紫色非硫细菌Rhodocista属一新分离株的鉴定及其系统学研究

从污水处理厂分离到一株紫色非硫细菌３－ｐ,该菌株具避光性,能形成孢囊,具片层状光合内膜,在波长７９８ｎｍ处的吸收峰很低,需硫胺素和维生素Ｂ１２作生长因子。该菌株可以琥珀酸为碳源,最佳生长温度为３４℃～４１℃,体内未发现Ｒ体结构,醌类的主要成分是Ｑ－９。对菌株３－ｐ的１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的分子系统学分析结果表明,菌株３－ｐ与世纪红蒌菌（Ｒｈｏｄｏｃｉｓｔａ ｃｅｎｔｅｎａｒｉａ）关系最近,相似性为９     

复合载体固定亚硝酸盐氧化菌处理养殖废水

利用新型复合载体固定亚硝酸盐氧化菌,确定了挂膜条件,考察了水力停留时间对NO2--N去除率的影响,并进行对虾养殖水处理.结果表明,新型载体可以较好地固定亚硝酸盐氧化菌,在水力停留时间为12 h、6 h、3 h、1 h的条件下,NO2--N的最大去除率分别为100%、98.77%、90.59%、59.02%.在HRT为1 h时,固定化的亚硝酸盐氧化菌可以高效去除养殖水体中的NO2--N,去除率达76.94%.     

凡纳滨对虾健康状态分化前后养殖水体浮游细菌群落的比较

养殖水体浮游细菌群落与对虾健康状态息息相关.本研究基于16S rRNA高通量测序技术手段比较了凡纳滨对虾病害发生前后病害趋向塘与健康塘的浮游细菌群落多样性、组成及关键类群互作关系的动态变化.结果表明:对虾发病前,病害趋向养殖水体浮游细菌群落Shannon指数显著低于健康养殖水体,且呈现持续下降的趋势;伴随疾病爆发,病害趋向养殖水体浮游细菌群落结构离散程度显著增大,群落稳定性较差;发病前,病害趋向塘养殖水体中绿弯菌门、δ-变形菌纲和Saccharibacteria平均相对丰度均显著高于健康水体,而拟杆菌门显著低于健康水体;部分病害指示OTU隶属于弧菌科及黄杆菌科,隶属于红杆菌科的OTU1是发病前健康塘的健康指示OTU.网络分析表明,大多数与OTU1存在相互作用的指示OTUs属于黄杆菌科,说明黄杆菌科在对虾养殖水体浮游细菌群落中扮演重要角色.鉴于以上结果,对虾发病可能与多种浮游细菌群落相关,当出现“生态位机会”时,条件致病菌快速繁殖进而导致对虾发病,而保持和恢复细菌群落平衡可以成为预防对虾发病的有效策略.     

象山港网箱养殖区与非养殖区的细菌群落分布

近海集约化养殖是导致我国近海污染的主要来源之一。浮游细菌在近海生态系统的物质循环过程中发挥重要作用,研究海洋浮游细菌群落对养殖活动的响应,对于指示和评价海水养殖生态系统健康具有重要意义。采集了象山港网箱养殖区与非养殖区3个深度,包括表层(0.5 m)、中层(2.5 m)、底层(8.0 m)的水样,利用焦磷酸测序技术测定16S rRNA基因,研究浮游细菌的群落结构和多样性。结果表明:网箱养殖活动不仅使得附近区域水体理化性质发生改变,如化学需氧量浓度显著高于非养殖区域,而且显著地(P0.05)改变了浮游细菌的群落结构,但不同深度间群落结构和多样性的差异不显著。网箱养殖区和非养殖区中主要浮游细菌类群为α-变形菌(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌(Gammaproteobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)、放线菌(Actinobacteria)、β-变形菌(Betaproteobacteria)、ε-变形菌(Epsilonproteobacteria)和其它变形菌(Unclassified Proteobacteria),占细菌总序列数的98.64%。有些细菌类群的平均相对丰度从网箱区到非养殖区差异显著,如拟杆菌(P0.01)和放线菌(P0.05)显著降低,而γ-变形菌(P0.05)显著增加。相似度分析表明γ-变形菌、α-变形菌和拟杆菌是造成网箱区和非养殖区群落差异的主要类群,对群落差异总贡献率达到45.02%。偏冗余分析表明,影响细菌群落分布的主要环境因子有化学需氧量、磷酸盐、铵盐和总有机碳,共解释38.18%的群落变异,空间距离单独解释10.66%的群落变异。实验结果表明,养殖活动导致浮游细菌群落的改变,其中拟杆菌、放线菌和γ-变形菌的丰度显著变化,可能用于评价养殖水体的水质状况。     

微生物脱氮研究进展

氮是蛋白质的基本组成元素,因此氮素循环是维持生物圈的重要条件．脱氮早在一百多年前即已被人们所认识,它是化合态氮转变成游离态氮从而构成氮素循环的主要途径,故被认为是生物学氮循环中的关键过程之一．脱氮作用日益受到重视的主要原因有：1．脱氮引起土壤肥力丧失;2．脱氮作用产生的一氧化氮和一氧化二氮与大气中的二氧化碳、甲烷等一起成为对臭氧层破坏和全球变暖有重要影响的因子之一;3．脱氮在废水处理中起着重要作用．微生物脱氮既可去除过量的硝酸根,又刺激BOD的去除,因此,它对河流海域日益严重的富营养化的治理有着重要…     

