双绕蛋白质的分类与识别

蛋白质折叠识别是蛋白质结构研究的重要内容。双绕是α/β蛋白质中结构典型的常见折叠类型。选取22个家族中序列一致性小于25%的79个典型双绕蛋白质作为训练集,以RMSD为指标进行系统聚类,并对各类建立基于结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM)。将Astral1.65中序列一致性小于95%的9 505个样本作为检验集,整体识别敏感性为93.9%,特异性为82.1%,MCC值为0.876。结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,分类建模可以实现较高准确率的识别。     

基于肠道菌群和短链脂肪酸代谢探讨不同饮食条件下高脂血症大鼠发病机制

目的 本研究拟对比两种不同高脂饮食方式诱导的高脂血症大鼠肠道菌群变化与短链脂肪酸代谢特征,以宿主-肠道菌群-代谢角度探讨高脂血症可能的微观机制。方法 SPF级SD大鼠分为：正常饮食组(CG组):饲喂大鼠维持饲料;高脂饮食组(HFD1组):每天足量饲喂高脂饲料;限饲高脂饮食组(HFD2组):每天限量饲喂高脂饲料80 g,不限量饲喂维持饲料。8周后检测血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平;苏木精-伊红(HE)染色观察大鼠肝组织和肾周脂肪病理学变化;取结肠内容物进行16S rDNA高通量测序,观察肠道菌群结构与功能的变化,并检测结肠内容物中短链脂肪酸的含量。结果 与CG组相比,HFD1组和HFD2组大鼠摄食量下降,体重升高;血清中TC、TG、LDL-C均显著升高;肝组织发生明显脂肪变性,肾周脂肪出现炎性病变;高脂干预后大鼠肠道菌群相对丰度显著变化,其中乳杆菌属相对丰度明显降低,菌群结构和功能变化明显,总短链脂肪酸、乙酸、丁酸、异丁酸下降显著。结论 两种高脂饮食方式均能引起大鼠高脂血症,且发病机制基本一致,均与脂质代谢以...     

串联质谱图谱从头测序算法研究进展

近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节．由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势．简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状．归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点．总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向．     

小麦低分子量麦谷蛋白亚基与面团流变学特性关系的研究

采用十二烷基硫酸钠-聚丙稀酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分离方法,以牛血清蛋白(67kD)和卵清蛋白(43kD)为分子量标记,对甘肃河西灌区近几年选育的17个小麦品系以及大面积栽培的2个春小麦品种的低分子量麦谷蛋白亚基组成以及不同亚基对面团流变学特性(面团韧性P、延伸性L、面团筋力W)的影响进行分析。19个试验材料中共标记出从35．2～60．5kD的LMW-GS共32条谱带;通过单因素方差分析(ANOVA)和逐步回归分析确定出对面团流变学特性P、L、W值影响显著的7个LMW-GS,分子量由高到低为：52．7kD、52kD、49．3kD、46．7kD、44．8kD、44．2kD、35．2kD。其中35．2kD和46．7kD亚基能显著地增加面团P值,44．8kD亚基能显著地降低面团P值;44．2kD和49．3kD亚基显著增加面团L值,52．7kD亚基降低面团L值;44．8kD、52．7kD亚基能显著降低面团的W值,52．0kD和46．7kD亚基能显著提高面团W值。     

大白鼠年龄变化的形态学观察

年龄变化是生物学领域中的一个重大问题,它广泛地引起人们的关心和注意。年龄的形态学指标则是防治衰老,寻找衰老机制不可缺少的环节,以往在国内外也曾做过相当的工作,但终由于取材不一,实验条件有所差异,对于全面概括衰老过程,总结年龄变化规律存在一定困难,而且既有资料比较零星,为此我们决定以大白鼠作为实验对象,分别在内分泌腺——甲状腺、     

