藏绵羊DNA分子遗传标记的研究进展

分析讨论了藏绵羊DNA分子遗传标记在其遗传育种研究中的应用现状和存在的问题,展望了其今后的研究趋势和发展前景。     

海南五指山猪遗传多样性的微卫星分析

海南五指山猪(Wuzhishan pig)是我国珍稀的小型猪品种。它的解剖学、生理学、疾病发生机理等都与人类极其相似,具有重要的应用价值,可用于心血管病、皮肤烧伤和新药评价等许多方面的研究。作者利用多重PCR和基因扫描技术对五指山猪32个微卫星基因座进行了遗传检测。统计了全群、核心群和近交群的等位基因组成,并计算了它们的平均纯合率、多态信息含量(PIC)和平均杂合度。结果显示,全群、核心群和近交群32个基因座的平均等位基因数分别为14.590个、9.410个、13.660个,平均基因纯合率分别为44%、44.3%、44%,平均PIC分别为0.742、0.708、0.731,平均杂合度分别为0.560、0.558、0.559。这表明海南五指山猪虽然遗传基础比较稳定,但仍具有较大的遗传变异。上述结果对于海南五指山猪的保种、定向选育、开发利用都具有重要的指导意义。     

西藏牦牛ADD1基因第2外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP和DNA测序方法对帕里牦牛、工布江达牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛、桑日牦牛、巴青牦牛、江达牦牛、斯布牦牛、嘉黎牦牛、桑桑牦牛、丁青牦牛等西藏11个牦牛类群共483头牦牛的ADD1基因(被认为是极可能影响肉质的候选基因)第2外显子序列进行遗传多态性分析。结果表明,66 bp处碱基T缺失和256 bp处A→G突变,共有AA、AB、BB 3种基因型;其中帕里牦牛只有AA基因型,江达牦牛只有AB基因型,康布牦牛、嘉黎牦牛、巴青牦牛、桑日牦牛、斯布牦牛均缺少BB基因型,丁青牦牛、类乌齐牦牛缺少AB型,均存在严重偏态;桑桑牦牛、工布江达牦牛中存在AA、AB、BB 3种基因型。除江达牦牛外,其它10个牦牛类群中AA为优势基因型,A基因为优势等位基因,分布较高。除帕里牦牛、巴青牦牛外,其它9个牦牛类群均处于中度多态(0.25相似文献   

牦牛HSP72基因的结构及生物信息学分析

克隆测序了牦牛HSP72基因的全序列,并分析了该基因的结构,以及HSP72蛋白的氨基酸组成、等电点、亚细胞定位、跨膜区、疏水,亲水区、结构域、特征位点、密码子偏好性、二级结构等蛋白质性质。结果表明：牦牛的HSP72基因序列全长为1926bp,无内含子,共编码641个氨基酸;牦牛的HSP72基因和HSP72蛋白与普通牛、猪、人相比存在着一定差异,这可能是导致他们之间对温度适应性差异的主要原因之一。     

藏绵羊GHR基因5′侧翼区序列特征分析

对欧拉型藏绵羊生长激素受体(GHR)基因5′侧翼区(包括P1启动子和外显子1A)进行了T-A克隆和序列测定(GenBank accession No. EF116490), 在分析其序列结构特征的基础上与GenBank中摩弗伦羊、山羊、普通牛、欧洲野牛进行了比较基因组学和系统进化研究, 结果表明: (1)欧拉型藏绵羊GHR基因启动子P1区存在C/EBP、C/EBPb、SP1、Cap、USF、HFH-2、HNF-3b、Oct-1等多个潜在的转录因子结合位点, 可能与GHR基因的转录调控和起始以及特异表达有关。在该非编码序列中, 重复序列所占比率为2.55%, 不存在SINEs、LINEs、LTR类反转录元件和DNA转座子元件, 而发现存在一(TG)11微卫星位点; (2)在启动子P1区, 藏绵羊与摩弗伦羊、山羊、普通牛、欧洲野牛各物种间同源性大小分别为99.7%、94.2%、85.9%、86.5%; 而在外显子1A区段, 藏绵羊与摩弗伦羊、山羊、普通牛、欧洲野牛各物种间同源性大小分别为 99.0%、97.0%、92.7%、94.6%。物种间欧拉型藏绵羊与摩弗伦羊同源性最高, 而欧拉型藏绵羊与普通牛最低。(3)邻接法(即NJ法)构建的分子系统进化树聚类结果表明, 欧拉型藏绵羊与摩弗伦羊先聚为一类, 再与山羊聚类形成一个大分支, 而普通牛和欧洲野牛先聚类形成另一大分支, 两大分支最后再聚为一起, 其聚类结果与线粒体DNA和动物学分类的研究结果一致。     

