层理鞭枝藻藻红蓝蛋白α亚基的分离纯化和结晶

藻红蓝蛋白α－亚基具有儿可逆光致变色性质。采用ＤＥＡＥ－纤维素柱层析、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－７５凝胶过滤、ＦＰＬＣ－Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ７５ ＨＲ １０／３０柱层析等纯化方法,得到了电泳纯的藻红蓝蛋白α－亚基,光化学活性达９３％。在室温、避光条件下,采用悬滴汽相扩散法,得到了两种外形不同的藻红蓝蛋白α－亚基晶体,进一步证实了上述纯化方法的可靠性。     

富硒螺旋藻中含硒藻蓝蛋白的纯化、结晶及初步晶体学研究

从富硒螺旋藻中提取含硒藻蓝蛋白,经凝胶色谱和离子交换色谱纯化,应用悬滴气相扩散法,采用(NH4)2SO4和PEG4000作沉淀剂,获得了该蛋白质晶体的两种晶型.晶型Ⅰ属于单斜晶系,晶胞参数a=10.80 nm,b=11.70 nm,c=18.40 nm,β=90.2°,晶体空间群属于P21.单位晶胞中每个晶体学不对称单位含12个(αβ)单体,晶体衍射的最高分辨率达0.28 nm.晶型Ⅱ为六方晶系,晶胞参数为a=b=15.5 nm,c=4.03 nm,晶体空间群属于P63.晶体衍射的最高分辨率达0.28 nm.单位晶胞中每个晶体学不对称单位含1个(αβ)单体.对分子在晶体中的可能堆积方式进行了讨论.     

蛋白质分子立体化学的自动分析——Ⅰ.基本结构化学参数分析

研究建立了一套快速而准确地获取蛋白质分子立体化学信息的方法,并用BCY-O13算法语言在国产O13大型计算机上建立了相应的计算程序。这套方法和程序以X-射线结构分析或其他方法(如计算机模拟)提供的蛋白质原子坐标为基础,可连续计算所有共价键合的原子间的键长、键角及其与标准结构的偏差,自动分析主链、侧链的构象,按要求灵活自如地给出准确的分子内环境。所有计算结果都以带名字的直观形式输出,输入要求也极为简便。程序建立了20种常见氨基酸的库,因而适用于所有天然蛋白质。不用繁杂的原子连接表,只需氨基酸顺序就可进行完整的计算,这是本方法的特点和优点。方法和程序已用于胰岛素分子的计算分析,获得了预期结果。本文是该项工作的第一篇报道,介绍基本结构化学参数的分析。     

X-光单晶衍射法在测定生物分子空间结构上的应用

目前,生物科学的许多研究领域已经进入了分子水平。也就是说,要以生物分子为对象来研究和认识其生物功能和作用机理。因此,对生物分子结构特征的了解已成为研究生物功能的重要前提之一。生物分子的特点是大而复杂,它不但具有种类繁多、排列井然的化学结构(一级结构),而且具有特定的、配合精巧的空间结构(高级结构)。生物分子的空间结构对维持     

中国生物物理学和结构生物学的栋梁之才

2009年,在第九届全国生物物理学大会上,当宣布将首届贝时璋成就奖授予著名生物物理学家、著名结构生物学家梁栋材院士时,经久不息的热烈掌声传送着全体与会者的真诚祝贺和祝贺者们的共同心愿:梁栋材先生获此殊荣实乃众望所归。在中国生物物理学,特别是中国结构生物学的创建和发展史上,无不印刻着梁栋材先生的足迹,记录着梁栋材先生的贡献。     

来源于Eisenia fetida的蚯蚓纤溶酶组分A的多对同晶置换法相位求解

来源于Eisenia fetida的蚯蚓纤溶酶组分A, 既是直接的纤溶酶, 又是纤溶酶原激活物的蛋白质, 已经被结晶. 晶体属于正交晶系, 空间群为P2₁2₁2₁, 每一个不对称单位含有3个蛋白质分子. 为了解析该蛋白质的衍射相位, 使用含有1.4 mol/L Li₂SO₄, 0.1 mol/L MOPS(pH 7.2)的重原子浸泡母液制备了4种合用的重原子衍生物. 用差值Patterson法和差值Fourier法确定了衍生物晶体中重原子的位置, 并将其联合修正获得0.25 nm分辨率的初始蛋白质结构相位. 通过重原子位置关系确定了不对称单位中3个独立蛋白质分子之间的非晶体学对称关系, 并利用其对初始的电子密度进行平均, 大大提高了电子密度质量, 为进一步的结构解析奠定了基础.     