益生菌地衣芽孢杆菌治疗鸡腹泻机理初探

目的：探讨益生菌地衣芽孢杆菌饲喂鸡腹泻的治疗效果以及分子机理。方法：从养鸡场土壤中选择性分离芽孢杆菌,通过优 化条件提高产生芽孢的比例;利用芽孢和大米混合后饲喂腹泻鸡,通过克隆测序分析腹泻鸡肠道微生物群落在饲喂前后的差异。 结果：我们分离到一株地衣芽孢杆菌,通过优化条件使产芽孢的比例提高到60 %。利用芽孢饲喂一周后能够有效地治疗鸡腹泻。 分析鸡肠道微生物群落发现：鸡腹泻后其肠道细菌群落的多样性和均匀度降低。造成腹泻鸡肠道主要菌群为动胶杆菌（Zoogloea sp.）;经芽孢饲喂后,主要菌群转变为拟杆菌（Bacteroides sp.）,与健康鸡的肠道微生物主要菌群相似。结论：我们筛选到一株可能 治疗鸡腹泻的芽孢杆菌,通过优化培养条件能够提高其产芽孢比例;腹泻鸡经芽孢饲喂后,其肠道中致病菌被益生菌所代替,形 成正常的肠微生物菌群而恢复健康。     

环梅山岛海域春季浮游古菌群落空间分布特征研究

[目的]海洋浮游古菌是生物地球化学循环的关键驱动者,但其在近岸海域的水平空间分布特征还未被充分了解.本研究以与陆地紧密相连的环梅山岛海域为例研究浮游古菌在海陆过渡带的水平分布模式.[方法]利用16S rRNA基因扩增子测序,以期从优势类群分布、群落组成变化和物种共现模式3个层面揭示梅山湾潟湖区和临近海域春季浮游古菌的空...     

几株红假单胞菌属细菌的表观特征及其遗传多样性研究

采用变性梯度胶电泳(DGGE)分析方法和传统的表型特征研究方法、化学方法、核酸杂交方法等技术对14株紫色非硫细菌进行了多相研究。它们均具有红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)的基本特征：具片层状光合内膜结构,出芽分裂,含细菌叶绿素α和正常的螺菌黄素等。根据形态大小、黑暗条件下能否形成好氧菌落及碳源利用上的差异可将14株菌分为T群和gc群两群。用一对引物341f～906r扩增3株标准菌株Rps.palustris ATCC 17001、Rps.rutila R1、Rps.julia ATCC 51105和14株分离株的16S rRNA基因片断,作DGGE分析,结果发现,17株菌中有5个遗传型：gc型、R1型、T型、pal型、jul型。3个标准菌株分别是R1型、pal型、jul型,而14株分离菌株除包括R1型外,另有2个新的遗传型：T型和gc型。几个代表菌株的总DNA的杂交结果表明,T型和gc型可能代表2个新的种群。     

一株反硝化光合细菌的生物学特性及系统发育分析

【目的】养殖水体中亚硝酸盐的过量积累会对养殖生物产生毒害作用,应用脱氮细菌去除亚硝酸盐是养殖水质调控的重要手段之一,本文意在得到一株高效去除亚硝酸盐的光合细菌。【方法】采用软琼脂稀释法分离纯化光合细菌菌株,通过电镜观察、生理生化试验研究其生物学特性、依据16S rDNA和光合反应中心M亚基基因(Gene coding for photosynthetic reaction center subunit M,pufM)序列对其做系统发育分析。【结果】从淡水养殖塘中分离筛选到一株高效还原亚硝氮的光合细菌菌株wps。该菌株为革兰氏阴性菌,细胞杆状,大小为0.4-0.6μm×1.5-4.0μm,极生丛生鞭毛,片层状光合内膜,兼性厌氧光照条件生长,单菌落及液体培养物呈红色,含细菌叶绿素a和类胡萝卜素。最适生长pH范围为5.5-8.5,最适生长盐度范围为0-2%,最适生长温度范围为25℃-38℃。菌株wps与Rhodopseudomonas palustris的16S rDNA序列相似性为98.9%,光合反应中心M亚基基因序列的相似性为94.9%,但是二者在生物学性质上有较大差异,如菌株wps在pH5.5生长,不能光自养生长,不利用柠檬酸盐、甲酸盐进行光异养生长,需盐酸硫胺素和泛酸钙做生长因子等。【结论】菌株wps可能为Rhodopseudomonas属的一个新种,且在养殖水体水质调控中具有重要应用前景。     

肠道菌群对凡纳滨对虾健康的指示作用

高密度、集约化的凡纳滨对虾养殖常伴随病害的发生,但还不能确定能否利用对虾的肠道细菌差异来指示其健康状况.因此,我们分别采集了健康和发病养殖塘水样和对虾样品,利用Illumina MiSeq测序技术测定细菌16S rRNA基因,研究细菌的群落结构和多样性.结果表明： 细菌群落结构变异主要受水体中亚硝酸盐、叶绿素a和磷酸盐的影响.发病对虾肠道细菌群落多样性显著低于健康对虾.在健康和发病对虾肠道细菌中,运用响应比分析,我们筛选到了28个丰度差异显著的分类操作单元(OTUs),其中来源于放线菌纲、黄杆菌纲和芽孢杆菌纲的OTUs丰度在发病对虾肠道中显著降低,而隶属于梭状芽孢杆菌纲的OTUs丰度在发病对虾肠道显著增加.此外,我们挑选出61个指示物种,主要属于拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、浮霉菌门和放线菌门.值得注意的是,它们能够区分样品的来源(水样或虾肠道)和健康状态.本研究为对虾病害预测和益生菌开发提供了理论依据.