草莓ζ-胡萝卜素脱氢酶基因ZDS的克隆及特征分析

用RT-PCR和RACE技术从草莓(Fragaria ananassa Duchesne)果实中克隆到ζ-胡萝卜素脱氢酶基因ZDS,命名为FaZDS,其cDNA全长2148 bp,具有1个1710 bp的完整开放阅读框(ORF),编码569个氨基酸。序列分析表明,FaZDS编码的氨基酸序列与其它植物的ZDS蛋白有很高的相似性。系统进化树分析表明,草莓与苹果的ZDS蛋白亲缘关系较近。原核表达结果表明FaZDS基因在大肠杆菌中能高效表达。用半定量RT-PCR技术进行组织表达模式分析表明,FaZDS基因在草莓的花、叶片和果实中均有表达,表达量为花红果粉红果白果青果叶。     

温度影响蛋白质结晶的研究现状

温度控制作为调控蛋白质结晶过程的手段,在结晶实验中被广泛采用。热历史效应作为蛋白质结晶实验中新的影响因素,已被越来越多的科学家所重视。控制温度可以改变蛋白质的溶解度,进一步改变溶液的过饱和度,从而影响结晶过程。我们简要总结了温度对蛋白质结晶的影响及应用温度技术控制蛋白质晶体生长的各种技术,为蛋白质结晶工作提供理论和实验依据。     

花椰菜BobACT基因的克隆及其作为内参基因的研究

实时荧光定量PCR技术是探索植物基因功能和调节机理的有效手段。选择合适的内参基因是获得实时荧光定量PCR准确性数据的必备条件。ACT基因高度保守且表达稳定,常作为内参基因被广泛应用。为了获得花椰菜ACT基因,以转录组测序和RT-PCR方法为手段克隆得到花椰菜肌动蛋白基因Actin。该基因等电点为5.395,理论分子量为41.77 kD;其cDNA开放阅读框长1134 bp,编码氨基酸377个,GenBank登录号为MG598643。Wolf Psort分析发现,BobActin蛋白亚细胞定位于细胞质基质中。Motif Scan分析显示,BobActin蛋白质的氨基酸序列4～377位为Actin保守结构域。进化分析表明,同源序列基因编码的蛋白质与同为十字花科的甘蓝、芜菁和油菜同源蛋白的相似性达到90%以上,具有高度的保守性。在此基础上,设计了1对荧光定量PCR引物,分析显示,该引物具有较高的特异性和扩增效率,在花椰菜根、茎、花、花球、叶片等不同组织和低温、高温、盐处理、干旱处理、ABA处理等胁迫处理下均能稳定表达,适合在花椰菜基因表达研究中作为内参基因,为开展花椰菜重要功能基因的挖掘、表达模式以及调控机理的研究提供参考。花椰菜在内参基因方面的研究还处于初步阶段,今后可继续克隆其他内参基因,丰富花椰菜的内参基因库,从而进一步提高花椰菜基因表达分析研究的稳定性、重复性和准确性。     

南瓜5个品种果肉的挥发性成分分析

为了解南瓜（Cucurbita sp.）果实中的特征风味物质,采用顶空固相微萃取气质联用（HS-SPME-GC-MS）技术对5个品种（‘新美玉’、宝丰’、‘金磨盘’、‘健宝’和‘东升’）果肉的挥发性成分和含量进行测定并进行主成分分析。结果表明,从5个品种南瓜果肉中共检测出68种挥发性成分,以醇类、醛类和烃类为主,其中壬醛、正己醛、反,反-2,4-庚二烯醛、顺-壬-3-烯-1-醇和正己醇等化合物为南瓜果肉的主要风味物质。主成分分析表明,南瓜5个品种果肉的风味差异化合物主要有9种,其中十一醛和反-2-壬烯醛为‘健宝’和‘东升’的特征风味物质;1,9-壬二醇是‘宝丰’的标志性风味物质;‘金磨盘’和‘新美玉’因3-壬炔-1-醇相对含量较高而区别于其他品种。因此,特征挥发性物质为南瓜品种改良和品质评价提供参考。     

基于BERT与Text-CNN的抗菌肽识别方法

抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽。抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者。识别抗菌肽是抗菌肽研究领域中的重要研究方向,湿实验法在进行大规模抗菌肽识别时存在成本高、效率低、周期长等难点,计算机辅助识别法是抗菌肽识别手段的重要补充,如何提升准确率是其中的关键问题。蛋白质序列可以被近似地看作是由氨基酸组成的语言,运用自然语言处理(natural language processing,NLP)技术可能提取到丰富的特征。本文将自然语言处理领域中的预训练模型BERT和微调结构Text-CNN结合,对蛋白质语言进行建模,提供了开源可用的抗菌肽识别工具,并与已发表的5种抗菌肽识别工具进行了比较。结果表明,优化“预训练-微调”策略带来了准确率、敏感度、特异性和马修相关系数的整体提升,为进一步研究抗菌肽识别算法提供了新思路。     

