番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析

B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。     

多效唑对珐菲亚的叶绿素含量、抗逆性及活性成分的影响

用四种不同浓度的多效唑(PP_(333))对引种药用植物珐菲亚进行叶面喷施,研究PP_(333)对珐菲亚的生物学效应。结果表明:各处理均有明显提高珐菲亚叶片叶绿素含量,增强超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)的活性,降低丙二醛(MDA)含量,增加药材产量的作用,而对活性成分皂苷含量影响不明显。该研究为PP_(333)在珐菲亚化学调控上的应用提供理论依据。     

蒜鳞片薄壁细胞衰败过程中类外连丝的形成及其共质传输能力的调节（简报）

在植物生长发育过程中,由于局部组织（细胞）的衰退或脱落．存活细胞与衰亡（或脱落）细胞分界壁上的胞间连丝衍变为类外连丝结构。这已先后在小麦胚胎发育、幼胚分化、蒜鳞茎休眠进程中以及玉米根冠组织中得到了论证。前文已曾报道．在玉米根冠细胞生长脱落进程中,脱落细胞与相邻细胞间胞间连丝有被拉伸、断裂形成类外连丝的结构变化．并经药理学试验表明。肌动蛋白和肌球蛋白共同参与了类外连丝通透性的调节。     

高等植物钾转运蛋白

钾在植物生长发育过程中具有许多重要的作用。以模式植物拟南芥中克隆和鉴定的钾通道和转运体为基础,全面介绍了高等植物中钾转运体系家族,包括Shaker通道、KCO通道、KUP/HAK/KT转运体、HKT转运体和其它转运体。同时,分析了在高等植物中存在多种钾吸收和转运机制的可能原因。     

生物软件在序列分析过程中的运用

介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计的基本认识并介绍了多重引物兼容性筛选软件;对构建系统发育树的认识并引出分子进化树构建软件MEGA4的使用和PAUP 4.0常用建树命令模块。期望这些方法和软件的使用能解决生物序列分析过程的常见问题。     

中国草地生态系统碳库及其变化

准确评估草地生态系统碳库及其年际变化, 对揭示草地在中国陆地生态系统碳循环中的作用以及合理利用有限的草地资源有着极为重要的意义. 虽然中国学者在研究草地碳库及其动态变化方面已开展了很多工作, 但目前仍缺乏对中国草地生态系统碳库及其动态变化特征的全面认识. 通过综述当前中国草地碳循环研究的最新进展, 结合本研究组的工作, 试图全面评价中国草地生态系统碳库(植被生物量碳库和土壤有机碳库)及其动态变化. 结果显示: (1) 不同研究得到的中国草地生物量碳密度(单位面积生物量)存在较大差异, 为215.8~348.1 g C/m², 平均值为 300.2 g C/m². 同样, 对中国草地土壤有机碳密度(单位面积土壤碳库)的估算也存在显著差异, 在8.5~15.1 kg C/m²之间变动, 但考虑到8.5 kg C/m²的估算值是基于近千个土壤剖面的实测数据计算得到, 全国平均水平的土壤碳密度一般不会超过此值. 因此, 若采用目前最广泛使用的草地面积(331×104 km²), 那么中国草地生态系统碳库约为29.1 Pg C(1 Pg=1×10¹⁵ g), 其中96.6%的碳储存于土壤有机质中. (2) 文献报道的近20年中国草地生物量和土壤有机碳库的变化方向和变化量均存在差异. 按照最新的估算, 中国草地生物量和土壤有机碳库在过去20年里没有发生显著变化, 即中国草地生态系统处于中性碳汇状态. (3) 中国草地生物量的时空变异与降水量的变化关系密切. 土壤有机碳库的空间变异主要受与降水量密切相关的土壤水分的影响, 但土壤质地等因素也起一定作用. 此外, 放牧与围封等人类活动将对草地生物量和土壤碳库及其动态变化产生强烈影响.     

医疗卫生领域社会治理理论研究及应用概述

社会治理是基于对本社会管理过程中权力格局分析与判断,在政府、市场、社会与公民基关系明确定位的前提下倡导的新型公共管理模式,由于其对公众利益和责任表达、解决突出社会矛盾问题具有针对性和优越性,已得到普遍促进和应用。试图通过对国内外社会治理理论进展、内涵归纳以及医疗卫生领域社会治理有效路径和实践探索的梳理分析,提出了在医疗卫生领域探讨和开发其社会治理效用和适宜路径的思考建议。     

