HGV广东株和香港株NS5区部分基因的克隆及序列分析

采用HGV NS5特异的2对引物,对两个香港株和一个广东株HGV-RNA进行逆转录套式PCR扩增,PCR产物克隆入pUC19,重组质粒转化DH5α和JM109菌株.PCR和酶切法鉴定阳性克隆,双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列并进行同源性分析.结果发现核苷酸变异呈散在分布,三株间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.3%～94%及97%～99.2%,与已报道的中国株(CN)相比,则同源性分别为90%～91.2%和94%～96.3%,与美国株(PNF2161及R10291)相比,为87.1%～89.5%和95.2%～97%,而与西非株(GBV-C)相比,则达91.4%～93.8%和97%～97.9%.提示HGV NS5区核苷酸和氨基酸序列相对保守,不同HGV株存在一定的地区差异.     

白花泡桐内生真菌的分离鉴定及抗菌活性筛选

从白花泡桐根、茎、叶中分离出19株内生真菌,对分离出的真菌分别利用琼脂块法和纸片扩散法进行初选和复选,通过形态学特征观察和rRNA基因ITS序列系统发育分析对抗菌活性菌株进行鉴定。抑菌试验结果显示JSD-8、JM-1和JM-10等3株内生真菌对枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)CGMCC1.769、大肠杆菌(Escherichia coli)CGMCC1.1103和白色念珠菌(Candida albi-cans)ATCC10123均有一定的抗菌活性。鉴定结果表明,JSD-8、JM-1、JM-10分别属于串珠赤霉菌(Gibberella moniliformis)、长柄链格孢菌(Alternaria longipes)和托姆青霉菌(Penicilium thomii)。     

Gibson组装技术简化腺病毒载体反向遗传改造

重组腺病毒是常用的基因转移载体,本文介绍一种对腺病毒基因组进行反向遗传改造的策略。拟在维持基因编码蛋白氨基酸序列不变的前提下,突变去除重组人5型腺病毒Ad5GFP基因组的PmeI酶切位点。软件分析腺病毒质粒pAd5GFP序列,选择限制性内切酶BamHI将pAd5GFP切割为大小11.7和24.6kb两个片段,24.6kb大片段自身环化形成一个质粒pAd5GB,PmeI位于其上。PmeI/AscI双酶切pAd5GB质粒,产生2.4kb和22.2kb两个片段;在引物部位引入突变的PmeI位点(由gtttaaac突变为gtttaaaT),PCR扩增得到两端各延长30bp的上述2.4kb片段,与22.2kb片段进行Gibson组装,转化E.coli TOP10感受态细胞,得到pAd5GBXP质粒。BamHI酶切pAd5GBXP,碱性磷酸酶处理,与11.7kb片段连接,还原得到腺病毒质粒pAd5GXP。PacI线性化pAd5GXP质粒,转染293细胞,拯救得到Ad5GXP病毒;酶切分析证明Ad5GXP基因组不含有PmeI位点。研究结果说明将酶切连接与DNA组装技术相结合,能够方便灵活地对腺病毒基因组进行突变改造。     

中国蓼族植物系统分类研究综述

关于蓼族属级及属下分类问题,分类学家持有不同的意见。介绍了自蓼属建立以来,蓼族植物分类的研究现状,认为蓼族在系统分类上尚需进一步的研究。     

抗真菌肽研究进展

有害真菌已造成植物真菌病害、食物污染和人类真菌感染等问题,给人们的生活和生产带来极大危害,且其逐渐增加对抗真菌药物的耐药性,导致真菌防治日益困难.传统的合成类抗真菌药物具有药物残留和毒副作用,已不能满足需求,作为生物机体天然防御分子的抗真菌肽已成为应对真菌危害及耐药性的重要研究对象.抗真菌肽能够抑制有害真菌,具有高效、...     

重庆金佛山自然保护区种子植物区系新资料

报道重庆市南川金佛山自然保护区新记录植物10种,隶属8科9属,其中新分布属6个,新分布科1个。它们分别为樟科的木姜叶润楠Machilus litseifolia S.Lee、金缕梅科的小叶蚊母Distylium buxifolium(Hance)Merr.和小叶银缕梅Parrotia subaequalis(H.T.Chang)R.M.Hao et H.T.Wei、千屈菜科水苋菜Ammannia baccifera Linn.和多花水苋菜Ammannia multiflora Roxb.、桃金娘科的赤楠Syzygium buxifolium Hook.et Arn.、鹿蹄草科喜冬草Chimaphila japonica Miq.、狸藻科的高山捕虫堇Pinguicula alpina L.、菊科的异芒菊Blainvillea acmella(L.)Philipson和毛瓣杓兰Cypripedium fargesii Franch.。     

