应。 迄今为止哺乳类及真菌的mtDNA已研究较 多L6-131，但对鸟类的m tDNA研究尚少［II-a10鸽 肝mtDNA的研究，国内尚未见报道。本文就 这方面的工作先作一初步的报道。     

一种简便实用的限制性核酸内切酶定量测活方法

对限制性核酸内切酶进行酶学研究,无论在理论上或应用上都有着重要的意义。准确而简便的定量测活方法,是进行酶学研究的前提之一。目前这类酶的定量测活,多采用同位素标记法或微光密度扫描法,但前者受到标记底物来源、同位素半衰期和比强度的影响;后者需要昂贵的仪器,故它们的使用范围受到一定     

“筋骨并重”思想指导下的推拿手法联合颈夹脊穴龙虎交战针法治疗神经根型颈椎病的临床研究

摘要 目的：探讨“筋骨并重”思想指导下的推拿手法联合颈夹脊穴龙虎交战针法治疗神经根型颈椎病（CSR）的治疗效果。方法：选取2020年1月到2021年5月期间在东莞市中医院针灸科接受诊治的CSR患者108例，参照随机数字表法分成对照组与观察组，各54例。对照组接受常规治疗、“筋骨并重”思想指导下的推拿手法治疗，观察组在对照组的基础上联合颈夹脊穴龙虎交战针法治疗，两组均治疗2周。对比两组疗效、中医证候总积分、视觉模拟评分法（VAS）、颈椎病临床评价量表（CASCS）评分、颈部生物学相关参数及血液流变学。结果：观察组的临床总有效率为94.44%（51/54），高于对照组的74.07%（40/54），差异有统计学意义（P<0.05）。两组治疗2周后中医证候总积分、VAS评分下降，且观察组较对照组低；CASCS评分升高，且观察组高于对照组（P<0.05）。两组治疗2周后左旋转、右旋转颈功能活动度和前屈、后伸颈部肌力升高，且观察组高于对照组（P<0.05）。两组治疗2周后全血黏度高切、纤维蛋白原、血浆黏度、全血黏度低切下降，且观察组低于对照组（P<0.05）。结论：“筋骨并重”思想指导下的推拿手法联合颈夹脊穴龙虎交战针法治疗CSR患者，可有效改善其临床症状，减轻疼痛，恢复颈部脊椎功能，改善血液流变学，疗效确切。     

X线影像质量的评价及描述

提高X线影像质量的一个至关重要的前期工作是必须对影像质量的评定和描述有科学的测定手段和统一的表述方法。国内外学者为此作了很大的努力。本文拟就该领域的现状进行归纳,并提出对今后发展趋向的看法,俾便使影像质量的评定和描述在我国能取得较大的成果,使临床及工程界人士在实际工作中有所参考。 (一) 由于X线影像是将三维结构的被检体     

我国影像专家参观欧洲医学影像产品技术展览会

第15届欧洲放射学年会(European Congress of Radiology ECR)于2003年3月7日～11日在奥地利维也纳举行。与往年一样,影像设备大型展示会同期在会议大厦内展出。国际著名的主机生产厂、数字化成像设备厂、显示器生产厂及图像软件生产厂如:GE、Simenes、Philips、Toshiba、Eastman bodak、Fuji、     

自然日照长度的改变对紫苏发育的影响

为了弄清紫苏的光照阶段,大家知道应该测定日照长度,光周期反应的时间和气温,这些光照阶段不可缺少的条件,稍为不适合就要破坏光照阶段进行的正常过程。我们研究了在春冬之间不同播种期对紫苏的影响,表示出在三月的第二个星期播种,紫苏就延迟抽穗5个月,这是由於改变了日照长度有关的,因在那段时间里日照长度增加了1点20分。後来我们发现在人工缩短到每天15小时经过25昼夜的影响,紫苏就开花了,然而每天在16小时内,就没有发现开花。现在我们的工作注意在春天