NaCl盐度和NaHCO3碱度对松浦镜鲤、方正鲫的孵化及其仔鱼存活的影响

研究了NaCl盐度(0、1、3、5、7、9)和NaHCO3碱度(1.00 mmol/L、10.00 mmol/L、15.85 mmol/L、25.12 mmol/L、39.81 mmol/L、63.10 mmol/L)对松浦镜鲤(Cynipus carpio)与方正鲫(Carassius auratus gibelio)的孵化率、畸形率以及仔鱼24 h和48 h存活率的影响。1盐度实验结果,松浦镜鲤在盐度为0、1时,受精卵的孵化率较高,平均为72.40%±6.09%;在盐度0~3时,孵出仔鱼畸形率较低,平均为6.02%±1.87%,48 h存活率较高,平均为94.99%±6.44%。方正鲫在盐度0~3时,受精卵的孵化率较高,平均为68.03%±15.44%;在盐度0~5时,孵出仔鱼畸形率较低,平均为7.95%±3.24%,48 h存活率较高,平均为88.52%±9.19%。2碱度实验结果,这两种鱼的孵化率在碱度1.00~25.12 mmol/L时较高,松浦镜鲤平均为47.96%±8.43%,方正鲫平均为66.23%±18.11%。畸形率在碱度1.00~15.85 mmol/L范围内较低,松浦镜鲤平均为12.47%±3.77%,方正鲫平均为12.46%±8.44%。48 h存活率在碱度1.00~15.85 mmol/L时较高,松浦镜鲤平均为96.16%±5.04%,方正鲫平均为85.62%±3.73%。综合各项指标,松浦镜鲤和方正鲫人工孵化用水建议盐度控制在3以内,碱度控制在15 mmol/L以内。     

用RAPD技术探讨冬青属苦丁茶的遗传差异、亲缘关系与分类地位

利用随机扩增多态性DNA (RAPD)技术对 2 2份冬青属苦丁茶不同种质材料的遗传变异进行了研究。 4 0个 10 bp的引物用于多态性检测 ,从中筛选出了 2 7个多态性良好的引物。用该 2 7个引物对上述 2 2份种质材料进行PCR扩增 ,共得到 4 45条DNA谱带 ,其中多态性带4 32条 ,占 97 0 8%。根据扩增结果计算了各份材料之间的遗传距离 ,并用UPGMA构建了聚类树状图。分析结果表明 :2 2份供试材料分成 4类 5组 ,第Ⅰ类为Ilexpentagona (分为A、B两组 :A组为新变种var mashanensisG .M .L .;B组为原变种var pentagona) ,第Ⅱ类为I kudingcha,第Ⅲ类为I latifolia ,第Ⅳ类为I cornuta ;第Ⅱ ,Ⅲ ,Ⅳ三类各有一组材料组成。物种的差异、亲缘关系以及同一物种内不同种质材料在起源地域上的差异均可从系统树中反映出来。RAPD分子标记的结果可作为判断冬青属苦丁茶种质资源材料的起源地域、遗传差异、亲缘关系以及种级水平和种下分类鉴定的重要参考依据     

油菜转抗草甘膦、抗虫基因获得双抗植株

以草甘膦为筛选剂,用农杆菌介导法将编码5-烯醇式丙酮酸莽草酸-3-磷酸合成酶（EPSPS）的aroA—M12基因和编码苏云金杆菌毒蛋白的Btslm基因导入到甘蓝型油菜优良品种湘油15号中。在用草甘膦对转化体进行筛选的基础上．对转基因再生植株进行了PCR检测、Southern blot和Western blot分析．结果证明外源基因确已导入到该油菜品种中,而且表达了相应的蛋白。对转基因植株进行抗草甘膦、抗虫性鉴定的结果表明．转基因植株具有抗草甘膦、抗虫的双重特性。研究结果还表明抗草甘膦的aroA—M12基因在植物基因转化中,既可以用作抗除草剂基因,又可以代替常用的抗生素标记,用作植物筛选标记基因。