通过新基因计算机识别与实验确认对NCBI人类基因数据库一些模式参考序列错误的分析与纠正

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变,或是这些错误的不同排列组合,其中以错误插入为多,往往导致编码氨基酸的移码突变。最先举证了NCBIGENOME Annotation Project预测人类新基因的下列错误类型：(1)开放读码框架(0RF)中错误插入一个碱基造成编码氨基酸移码;(2)错误拼接;(3)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成该读框提前终止。只编码N-端氨基酸的cDNA序列而不完整;(4)只有编码c一端氨基酸序列的cDNA而不完整;(5)只是正确基因0RF中间的一段编码蛋白cDNA序列而不完整,缺N-端与C-端氨基酸序列,并且将不完整蛋白氨基酸序列的第一个非起始码氨基酸错误地预测为起始码氨基酸,如将L错误地预测为M;(6)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成前面出现不该有的终止码,因而编码蛋白缺开头部分氨基酸;(7)可能将污染基因组序列当作完整基因cDNA序列对待而预测出所谓单一外显子基因。即便真是基因,也只是较长单一外显子mRNA中有一小0RF,而0RF起始码上游同一相位确实存在终止码,无其他特点符合基因条件;(8)所预测基因只有0RF,而0RF两端没有任何EST证据,可据此0RF拼接出受EST和人类基因组双重支持的完整基因cDNA(开放读框上游同一相位有终止码),预示所预测0RF参考序列可能不正确;(9)有EST实验证据支持存在基因的人类基因组序列范围内又被预测出一条相似但更小的蛋白编码基因,因而新预测基因有可能是错误的。     

用电子克隆新基因C17orf32和ZNF362对NCBI人类基因数据库模式参考序列5种错误类型的分析与纠正

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误。该策略既有助于发现更多的人类新基因,又有助于纠正美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因组注释项目公布的参考序列(REFSEQs)中所存在的错误。比如他们采用基因预测方法通过自动计算分析从NCBIcontig NT_010808预测到两个模式参考序列LOC124919和LOC147007,本该都是C17orf32,但却都是C17orf32的不同错误形式,分别为第1和2类型错误;再如,他们采用基因预测方法通过自动计算分析从NCBIcontig NT_004511预测到3个模式参考序列LOC14907、LOC200084和LOC91126,实际上都是．ZNF362一种基因,却提交了ZNF362的3种不同错误形式,分别为第4、5和7类型错误。本研究利用计算机识别并结合实验验证能够纠正或避免现有的人类基因组编码序列错误。以前公开发表的文献没有明确指出NCBI人类基因模式参考序列存在错误,因此直当慎重看待计算机注释的可能存在各种类型错误的人类基因组编码序列。人类新基因的正确识别和注释仍是一项长期而繁重的任务。     

乙型肝炎病毒重组腺病毒载体疫苗的构建及发展前景

人类腺病毒基因组Ｅ１区,Ｅ３区及介于Ｅ４区和右侧端插入性末端重复之间的区段存在插入位点,可供插入乙型肝炎病毒保护生免疫原基因,构建重组载体疫苗,本文就Ａｄ基因组分区段阐述了各类ＨＢＶ重组Ａｄ表达戴本构建的一般原则,并指出了辅助细胞依赖性缺陷型Ａｄ载体用作非复制性Ａｄ载体活疫苗的潜力及非缺陷型Ａｄ双表达载体用作复制性Ａｄ载体活疫苗的前景。     

基因治疗新进展：腺病毒载体介导的人类基因治疗

腺病毒（Ａｄ）用作基因治疗载体近年来受到高度重视，成为高科技前沿领域的一大研究热点和重点，是基因治疗的新进展。本文重点介绍了Ａｄ载体介导的基因治疗原理、操作步骤及研究现状，并指出了Ａｄ用作基因治疗载体的优势、存在的问题及解决措施。     

狂犬病疫苗及其免疫防治的研究进展

狂犬病疫苗及其免疫防治的研究进展张德礼北京军区后勤部军马防治检验所,１０００７１４狂犬病是由狂犬病毒引起的,主要侵害中枢神经系统,以狂躁、恐水为临床特征的一种急性直接接触性人兽共患传染病。本病广泛分布于世界各地。各种哺乳动物和鸟类对狂犬病都有易感性,...     

