EST分子标记开发及在比较基因组学中的应用

数量迅速增加的EST(expressed sequence tags)为分子标记的开发提供了宝贵的资源。与来自于基因组DNA开发的传统标记相比,以EST为基础的分子标记是一种新型分子标记,具有其显著的优势,如开发简便、信息量高和通用性好等,在多方面都有重要的利用价值。本文详细地介绍了目前基于EST开发的5类分子标记以及基于生物信息学方法的开发策略,这些标记包括EST-PCR、EST-SSR、EST-SNP、EST-RFLP和EST-AFLP。此外,对这些标记在比较基因组学研究中的应用进行了评述,包括比较作图、遗传多样性评价及系统发育研究等。     

种植模式与灌溉定额对机采长绒棉冠层不同层次光截获与产量形成的影响

优化机采长绒棉株行距配置与灌溉定额,是构建棉花合理个体与群体结构,提高产量和机采脱叶效率,实现农机农艺融合的重要途径。本研究采用裂区试验设计,在相同种植密度条件下,设置了一膜三行等行距(S3)、一膜四行宽窄行(S4)和一膜六行宽窄行(S6)3种种植模式,副区为3150 m³·hm^-2(W1,中度亏缺,田间持水量50%)、4050 m³·hm^-2(W2,轻度亏缺,田间持水量75%)和4980 m³·hm^-2(W3,充分灌溉,田间持水量100%)3个灌溉定额,研究了不同处理对长绒棉各层次冠层结构、光合有效辐射传输规律和产量形成的影响机制。结果表明：扩大行距和轻度亏缺灌溉可以降低生育后期叶面积指数下降速率,增加下部冠层的光合有效辐射透过率(T_r);在S3W2处理下,冠层上、中、下各层T_r分布均匀,接近2∶2∶1的比例;虽然冠层整体光截获率(I_n)有降低趋势,但下层光截获率增加,显著提高了生殖器官的...     

灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）基因组中T-DNA整合模式分析

摘要：【目的】研究灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）基因组中T-DNA插入位点的整合模式特征。【方法】利用农杆菌（Agrobactirium tumfacience）介导法构建灰葡萄孢菌T-DNA插入突变体库。利用热不对称交错PCR（TAIL-PCR）技术对转化子中T-DNA的旁侧序列进行扩增和克隆,对获得的旁侧序列进行比对分析。【结果】T-DNA插入在灰葡萄孢菌基因组非编码区的占69%,插入在外显子的占30%。T-DNA在插入的过程中发生了碱基缺失、增加等重组现象,其中左边界（left border,LB）整合到基因组碱基缺失较少,有的保持完整,而右边界（right border,RB）及其近邻的T-DNA区域缺失碱基较多。T-DNA的插入位点还发现有额外的序列插入。【结论】对灰葡萄孢菌中插入T-DNA的整合模式的分析为开展该菌的功能基因组学奠定了基础。     

荞麦rBTI-2的表达及其对肿瘤细胞的生长抑制作用

设计一种适合基因工程开发的无标签重组荞麦胰蛋白酶抑制剂rBTI-2,并研究其对肿瘤细胞的生长抑制作用。构建原核表达载体pExSecI-BTI-2,诱导表达获得可溶性目的蛋白,经Resource~(TM) Q纯化后作用于HL-7702、HepG2、EC9706和QBC-939细胞,MTT检测rBTI-2对其生长的影响,并与前期获得的几种融合蛋白酶抑制剂进行功能比对。结果表明:质粒pEXSecI-BTI-2构建成功,SDS-PAGE分析表明分子量约为7.8 kDa。MTT检测表明rBTI-2对几种肿瘤细胞的生长有明显的抑制作用,而对正常细胞HL-7702作用很小。几种蛋白酶抑制剂对肿瘤细胞的生长均有不同程度的影响,其中rBTI-2对肿瘤细胞的生长抑制作用要大于融合蛋白酶抑制剂rBTI,这为深入研究BTI诱导肿瘤细胞凋亡的分子机制及其应用开发提供了重要基础和研究依据。     

不同温度条件下副溶血性弧菌tdh基因表达及其代谢组响应

【目的】采用RT-PCR的方法分析致病性副溶血性弧菌毒力基因表达,并应用代谢组学的方法研究毒力基因不同表达水平下致病性副溶血性弧菌代谢组的响应。【方法】本文以致病性副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)ATCC33846为材料,分别提取不同温度(4、25和37℃)下菌体总RNA和代谢组。采用相对定量的方法检测副溶血性弧菌tdh基因在不同温度条件下的表达差异,同时应用超高压液相色谱-四级杆飞行时间质谱联用仪(UPLC/Q-TOF-MS)系统为工作平台检测其代谢组。采用主成分分析法(principal component analysis,PCA)比较副溶血性弧菌代谢组轮廓差异,并通过皮尔森和斯皮尔曼相关性分析法分析代谢组与tdh基因表达之间相关性。【结果】结果表明,不同温度条件下tdh基因表达强弱的排列顺序25℃4℃37℃;在tdh基因不同表达水平下发生显著性(P0.05)变化的主要代谢物是有机酸、氨基酸、醇、酮、酯;共得到11种代谢物与tdh基因表达高度相关(相关性系数︱r︱=1,P0.05),其中3种为负相关,8种为正相关,且醇类代谢物与tdh基因表达的正相关性最显著。【结论】本研究发现副溶血性弧菌代谢组与毒力基因表达存在一定的相关性,有望为副溶血性弧菌致病机理的深入探究提供一定的理论支持。     

