干酪乳杆菌的近缘种及亚种部分看家基因的系统发育分析

【背景】16S rRNA基因序列分析已广泛应用于细菌的分类鉴定,但是存在一定局限性,而使用看家基因作为分子标记在近缘种及亚种间的系统发育分析中具有其独特的优势。【目的】研究16S rRNA、uvr C (核酸外切酶ABC,C亚基)和mur E (UDP-N-乙酰胞壁酰三肽合酶)基因序列对干酪乳杆菌的近缘种及亚种的区分能力。【方法】采用分离自传统发酵乳中的6株干酪乳杆菌为研究对象,选取uvr C和mur E基因片段,通过PCR扩增、测序,结合已公布的干酪乳杆菌的近缘种或亚种的相应序列计算遗传距离、构建系统发育树,并与16S rRNA基因序列分析技术进行比较。【结果】研究发现Lactobacilluscasei及相近种间的uvr C、mur E和联合基因(uvr C-mur E)构建的系统发育树拓扑结构与16S rRNA基因结果基本一致,区别在于相似性的不同,其分别为79.00%-99.16%、89.08%-99.20%、76.56%-99.69%和99.58%-100%。基于16S rRNA基因不能区分干酪乳杆菌的近缘种及亚种,而看家基因uvr C和mur E基因序列能够很好地区分干酪乳杆菌的近缘种及亚种,并且将uvr C和mur E基因串联使用后,试验菌株与参考菌株的分类关系更加清晰。【结论】联合基因(uvr C-mur E)可作为16SrRNA基因的辅助工具用于干酪乳杆菌的近缘种及亚种的快速准确鉴定。     

罗伊氏乳杆菌肠道分离株的遗传多样性研究

动物体内定殖着丰富且多样的细菌,其对宿主的健康发挥着举足轻重的作用。罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)是存在于动物肠道中的益生菌,是研究肠道菌群与宿主进化关系的模式菌种。【目的】以下载自NCBI的分离自猪、家禽类、人类、啮齿类动物的116株L.reuteri和分离自内蒙古锡林郭勒牛、羊和马肠道中的16株L. reuteri为研究对象,解析L. reuteri不同分离株的遗传多样性和宿主特异性,为L. reuteri的开发利用提供理论依据。【方法】利用MLST技术,以ddl、pkt、leu S、gyr B、dlt A、rpo A、rec A共7个看家基因为研究靶点,对L.reuteri分离株遗传多样性进行研究,推演分离株与宿主生境的进化关系。【结果】132株L. reuteri共划分为63个序列型,6个克隆复合体。等位基因序列重组分析发现,在L.reuteri的进化中发生了个别的重组事件,eBURST、MSTree分析表明不同分离源的L. reuteri分离株经历了不同的进化过程,系统发育分析表明132株L. reuteri来自5个Clusters且与分离源表现出较强的相关性。【结论】本研究利用MLST技术完成了132株L. reuteri肠道分离株的遗传多样性分析,利用MSTree、系统发育等群体结构分析,发现不同分离源菌株有着高度的宿主特异性,表明L. reuteri为适应不同生存环境经历了不同的进化过程。     

酸胁迫对干酪乳杆菌H+-ATP酶基因表达的影响

耐酸性是乳酸菌重要的益生菌性状之一。实验采用半定量RT-PCR法分别对在不同酸度条件下培养后的3株不同干酪乳杆菌的H -ATP酶基因mRNA表达水平进行了比较和分析。实验结果显示,随着培养基酸度增加干酪乳杆菌的生长受到抑制,特别在pH4.0条件下干酪乳杆菌的生长受到强烈的抑制;H -ATP酶基因的表达量随着培养基酸度的增加而增加。推测H -ATP酶与干酪乳杆菌耐受酸性条件是有一定的关联的。     

Faecalibacterium prausnitzii与人类疾病关系的研究进展

Faecalibacterium prausnitzii(F.prausnitzii)是定植于哺乳动物胃肠道中的共生菌,同时也是健康成人肠道菌群中最丰富的细菌之一。本研究主要对F.prausnitzii与人体代谢性疾病如肥胖、糖尿病及宿主的消化道疾病如炎症性疾病、结肠癌等疾病的相关研究现状进行综述,着重讨论了F.prausnitzii作为潜在益生菌在肠道疾病中的重要作用,进而通过使用益生菌或者改变肠道内F.prausnitzii的数量达到预防或治疗肥胖、糖尿病及肠道疾病的目的。     

陕北地区巨菌草在七彩山鸡饲料中的应用研究

目的:本试验旨在研究不同比例巨菌草对七彩山鸡血液生理生化指标和肠道消化酶活性的影响.方法:选取七彩山鸡150只,饲料中添加不同水平的巨菌草.对照组采用不添加巨菌草的基础饲粮进行饲喂,4个试验组T1、T2、T3、T4日粮中分别添加4％、8％、12％、16％的巨菌草,测定其各项指标的变化.结果:(1)血液生理生化指标中,T...     