野牦牛线粒体基因组序列测定及其系统进化

野牦牛属高寒地区的特有物种,是我国最珍贵的野生动物遗传资源之一,已被列为国家一级重点保护动物。对野牦牛mtDNA进行全序列测定和结构分析,并基于线粒体基因组序列对其系统发生进行了探讨。结果表明:(1)野牦牛线粒体基因组全序列的大小为16 322 bp,整个基因组由37个编码基因和D-loop区组成;22个tRNA基因序列长度为1 524 bp、2个RNA基因序列长度为2 528 bp、13个编码蛋白基因序列长度为11420 bp、D-loop区长度为892 bp。基因组中无间隔序列,基因间排列紧密,基因内无内含子。(2)野牦牛具有较丰富的遗传多样性。(3)分子系统发生关系显示牦牛为牛亚科中的一个独立属,即牦牛属(Poephagus),牦牛属包括家牦牛(Poephagus grunniens)和野牦牛(Poephagus mutus)2个种。野牦牛线粒体基因组全序列的获得和结构解析对研究牦牛的起源、演化和分类,以及野牦牛遗传资源的保护、开发和利用均具有重要的理论和实际意义。     

西藏牦牛线粒体DNA 的遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛类群的遗传多样性、亲缘关系,本研究测定了日多牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、错那牦牛、隆子牦牛、仲巴牦牛、聂荣牦牛、申札牦牛等8 个西藏牦牛类群共328 头牦牛mtDNAD-loop区序列,分析其多态性,构建系统进化树。结果表明:本次测定的西藏牦牛mtDNA D-loop 区序列长度为 887 - 895 bp,共检测到135 个变异位点,其中单态突变位点52 个,简约信息位点83 个。在328 个个体中共检测出91 种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(π)分别为0. 884、0.010 27,显示西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。8 个类群间平均遗传距离为0.011;日多牦牛与错那牦牛间遗传距离最小(0. 006);类乌 齐牦牛与隆子牦牛间遗传距离最大(0.015)。系统进化分析显示西藏牦牛可分为两大类,错那牦牛是较纯的牦牛类群,其它牦牛类群在进化过程中出现相互交流的情况。     

五指山猪IGF2基因5′调控区单核苷酸多态性分析

利用PCR产物直接测序法, 对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF2基因5＇调控区部分片段的单核苷酸多态性进行了研究。找到13个SNP, 分别是: C5872T、C5888T、A5976G、C6010T、T6029A、C6037T、C6043T、C6063T、C6112T、C6164T、G13520A、G13563A和G13669A。T6029A为T←→A碱基颠换, A5976G、G13520A、G13563A和G13669A为A←→G转换, 其他均为C←→T转换。针对13个SNP位点得到23种组合基因型。统计各位点等位基因和基因型以及各组合基因型在总群体与各品种内的分布频率, 发现3个小型猪在A5976G、C6164T和G13669A位点上的优势等位基因均分别为G、T和A, 而梅山猪和大白猪的优势等位基因均分别为A、C和G; H19型为3个小型猪的特征组合基因型, 而另两个猪品种为H15型。同时对123头五指山猪IGF2基因C5888T位点进行了PCR-RFLP分析, 研究表明该位点C为优势等位基因(0.8536), CC为优势基因型(0.7235)。卡方检验表明该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。这些结果可为五指山猪等小型猪的生长发育规律、矮小机制等方面的研究提供遗传学依据。