Structural analysis of desheptapeptide(B24-B30) insulin by molecular replacement

ＴｈｅＣｔｅｒｍｉｎｕｓｏｆｉｎｓｕｌｉｎＢｃｈａｉｎｐｌａｙｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｉｎｔｈｅｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｏｆｉｎｓｕｌｉｎｗｉｔｈｉｔｓｒｅｃｅｐｔｏｒ[1—5].Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｍａｎｉｆｅｓｔｔｈｅｓｐｅｃｉｆｉｃｒｏｌｅｏｆｔｈｉｓｒｅｇｉｏｎ,ａｓｅｒｉｅｓｏｆａｎａｌｏｇｓｍｕｔａｔｅｄｏｒｃｈｅｍｉｃａｌｌｙｍｏｄｉｆｉｅｄａｔｔｈｅＣｔｅｒｍｉｎｕｓｏｆＢｃｈａｉｎｈａｖｅｂｅｅｎｐｒｅｐａｒｅｄ,ａｎｄｔｈｅｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｓｔｒｕｃ…     

R─藻红蛋白三维结构研究

藻类的捕光系统是由棒状的藻胆体构成的,藻胆体又是由藻红蛋白、藻蓝蛋白和变藻蓝蛋白组成的。光能从藻红蛋白传递到藻蓝蛋白,再传递到变藻蓝蛋白,最后传递到光反应中心,其传递效率接近100％。R─藻红蛋白是藻红蛋白的一种;它是多亚基,超大分子量的蛋白色素复合物。为了阐明光能传递的机理,我们使用X─射线晶体学的方法,对取自多管藻的R─藻红蛋白的三维结构进行了长期的研究并取得了一系列进展。首先,我们使用多对同晶置换法获得了R─藻红蛋白5A分辨率的结构,随后经过努力又获得了R─藻红蛋白2．8A中分辨率和1．9A高分辨率的结构,并首次解析了藻尿胆素的三维结构。我们通过对R─藻红蛋白三维结构的详细分析,对光能传递中的一些重要问题提出了自己的看法。该结构为我国有关藻类捕光蛋白的系列研究和光合作用机制研究打下了非常重要的基础。     

胰岛素单斜晶体(B型)结构的分子置换法研究

在含有ZnCl₂的柠檬酸缓冲体系中,保持苯酚浓度在0.76％～1.25％之间,获得了胰岛素单斜晶体(B型),空间群为P2₁,晶胞参数为:a=4.924 nm,b=6.094nm,c=4.818nm,β=95.8°,每个独立区包含有由6个胰岛素分子构成的1个六聚体。以四锌牛胰岛素六聚体作模型,用X-PLOR软件中的旋转函数程序和本实验室的分子密堆积程序,获得了胰岛素单斜晶体(B型)结构的初始相位。借助生物大分子刚体精化技术对模型进行了初步精化,用能量极小化的立体化学制约的最小二乘精化技术并辅以差值Fourier图人工分析对模型进行了调整和精化。最终R因子为22.4％,键长和键角与标准键长和键角的偏差分别为0.0022nm和4.7°。     

Crystal structure of (L-Arg)-BO bovine insulin at 0.21 nm resolution

The crystal structure of (L-Arg)-B0 bovine insulin has been determined, using data to 0.21 nm and atomic parameters of 2Zn porcine insulin as a starting model, by the difference Fourier method, the restrained least square method and X-PLOR package, interspersed with careful review of the electron density, to a final R-factor of 0.182 and r.m.s. deviation of 0.002 2nm for the bond lengths and 4.3° for the bond angles. The electron densities of additional (L-Arg)-B0 residues to B-chain N-terminus of two monomers in each asymmetric unit are very dear. The crystallographic micro-environment of the N-terminus of the B-chain is different from that of rhombohedral 2-zinc insulin.