新城疫病毒F蛋白中两段七肽重复序列的克隆和表达

从新城疫病毒 (NDV)中国强毒株F4 8E9和弱毒株长春株F蛋白的cDNA中亚克隆出两段七肽重复序列(HeptadRepeatRegion ,HR1,HR2 ) ,将HR1和HR2分别插入表达载体pGEX 6p 1,在大肠杆菌BL2 1(DE3 )中表达 ,将与载体中的GST(GlutathioneS Trasferase)融合表达的可溶性融合蛋白用GST亲和层析柱纯化。纯化的融合蛋白用蛋白酶酶切后 ,先用GST亲和层析柱除去GST ,再加热进一步纯化。纯化的HR1和HR2质谱分析其分子量 ,结果表明 ,强株的HR1和HR2的分子量分别为 7 10 3kD和 6 3 0 1kD ,弱株的HR1和HR2的分子量分别为 7 10 7kD和6 3 0 9kD ,强弱株HR1和HR2的分子量都基本一致。本工作为研究HR1、HR2的结构以及它们在NDV与宿主细胞融合中的作用奠定了基础。     

4个品系小鼠胚胎干细胞系的建立

探索高效的不同品系的小鼠胚胎干细胞的建系方法。B6D2F1(C57BL/6×DBA/2)、129/SV×DBA/2、C57BL/6、BALB/C等4个不同品系小鼠,孕马血清促性腺激素(pregnant mare serum gonadotrophin,PMSG) 人绒毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin,HCG)促排,3.5天交配后(days post coitus,dpc)冲洗子宫取囊胚,或者2.5dpc冲洗输卵管,卵裂球体外培养获取囊胚。囊胚种植到小鼠成纤维细胞饲养层上干细胞培养液培养,4～5天内细胞团扩增后玻璃毛细管挑出,种植到新的饲养层上过夜再行胰蛋白酶消化,3～4天传代一次。对所建立的小鼠ES细胞系进行形态学、染色体核型、AKP染色、体内外分化能力,干细胞分子标记物荧光免疫染色等鉴定。获得10株小鼠胚胎干细胞,具有典型的胚胎干细胞生长特性,符合ES细胞的鉴定标准。结果表明成功的建立了来自B6D2F1(C57BL/6×DBA/2)、129/SV×DBA/2、C57BL/6、BALB/C等4个不同品系小鼠的10株ES细胞系。内细胞团挑出过夜增殖后消化的培养方法可能有助于提高ES细胞的建系率。     

血浆uPA、uPAR在乳腺癌分子亚型中的表达及临床意义

目的:探讨血浆uPA、uPAR在不同分子亚型乳腺癌中的表达水平及其对乳腺癌患者治疗、预后等的临床意义。方法:采用免疫组化ELISA方法测定的女性乳腺癌初治患者86例的血浆uPA、uPAR水平,所有患者均经组织病理学确诊,以患者的临床病理学资料提供的免疫组化结果为基础进行分子分型,结合二者进行分析。结果:血浆uPA在乳腺癌不同分子亚型中表达有统计学差异(P<0.01),uPAR在乳腺癌不同分子亚型中表达有统计学差异(P<0.05);乳腺癌患者血浆uPA和uPAR呈显著正相关(P<0.01,Pearson相关系数r=0.735)。结论:乳腺癌患者血浆uPA和uPAR的水平与分子亚型密切相关,他们和分子亚型联合,可能对乳腺癌个体化治疗及判定预后有指导意义。     

Parkin介导的线粒体自噬及细胞器互作机制

线粒体是细胞生理代谢活动发生的重要场所.线粒体生发降解平衡是维持能量代谢稳定的重要保障.Parkin作为E3泛素连接酶,通过PINK1/Parkin、LC3等多种信号参与调控线粒体自噬过程.此外,Parkin还能够影响线粒体相关内质网膜、调控细胞器间钙流,在线粒体-内质网对话过程中调控溶酶体途径介导的线粒体自噬.脂肪组...     

主成分分析在猪肌肉组织化学特性方面的应用

选择3个亲本猪种(莆田黑猪、大白猪和杜洛克猪)和2个杂种猪大莆(大白猪♂×莆田黑猪♀)和杜莆(杜洛克♂×莆田黑猪♀)共150头猪作为试验材料,在相同饲养管理条件下饲养,体重达90kg时屠宰,取背最长肌肉样,测定了肌肉纤维形态、数量和肌肉组织化学成分,并对与肉质有关的12个性状进行了主成分分析和聚类分析.结果表明:不同性状之间呈现不同程度的相关,其中以肌纤维面积与均径的相关性最高.12个性状可简化为2个主成分因子,即肌肉纤维因子和肌肉营养因子,且这2个主成分因子可保留87.132%的信息量,可基本反映原指标提供的信息量.同时,综合评定结果显示,在5个猪种中以杜莆猪肉质最好.