建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定

利用16个微卫星座位对建鲤10个全同胞家系647个子代进行亲权鉴定。Cervus3.0分析表明,16个微卫星位点的平均多态信息含量为0.7025,平均等位基因数为6.63,期望杂合度平均为0.7405。当双亲未知时,累积排除概率为0.999225,已知单亲时的累积排除概率为0.999996,置信度为95%。进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求在双亲未知时通常需要8～12个微卫星位点,已知单亲时需要5～8个微卫星位点。在双亲均未知的情况下进行亲权鉴定,94.6%的后裔找到了其父母本,真实鉴定率低于模拟分析预测值,分析可能是与候选亲本间存在亲缘关系、无效等位基因的存在以及分型错误等因素有关。9个建鲤全同胞家系的鉴定,为今后的遗传图谱构建、QTL定位及分子标记辅助育种研究奠定了基础。     

SARS-CoV-2污染的进口冷链产品导致的一起大连本土新冠疫情

2020年12月15日,大连市报告了4名码头冷链货物搬运工人SARS-CoV-2核酸检测呈阳性,在此之前,大连市已经连续136天没有报告本土病例.在这次大连COVID-19疫情(简称"大连新冠疫情")中,我们收集了2020年12月15日至2021年1月8日期间大连新冠疫情中全部感染者(83)及部分接触的轮船货物样本,其中确诊病例占61.45％(51/83),无症状感染者占38.55％(32/83).通过高通量测序,共获得76条SARS-CoV-2全基因组序列,其中72条(86.75％,72/83)来自临床样本,4条来自R国籍A货船上的冷链食品外包装样本.基因组分析数据显示,与武汉参考株(NC_045512)相比,76条全基因组分别存在12～16个核苷酸突变位点,共享12个核苷酸突变位点,符合B.1.1进化分支突变特征.结合病毒基因组学和现场流行病学调查结果综合分析表明,大连新冠疫情是一起由SARS-CoV-2污染的进口冷链产品感染码头工人导致的本土疫情,在传播过程中至少形成了3个病毒代际和3个相对独立的传播链.     

北京市森林生态安全预警时空差异及其驱动机制

主要探讨森林生态安全预警指数演化的时空格局变化及其驱动力机制,以期为推进北京市森林生态安全决策提供理论参考。基于森林生态安全预警指标体系,运用SD模型从区县尺度对北京市2009—2015年森林生态安全预警的时空差异进行分析,并对2015—2030年森林生态安全演变趋势进行预测。结果表明:(1) 2009—2030年,北京市森林生态安全整体呈改善态势。其中,2009—2015年,北京市森林生态安全预警指数呈略有下降态势,但下降速度有限; 2016—2030年,预警指数呈上升趋势。(2)各区县内部差异显著,5个区县的森林生态安全预警指数有所下降,其中海淀区下降幅度最大。2016—2030年,各区县中除海淀区外,预警指数均小幅上升,森林生态安全状况有所改善;但石景山区仍为巨警,海淀和朝阳区为重警。(3)空间上,森林生态安全预警指数从功能拓展区到城市发展新区及生态涵养区,呈现出由低到高的变化趋势,其低值区随着城市化进程的加快而逐渐扩大。生态涵养区的森林生态安全状况明显优于其他地区,发展新区的森林生态安全改善显著,功能区个别地区则有退化迹象。(4)北京市森林生态安全预警指数时空演变特征主要受森林资源、社会经济、自然环境和林业政策等多种因素的综合影响,因而出现森林生态安全演进的阶段性及其区域性差异。     

蛋白质功能基团的改变与其生物活力的关系——Ⅰ.用图解法求必需基团数并判断其性质

本文提供了一个方法,可以根据蛋白貭某些功能团的改变与其生物活力之間的定量关系;作图求得这些功能团中的必需基团数。当不只一种功能团为某一試剂破坏时,也可以据此判断必需基团的性貭。由于无需測定基团改变反应速度,在推理过程中一般也不包含反应速度为一級的假定,因而較Koshland的动力学方法,有更为广泛的应用。根据文献上記載的,有足够定量数据的一些实例計算获得了滿意的結果。从这些結果看来,在一些侧鏈功能团中的必需基团数常小于3。在討論中列举了这一类方法在应用中存在的一些限制,对于这些限制所可能采取的补救方法,以及在使用这些方法时的一些应注意之点。