miRNA响应印度梨形孢定殖调控大麦生长发育的作用机制

【背景】内生真菌印度梨形孢(Piriformospora indica)定殖植物可以显著促进植物生长发育。miRNA已被证实在植物体的生长发育中具有调控作用。【目的】揭示印度梨形孢定殖大麦促进大麦生长发育过程中miRNA对印度梨形孢定殖的响应及对大麦生长发育的调控作用。【方法】提取大麦总RNA,实施转录组测序并进行序列比对与数据挖掘;使用高效液相色谱检测大麦生长素等激素水平变化。【结果】印度梨形孢对大麦有显著促生作用;全转录组测序结果显示：印度梨形孢侵染3 d较空白对照有18个差异表达的miRNA,其中11个miRNA上调、7个miRNA下调;侵染7 d与空白对照相比24个差异表达的miRNA,其中11个miRNA上调、13个miRNA下调;侵染3 d与侵染7 d相比有3个miRNA上调、6个miRNA下调。GO功能富集分析与KEGG通路分析显示,差异表达miRNA的靶基因主要参与转录、细胞分裂、生长素信号的感知和转导、光合作用和激素刺激响应。靶基因所参与的途径与大麦生长发育密切相关,暗示miRNA对印度梨形孢定殖过程做出了积极响应。代谢产物分析表明miRNA参与的调控路径的代谢产物发生改变。【结论】本研究以miRNA为入手点,探究了miRNA对大麦生长发育的调控机制,为揭示印度梨形孢的促生机制提供了新的研究方向。     

乳腺癌改良根治术患者术后复发转移的危险因素及血清CA125、COX-2、sTNFR-P55的预测价值研究

摘要 目的：探讨乳腺癌改良根治术患者术后复发转移的危险因素及血清糖类抗原125（CA125）、环加氧酶-2（COX-2）、可溶性肿瘤坏死因子受体P55（sTNFR-P55）的预测价值。方法：对2014年1月至2016年12月新疆医科大学第一附属医院收治的109例行乳腺癌改良根治术的乳腺癌患者进行前瞻性研究,所有患者术后均随访5年,其中2例失访,107例完成随访。根据5年内患者复发转移情况将其分为复发转移组（n=31）和未复发转移组（n=76）。收集患者入院时的临床病理资料,采用电化学发光法检测术前血清CA125,采用酶联免疫吸附法检测术前血清COX-2、sTNFR-P55。采用logistic回归模型分析患者术后复发转移的影响因素,绘制受试者工作特征（ROC）曲线评估血清CA125、COX-2、sTNFR-P55对术后复发转移的预测价值。结果：复发转移组肿瘤直径＞5 cm、浸润性非特殊癌、脉管癌栓、雌激素受体（ER）/孕激素受体（PR）阴性、无内分泌治疗构成比、TNM分期IIIA期、腋窝淋巴结转移数量4~9个构成比高于未复发转移组（P<0.05）。复发转移组血清CA125、COX-2、sTNFR-P55水平高于未复发转移组（P<0.05）。多因素logistic回归分析结果显示,肿瘤直径＞5 cm、浸润性非特殊癌、TNM分期IIIA期、脉管癌栓、腋窝淋巴结转移数量4~9个、CA125升高、COX-2升高、sTNFR-P55升高是乳腺癌改良根治术患者术后5年内复发转移的独立危险因素（OR=1.318、1.213、1.223、1.137、1.257、1.241、1.313、1.351,P<0.05）。血清CA125、COX-2、sTNFR-P55均可有效预测乳腺癌术后复发转移,曲线下面积（AUC）分别为0.803、0.749、0.761,三指标联合预测术后复发转移的AUC为0.915,灵敏度和特异度分别为0.94、0.83。结论：肿瘤直径、浸润性非特殊癌、TNM分期、脉管癌栓、腋窝淋巴结转移数量以及术前血清CA125、COX-2、sTNFR-P55异常升高是乳腺癌改良根治术患者术后5年内复发转移的危险因素,术前血清CA125、COX-2、sTNFR-P55联合检测可预测乳腺癌改良根治术后的复发转移风险。     

MapGene2Chrom基于Perl和SVG语言绘制基因物理图谱

遗传图谱表现形式简洁明了,为分析遗传规律、克隆基因提供了便利。Gbrowse、MapViewer等工具虽然能够协助研究人员绘制相似形式的物理图谱,但有很大的局限性:(1)数据需提前布置好;(2)输出结果无法灵活修改。鉴于此,文章基于Perl和SVG语言,开发了一款生物辅助作图软件MapGene2Chrom的本地版与网页版,该软件能够依据输入数据快速绘制相应的物理图谱。该软件输入数据格式简单,输出结果易于修改,图片格式为SVG矢量图,具有很好的移植性,以期为研究人员绘制物理图谱提供便利。