猪免疫抑制因子MNSFβ的克隆、表达与组织分布

MNSFβ (Monoclonal nonspecific suppressor factor β)是一种天然免疫抑制因子, 参与机体免疫反应、应激反应、细胞分裂、细胞凋亡和核转运等生物过程, 但其功能在猪中鲜有报道。文章通过电子克隆得到猪MNSFβ的全长序列, 利用RT-PCR首次从猪脾脏中克隆了包含完整开放阅读框的MNSFβ cDNA(GenBank登录号：KF77642500)片段, 测序正确后分析猪MNSFβ的核酸序列和蛋白质序列。将猪MNSFβ基因编码区序列插入表达载体pEGFP-C1, 构建真核表达载体pEGFP-MNSFβ; 用脂质体将重组质粒转染到猪脐静脉内皮细胞(SUVEC)中, 利用荧光检测、Western blot和激光共聚焦分析SUVEC中猪MNSFβ的表达; 并用实时荧光定量PCR对猪MNSFβ在不同组织的表达丰度进行分析。结果表明：猪MNSFβ基因全长402 bp, 编码133个氨基酸, 含一个外显子。生物信息学分析表明, 猪MNSFβ为无信号肽的稳定蛋白, 由泛素样结构域与核糖体蛋白S30组成。对猪MNSFβ与已发现的18个物种的MNSFβ氨基酸序列进行相似性分析和进化树分析, 显示其蛋白相似度均在91%以上, 且进化距离都小于0.05, 说明MNSFβ在各物种间高度保守。荧光检测和Western blot结果显示, 猪MNSFβ在SUVEC中成功表达, 激光共聚焦显示其在细胞质与细胞核内均有分布。组织表达谱分析表明, 猪MNSFβ在各免疫相关组织广泛表达, 但在肺脏中未检测到表达, 说明其在机体免疫反应中发挥重要作用。     

人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析

采用生物信息学方法克隆出全长3811bp的人类RC508cDNA片段,经核酸和蛋白质分析为人类新基因（Gen-Bank登记号：AF459094）,利用RT－PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含码508个氨基酸残基最大开放读码框架（ORF）的1680bp cDNA片段,经核酸测序证明与电子克隆结果完全一致。该基因具有启动子和TATA-box,ORF前同一相位有多个终子码,后有加尾信号,显示为客观存在基因。该基因含有12个外显子（96－2093bp)和11个内含子（140－5153bp),定位于人类5号染色体5q11.2-q12.1,无任何连锁基因存在。该基因ORF342－1868（1527）横跨10个外显子,所编码508氨基酸蛋白的全长序列与大鼠丝氨酸－精氨酸二肽富含性（SR）剪切调控蛋白86（1527）横跨10外显子,所编码508氨基酸蛋白的全长序列与全长序列与大鼠丝氨酸－精氨酸二肽富含性（SR）剪切调控蛋白86（SRrp86)高度同源,在核酸和蛋白水平的同源性分别为84％和86％,与其他已知蛋白无论在核酸水平是在氨基酸水平几乎均无整体的同源性。结果表明,所克隆的508氨基酸蛋白才是大鼠SRrp86的人类同源物,从而修正了Barnard(2000)所指出的人类同源物为人类精氨酸富含性核蛋白54（p54)这一论断,并提示它是日益增长的SR蛋白超家族的又一个新成员。该基因组织表达谱广泛,有可能具有转录因子活性,暂命名为SR相关剪切调控蛋白508（SRrp508)。国际人类基因命名委员会已将其命名为丝氨酸－精氨酸二肽含性剪切因子12（splicing factor,arginine/serine-rich),缩写为SFRZS12,化名为DKFZp564B176,SRrp86。     

病毒疫苗制备用不同核型VERO细胞系在裸鼠体内致癌/致瘤性的系统实验研究

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上,对研制生产病毒活疫苗所用8株VERO细胞系在219只裸鼠进行了致癌(瘤)实验。本研究结果表明,VERO细胞染色体核型可发生变异,亚四倍体JA株与超二倍体KA株具有强的致癌性,不能用于致弱活病毒疫苗制备,但可替代HeLa细胞系用作恶性肿瘤阳性对照细胞。筛出无致瘤性的YB、dC、M和JB株亚二倍体VERO细胞系,可替代BHK-21细胞用于狂犬病减毒活疫苗制备。VERO细胞系染色体遗传相对稳定。不同代次变化不大。研究发现细胞染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性,不同核型细胞致瘤性不同,细胞染色体数目变异大小和致癌性成正相关,通过体内外交替选育可在裸鼠体内快速选育成功高变异率肿瘤细胞系。高变异率HeLa或VERO细胞系移植于裸鼠可能产生恶性横纹肌样瘤。因此,应当强调疫苗生产用细胞系致瘤性评价的重要性。