井冈山自然保护区野生兰科植物资源分布及特点

通过对江西省井冈山自然保护区兰科(Orchidaceae)植物的调查,分析了保护区内兰科植物的物种多样性、区系特点、分布格局,并采用SPSS18.0软件对井冈山及其邻近保护区属的种类进行相关和聚类分析。结果表明:井冈山兰科植物种类丰富,共有兰科植物34属75种,中国特有兰科植物19种。井冈山兰科植物资源垂直分布格局明显,不同海拔段的兰科植物分布差异较大,中低海拔的物种分布较多,资源相对保存较好;区系成分复杂多样,井冈山兰科植物属的地理成分可以划分为10个类型2个变型,热带性属占优势,占总属数的67.3%,但热带分布的种仅占本地区总种数的37.3%,而温带分布的种却占62.7%,故井冈山自然保护区属热带植物区系与温带植物区系过渡的交汇地带。井冈山兰科植物与齐云山自然保护区的相似性最高,与武夷山自然保护区的相似性最低。     

蛋白质二级结构预测: 基于词条的最大熵马尔科夫方法

提出了一种新的蛋白质二级结构预测方法. 该方法从氨基酸序列中提取出和自然语言中的“词”类似的与物种相关的蛋白质二级结构词条, 这些词条形成了蛋白质二级结构词典, 该词典描述了氨基酸序列和蛋白质二级结构之间的关系. 预测蛋白质二级结构的过程和自然语言中的分词和词性标注一体化的过程类似. 该方法把词条序列看成是马尔科夫链, 通过Viterbi算法搜索每个词条被标注为某种二级结构类型的最大概率, 其中使用词网格描述分词的结果, 使用最大熵马尔科夫模型计算词条的二级结构概率. 蛋白质二级结构预测的结果是最优的分词所对应的二级结构类型. 在4个物种的蛋白质序列上对这种方法进行测试, 并和PHD方法进行比较. 试验结果显示, 这种方法的Q3准确率比PHD方法高3.9%, SOV准确率比PHD方法高4.6%. 结合BLAST搜索的局部相似的序列可以进一步提高预测的准确率. 在50个CASP5目标蛋白质序列上进行测试的结果是: Q3准确率为78.9%, SOV准确率为77.1%. 基于这种方法建立了一个蛋白质二级结构预测的服务器, 可以通过http://www.insun.hit.edu.cn:81/demos/biology/index.html来访问.     

CK19和MC在肺癌患者胸水中的表达及意义

目的探讨CK19和MC在肺癌患者胸水中的诊断价值。方法应用免疫细胞化学方法(S-P)研究44例肺癌患者胸水中的癌细胞和26例肺良性疾病胸水中的反应性间皮细胞的表达。结果CK19在肺癌患者胸水中的阳性率95.5%(42/44)明显高于在良性胸水中的阳性率7.7%(2/26),差异非常显著(P<0.01);而MC在良性胸水中的阳性率96.2%(25/26)明显高于在肺癌患者胸水中的阳性率22.7%(10/44),差异也非常显著(P<0.01);当CK19和MC联合应用时为最佳选择,其敏感性和特异性分别高达100%和88.5%。结论CK19和MC对肺癌患者胸水中癌细胞的诊断及鉴别诊断具有重要的临床应用价值。     

基于简化基因组技术的云南蓝果树群体遗传分析

极小种群野生植物云南蓝果树是国家和云南省实施极小种群野生植物保护工程的代表性物种。为有效保护其遗传资源,本研究通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析现存群体的遗传结构和遗传多样性。经过遗传变异检测,本次研究中共获得SNP位点98 498个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5,次要基因型频率（MAF）>0.05筛选以后,得到有效SNP位点6 309个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对云南蓝果树完成了群体的遗传分析,其中：系统进化树分析将云南蓝果树划分为3大类,研究分析了云南蓝果树各分类的私人等位基因数目（Private）、平均观测杂合度（H_o）、平均期望杂合度（H_e）、核苷酸多样性（π）和平均近交系数（F_IS）5个遗传多样性参数;群体结构和主成分分析进一步证明了,云南蓝果树现存植株之间亲缘关系较远,遗传多样性差异较大,具有很高的遗传资源保存价值。本研究结果将为基于遗传管理的云南蓝果树就地保护、遗传资源保存和种群重建等保护工程提供科学依据。     