河南小麦新品种的春化基因型鉴定

为了了解河南省最新培育小麦品种春化基因的等位变异状况,本研究利用分子标记技术对河南省新培育的50份冬小麦新品系(种)的春化基因Vrn-A1、Vrn-B1、Vrn-D1和Vrn-B3位点的等位变异组成进行了鉴定和分析。结果表明,所有参试小麦品种的Vrn-B3位点基因型均表现为隐性,48份小麦品种的Vrn-A1和Vrn-B1位点基因为隐性,42份小麦品种的Vrn-D1位点基因为隐性,说明隐性基因在河南小麦中占据主导地位。其中,豫农2019、豫农2020、豫农2071、国麦301、平安08-8、百农69、囤麦3698、08漯33共8个小麦品种的Vrn-D1位点基因均为显性的Vrn-D1a类型。小麦品系豫农2053和豫农3052的Vrn-A1和Vrn-B1位点的春化基因均表现为缺失,进一步研究表明,这2份小麦新品系仍能正常开花,但开花期比对照周麦18分别晚1d和2d,因此Vrn-A1和Vrn-B1并非小麦开花的必需基因。本研究将为黄淮麦区广适、高产小麦新品种的选育和推广提供参考。     

腹腔镜手术在泌尿外科的临床效果观察

目的:探讨在泌尿外科中腹腔镜手术的临床治疗效果,对比传统开放手术与腹腔镜手术的差异。方法:选取我院138例泌尿外科手术病人为研究对象,将其随机分为治疗组(腹腔镜手术组)和对照组(传统手术组)两组,每组69例。观察两组病人在手术时间(min)、平均出血总量(mL)、住院天数(d)、置管引流时间(min)、尿管留置时间(mL)、静脉输液时间(d)及并发症几方面的治疗效果分析。结果:与传统手术组相比,腹腔镜手术治疗组在手术时间(min)、平均出血总量(mL)、置管引流时间、导尿管留置时间、静脉输液时间及并发症上均有所减少,住院天数(d)也相应缩短,两组比较有显著差异(P0.05),有统计学意义。结论:在泌尿外科应用腹腔镜技术,具有微创、手术时间短、手术中出血量少、置管引流时间和导尿管留置时间短及并发症少等优点,使病人恢复快、缩短治疗周期,值得临床广泛应用。     

不同评分标准对急性胰腺炎严重程度评估价值的比较

目的:分析和评价Ranson、Glasgow、APACHEⅡ和BISAP 4种临床评分标准对急性胰腺炎严重程度的评估价值。方法:回顾性研究急性胰腺炎患者225例,分别应用APACHEⅡ、Ranson、Glasgow及BISAP评分标准对急性胰腺炎患者进行评分,比较分析不同评分标准对该类患者诊断的敏感性、特异性,以及对合并脏器功能不全的预测情况。结果:225例患者中,轻型胰腺炎188例,重型胰腺炎37例,在轻型和重型胰腺炎患者中,4种评分标准分值差异均有统计学意义(P0.01)。47例患者存在器官功能不全,4种评分标准与患者合并脏器功能不全均显著相关。各评分标准中,APACHEⅡ对急性重症胰腺炎评估的敏感性、特异性最好,分别为76%和72%。结论:4中评分方法各有特点,综合应用可能更准确的评估疾病严重程度及预后。     

最大或然数法在光合细菌计数中的应用及效果研究

1引言光合细菌(photosynthetic bacteria,PSB)是能进行不放氧光合作用的一大类细菌的总称,属水圈微生物,广泛分布于地球生物圈,无论江、河、湖、海,水田、旱地都有存在[3].光合细菌在水体自净、调节微生态平衡、促进动植物生长、增加产量和提高产品质量、防病、固氮等方面具有重要作用[3,22].近年来,光合细菌菌剂在水产养殖、家畜养殖、污水处理及植物生产上的应用日益广泛[3,13,19,27,28,31],相继推出多种产品,包括单菌菌剂、复合菌剂,剂型上有液体菌剂、浓缩菌剂和固体菌剂(粉剂)等[20].为保证产品质量和应用效果,有必要对光合细菌菌剂…