B链氨端去－肽（B1）羧端去五肽（B26—30）猪胰岛素的初步晶体学研究

应用悬滴气相扩散法在含６％氯化纳和１２．５％丙酮的柠檬酸缓冲体系中,获得可供Ｘ射线结构分析用的Ｂ链氨端去一肽（Ｂ１）羧端去五肽（Ｂ２６—３０）猪胰岛素（ＤｅｓＢ１－ＤＰＩ）单晶体。晶体属四方晶系,空间群为Ｐ４１２２或Ｐ４３２２,晶胞参数为：ａ＝ｂ＝３６．０Ａ,ｃ＝１２０．０Ａ,ａ＝β＝γ＝９０°。单位晶胞中每个结晶学不对称单位含有２个ＤｅｓＢ１—ＤＰＩ分子。     

B链氨端去－肽（B1）羧端去五肽（B26—30）猪胰岛素的初步晶体学研究

应用悬滴气相扩散法在含６％氯化钠和１２．５％丙酮的柠檬酸缓冲体系中,获得可供Ｘ射线结构分析用的Ｂ链氨端去－肽（Ｂ１）羧端去五肽（Ｂ２６－３０）猪胰岛素单晶体。晶体属四方晶系,空间群为Ｐ４１２２或Ｐ４３２２,晶胞参数为：ａ＝ｂ＝３６．０Ａ,ｃ＝１２０．０Ａ,α＝β＝γ＝９０度。单位晶胞中每个结晶学不对称单位含有２个ＤｅｓＢ１－ＤＰＩ分子。     

蛋白质分子立体化学的自动分析——Ⅲ.原子环境分析

这是关于蛋白质分子立体化学自动分析方法报道的第三篇,介绍自动分析原子环境的方法和应用于胰岛素结构所得到的一些结果。现在建立的程序具有多种功能,可以分别给出分子的全部内环境,单纯极性基团的环境,任一氨基酸的环境,以及任意原子基团的环境,还可以单独给出各氨基酸残基的C~α原子之间的距离,作为结构域辨识的参考。对胰岛素分子的计算结果发现,蛋白质分子存在大量弱相互作用,它们对蛋白质的结构和功能都十分重要。     

来源于Eisenia fetida的蚯蚓纤溶酶组分A的多对同晶置换法相位求解

来源于Eisenia fetida的蚯蚓纤溶酶组分A, 既是直接的纤溶酶, 又是纤溶酶原激活物的蛋白质, 已经被结晶. 晶体属于正交晶系, 空间群为P2₁2₁2₁, 每一个不对称单位含有3个蛋白质分子. 为了解析该蛋白质的衍射相位, 使用含有1.4 mol/L Li₂SO₄, 0.1 mol/L MOPS(pH 7.2)的重原子浸泡母液制备了4种合用的重原子衍生物. 用差值Patterson法和差值Fourier法确定了衍生物晶体中重原子的位置, 并将其联合修正获得0.25 nm分辨率的初始蛋白质结构相位. 通过重原子位置关系确定了不对称单位中3个独立蛋白质分子之间的非晶体学对称关系, 并利用其对初始的电子密度进行平均, 大大提高了电子密度质量, 为进一步的结构解析奠定了基础.     

R－藻红蛋白──金（AUC4）和汞（PCMS）重原子衍生物的制备和分析

在获得适合Ｘ射线衍射分析用的Ｒ－藻红蛋白单晶体的基础上,用重原子浸泡法,将晶体浸入含重金属金和汞的０．０５ｍｏｌ／Ｌ磷酸钠－硫酸铵的母液内,经对晶体衍射点强度的分析．找出有明显变化的重原子衍生物。最终得到了与Ｒ－藻红蛋白晶体同晶型的含金和汞的两种重原子衍生物。用面探测仪分别收集了这两种重原子衍生物的衍射数据。通过差值Ｐａｔｔｅｒｓｏｎ图分析,分别确定了重金属金和汞的位置,经对重原子位置参数精化后,给出的品质因子结果表明,含金和汞的重原子衍生物均可被用于多对同晶置换法求解Ｒ－藻红蛋白晶体母体相角的计算。     

Multi-isomorphous replacement phasing of the earthworm fibrinolytic enzyme component A from Eisenia fetida

Thrombosis is one of the most widely occurring diseases in modern life, which often causes disability and death. Fibrinolytic enzymes degrade fibrin, the major protein component of blood clots, and eventually lead to thrombolysis. Medications using fibrinolytic enzymes are the most effective methods used in the treatment of thrombosis. A variety of fibrinolytic enzymes, such as tPA, uPA, and streptokinase, have been extensively studied and used as thrombolytic agents in clinic. However, thes…     

红藻条斑紫菜变藻蓝蛋晶体结构的分子置换法研究

以蓝藻钝顶螺旋藻(Spirulina platensis)变藻蓝蛋白(APC-SP)的晶体结构为搜索模型,运用AMoRe程序,对红藻条斑紫菜(Porphyra yezoensis)变藻蓝蛋白(APC-PY)的晶体结构进行了分子置换法研究.APC-PY晶体(晶型3)属R32空间群,晶胞参数为a=b=10.53 nm,c=18.94 nm,α=β=90°,γ=120°.在单位晶胞的每个结晶学不对称单位中含一个αβ单体.在获得交叉函数解的基础上,进行了平移函数搜索,给出了Cc值和R因子分别为67%和36.1%的最佳平移解.所得分子置换法的结果被用于APC-PY初始结构模型的构建和结构精化,经一系列2Fo-Fc OMIT图的综合验证分析,进一步证实了所得分子置换法解的正确性.     

1.2A分辨率胰岛素二体中两个分子间的构象差异

以1.2A分辨率的胰岛素精细结构模型为基础,分析并确定了三方二锌猪胰岛素晶体中二体分子的构象差异。构象差异不仅表现于侧链残基,也涉及到主链构象的变化。二体分子的构象差异带来的不对称性也明显地表现在二体分子的氢键体系和结合水的差异。局部微环境的不同是维持二体分子构象差异的稳定因素。文中对有重要差异的残基作了较详细的分析和讨论。     

鸡肝果糖-2,6-二磷酸酯酶结构域的初步晶体学研究

从鸡肝6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酯酶分离的果糖-2,6-二磷酸酯酶结构域(残基245～468)已在E.coli中获得高效表达,并经分离得到纯化,使用悬滴气相扩散法成功地培养出该果糖-2,6-二磷酸酯酶结构域单晶.该酶晶体属于四方晶系,空间群为P4₁2₁2或P4₃2₁2,晶胞参数为:a=b=10.02nm,c=13.98nm,α=β=γ=90°.晶胞内每个结晶学不对称单位含有2个果糖-2,6-二磷酸酯酶分子.利用日本 Photon Factory同步辐射光源收集了分辨率为 0.32 nm的母体衍射据.