经鼻蝶入路显微侵袭切除垂体腺瘤的临床疗效

目的:对比观察经鼻蝶显微技术下入路与经鼻蝶神经内窥镜下入路手术切除垂体腺瘤的疗效,探讨切除垂体瘤的良好辅助方法。方法:78例患者分别采用经鼻蝶显微技术下入路和经鼻蝶神经内窥镜下入路手术切除垂体腺瘤。结果:与经鼻蝶显微技术下入路比较,经鼻蝶神经内窥镜下入路手术者住院时间短、肿瘤全切除率高、鼻出血率低、术后并发症发生率低(P<0.05),但是经鼻蝶神经内窥镜下手术切除肿瘤时术中出血需显微镜下止血。结论:经鼻蝶神经内窥镜下手术入路是垂体腺瘤切除的良好手术切除垂体瘤的入路,如有条件也可将二者联合应用取长补短。     

双侧慢性硬膜下血肿与单侧慢性硬膜下血肿的临床比较

目的:双侧慢性硬膜下血肿和单侧慢性硬膜下血肿患者的临床比较。方法:将33例双侧慢性硬膜下血肿和119例单侧慢性硬膜下血肿患者的临床表现、诱发因素、CT扫描、术后并发症和疗效进行回顾性对比分析。结果:单侧慢性硬膜下血肿组平均年龄67岁,双侧慢性硬膜下血肿组平均年龄71岁(P>0.05),两组患者均以男性多见(P>0.05)。与单侧慢性硬膜下血肿组相比,双侧慢性硬膜下血肿组头痛/呕吐更常见(P<0.05),使用抗凝/抗血小板药物患者较多(P<0.05),中线移位>5mm少于双侧慢性硬膜下血肿组(P<0.05)。两组患者合并的常见系统疾病、术后并发症和疗效无显著性差异(P>0.05)。结论:双侧慢性硬膜下血肿易发生于使用抗凝/抗血小板药物的老年患者,颅内压增高征更明显。两组大多数患者术后均恢复良好。     

乳酸菌基因芯片应用研究进展

基因芯片技术是上世纪90年代兴起的一种对成百上千甚至上万个基因同时进行检测的新技术,具有高通量、并行化的特点,广泛应用于基因表达谱测定、基因功能预测、基因突变检测和多态性分析等方面。多种乳酸菌基因组全序列以及其大量EST、16S rDNA、16S-23S基因间区和功能基因序列测定的完成,有力地推动了基因芯片技术在乳酸菌研究中的应用。介绍了基因芯片的基本原理及乳酸菌基因芯片在基因表达、种属鉴定等研究中的应用进展,以期更好地利用和开发乳酸菌基因芯片。     

基于比较基因组学分析嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统

【目的】嗜热链球菌(Streptococcusthermophilus)是发酵乳制品的基础发酵菌种之一,全基因组水平解析嗜热链球菌的遗传多样性和工业发酵特性对于优良发酵菌株的筛选意义重大。【方法】本研究通过比较基因组学方法对27株嗜热链球菌的遗传多样性和防御系统进行分析。【结果】全基因组分析结果显示嗜热链球菌群体内具有较高的遗传多样性;基于核心基因集构建的系统发育树划分为2个分支,其中分支2菌株缺乏完整的组氨酸合成途径,经验证,分支2菌株在缺乏组氨酸的培养基中不能正常生长。通过对嗜热链球菌不同菌株的防御系统进行分析发现,同类型的CRISPR基因座和限制修饰系统在基因组中出现的位置相对固定。CRISPR-Cas系统(P0.05,r=0.43)和限制修饰系统(P0.01,r=–0.59)的数量与编码转座酶基因的数量均显著相关,表明嗜热链球菌为了阻止外源DNA入侵会进化出多种防御系统来保护自身遗传完整性。此外,分支1菌株的CRISPR-Cas系统数量极显著(P0.001)多于分支2,而限制修饰系统无显著差异,表明分支1菌株在噬菌体抗性方面可能更具优势。【结论】本研究基于核心基因构建的系统发育分析将27株嗜热链球菌分为2个分支,不同分支菌株在组氨酸代谢能力和防御系统方面有一定差异。该研究结果为今后快速筛选优良嗜热链球菌发酵剂提供了新思路。     

双歧杆菌属特异性测序引物筛选及优化

【背景】目前双歧杆菌的益生功能被普遍认可,越来越多的研究开始关注肠道中双歧杆菌的生物多样性。然而双歧杆菌是肠道中的低丰度物种,现有技术尚难以深入研究其多样性。【目的】基于双歧杆菌16SrRNA基因序列筛选一对适用于分析粪便样品中低丰度双歧杆菌属多样性的特异性引物。【方法】依据已有引物的相对位置及其与双歧杆菌属16S rRNA基因序列的匹配率,将引物重组优化得到扩增片段800 bp的双歧杆菌属特异性引物;通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳对引物进行实验筛选和特异性验证;以细菌通用引物(27f/1492r)为参照,通过单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术对不同引物的3份粪便样品中细菌的DNA扩增子进行测序,在种水平上分析比较不同引物的优劣。【结果】对文献中已有的9对双歧杆菌特异性引物进行重组并优化,其中2对引物的理论特异性较好且扩增产物大于800 bp,它们分别为Bif164-f/Pbi R2和Pbi F1/Pbi R2。PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳实验发现,Bif164-f/Pbi R2的扩增条带明亮且无拖尾。此外,利用SMRT测序平台对引物27f/1492r和Bif164-f/Pbi R2的3份粪便样品中细菌的DNA扩增子进行测序并分析。27f/1492r扩增子的分析结果显示,3份样品依次分别含1、3、4个双歧杆菌种且双歧杆菌的平均相对含量为0.34%;而Bif164-f/Pbi R2扩增子的分析结果显示,3份样品依次分别含2、6和8个双歧杆菌种且双歧杆菌的平均相对含量为98.72%。上述结果表明,Bif164-f/Pbi R2可在种水平上特异地检出粪便中低丰度的双歧杆菌,进而实现样品中双歧杆菌的多样性分析。【结论】筛选出一对双歧杆菌特异性引物Bif164-f/PbiR2,可在种水平上分析粪便样品中低丰度双歧杆菌的生物多样性,同时也验证了理论结合实验进行引物筛选这种方法的可行性。