一种用于肿瘤药物治疗的新型人源性穿膜肽的优化及其应用

细胞穿膜肽(cell-penetrating peptide,CPP)作为一种体内大分子药物跨膜运输载体被广泛研究和应用。中期因子Midkine(MK)是人体的一种带有肝素结合域(heparin-binding domain,HBD)的生长因子。报道了MK中HBD的部分富含碱性氨基酸的基因序列(命名为MK-S0)与绿色荧光蛋白(EGFP)基因融合表达后,能将EGFP有效地转运入胞内,且其穿膜转运效率高于经典穿膜肽Tat。将MK-S0序列进一步突变优化改造得到的midkine-mutantΔ4(MK-Δ4),其穿膜效率比天然序列来源的MK-S0提高16倍以上,且MK-Δ4的穿膜转运作用适用于多种肿瘤细胞。穿膜机制分析研究结果显示,MK-Δ4可与细胞表面硫酸乙酰肝素结合,随之以巨胞饮形式内吞入胞。采用MTT方法检测的细胞生长抑制试验结果显示,连接有MK-Δ4的苦瓜来源的核糖体失活蛋白MAP30比单独的MAP30对HeLa肿瘤细胞的药效可提升5.8倍,大大提高了这种药物蛋白抑杀肿瘤细胞的效果。由此表明,源于MK的这种经过突变改造的MK-Δ4,可作为一种新型高效的细胞穿膜肽,将药物蛋白有效运输到细胞内发挥抗肿瘤效应。     

重组黄杆菌肝素酶III的纯化、表征及培养条件对酶生产的影响

肝素酶III是一种特异性地裂解乙酰肝素的酶,在大肠杆菌中表达时容易形成包涵体。为实现肝素酶III的可溶性表达,利用谷胱甘肽-S-转移酶(GST)与肝素酶III融合性能,通过构建相应的表达质粒pGEX-heparinaseIII,在大肠杆菌中实现了肝素酶Ⅲ的可溶性表达。粗酶通过一步亲和纯化其纯度可达95%以上。通过对LB培养基摇瓶培养Escherichia coli BL21的诱导时机、诱导剂用量、诱导时间等培养条件的优化,确定了该可溶性肝素酶III融合蛋白的最适生产条件。通过对纯酶的最适反应温度、pH、Ca2+浓度等一系列性质研究,确定了该酶的最适反应条件。     

大鼠肝脏半乳糖凝聚素-3 cDNA分子多样性分析

半乳糖凝聚素-3(Galectin-3,Gal-3)是一种多功能蛋白,参与机体内的多种生命活动过程。为分析大鼠Rattus norvegicus gal-3 c DNA分子多样性,在分析Gen Bank注册的大鼠gal-3 c DNA序列的同时,从三只不同大鼠个体的肝脏第一链c DNA,共计9个独立实验中克隆gal-3开放阅读框OFR(Open reading frame)。分析结果表明,在已注册的序列中存在1个单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)。本实验从1-3号大鼠肝脏分别获得118、95和120个克隆,新发现1处缺失和5处SNP,共克隆17个不同的gal-3 ORF,其中仅1个克隆与已报告大鼠gal-3 c DNA的ORF完全相同。从1号和3号个体肝脏中分别克隆11和14个不同的gal-3 ORF,揭示大鼠gal-3 c DNA存在个体水平的分子多样性。     

The RFA regulatory sequence-binding protein in the promoter of

The prostate-specific antigen (PSA), which plays an important role during the liquefaction process of semen, is a differentiation marker for human prostate. It has become the most sensitive marker for monitoring and detecting prostate cancer. PSA as a serine protease can activate some growth factors that might be related to the advancement of prostate cancer by hydrolyzing growth factor-binding protein. The PSA gene is expressed specifically in prostate epithelial cells. The ex-pression of…     

氮素增加条件下丛枝菌根真菌对陆稻和无芒稗相互作用的调节

采用盆栽方法研究了增氮条件下丛枝菌根真菌(AMF)对无芒稗(Echinochloa crusgallivar.mitis L.)和陆稻(Oryza sativa L.)相互作用的调节.结果表明:在单种条件下,无芒稗的菌根侵染率增加,陆稻的菌根侵染率降低;无AMF和接种AMF处理陆稻的生物量分别提高13.48%和42.35%,总磷吸收分别提高2.55%和4.07%,总氮吸收分别提高62.09%和30.35%;无芒稗的生物量分别提高15.65%和20.24%,总磷吸收分别提高4.06%和3.88%,总氮吸收分别提高30.35%和15.10%.在混种条件下,无芒稗的菌根侵染率增加,而陆稻无显著变化;无AMF和接种AMF的无芒稗与陆稻的生物量比值降低,总氮吸收比值无显著变化,无AMF处理的总磷吸收比值增加,而接种AMF处理降低.表明增氮条件下AMF提高了无芒稗对陆稻的竞争.