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在PCR-DGGE研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应 总被引:29,自引:1,他引:29
应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA,两组不同结构的引物 F3 57GC,R51 8(在正向引物的 5′端有 GC发卡结构 )和 F3 57,R51 8,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的 1 6Sr RNA基因 V3区进行扩增 ,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的 1 6S r DNA片段在 DGGE中的不同电泳行为 ,结果表明 ,含 GC发卡结构的PCR扩增产物在 DGGE中能够得到很好的分离 ,而无 GC发卡结构的 PCR产物则不能在 DGGE中获得满意分离。引入 GC发卡结构 ,使得对不同微生物的定性和分类更深入细致 相似文献
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乙草胺对农田土壤细菌多样性的影响 总被引:16,自引:0,他引:16
在实验室条件下 ,将农田土壤分别用终浓度为 1 0mg、5 0mg和 1 0 0mg g土壤的乙草胺处理 4 0d后 ,检测可培养的异养细菌的多样性和细菌物种多样性。可培养的异养细菌的多样性依据在LB平板上的菌落形态来研究 ,细菌物种多样性则通过基因组DNA的提取 ,纯化 ,1 6SrDNA片段的扩增和变性梯度凝胶电泳 (DGGE)的分离来研究 ,香农多样性指数 (H) ,丰度 (S)和均匀度 (EH)等指标用于评价细菌多样性。实验结果表明 ,与对照土壤相比 ,处理土壤中上述两种类型的细菌多样性均降低 ,而且 ,不同处理浓度对土壤细菌多样性的影响也不同。将DGGE图谱中的条带回收并测序 ,结果显示乙草胺对土壤中的Proteobacteria的α Proteobacteria和γ Proteobacteria影响明显 ,表明乙草胺会在一定程度上改变土壤细菌多样性 相似文献
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【目的】自由生活的棘阿米巴属(Acanthamoeba spp.)和哈曼属原虫(Hartmannella vermiformis)普遍存在于自然界的土壤和各种水体中,这两个属中的某些种类被认为对人和动物具有潜在的致病性,应用染料法实时荧光定量PCR技术建立特异性强、灵敏度高及重复性好的快速检测阿米巴虫的方法具有实际意义。【方法】采用非培养方法选择适合低拷贝基因检测的荧光染料BRYT Green? dye用于农村生活污水处理厂不同工艺阶段水样中Acanthamoeba spp.和H. Vermiformis 18S rRNA基因的检测和定量分析。【结果】在整个处理工艺流程中均检测到Acanthamoeba spp.和H. Vermiformis,并呈现出不同的变化趋势,进水中分别达到8.70×105拷贝/L和1.84×106拷贝/L。与进水相比,调节池、好氧池和膜池中阿米巴原虫的数量均降低了1?2个数量级,但是出水中Acanthamoeba spp. 则出现增加趋势。【结论】对阿米巴原虫可能造成的潜在健康危害应引起重视,并有必要作为污水处理达标的补充标准。 相似文献
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本文讨论了折流元件对环流反应器的流体力学性能的影响及用作生物反应器的研究结果。实验是在外筒规格Φ0 .2 19( 0 .2 10 )× 1.6m ,内筒规格Φ0 .153( 0 .150 )× 1m反应器内进行的 ,材质为不锈钢 ,括号内表示的是导流筒的内径。内筒装有具有强化传递过程作用的折流元件。BT发酵实验表明折流元件可改善环流反应器的发酵性能。将研究结果放大到 2 0m3的气升式环流反应器中 ,与工厂同等规模的搅拌式发酵罐相比 ,在完全省去搅拌功耗又不增加无菌空气用量的条件下 ,发酵液毒力效价高于在机械搅拌式发酵罐内的发酵结果约 10 %并且节电 30 %以上。 相似文献